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整体主义者倾向于在整体水平上理解事物本质，因为整体大于部分之和，各个小的部分有机结合在一起形成一个整体时，将会出现新的性质。比如众多的细胞结合在一起形成一个人时，就有了很多单个细胞所没有的能力。物理世界同样如此，单个的零件是没有重要意义的，但组合在一起就可能变成一架翱翔蓝天的飞机。
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古尔德就是整体主义者，他坚信生物并不是基因的堆积物。生物的各个部分以复杂的方式相互作用，是基因的协调作用产生的。这种作用受环境的影响，并转化成看不见和看得见的部分。所以，只从基因水平上理解生物是不全面的。他很自信地对读者说：我对于整体的直觉可能是一种生物学的真理。
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元老级人物迈尔也指出，还原主义并不完善，高层次会出现新的不能被低层次预测的特征。因此，对复杂系统的研究必须在每个层次上进行。
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然而在整体论和还原论的较量中，特别是在分子生物学大行其道的年代，还原论一次次地宣称他们取得了胜利。这种情况，可能还会持续相当一段时间，直到对低层次的，如基因水平的研究已经非常完备的时候，还原论者或许会发现有很多现象在基因水平得不到应有的解释，那时整体论可能会卷土重来。
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1999年12月，威尔逊在《社会生物学》再版时，写下一篇《世纪之交的社会生物学》，对还原论问题作出了一种解释，他拒绝承认《社会生物学》中采用了严格的还原论，其实应该是相互作用论。威尔逊表示他自己很重视整体论，并且从来没有认为控制人类行为的方式和控制动物本能的方式一样，其间应该存在文化的影响。
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这或许是他作出某种退让的意思吧。
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平心而论，威尔逊并不是一个不负责任的科学家。我们应该承认，随着生物学的发展，特别是分子生物学的迅速进步，有越来越多的基因学研究和神经生物学的证据都表明社会生物学是正确的。而且，现在的政治空气与七十年代已大为不同了，社会主义带来的意识形态之争已经退潮，愤怒的批评少了很多。他受到的肯定已大大超过否定。1999年他获得了美国人道主义者协会颁发的“人道主义奖”。这也是对社会生物学的某种肯定。
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对此，威尔逊曾不无感慨地说过：有学者曾对我抱怨道，如果你想让论文能够通过，那么就往你的人类学里加点生物学吧。但是在二十年前，如果你不想让你的论文通过，就往里面加点生物学。
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果然是三十年河东，三十年河西。
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但这并不表明社会生物学的理念就是完全正确的，以古尔德为代表的反对者对社会生物学把动物行为运用到人类行为方面缺乏足够的实验证据的指责仍然成立。现在比较能拿得出手的过硬的证据就是关于人类乱伦禁忌的研究。
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直系亲属之间发生性关系被视为乱伦，也容易产生畸形儿。长期以来，研究者发现，无论民族和宗教信仰如何，各地人群基本都存在乱伦禁忌现象，也就是直系亲属之间不会发生性关系。这种禁忌似乎是自发的，而不是受到外界力量强迫才形成的。弗洛伊德认为这是一种文化现象，是道德观念抑制了家庭成员中自然产生的性欲望。这是普通人比较容易接受的一种解释。
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但另一些学者不这么看，芬兰学者威斯特马克（Edward Westermarck）认为，乱伦禁忌是一种遗传现象，是因为熟悉而消灭了性欲望。在儿童发育的早期，母子之间、父女之间以及兄妹之间的亲密关系导致他们非常熟悉，结果性吸引力消失。这是自然选择的结果，没有乱伦禁忌的个体因为产下大批畸形后代，早已为自然所淘汰。
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进一步的研究表明，生物学的解释是正确的，而文化方面的说教虽然感人，却是错误的。不只是人，所有灵长类动物都存在乱伦禁忌现象；所有人类社会，无论是多么落后野蛮，也都有乱伦禁忌现象。而最有力的证据来自以色列的一个社会调查。
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在以色列的集体农庄，很多儿童被聚集在一起集体抚养。后来的结果很有趣，那些自小在同一小组里长大的孩子，彼此之间虽有深厚的感情，但互相却没有性吸引力。一位斯坦福大学的人类学家在台湾作的一次调查也表明，童养媳的婚姻与正常婚姻相比，离婚率更高，生育率更低。因为小时候在一起的生活破坏了性吸引力，婚姻自然没有幸福可言。反是那些由媒妁之言撮合的陌生男女的婚姻质量更好一些。
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这就是社会生物学，其科学原理随处皆在。
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如果社会生物学关于人类行为的思辨和研究想要在更广的范围内得到认可，他们需要更多的如乱伦禁忌这样的研究成果。但现在看来，把人类行为作为直接研究对象，要面临很多难以想象的困难。一位研究男性强奸自然史的学者试图用客观的研究为社会生物学添砖加瓦，他想强调男性的强奸行为是正常的生理反应，是自然选择的结果。这说法虽然有点道理，但事实上，这家伙差点被唾沫淹死。
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因为这涉及人类道德底线的问题。
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道德从何而来？社会生物学也作了尝试性回答。
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人类的道德与社会性昆虫的利他行为最大的区别在于意识性。人类是有意识地在学习雷锋做好事，而昆虫只是接受基因和激素的控制而已。
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人为什么会产生远比昆虫利他行为复杂得多的道德行为和道德意识？可能在人类从原始的采集生活走向狩猎生活开始，人类的奔跑速度和搏击能力在原始丛林中远算不上是高手，所以需要集体性的狩猎才能取得最大的成功。为此，出现了大量的分工与合作行为，抓来的猎物也要大家好商量着一起分了。投桃报李成为家常便饭，最初的道德意识就这样渐渐萌芽。不讲道德的个体慢慢会失去合作者，反而更多遭到的是以牙还牙的报复。如果不具有高来高去的一流身手，就很难在困境中生存下来，所以。不讲道德的个体会被自然选择所淘汰。道德社会就这样出现了。
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在分工合作的过程中有很多事务需要处理，这是一个远比吃了睡、睡了吃为复杂的阶段。复杂的人际关系也需要更高的智力水平，这可能是道德过程的一个副产品。因为，毕竟没有谁只愿天天帮着人家却收不到任何回报，内心深处的小算盘还是要不断地拨打拨打的。没有智力，怎能算清这笔账？人类的道德水平与智力水平是一对互相助长的平行线。
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而同时，威尔逊又反驳了这样一种看法，即认为人类已经摆脱了基因的控制，达到了完全受文化控制的程度。他的态度仍然很清晰，没有理由把人类排除在生物之外另眼相看。人类的大脑虽然强大，但那不是为了文化而存在的，而是为了更好地自私而存在的，和心脏及肝脏等一样，不过是为生存和繁殖服务的器官之一罢了。
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威尔逊进一步指出，人的精神，也是要为生存和繁殖服务的，其具体的技巧则表现为理智。智力就是在这个基础上不断得到提高的，所以智力的目的也是为了人类的生存服务。至于文化，是人类心智的产物，当然就逃不出智力所能及的范围。所以，归根结底，文化也是基因的工具之一。文化的进化，类似于生物的进化，自有其科学规律可以探寻，并不是一种神秘现象，也不是只有社会人文科学才能加以研究的现象。
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从人类的社会行为中，威尔逊提取出了“人性”的普遍特征，即两性分工、亲子关系、亲缘利他、乱伦禁忌、对陌生人持警备态度、对本部落的人有亲切感、在团体中的地位认同感、雄性统治及争夺领土的本性等，这些行为对于不同种族的人都是相同的，是完全可以用生物学原理来加以解释的。所以，文化现象没有超越生物规律。
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人文领域的学者对这种解释非常不满。有哲学家指出，人类与动物的行为有相似之处，但也存在明显不同，重点表现在行为的组织性和计划性，这是其他动物所缺少的。只有人类才有基于道德因素的真正的利他行为，而动物的利他行为则停留在表面上。生物学家眼里的利他行为和人文学者眼里的利他行为有着根本的不同。
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