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事实上，与进化论上所有的争论情况相似，综合进化论并没有彻底解决所有争论，包括宏观进化和微观进化之间的问题，没有一方能完全说服另一方。争论仍将继续，进化论的综合也没有如迈尔所说的最后完成。威尔逊就认为它还需要一次新的综合，那就是社会生物学的话题了。
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当综合进化论正努力前行时，几乎与此同时，另一个争论也浮出了水面，即自然选择发生在何种层次上的？是群体水平，个体水平，还是基因水平？
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这当然又是一个难题。
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进化！进化？：达尔文背后的战争 好像还是出现了新的问题：自然选择是正确的，可是自然选择的对象是什么呢？是群体，是个体，还是基因？
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爱德华兹：当然是群体了。
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威廉斯：群体是没有必要的，应该是个体。
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古尔德：我也支持个体理论。
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道金斯：开什么玩笑，应该是基因才对。
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迈尔：你才开玩笑，基因选择理论应该被扔进垃圾堆。
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达尔文：我又晕了，你们说的我都不懂……
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16 自然选择的对象，个体？群体？还是基因？
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综合进化论是一个平台，在这个平台上，进化论研究得以舒服地、理直气壮地向前迈进。但与此同时，进化论内部仍然因为自然选择的适用范围和作用对象等问题而发起一轮又一轮新的争论。这些争论排除了神学的干扰，常常是发生在进化论大师之间的较量，充满了理性与智慧，因而也显得分外迷人。其中的群体选择理论、个体选择理论和基因选择理论的斗争，正是一个经典的例子。
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有学者指出，群体选择问题是过去进化论争论的引擎，经过这一场争论，进化论大大向前发展了。
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真理越辩越明，似乎正是如此。
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群体选择就是以群体为单位的自然选择。在这里，自然选择作用的对象不是稀稀落落毫无组织的个体，而是一个个群体。这个群体一般指由某一种生物构成的一群，比如狮子。群体选择往往也就是集体性生存竞争。非洲草原上一群群的狮子之间存在的领地竞争是赤裸裸的你死我活的斗争，一个群体如果被外来者击破，这个群体内的几乎所有个体都要面临灭顶之灾。当某一个不知名群体中的最后一只小狮子被咬死以后，尽管还可能保留几头苟活于世的徐娘半老的母狮子，但作为群体，这是一群被淘汰的失败者。
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前文已经提到过，爱德华兹于1962年为了解释利他行为而率先提出了群体选择理论。爱德华兹认为，自然选择的对象是群体而不是个体。为了群体的延续和发展壮大，其中的个体往往会放弃自身的利益，特别是生殖的欲望，从而为所在的群体谋取最大福利。狮群里的每一头狮子都应该为了群体的利益作出自己的一份贡献，甚至克制住生殖的欲望。我们也曾听过这样一种广泛传播的说法，草原上的狼群在个体数量锐减的时候，母狼会毫不犹豫地提高自己的生殖能力，以确保群体数量保持在一定的水平线上。这些行为，似乎都是为群体的利益考虑的。
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个体为了群体而奋斗甚至牺牲，这种说法对于人类社会相当有吸引力，特别是对于那些富有煽动力的政治家来说，更是意义非凡。天下兴亡，匹夫有责。热血男儿会在保家卫国的号召下勇敢地奔向前线，他们似乎都在为国家这个群体付出自己的一份鲜血。文学作品中的英雄形象也总能让人热血沸腾神情激扬，叛徒卖国贼永远是人们口诛笔伐的对象。
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有些民族有一些特殊的习俗，北极的爱斯基摩人在更换居住点的时候，老人们为了不拖累部落的迁移，往往会主动留在原居住点静等着死亡来临。这些老人在用自己的牺牲来保全部落的利益。
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群体选择理论似乎首先在人类社会得到验证。
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然而这只是一种假象，一种真实而动人的假象。此前群体选择论者们手里还有一个类似的动人故事。据说成年的雄狒狒在遇见豹子进攻的时候会挺身而出以保护自己的群体。但更精确的观察表明，其实这个故事并不可靠。一旦豹子出现，成年雄狒狒总是第一个溜之大吉。从个体和基因两个层次所展开的选择理论已经把群体选择理论驳得体无完肤，现在只剩一个空壳概念被人文学家们死死抱住不放；而在生物学界，则早已失去了往日的光辉。
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首先，作为一种科学理论，“群体”的概念就是不合格的。这是一个非常模糊的概念，它的个体可多可少，所占的地盘也可大可小，竞争的范围有时也超出了很多界限。一群斑马为了生存会不停地奔波，群体也时聚时散，个体成员在不断地变换。面对危险时，仍然会一如既往地精诚团结，与围攻的狮子大战一场。而在另一个战场，则有可能换了一批成员面对另一些敌人比如猎豹的威胁，甚至在丑陋的鬣狗面前也不敢掉以轻心。这样，我们就很难给出一个斑马群体的准确信息。建立在模糊概念之上的群体选择理论就不得不面对许多责难。
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大部分进化论者仍然追随达尔文的经典认识，认为自然选择作用的对象应该是个体，而不是群体。如果个体为了集体的利益而牺牲自己的利益，自私自利者就会坐享其成。久而久之，那些品行优秀的个体就会被淘汰掉，或者蜕变为自私者。在这种逻辑上说，群体选择理论是行不通的。
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在爱德华兹提出群体选择理论仅四年后，美国生物学家威廉斯（George Williams）于1966年出版《适应性与自然选择》一书，对群体选择理论予以全面驳斥，并综合此前对基因的研究成果，提出了基因选择理论。这本书于1996年再版时，已经加进了很多新的研究进展，对群体选择理论的反击显得更为强劲。
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