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也有的观点认为，其实宏观进化并不排斥微观进化，跳跃性的突变也仍然是在基因的微小突变的基础上进行的，只不过表现得比较激烈一点而已。所以，宏观进化与微观进化这两种表述并不是根本的不同，而只是观察视野的不同。
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但经典的达尔文主义者对宏观进化的提法非常不满，仍然坚信进化只能是一点点微观进化积累的结果。把宏观进化和微观进化掺和到一起，是瞒天过海的欺人做法。正如要步行去千里之外，需要靠一步步地走过去，最后的结果虽然显示目的地离出发地很远，但那只是假象，是缺少中间环节带来的假象。如果有人用摄像机一步步地拍下步行的过程，当然就不会产生这种显得很突然的假象。只可惜，化石没有保存下来每一步的变化，我们只看到了结果。
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综合进化论把微观进化和宏观进化调和了起来，把微观进化看作是进化的基础。当很多微观进化汇集起来时，结果就表现为宏观进化。
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但是，这种调和其实并没有真正地起作用，部分微观进化论者和宏观进化论者之间仍存在尖锐的对立情绪。包括古尔德在内的支持宏观进化的学者们相信，微观进化其实是非常微不足道的过程，对于物种进化并没有实质性意义：一条母狗生下小狗，每一代之间都会有微观的变异，但那仍是狗，根本不会有变成猪的可能。只有宏观进化才有形成新种的可能，这种变化是跳跃的、巨大的，所以也有着与微观进化完全不同的生物学机制。因此，宏观进化应该是一种独立的现象，并不是微观进化的表现形式。
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微观进化论者当然不同意这种看法，他们指出微观进化的速度是变化的，有时很慢，有时也很快。这一切都与环境的变化有关。当速度很快时，很可能就会表现出宏观进化的样子来。微观进化论者甚至用非常有力的论证表明，只需要通过微观进化，从一只小鼠进化到大象这样的庞然大物，大致只需要一万年就足够了。而这在地质上的表现，只不过是弹指一挥间而已。
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宏观进化论者们还有一个麻烦就是，他们需要大突变来制造大进化，但如何才能产生所谓大突变呢？从生物学角度来看，特别是从基因层次来看，大突变还有重要的生物学意义，这是不可想象和不可理解的事情，谁都知道从一堆洗乱的牌里随机摸出一副同花顺是多么困难的事情。更困难的是，生物是一个协调的有机体，局部的改变必须有其他器官的配合才会有真正的意义，一个光秃秃的没有羽毛的翅膀只适合作烤翅，而不适合飞行；有翅膀有羽毛却拖着一双厚实的大腿，同样也飞不起来。整体性的大突变，实在是难比登天！
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宏观进化论者针对这种责难，公然提出了有名的“有希望的怪物”理论以与综合进化论进行对抗。他们认为始祖鸟就是一头卓尔不群的“有希望的怪物”，后来成了鸟类的祖先。同时，宏观进化论者还反问微观论者，如果所有器官都是一点点渐变出来的，那么请问，一双短短的没有长全的还不足以飞起来的半截翅膀又能有什么用处？
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与此相关的争吵至今仍很激烈。从基因层次来看，是有可能发生大突变的，HOX基因就是一个重要的例证。人与黑猩猩的各种蛋白质大多结构差不多，只有不到百分之一的不同，而这一丁点的不同却造成了人和黑猩猩如此严重的差别，似乎充分说明有某种重要的发育调控基因存在，这些发育调控基因的突变将会是大突变的基础。
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可是，就算这种大突变真的存在，那么，它所产生的那头绝无仅有的“有希望的怪物”又到哪里寻找心上人去洞房花烛呢？找不到可以般配的心上人当然就意味着绝后，这只怪物的希望何在？它只能在“拔剑四顾心茫然”之后悲惨地化为尘土，然后随风而逝，再也不见踪迹。
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看来这个难题一时还找不到更好的解释。
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1947年，遗传学、分类学和古生物学共同问题委员会在普林斯顿成立，该委员会有三十多位学术权威组成，各来自生物学的不同领域。在这次牛人云集的科学大会上，清晰地表达了这样一句话：自然选择是一切适应性进化的机制。
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1959年11月，西方召开了一个生物学界纪念《物种起源》出版100周年的庆祝大会，综合进化论得到了全面认可，自然选择学说也取得了全面胜利。
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迈尔曾对综合进化论有过总结性的论述：这是《物种起源》问世以来，进化论研究史上最重要的事件。进化论综合虽然不是一场革命，但显而易见它是达尔文进化论的最后成熟。他满怀信心地指出：进化生物学与生态学、行为生物学、分子生物学的结合，提出了无穷无尽的新问题。然而，需要强调的是，任何新的发现都不可能对综合进化论的基本理论框架有突破性的打击。
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事实上，与进化论上所有的争论情况相似，综合进化论并没有彻底解决所有争论，包括宏观进化和微观进化之间的问题，没有一方能完全说服另一方。争论仍将继续，进化论的综合也没有如迈尔所说的最后完成。威尔逊就认为它还需要一次新的综合，那就是社会生物学的话题了。
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当综合进化论正努力前行时，几乎与此同时，另一个争论也浮出了水面，即自然选择发生在何种层次上的？是群体水平，个体水平，还是基因水平？
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这当然又是一个难题。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 好像还是出现了新的问题：自然选择是正确的，可是自然选择的对象是什么呢？是群体，是个体，还是基因？
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爱德华兹：当然是群体了。
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威廉斯：群体是没有必要的，应该是个体。
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古尔德：我也支持个体理论。
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道金斯：开什么玩笑，应该是基因才对。
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迈尔：你才开玩笑，基因选择理论应该被扔进垃圾堆。
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达尔文：我又晕了，你们说的我都不懂……
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