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赫胥黎坚信，达尔文采用的研究方法不仅严格地符合科学逻辑的标准，而且也是唯一合理的方法。那就是，通过观察和实验发现大量事实，然后在这些事实基础上进行推理，并得出结论，最后再把结论和自然界中观察到的事实进行比较，以检验这一理论的正确性。
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这一辩论正是针对主教对达尔文研究方法的指责而发，有力地回击了主教的批评。
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赫胥黎最后语气坚决地总结说：“我声明，我再次声明，一个人，没有理由因为可能有一个大猩猩祖先而感到羞耻。真正应该羞耻的是，他的祖先是这样的一个人，他不是利用他的聪明才智在自己的领域去获得成功，而是利用他口若悬河的言辞、偷梁换柱的雄辩和求助于宗教偏见的娴熟技巧来分散听众的注意力，借以干涉他自己不懂的科学问题。”
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因为双方用词激烈，唾沫横飞，台下观众也情绪激昂，会场充满了暴躁的气氛。因为场面过于紧张火爆，一位布劳斯特太太当场被吓晕了过去，她实在想不到这些平日里文质彬彬的科学家和素有修养的主教也会如此地刻薄相向。
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当时还有一个人，就是“贝格尔”号船长罗伊也在座。这个性情激动的家伙因为把达尔文带上了船而对上帝怀有深深的忏悔情绪，但又对科学一窍不通，只相信《圣经》上的每一句话都是不折不扣的真理，所以也说不出什么名堂来，只是大步走向讲台，泪雨纷飞地指控《物种起源》给自己带来的深切痛苦，并请在座的各位和他一道将达尔文的理论驱出科学论坛，打倒在地，再唾上一口唾沫。不过听众们并不买他的账，一时间台下嘘声四起，硬是将他轰下了台。罗伊别无他法，只好脸色赤红地高举着《圣经》大喊大叫：“这本书，这本书！”此外再也讲不出什么别的话来。
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后来罗伊船长因心情郁闷而自杀身亡，与此次打击不无关系。
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此次论战后，达尔文也作出了反应。不知是出于什么样的考虑，达尔文竟然认为赫胥黎对主教的反击“似乎是一次彻底的失败”。是不是因为赫胥黎没能把主教挑出来的那十个疑问给化解掉呢？达尔文在给胡克的信中承认主教的辩论技巧非常老道，是一个聪明的对手。以至于他不得不抽时间把主教指出的那些推测部分一一找出来重新加以审订，以确认不再给对手留下把柄。
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纵观整个论战过程，可以发现一个有趣的表象。人们一贯认为这是一场科学与宗教的斗争，似乎这个理解是所偏差的。因为威尔福伯斯虽然是主教身份，但他打出的牌却是科学方法论，他利用的是他另一个身份，也就是英国科学促进会的副会长的身份对达尔文的理论提出挑战的。而赫胥黎也针对性地进行了回击。赫胥黎战胜威尔福伯斯，某种意义上说，貌似是一种科学范式战胜另一种科学范式的口水故事。科学哲学家拉塞尔（Colin Russell）曾就此总结说：“19世纪末在英国发展起来的科学与宗教的敌对关系，与其说是由科学事实对神学和有组织的宗教的威胁引起的，不如说是由新一代知识分子如何认识文化的领导地位问题引起的。”他们认为这是一场争夺科学利益和权力的战争。
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但在场的胡克的评价却是：“著名的1860年牛津会议，在赫胥黎的生涯中占有相当重要的地位。那不只是一个解剖学家反驳另一个解剖学家，也不是关于事实证据和抽象论断的论战，而是个人之间的才智之战，是科学与教会之间的公开冲突。”
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实质也正是如此，“牛津大战”确实是如假包换的科学战胜宗教的里程碑。因为威尔福伯斯主教身披的外衣虽然不同，但他想要打倒达尔文理论的本质目的却正是为了维护上帝的权威和教义的正统。他虽然没有把上帝请出来直接参战，只能说明他的手法是高明的，也是在那种场合下比较合适的方案，因为那毕竟是一场科学大会。
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经过这场论战，教会在科学界的影响急剧下降。1865年前三十年间，先后有四十一位教士担任英国科学促进会各五个专业委员会主席；而在1865年后三十多年间，只有区区三人占有了这些位子。
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这种影响还在继续，到了1996年，罗马教皇保罗二世（John Paul Ⅱ）致信教廷科学院全体会议，明确表示：“信仰并不反对生物进化论”，“新知识使人们承认，进化论不仅仅是一种假设”。对达尔文来说，这是一个迟到的声明，一百多年后，战争终于在对手那里分出了胜负。
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所以，达尔文研究专家摩尔（James Moore）以夸张的笔调称，这是继滑铁卢战役之后十九世纪最著名的战争。
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这场论战虽然以进化论大获全胜而告终，而且也在普通读者中造成了这样一种印象：科学是正确的，宗教是保守的，进化论是可以相信的。人们欢呼科学的胜利，希望科学能满足他们更多的好奇心。但此次论战隐约间提出的一个问题却摆在了所有人面前：既然生物是进化而来的，那么人是怎么来的？难道真的也是进化出来的？或者还是上帝情有独钟的手工制造产物？
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我们万能的人类，在生物界应该坐第几把交椅呢？
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这一次，轮到进化论内部吵成一团了。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 赫胥黎：根据解剖学研究，人类与大猩猩和黑猩猩等灵长类动物存在密切关系。换句话说，人类是从动物进化而来。
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女教徒：我的天啦，这是真的吗？
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赫胥黎：根据我们的研究，这确是真的。
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女教徒：让我们向上帝祈祷这不是真的。
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赫胥黎：很不幸，夫人，我不能骗您，也不能骗自己。
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女教徒：上帝！如果真是这样，我们希望没有更多的人知道这件事情！
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赫胥黎：……
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