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在这种气氛下，科学与宗教的冲突已不可避免。
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《物种起源》刚一出版，赫胥黎就写论文宣传和支持达尔文，并利用在皇家研究院演讲的机会公开支持进化论。而此时另一批人，比如威尔福伯斯（Samuel Wilberforce）已经开始和很多人一道写文章攻击达尔文了，动物学家欧文（Richard Owen）更是发表了一篇言辞激烈的论文对达尔文大加鞭挞，在剑桥哲学学会上对达尔文众口交攻，唾沫喷了一会场。达尔文根本没有还手之力。
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欧文虽然长得很丑而且生性冷漠，但这并不妨碍他成为著名的动物学家和地质学家。他自小痴迷于动物解剖，并为此而享有盛名，一共发表了六百多篇解剖学论文，其学术成就与名重一时的居维叶有的一拼。正是他发现了始祖鸟，也正是他把一种大家都没见过的化石命名为“恐龙”，出版有经典巨著《论脊椎动物解剖学》及其他一大批专业作品。可惜这个人的道德品质并不能如其学术成就那样让人尊敬，经常做一些迫害同事及偷窃别人研究成果的工作，大大削弱了他作为一个重要学者的影响力。
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但对他影响更大的，恐怕还是与赫胥黎的论战。
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那时，赫胥黎开始实践自己要为达尔文做斗犬的诺言，他开始针对性地写反驳文章，但这种缺乏当面交锋的论战缺少火花与激情，很快被人遗忘。
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正面交锋的机会终于来了，1860年6月27日，英国科学促进会年会在牛津召开，开会第二天，在动植物组分会场上，赫胥黎开始对欧文发难。因为欧文声称，通过解剖学研究发现，大猩猩的大脑与人的大脑之间的差别很大，超过了大猩猩与其他动物的差别，也就是说，不应该把万灵之长的人和这些低等动物放到平起平坐的位子上加以比较。这一说法令赫胥黎很不开心，赫胥黎相信猩脑与人脑之间的差距不大，是两个非常接近的物种，这一观点支持达尔文的理论。
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所以赫胥黎接下来毫不客气地回击了欧文，这个家伙用非常不礼貌的语气嘲笑欧文说：“即使我能证明大猩猩是他们的祖先，他们也不会害怕。”
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这次会后的一年多时间内，他们关于这个问题的争斗仍在继续。欧文提出了一个解剖学上的证据来证明人的优越性，即人的大脑中有一个重要的结构——小小的海马状的回转部位，称为海马回；而在黑猩猩和大猩猩的脑中则没有这个结构。这一区别可以充分说明人的独特性，并证明人与猿之间在结构上不存在所谓连续性。所以人不是猿进化而来的产物，人类大可为此而感到骄傲。
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赫胥黎正在写作专著《人在自然中位置的依据》，他有足够强大的资料表明，所有的猿都有海马回，人脑和猿脑之间存在明显的连续性。这场争论曾引起全英国的关注，后来终以赫胥黎获得全面胜利而告终。当有人劝赫胥黎对欧文进一步攻击以把他的理论全部打倒时，赫胥黎感叹说：“我们的生命太短了，不能将已经杀掉的再杀一遍。”
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其实这两个人一直就是宿敌，正是赫胥黎把欧文从英国动物学会和皇家学会委员会中用投票的方式挤了出去。后来欧文只好放弃科研工作，去大英博物馆自然史部上班，并为创建伦敦自然史博物馆付出了大量努力。在做好博物馆工作的同时，他没有忘记对老对手的嘲笑和报复，他四处游说批驳达尔文的理论，并强烈反对为达尔文和赫胥黎修建雕像。当自然博物馆不得不摆上这两个人的雕像时，无可奈何的欧文只好在雕像的摆放上做了点手脚。在他的地盘上他有这个权力，他把自己的雕像放在博物馆大厅最显要的位置，而达尔文和赫胥黎的雕像则被摆在博物馆开设的咖啡店里，整天脸色严肃地看着那些啃面包喝咖啡的客人们。
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这次会议上，欧文只一个回合就很快败下阵来。第二个出场的就是牛津教区主教威尔伯福斯，因为善于论辩，人称外号“油滑的山姆”。
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在会前，欧文就和主教商议好，要借这次机会把生物进化理论彻底从生物学界清除出去。这个消息早就传了出去，温和的达尔文可能预见到了这场争吵，所以没有出席会议。据传本来赫胥黎也不想出席此次会议的，他怕受到那些虔诚的教士们无休止的攻击，是在胡克的劝说下才披挂出征的。
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科学大会还在继续。
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会议进行到第四天的时候，越来越多的听众赶来听动植物组的讨论。这些人大致都是有目的而来的，他们估计到这次会议上会有人操事，所以看热闹的人比科学家多一些，先后来了大约七百多人，小会场坐不下了，于是搬到新落成的牛津博物馆继续开会。
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当几位科学家读完自己的报告以后，威尔福伯斯主教站了起来，主教长期滔滔不绝地教育信徒，已练成了一副辞藻华丽的好口才，而且他精通数学，也略通地质学和鸟类学，是当时英国科学促进会的副会长。为了维护正统的教义，主教以非常轻蔑的语气谈起了进化论，猛烈攻击达尔文的学说以及达尔文的朋友。
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主教发言的详细内容现在已不得而知，据各方考证及当事者回忆，主要观点与他此次会议之前在1860年7月《评论季刊》上发表的一篇论文内容相差不大。在这篇很长的文章中，主教列举了达尔文的主要论点，然后指出达尔文所用的演绎方法是不科学的，他还是相信培根的科学方法论：“我们是归纳哲学的忠实学生，不会因任何荒诞的结论而从中退缩。”主教举例说，“牛顿是因为受到苹果下落而发现了天体运行的规律的话，如果达尔文也能采用这种精确的推理方式向我们证明人类与动物的血缘关系，我们将相信他的理论，并自甘与动物界平起平坐，从心里摒弃我们的自豪感。甚至，我们可以进一步承认，我们与地上生长的蘑菇也有一定的亲缘关系。”
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但是，现在达尔文采用的却是用“异想天开的幻想”来代替“严格的逻辑推理”，所以他得出的结论我们坚决反对。
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主教还运用自己的生物学知识举例证明物种是不变的，他非常有信心地告诉在座的听众们，野鸽总是野鸽，家鸡不会变成凤凰。达尔文物种进化的理论从根本上是不可理解的，那只是一个以“最大胆的假设为基础的纯粹假说”。
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为了更有说服力，主教一一列举了《物种起源》中十处最具猜测性的段落，然后严正表明了自己的态度，主教告诉大家：“我们对达尔文理论的反对，是在严肃科学的基础上进行的。达尔文如果要让我们相信，他的论点就必须接受真伪的检验。”
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主教还认为，已有的事实并不能确保这一理论的正确性，所以从根本上来说，这是一个毫无根据的假设。它既违背科学精神又与人类的利益相对立。
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令主教大人高兴的是，当时的一些最著名的科学家也站在主教的一边批评达尔文的理论，比如前面提到的开尔文和麦克斯韦等人，还有塞奇威克及达尔文的导师享斯罗。而这次会议正是享斯罗主持的，这让主教大人的腰杆硬了很多。
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威尔福伯斯主教采取了一个聪明的策略，他没有借助上帝来打击达尔文，而是试图从科学方法论上踩死进化论，这更符合他作为一个科学协会副会长的身份，也可以给听众造成可以信赖的感觉。此后的神创论者不断拾起他们祖师爷传下的这一秘制绝招，从科学中寻找力量来打击科学，奋力要把达尔文推下圣坛。他们天真地认为，只要进化论被打倒，神创论就可以雄霸天下了。似乎在他们的眼里，根本视佛教和穆斯林等其他众神为无物。
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虽然威尔福伯斯的演讲引人入胜，但是他做了一件不该做的蠢事。演讲快结束的时候，他转向了在座的赫胥黎，用挑衅的语气道：“听说赫胥黎教授曾说过，你不在乎一个人的祖先是不是大猩猩。当然，如果这位博学的教授是在说你自己的话，我们便不反对。”接着，威尔福伯斯主教又加了一句：“那个声称人与猴子有血缘关系的人，究竟是他的祖父还是祖母，还是从猴子变过来的呢？”
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参加会议的胡克事后回忆说：“赫胥黎勇敢地应战了，那是一场激烈的争论。”
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据说赫胥黎在回应以前，先是对身旁的一位朋友说：“感激上帝把他交到了我的手上！”接着就冷静地站起来，大步走向讲台，先从专业角度反驳了主教大人所介绍的肤浅而可怜的生物学知识。赫胥黎坚决反对只把生物进化理论当作一种假设。他指出，达尔文的学说是对事实的解释，《物种起源》中也列举了大量事实，虽然这一理论还需要进一步完善，但已是目前为止对物种问题的最好解释。他不是完美的科学理论，但确实是科学理论。
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