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换句话说，身体只不过是基因盲目制造出来的奴隶。
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所以，道金斯明确指出：“选择的基本单位，即自私的基本单位，不是物种，不是种群，严格地说，也不是个体，而是遗传的基本单位——基因。”“身体不是合适的选择单位，身体只不过是基因识别自己拷贝的地方，身体的作用仅仅是保存基因的拷贝和制造更多的拷贝。基因并不在意哪个身体碰巧是它暂时的家。”
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基因选择论的成功并不只是因为《自私的基因》一书的通俗易懂，而是因为这一理论受到了大量生物学新成果的支持，人们可以直接在基因水平上发现很多自私现象。1983年的诺贝尔生理学奖奖给了玉米转座子的发现者。这种转座子，其实是一段可移动的基因，它可以在染色体上来回乱跑，也可以从一条染色体跳到另一条染色体上，从而改变了玉米的某些性状。转座子每到一个新的位置，都会对当地的基因功能造成一定的影响；当它离开的时候，又会把附近的一些基因一同带走。这是典型的唯我独尊的自私行为。还有一种转座子的行为更为恶劣，它本身并不移动，但是却利用逆转录的手法复制大量相同序列插入到其他部位去，从而在染色体上增加自身的拷贝数量。
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病毒也被看成是一种自私的基因分子。它们侵入细胞以后，会利用细胞中的一切可利用手段来为自己服务，然后大量复制自己。当宿主条件还不错的时候，病毒一般不会发作，它们会舒服地生活在宿主的细胞里，过着衣食无忧的天堂般的生活，这就是潜伏期。一旦宿主的身体状况发生改变，比如营养跟不上，或者健康状况下降，或者年老体衰，不能为病毒提供足够的能量和优越的环境，病毒就会设法离开而寻找新的居住地，这就是病毒发作了。所以，感染了乙肝病毒或艾滋病毒的患者，如果要推迟恶性发作期，首先一条是要保证患者的营养跟得上。患者吃得好，病毒也就吃得好，吃得好脾气当然就好，也就不好意思随意发作了。
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分子生物学的研究使基因选择论的风头压倒了个体选择论。自私的基因这种说法得到迅速传播，成为个体选择理论最有力的对手。而且，个体选择论本身也有一个严重的内伤，那就是，一些有利于生殖的性状，往往是不利于生存的性状。这已被实验所证实。且不说人类的纵欲伤身的传统说教，在小鼠身上也清楚地证明交配次数和寿命是成反比的。
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当然，这并不表明禁欲者可以长生不老。
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这个内伤其实是达尔文自己早年提出来的一对矛盾，那就是性选择和自然选择是矛盾的。
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但这并不是说个体选择论者就可以束手就擒了。
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哈佛大学古尔德在美国是一位大众耳熟能详的杰出的进化生物学家，更是一位著名的科普大师。特别是他的科普写作，总能深入浅出地用轻松的文笔讲解复杂的科学道理，涉及面极为博杂，旁征博引且文笔优美，是科学散文写作的经典代表，他被美国国会图书馆列为“在世传奇人物”。他浩大的学术专著《进化理论的结构》则是对进化理论进行的一次集大成式的梳理和总结。在该书中，他对社会生物学和群体选择理论及自私的基因都进行了详细分析和反驳，从而坚持了经典的个体选择学说。2002年，古尔德因患癌症去世，此前他已与癌症战斗了几十年，此间从没有停止研究和写作，这是另一种传奇。
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古尔德是个体选择理论的强力支持者，他对群体选择理论和基因选择理论都进行了严厉抨击。此外他还写下大量科普作品，对这两种理论进行了无情的嘲笑。
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古尔德是犹太人，这一民族性质决定了他不能像道金斯那样彻底摆脱宗教信仰的影响。道金斯是一位决绝的无神论者，不惜利用一切场合与有神论进行激烈地辩论，所以被看作是一位好战的学者，甚至被比作达尔文的新斗犬。而古尔德相信科学与宗教是能够共存的，两者所在领域不同，原本可以互不干涉和谐共存。两者之所以经常发生冲突，是因为一方总想证明另一方是错误的。其实，科学本不需宗教承认，而宗教又无法被科学所证明。相互吵下去，只会永无安静之日。
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很少有人知道，古尔德还是一位马克思主义者，特别推崇恩格斯和他的《劳动在从猿到人转变过程中的作用》。古尔德批评西方不应因苏联的错误而否定恩格斯的自然辩证法。他支持哈佛大学的反对越战的示威活动，并多次参加游行示威，甚至与警察发生冲突。而那时，他已经是哈佛大学的助理教授了。古尔德是“科学为人民”组织的成员，这是一个由反战组织演变而来的激进团体，坚决反对种族隔离和性别歧视，也正因为这一立场，导致了古尔德与另一进化论大师威尔逊的激烈争论。这是下一章内容。
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因为群体选择理论已是江河日下，所以古尔德坚持的个体选择理论面对的挑战主要来自基因选择论。特别是道金斯的《自私的基因》出版以后，这一理论传播很快，也很得人心，从而成为古尔德的头号敌人。
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古尔德指出，基因选择理论把鸡看成是一只鸡蛋造成另一只鸡蛋的通道，那只鸡只是一个无足轻重的工具。基因就是这样的鸡蛋，而动物体或植物体，甚至是人，都只不过是基因制造更多基因的工具。个体是速朽的，而基因是永生的。这种说法虽然简洁通俗，但是不能让人满意。
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古尔德认为，他找到了自私的基因理论最致命的缺陷：因为自然无法对基因直接施加影响，用一句比喻来说，就是自然无法“看见”基因，所有的基因都戴着厚厚的面纱深藏在身体之中，而自然接触的只是身体。所以，选择的也只能是身体。如果自然要决定某一基因的去留，也只能以身体作为中介来进行。
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古尔德进一步指出，无论基因的功能多么强大，自私的意愿是多么的裸露，但那仍只是存在于细胞中的一小段DNA而已。自然选择的对象只能是身体。因为身体更强壮，或外貌对异性更有吸引力，以及诸如此类的因素综合起来，才使得身体被自然选择所保存下来。然而，身体的这些特征，比如英俊的相貌，并不是某个基因单独的产物，身体特征和基因之间不存在一一对应的关系。某一特征很可能是由成百上千个基因合作的成果，你让自然选谁不选谁好呢？并且，有的基因的影响是要通过外界环境的作用才能表现出来的。同样一套基因，在一个环境中会长成一副模样，在另一个环境中可能又是另外一副模样。比如鳝鱼，甚至连性别都受到环境的影响，随着水温的不同，可能会长成雄性，也可能会长成雌性。这些都表明，基因对身体的控制力在某些方面是相当有限的。不同环境下长成的身体会接受不同的自然选择，结果自然也不同；而根据基因选择论，它们被选择的结果应该是相同的，因为它们的基因相同。
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另外，自然选择应该是一个身体的整体，而不是身体的各个部分。一个人如果有两条擅长奔跑的腿，但脑部的运动神经却发育不良，那么，控制优秀的腿的基因就不会受到自然选择的青睐，它会随着这个身体的其他基因一道而被淘汰掉。所以单个的基因是无法谈及适应与否的，只能把所有的基因放到一起，让它们相互作用，然后产生一个总体的效果——身体以后，对自然的适应才有意义。
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所以，古尔德得出结论，单独地看每个基因的自私性是没有道理的，基因必须与其他基因合作，并协调一致，这才有可能达到自己的目的。然而，所有基因协调一致的通力合作的结果，那就是一个身体。因此，自然选择只能发生在个体水平上，而不是基因水平上。
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现在已发现，真核细胞内存在大量不表达成蛋白质的所谓假基因，也有大量不断重复的序列，有的基因根本看不出有任何功能，但它们也随着其他基因一代代地向下传递。如果自然会在基因之间作出选择的话，那么，这些无用基因何以得到保存呢？如果只把它们看作是基因水平的寄生虫，则未免太过拟人化。
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细胞内的基因成分的复杂程度与生物进化速度呈负相关，基因越多的生物似乎进化得越慢，其中大量不表达蛋白的基因到底起到了什么作用，仍有待进一步研究，就此给它们戴上一个自私的和寄生的帽子，显得有些唐突和失之公允。
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当然，个体选择理论也有自己的困难。当“优胜劣汰”和“适者生存”这样熟悉的经典词汇被一再提起时，其实是在清楚地表达一种信念：自然选择是发生在个体水平上的。个体是适应的，它就会生存下去，并且繁殖；否则就是不适应的，就会被自然所淘汰。这种经典的表述正是达尔文自己的意思。
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这种表述也要面对好几个非难，其中一个难以回答的问题就是：到底什么是适者？有标准吗？个体成功的标志到底是什么？让刘翔、乔丹和布勃卡这三个飞人在一起比优劣，很难说哪个飞人更优秀些。标准不同，将会得出不同的结果。那么谁才是真正的适者？
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从逻辑上来说，同类的东西才有可比性，狮子和老虎就不适合拿到一起比较。同理，内蒙古草原上的兔子和山东庄稼地里的兔子也不能硬被扔在一起强行比较。这是一个很棘手的问题，无论如何处理，总会有大大小小的漏洞出现。因此，也造成了几乎所有人给出的答案都会受到其他人的白眼这一难堪的局面。
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有人认为，生活得越好的个体就越优秀，这种说法用人为例来进行论证是再适合不过了。白领阶层大致是生活得比民工要好，似乎人们也认为白领要比民工优秀。如果再追问一句，吃得好住得好穿得好用得好就是优秀吗？为什么？这似乎就很难再给出更好的答案了。你吃山珍海味，我整天吃糠咽菜；你绫罗绸缎，我粗布麻衣；你高楼大厦，我陋室一间，这又怎么样？我们都活下来了，谁比谁次了？
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有两类兔子，也是解答这个问题的好例子。一类兔子注重生活质量，比较贪嘴，看到有鲜嫩的草就埋头死吃，根本不理会周围的动静，这种没出息的兔子无疑吃得是比较爽的那一种，只可惜很容易在正吃得心满意足的时候被捕食者猎杀。另一类兔子比较机警，会一边吃草一边竖起耳朵保持高度警惕，不时地还会抬起头来四处张望。这类兔子在单位时间内抢到嘴里的草料当然比不上第一类兔子，但是在危机四伏的原野，警惕的兔子活下去的机会肯定会大一些。
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