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于是达尔文决定搬到乡下去住，好远离伦敦肮脏的空气。
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1842年，达尔文在伦敦郊外肯特郡达温材购买了一座景色幽致柳暗花明的乡间别墅。在大海上绕行了遥远的路程后，这个人开始过上了稳定的隐居生活。
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只有他的大脑，却一刻没有停止过思考。
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达尔文花了十几年时间整理航海带回的资料，此外他最重要的任务就是思考物种起源和进化的问题。基于前人的研究和他自己的观察与理解，进化对他来说是简单的事实，已不再需要怀疑。他的任务是要回答生物为什么进化和如何进化。根据他的笔记记载，自1837年7月起，他开始记下关于这一问题的零散的思考过程。在这一过程中，他不但自己种植和饲养动植物进行直接观察和研究，而且不断地与各地的科学家用通信的方式进行广泛的交流和沟通。这是一个漫长和不断重复的思考过程，最后达尔文终于形成了自己的一套理论。虽然没有发表，但已基本成形，并在同行科学家之间进行了小范围交流意见。
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据达尔文自己的说法，他在1838年秋天为了消遣，把马尔萨斯（Thomas Malthus）的《人口论》读了一遍，书中所描写的人类生殖繁荣和生存困难给他留下了深刻的印象。马尔萨斯断定，要解决人口增长与资源短缺问题，饥饿、战争和瘟疫是必不可少的手段，只有这样才能大幅度裁减多余人口，特别是裁减穷人。据说正是《人口论》让达尔文突然在脑海中闪现出了自然选择的念头，这似乎是一个非常有戏剧性的过程。
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但后来的进化论学者古尔德拒绝接受这种说法，他认为达尔文灵光闪现式的传说虽然迷人，也容易为大众所津津乐道，但这种说法却是不可信的。根据达尔文的笔记，他当天只是非常平淡地记录说已读过《人口论》，没有提及任何感想，甚至连一个感叹号都没有加上，这对于经常连用三个感叹号以表示开心或惊奇的达尔文来说，只能说明马尔萨斯对他的启发作用是有限的。
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古尔德之所以特别看重这个问题，是想告诉所有人，像进化论这种对人类来说非常重要而又极具创新性的思想体系，不可能是灵光一闪那样可以简单地一蹴而就的小事情，这是人类对自然长期探索和思辨的结果。达尔文完成了其中的重要一环，就算这个灵光一闪的传说是真实的，那也是建立在长期思考的基础之上的，而绝不是像撞球那样偶然完成的，那是顺着思想的长河向前探源的必然结果。
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其实达尔文本人关于进化的观点与后来被进化论学者们一再修订过的理论有很大的出入，这个理论有了一个新的名字，叫“现代达尔文主义”，但“生物进化”和“自然选择”这两个内核基本没有被动摇过。不妨先看看达尔文自己关于进化论思想的要点：
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首先，达尔文明确并充分证明了生物是变异的。
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其次，变异的方式是一点点地、渐渐地、悄悄地变，在达尔文自己的控制范围内，是反对跳跃式的变异的。
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再次，达尔文相信物种都有强大的繁殖能力，其繁殖数量之庞大，大大超过了自然的承受能力。所以后代必经大量淘汰，这是竞争存在的根源。
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复次，一母生九子，九子各不同，不同的变种对环境有不同的适应能力。适应下来的才会成功地生存下去，并把优势遗传给下一代，否则就是可怜的被淘汰者。此所谓“适者生存”也。
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最后，有资格做这种出生死裁决的只有大自然，是大自然无处不在的巨大力量，无时无刻不对所有的个体进行着严格的筛选，这就是“自然选择”！
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这几条，无一不成为后来斗争的焦点，即便在进化论者内部，除第一条和最后一条外，也不断地产生不同的声音。正是这些争论，使进化论得以不断向前发展。
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在这个思想基本形成以后的二十年左右的时间里，达尔文没有写出相关的论文来。有人说达尔文担心受到宗教迫害，而事实是，宗教裁判所早在1600年就已经不用火刑柱烤人了。身体不好也只是一方面原因，更漂亮的说法是，达尔文在寻求更全面的理论和事实支持。虽然他做了很多看似与这一重要理论毫不相干的工作，比如他栽种了大量兰花，不厌其烦地记录兰花开花的模式，饲养并观察了很多长相各异的鸽子。此间他还花费了八年时间写了一部籐壶分类和生活史的大部头著作，连他自己都对此感到吃惊。
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但应该承认，他的这些工作都是有目的的，是围绕着一个中心展开的，那就是意图去证明他的关于物种进化和适应的思想。达尔文相信，在有限的时间内经过人工培育而发生的物种变异完全可以与自然界发生的变异相比拟，只不过是以自然选择代替了人工选择而已。
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但时间拖得太长了，达尔文甚至自己都担心完成不了理论完善的工作。为此，他不得不在写出了一个基本纲要后向妻子作了一个交代，万一自己早逝，希望妻子能把手稿交给赖尔或者胡克这些人，由他们代为整理发表。
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达尔文仍在拖拉中，正当一切看起来毫无希望的时候，如文章开始介绍的那样，华莱士突然登场了，达尔文大吃一惊，《物种起源》硬是这样被逼了出来。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 华莱士倒霉记
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NO1．出身贫穷，没有受过系统的高等教育，自学成才（从一出生就惨，不幸！）
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N02．在南美洲考察四年，回国前，弟弟因黄热病去世（骨肉死别，真不幸！）
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N03．回国途中，四年考察所得资料付之一炬，自己也险些葬身火海（精神肉体双重打击，太不幸了！）
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N04．七年考察得出结论，写成《论变种无限离开原始型的倾向》，寄给达尔文。达尔文被迫将尚未完成的《物种起源》的提纲拿出来，与他的论文同期发表。如果他没将这篇论文寄给达尔文，人们将会永远记得，有一个叫华莱士的人比达尔文更早提出进化论。（可怜的孩子，除了说他不幸，还能说什么呢？）
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