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可具体到“钟表很复杂，生命也很复杂”这件事上，事情又不是这么简单了——类比固然没有“必然性”，却同样没有“必非性”：我们本来就知道煤炭不会飞也不会下蛋，当然会觉得拿它与乌鸦类比很荒唐，但19世纪初的人不知道生命是怎样复杂起来的，也就不能仅从逻辑出发，轻易否定生命“可能与钟表一样来自设计”了。
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比如，威廉·佩利在《自然神学》中把人类的眼睛当作重要案例，说它像一台望远镜——他如果再晚出生100年左右，恐怕更愿意说它像一台照相机：角膜和晶状体如同镜头，巩膜如同暗箱，虹膜如同光圈，视网膜如同底片——这些结构精密配合，人类才得以拥有视觉，如果哪一个产生了病变，人眼便立刻功能失常。
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面对这样精妙复杂的器官，别说19世纪初的人，哪怕时至21世纪，进化的基本概念已经成为公立学校教育的必修内容，一个人如果对比较解剖学没有任何涉猎，照样想不出这样复杂的器官是怎样出现的，还是会困惑地问：“这是怎么进化来的——这怎么可能是进化出来的？”
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我们必须承认，威廉·佩利表现出了那个时代所能达到的极致洞察力，这是他作为自然神学家的使命。同时，他准确抓住了人类内心永恒存在的困惑感，用雄辩的表达将它们变成了信仰的论据——威廉·佩利被认为是英国启蒙时代最重要的“基督教辩惑学家”，如果你不理解这是怎样一份殊荣，请把它记成“基督教的最佳辩手”：辩惑就是辩护，如果有谁提出了什么挑衅《圣经》的观点，辩惑学家就要扑上去口诛笔伐，用听上去无懈可击的辩词维护基督教的威严。而这本《自然神学》正是其中的典范，两个多世纪以来不断再版，一直是神创论者的理论源泉。
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图序—2 人眼的解剖图。（Turhanerbas绘）
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面对这样的角色，要让人心悦诚服地放弃钟表匠类比，我们不只需要逻辑，还需要一个更强大的解释，一个不需要任何造物主，就能回答《自然神学》里一切关于复杂性的问题的解释。
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不得不承认，进化生物学最初并没有这么强大的解释能力：威廉·佩利之所以会在遗作中写出“钟表匠类比”，一个目的就是要喝止英国知识分子中迅速萌发的进化思想——伊拉斯谟斯·达尔文（Erasmus Darwin，1731—1802），查尔斯·达尔文的祖父，就是其中最突出的代表。
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就在威廉·佩利出版《自然神学》的同一年，伊拉斯谟斯·达尔文也写出了自己的遗作《自然神殿——社会的起源》（The Temple of Nature, Or, the Origin ofSociety），毫不掩饰地表达了这样的观点：生命最初都是微生物，后来在不同的环境中发展出了不同的功能，变得越来越复杂，一切植物和动物，当然也包括人类，都是这么来的——但这更多的是一种自然哲学，还不是严谨的科学。
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《自然神学》一出版就先声夺人，是查尔斯·达尔文在学生时代最重要的神学课本。然而，当他真的长大成人，经历了那几次难忘的“小猎犬号之旅”之后，却毫不犹豫地继承了祖父的思想遗产，将其发扬光大，写出了巨著《物种起源》——物竞天择，自然选择，微小的变化不断累积，就是一切生物复杂性的来源。在很大程度上，这本巨著就是对《自然神学》的回应。比如针对眼睛这个案例，达尔文固然承认了他无法给出具体的解释，却也先见地指出，在“原始状态”和“现代状态”之间，眼睛一定还有许多进化的“中间状态”，这些中间状态的眼睛一个比一个好用，也一个比一个复杂。
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果然，到了20世纪末，进化真的成了一个最强大的解释。在理查德·道金斯写那本《盲眼钟表匠》的时候，无数个来自胚胎学和解剖学的证据已经把眼睛的进化历程清晰地展示出来，成为他贯穿全书的重要线索。
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这样的案例又岂止眼睛呢？竹节虫的拟态、放屁虫的防御、鸟的翅膀、人的肺脏……数不清的复杂结构，都曾经是神创论者攻击进化论的武器——就在《盲眼钟表匠》出版20年的时候，细菌的鞭毛还因为酷似一台发动机，而在一场荒唐的诉讼中成为呈堂证供。
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然而到了今天，这一切案例全都成了进化生物学的经典案例，那些大获好评的关于进化的科学读物总会邀请这些案例做客，展示进化是如何从无到有、从简单到复杂，创造了无数的奇迹。因此，为了不至于让读者的期望太过落空，在正文之后，我们也会附上眼睛的起源与鞭毛的起源在进化生物学中的解释。
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但是，仅仅这些案例还远远称不上一个完整的解释——它们将一切生物的复杂性归到了一个简单的共同祖先身上。但这个共同祖先，第一代单细胞生物，也并没有简单到哪里去。因为哪怕最简单的细胞也含有数以十万计的蛋白质零件，仍然不知比钟表复杂到哪里去了。
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那么，第一批细胞的复杂性又来自哪里呢？如果无法回答这个问题，神创论就可以退一步海阔天空，咬定第一个细胞是智慧设计的产物——实际上，在进化生物学的冲击下，现代的神学家就是这个态度。
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所以我们还要更进一步地追着解释：不仅生物可以进化，化学反应也同样可以，细胞并非进化的起点，而只是其中一座特别的里程碑——从岩石和海水开始的化学反应会发生千变万化的副反应，从中变异出无数的可能，经过反应速率的竞争，最后形成一个自我组织的封闭系统，也就是复杂的活细胞。
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在过去的60年中，尤其是21世纪以来的最近一段时间，这种科学的解释正在以可喜的速度丰满起来，渐渐揭示了一幅宏大、壮丽、摄人心魄的生命起源图景。但这幅图景并不是用普通人日常熟悉的语言揭示的，而是由数不清的热力学、地质化学、化学动力学、有机化学、生物化学、分子生物学、结构生物学、细胞生物学……生硬晦涩的术语吐露的。在某种程度上，这幅图景就像奥林匹斯山上的火种，让常人难以企及。所以直到今天，公众大多不知道世上有这样一幅图景，还以为科学对生命的起源一筹莫展，仍然停滞在60年前那个在烧瓶里煮汤的粗糙实验里。
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所以，这本书要尽可能避开那些艰涩的术语，寻觅一条能让常人一窥火种真容的盘山小道，把这幅生命起源的科学图景小心翼翼地铺展开来，展示给那些勇于攀登的读者——是的，要“勇于攀登”。尽管这本书的作者已尽可能地回避术语，但有一些术语是我们必须了解的核心概念。随着章节的推进，本书会越来越多地触及生命科学的前沿，使用越来越复杂、越来越抽象的词汇，因此这本书不像大多数的通俗读物那样，随便翻开哪一页都能找到有趣的故事，倒像是一本环环相扣的侦探小说，只有像登山那样踏稳了眼前的每一步，才有可能迈上新的高度，否则会因为错过了关键剧情而搞不清人物关系，觉得难以理解。
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图序—3 牛肺疫支原体（Mycoplasma mycoides）已经属于所有细胞当中最简单的那一类了，但它显然拥有毫不逊色于眼球的高度复杂性。（David Goodsell绘）
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不过，对于那些心急的读者，我们倒也可以提前说出整幅图景中最关键，也最能讽刺整个“钟表匠类比”的部分：威廉·佩利认为石头代表了简单，而钟表代表了复杂，生命是比钟表更复杂的存在。
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但如今看来最可能的情形，却是生命本身就源自各种石头：
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橄榄石，地球深处最常见的石头，能与海水发生持续的水化反应，给生命起源提供源源不断的能量；
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石膏和石灰，地球表面最常见的石头，能够形成错综复杂的矿物管道，给生命起源创造化学反应的条件；
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