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达尔文甚至注意到了中性变异问题，也就是有些变异既不带来优势，但也没多大坏处，有他没他都行的那种。他认为这种变异可以被保存下来，而且是造成生物多样性的原因之一。这在一定程度上解释了一个疑问，那就是为什么所有的生物会彼此不同？而这个疑问是有根据的，因为达尔文相信所有的生物都有一个共同的祖先。
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论证所有生物具有共同祖先的一个重要的例子是胚胎发育，不同动物具有相似的胚胎阶段，似乎清楚地表明了它们有共同的祖先；而另一方面，胚胎发育过程又彼此不同，这有点令人费解，达尔文给出了解释，但仍然令人费解。不过反过来考虑一下是有点道理的，因为如果发育的过程也完全相同的话，那么生出来的就是同一种动物了。所以，胚胎发育过程的差异是造成物种多样性的一个有效途径，这种差异本应该是连续的，但毫无疑问，中间有些类型被大自然无情地淘汰掉了，所以出现了狗和猫这样明显不同的物种。
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达尔文的这一认识其实是建立在对相互隔离的海岛上的鸣雀的观察而得出的结论，大海的隔离使变种得以纯化并保存。可是在陆地上，动物们可以到处乱跑、胡搞乱搞，那么后代的形成机制就复杂得多了。达尔文没有解决这个问题，好在后来的综合达尔文主义者给出了漂亮的解决方案。
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在并没有大量化石证据的前提下，达尔文运用演绎的方法论证了生物的进化过程必然是逐渐的和连续的，他坚决不承认存在大的突变和变异，并用一句简洁的“自然界没有飞跃”来加以总结和强调。他对渐变论的过度强调导致了这一论点成为被攻击的要害部位。进化论继任者们也不得不费尽心力地寻找合适的理论来化解这些非难。好在，解释得也同样漂亮！
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那么，物种的这些逐渐的和连续的变化是有方向的吗？
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达尔文反对目的论，也不同意拉马克的观点，但因为遗传知识的缺乏，他对拉马克理论的认识有时是模糊的，导致他的态度也时有摇摆，对很多现象的解释其实是错上了拉马克的旧船。他不断地运用获得性遗传和用进废退原理来解决一些难题，被后来的新拉马克主义者引为知己，也直接造成定向进化理论唠叨不已废话不停。这与另外一个问题不同，达尔文与拉马克一样，承认“知识的遗传”。这一观点与后来的新拉马克主义有所暗合，也使新拉马克主义在人文方面的应用有了出奇的效果。
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在更多的例子中，达尔文坚决反对拉马克的解释。拉马克认为生物具有根据其内在的意志而不断进行自我完善的能力，比如马，从多趾向单蹄的演变就是一种完善的过程。这一过程也被部分现代古生物学家们不断地拿出来炫耀，以证明他们定向进化的观点。而达尔文不认为动物具有这种定向的自我完善的能力，这种变化倾向的出现只是自然选择不断保留有利变异的结果，整个淘汰过程的积累体现出了一种貌似定向进化的效果。
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达尔文也并不认为他已经解决了所有问题，他承认对于智力和一些复杂的人体构造的形成机制，还有待于进一步的探索。并且在文章最后，他特意提到了寒武纪物种大爆发的问题，说如果这一问题不能得到很好解决，将严重影响他理论的正确性。
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与以前的科学论著不同，此前培根（Francis Bacon）的归纳模式是科学界公认的模式，也就是要在实验的基础上大量采集资料，然后对资料进行总结归纳，得出一个简洁的结论，这就是新的知识。“知识就是力量”，这么漂亮的话就是培根提出来的。所以，培根的理论极具影响力，被认为是科学工作的基础。
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而归纳法有两条基本原则：一，做研究的时候不能有任何先入为主的概念，不应该有强烈的想要看到某种结果的欲望，甚至都不要去预测可能的结果；二，不要在资料不充分的时候就急着要得出一般的结论。
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而达尔文的理论，正是犯了培根的这两条大忌讳。
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达尔文采用的是假说演绎法，也就是先立一个假说，并在这个假说的基础上进行演绎，推出一些新的认识，然后去自然界寻找证据来证明这些认识，这样就验证了假说。这种研究模式在当时被认为是伪科学模式，所以也一直受到了各方的猛烈抨击，不过现在得到了平反，据说反而成了最具有说服力的方法。
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不管怎样，《物种起源》卖得很好。达尔文在自传中总结《物种起源》的成功原因时，并没有太多沾沾自喜，他认为主要应归功于文章写得很短，只是他原计划的一个精简的纲要，而这一变故又部分得益于华莱士的“逼宫”。一旦文章写得短，就只能选择一些有趣的事实来描写，然后导出应有的结论，这样全书看起来反而简洁流畅，更具可读性。达尔文还有点后怕，说假如这书按原本的规模来写，大概要多出四五倍的内容，太厚了，便极少有人会耐心地去读完这本书，影响自然也就一般般了。
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达尔文非常不满于一些人对他的成功而强加的指责。有人说《物种起源》的成功表明“这种思想本来是众所周知的”或“大家早就准备接受这种思想了”。这种说法让达尔文很受伤，他很委屈地辩解道：“我偶尔接触过一些自然科学家，碰巧没有一个像是怀疑物种不变的。甚至赖尔和胡克，虽然他们都乐于倾听我的观点，但他们似乎从来没有表示过赞同。我曾经向一些有才能的人一次或两次解释我的自然选择观念，但完全以失败告终。”
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这一辩白是在告诉大家，在这本书出版的时候，还有很多人，包括一些高水平的专家都不相信物种是变化的。因此，在自然选择理论的论证和宣传推广方面，《物种起源》绝对功不可没。
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当然，《物种起源》第一版时还面临着另一个批判，当时达尔文没有列出那些包括他祖父在内的进化理论的先驱者们，此种批判避开学术争论而摆出了道德姿态，把达尔文搞得很难看，后来不得不在第三版中加进了一个简要回顾，列出了三十多位学者有关生物进化的一些拉拉杂杂的观点。虽然仍被别人指来说去的，但总算挡住了一些口水。
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无论如何，《物种起源》出版了，并且成功地成为了社会的热点，各色人物怀着各种目的都在看这本书，他们给出的反应也当然各不相同。很多典型的反对意见将在后面陆续讨论到，这里先介绍一下中国人熟知的几位伟人对进化论的态度。
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唯物论者马克思和恩格斯以最快的速度阅读了达尔文的著作。马克思曾给恩格斯写信提到了这本书，说这本书虽然写得很粗率，文采一般，但为了阅读这本书，“粗率的英国式的阐述方式当然必须容忍”，因为它可以为唯物主义的观点提供必要的自然史方面的支持，并给自然科学中的“目的论”以致命的打击。
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江湖传说，马克思曾向达尔文题赠了《资本论》第二卷，不过为了压低马克思的地位，人们说达尔文拒绝了马克思的好意。可惜这个传说缺乏根据，因为达尔文收藏有一本马克思送给他的《资本论》。在扉页题字中，马克思称自己是达尔文的“真诚的钦慕者”。可惜的是，达尔文看不懂德语，所以并没有阅读此书。
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但马克思对进化论的社会价值仍抱着谨慎的态度，所以他反对把自然选择概念引入到社会主义学说中。这一点他和恩格斯的意见是一致的。
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《物种起源》出版不到一个月，1859年12月，恩格斯给马克思写信表扬达尔文写得好极了，是一本非常有意义的著作。恩格斯认为，这本书可以一举击倒目的论，“至今还从来没有过这样大规模地证明自然界的历史发展的尝试，而且还做得这样成功。”此后，恩格斯就在《自然辩证法》和《反杜林论》等著作中不停地提到达尔文的作品，并继续不吝给以高度评价。很明显，达尔文的进化论自然观对于计划建立一个无神论的政治体系的马恩等人来说，在理论上是极有帮助的。无论达尔文本人意愿如何，达尔文的理论本身无疑是共产主义者对抗有神论者的天然盟友。
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恩格斯在《自然辩证法》中正确指出：“不管这个理论在细节上还会有什么改变，但是总的说来，它现在已经把问题解答得令人再满意不过了。”“机体从少数简单形态到今天我们所看到的日益多样化和复杂化的形态，一直到人类为止的发展系列，基本上是确定了。”并且，恩格斯还从专业的角度展开了一些探讨。他认为：“由于过度繁殖的压力而发生的选择，在这里也许是最强的首先生存下来，但是最弱的在某些方面也能这样。”“由于对变化了的环境有较大适应能力而发生的选择，在这里生存下来的是更能适合这些环境的。但是，在这里这种适应总的说来可以是进化，也可以是退化，例如，对寄生生活的适应总是退化。”
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百科全书式的恩格斯用他那超级脑袋扫描《物种起源》时，也看到了其中存在的不足，恩格斯曾明确表示，他虽然同意进化论，但对于生存斗争和自然选择的意义仍持保留意见，他认为这一理论还很不完善，因为达尔文没有强调生物协作的重要性。恩格斯甚至极具专业眼光的指出：“达尔文在说到自然选择时，并没有考虑到引起单个个体变异的原因，也没有清楚地说明这种个体的偏离怎样逐渐成为一个品种、变种或种的特征。”虽然恩格斯不是生物学家，但毫无疑问，这个聪明的大胡子的判断是正确的。
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不过恩格斯也对达尔文的理论可能产生的副作用表达了严重的不满，他指责达尔文的“全部生存斗争学说，不过是把霍布斯一切人反对一切人的战争的学说和资产阶级经济学的竞争学说，以及马尔萨斯的人口论从社会搬到生物界而已”。“变完这个戏法以后，再把同一理论从有机界搬回历史，然后就断言仿佛已经证明这些理论具有人类社会的永恒规律的效力。”为此，恩格斯抨击达尔文“是蹩脚的自然科学家”。但这并不妨碍恩格斯把进化论与能量守恒定律、细胞学说并称为19世纪自然科学的三大发现。
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其实在这里，恩格斯表达了一种担心，对社会达尔文主义的担心，而事实证明，恩格斯的担心是完全有根据的，因为斯宾塞（Herbert Spencer）所提出的“社会达尔文主义”在当时已相当的有市场。斯宾塞们明确指出，穷人是社会中的“不适”者，应该被自然淘汰掉，所以政府不必施以救助。
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