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有一点是肯定的，达尔文虽然和罗伊船长经常因为一些不同的观点而吵架，但他毕竟是船长的座上客，加上身上还有一大笔钱，所以也有仆人驱使，除了身体不适以外，其他各方面都可谓是顺风顺水。船每到一地，他都可以上岸作一番舒适的游历，并花钱雇用当地的民工为他采集资料，就这样得到了大批的可供研究的一手资料。而那个可怜的以博物学家头衔随船航行的迈考密克就惨多了，因为手头没钱，船长也不为他提供便利，达尔文也瞧不起他，大部分时间只好待在船上生闷气，到1832年4月的时候，船开出只几个月，这个贫穷的知识分子终于受够了，在里约热内卢托病离船，随另一艘英国海军船回家了。
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此事达尔文曾在写给导师享斯罗的信中提到过，并用极其刻薄的文字表达了他对这位博物学家的轻蔑之情，达尔文称迈考密克是一头“蠢驴”，是一个没有任何科学思想的可怜虫。
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达尔文和船长罗伊的关系也很一般，他甚至曾因为争吵而被船长赶出餐厅。所以达尔文后来在回忆录中不愿提及这个船长，实在是必须提及时，也往往以“一位船长”来指代罗伊。
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但事实上罗伊船长对达尔文的启迪作用不容轻视，因为他们在海上漫长的时间里几乎都是在闲聊。罗伊船长也是一位有思想的人，起码他自己以为是。所以，两个人谈论的内容相当广泛，可能把当时能够谈起的很多话题都谈了一遍，其中包括唯物论和无神论。因此，古尔德推测，罗伊船长对达尔文的重要性不亚于鸣雀。
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但罗伊船长是个不折不扣的教徒，他对上帝的信仰从没有改变过。后来，当达尔文终于发表了《物种起源》以后，罗伊船长曾经悔恨不已，他以为是自己启发了达尔文的异端思想，因此陷进了一种深深的自责当中，并产生了强烈的赎罪欲望。1860年的一次会议上，在勇敢的赫胥黎（Thomas Huxley）为捍卫达尔文的理论而舌战群雄时，罗伊船长不顾一切地大步走上台去，手里高举着《圣经》，一边大声叫着：“这本书！这本书！”
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如他的前任船长一样，罗伊船长也死于自杀，那是在达尔文出版《物种起源》之后的第六年。罗伊船长割断了自己的喉管，他想以这种方式请上帝原谅他把达尔文带上了“贝格尔”号。
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那么，达尔文在“贝格尔”号上究竟做了哪些工作呢？
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因为身体原因，达尔文每天只能工作两个小时左右，所以，他更愿意把时间花在陆地上，或者岛上。当船行到太平洋的加拉帕戈斯群岛时，船员们需要对群岛进行测量，达尔文不必参与这种体力活，他开始在岛上巡视。加拉帕戈斯是西班牙语海龟的意思，这个名称因为达尔文的原因，现在主要用于生物学领域，在政治或地理上，往往称为科隆群岛。
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加拉帕戈斯群岛是火山岛，岛上地形险要，怪石嶙峋，因为人迹罕至，加上气候适宜，所以布满了未知的动物和植物，仙人掌和灌木丛分布在其沿海地区；高大的树木生长在较高的山坡，树下铺满羊齿类植物。动物则有海狮、海豹、海獭、鹈鹕、信天翁、企鹅和火烈鸟等，当时最为大家所熟知的，只有无数的海龟。
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现在该岛被称为“世界最大的自然博物馆”，已列入“人类文化与自然遗产”。为了纪念达尔文给该岛带来的巨大名声，岛上立有达尔文半身铜像。
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在加拉帕戈斯群岛，达尔文收集了大量动植物标本。在收集标本的过程中，达尔文惊异于岛上物种的独特性，他们虽与不远处南美大陆的物种有相同之处，但处处又总透着那么点不同。更严重的是，因为是群岛，所以岛与岛之间有一定的间隔，而每个小岛上原本应是同一种的动物，似乎也存在着或多或少的差异。比如每个岛上的海龟壳上的花纹都不相同，而且都有自己明显的特征，有经验的人只要看到海龟的壳，就知道是来自哪个岛上的。这个事实把达尔文搞晕掉了，因为造物主实在没有必要在每个岛上都制造不同的生物，那样做工作量未免太大了。但这个事实的背后隐藏着什么，达尔文没有搞明白。因为他的主要注意力其实是集中在地质考察方面的。
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最引起达尔文注意的是岛上的鸣雀，他一共在岛上认出了十三种这种鸟，并认为这些鸟原本是同一种鸟，但因为居住在不同的岛上，结果变得各不相同起来。后来达尔文认为，这只能是适应不同环境的结果。他以鸟嘴的形状为切入口，记录了不同的鸟嘴根据就食需要而产生了不同的变化，用作进化论的一个证据。这些鸟后来被命名为“达尔文鸣雀”。有研究者认为，正是这些鸟在不同环境下的不同表现形式，启发了达尔文的“动物会随环境不同而发生进化”的思想。
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有意思的是，达尔文对这些鸣雀的认识却是错误的。经过鸟类学家对他带回的标本所作的鉴定，这些鸟并不是同一种鸟；而且达尔文的记录相当模糊，根本没有载明哪种鸟取自哪一座小岛，而是一律笼统地标上了“加拉帕戈斯群岛”。虽然为了论证进化论的时候，他试图回忆不同鸟的取样地点，但这一切都是徒劳的，往事如烟，已不可再追。由此而带来的糟糕后果是，他很难以此为证据说明不同的环境可以产生不同类型的鸟或鸟嘴。
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但事实就是这样，虽然达尔文对这些鸟的认识只是一种错觉，但它却导致了达尔文在长期的思考后得出正确的结论。
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毫无疑问，这次环球航行对达尔文的思想是一次全面的洗礼。1836年10月，行程终于结束了，达尔文带着大量标本和日记回家了。而他的身份也发生了巨大的变化，他在船上和导师享斯罗的通信在博物学家同行间广为传播，这些信件中所表达的成果足以让他成为一个博物学家、地质学家和生物分类学家。著名的地质学家赖尔亲自将达尔文引进伦敦地质学会，两人也因此成了忘年交。此后达尔文提出的环状珊瑚礁形成理论更是稳固了他地质学家的地位。在伦敦科学家圈子里，达尔文已成长为一位炙手可热的人物了，著名植物学家胡克（Joseph Hooker）也成了他的好朋友。许多人都相信，达尔文必将大有作为。
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但是达尔文开始发现自己的身体越来越差，后来索性长年虚弱多病。没有人知道他到底得了什么病，有人干脆认为他得了疑病症。有这种毛病的人总以为自己有病而且身体虚弱，其实没有大问题，因为他很高寿，并且一口气和妻子生了十个孩子。
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达尔文的妻子是他成功的有力保障，“每一个成功男人的背后都有一个女人”，这句话对达尔文来说有着特殊的意义，不单因为这个女人很听话，而且因为这个女人很有钱。
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理性的达尔文并不打算随便结婚，他曾详细列了一个十几页纸的表单，对照了结婚可能带来的好处和烦人的地方，结果得出的结论是结婚的好处稍大一些。因为他相信，妻子可以生孩子，可以做家务，无聊的时候还可以和他说说话。用达尔文自己的话说就是，“有一个妻子总比有一只狗强”。
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很多天才之人对待婚姻和爱情的态度有别于常人，有一部分人在一开始的时候出于雄性激素的支配，态度可能也确实是很真诚的，但因为他们内心真正的兴趣并不在于此，所以谈情结婚生孩子对他们来说不免有屈尊之感，有时带有明显的功利性色彩。比如百科全书式的近代科学之父笛卡尔、大物理学家爱因斯坦、大音乐家瓦格纳（Richard Wagner），甚至瘫痪的只剩两只手指能动的霍金也是这样。
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反正，不管怎样，达尔文决定向表姐爱玛（Emma Wedgwood）求婚。
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爱玛并不知道达尔文内心的真实想法，这是一个天真单纯、活泼可爱的小女人，她充满好奇或许还带有一点钦慕地答应了达尔文，并在以后的生活中以照顾达尔文为自己的巨大乐趣。然而爱玛对达尔文的真正意义远非如此。因为爱玛的家庭非常富有，所以给了她一大笔巨额财产作嫁妆，父亲这边也一次性支付了数量可观的安家费。达尔文不再需要找工作了，年近三十的他就这样过上了衣食无忧的贵族生活。他可以安闲地阅读、写作，或者思考。
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心情舒适的达尔文开始整理自己的环球航行的资料，并很快出书。这本书销量很好，给了达尔文一个意外的惊喜，他从没想到过，自己竟然拥有作家的天赋。他那散文式的文笔给他巨大的声誉，时至今日，他的科学散文仍然是英国文学常用教材之一。那种拖沓细致的行文风格可以给人一种贵族般高雅从容的感觉。
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但随后达尔文的身体状况迅速恶化，经常出现心悸、心痛等症状，后来还出现了长时间呕吐、头痛、胃痛、全身无力，以至于他害怕参加各种聚会，因为担心哪一天会死在路上。
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或许了解这一点，对于他为何迟迟不能完成《物种起源》的写作任务也就可以理解了。
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但是达尔文的病症真的很奇怪，没有医生知道哪里出了问题，后来的研究者根据他的病情记录也判断不出是什么毛病。有人提出一种假说，指达尔文得的是一种心病，因为他总在心里不停地挣扎，他坚信自己的理论是正确的，但又深知会招来巨大的抵抗和指责，为此他徘徊犹豫、难以自决，又无人倾诉，只好生病。
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