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在前文中，我们先认识了蛋白质的一级结构，再认识了二级结构，最后才认识了三级结构，所以难免会产生一种误解，以为蛋白质是先合成一条完整的多肽链出来，然后再想办法把这漫长的链条，按照二级结构和三级结构的要求，折叠成型。
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但事情不是这样的。氨基酸在核糖体上缩合成肽链，这条肽链从核糖体的出口一露出来，就会立刻开始折叠。在基本化学规律的作用下，第一节和第二节先折叠成稳定的三维形态，第三节再和前两节折叠成稳定的三维形态，第四节再和前三节折叠成稳定的三维形态，以此类推。
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所以，那些二级结构和三级结构并非折叠的“要求”，而是折叠的“动力”。刚露出来的残基和之前露出来的残基凭借氢键强烈吸引，就会不可避免地扭曲成螺旋，弯曲成片层，因此呈现出了二级结构。在此基础上，氨基酸的残基又不可避免地凭借其他作用相互吸引，形成更加复杂的三级结构，而不是反之为了获得预定的二三级结构，要用某种力量把肽链拧成想要的螺旋，再捆上各种化学作用使其就范。因此，在确定的温度下，多肽链的一级结构是确定的，折叠的过程就总是确定的，二级结构和三级结构也就总是确定的。
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如果仍要打个比方，氨基酸在核糖体上缩合成多肽链并折叠出初步的三维形态，这个过程就好像一个人在织毛衣，他只能从毛线团上抻一点线，织几针，再抻一点，再织几针，随抻随织，该怎么织就怎么织，而不是把几百米长的毛线一次性全抖搂开，再整个人扑进去“兴风作浪”。
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总之，以这种小心翼翼，边合成边折叠的方法，绝大多数的蛋白质一经合成就已经折叠完善，可以行使正常的生化功能了。
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但另外那些蛋白质该怎么办呢？
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也不难办。它们虽然还不足以行使预期的生化功能，但也已经有了独一无二的形态，可以被其他蛋白质识别了。在这些“其他蛋白质”中，有的能帮助没折叠好的蛋白质折叠好，达成预期的三维形态，比如营造小范围的疏水环境让部分结构从里往外翻转[26]；有的能催化氨基酸的侧链形成特殊的化学键，构成特殊的三维结构，比如帮助角蛋白形成大量的二硫键，缠结得致密坚硬，用来生长指甲和毛发；有的能给蛋白质插入其他构件，比如给血红蛋白加载血红素，给复合物I镶嵌铁硫簇；还有的是几个蛋白质能够互相识别，像乐高积木一样组装起来，形成更大更复杂的四级结构，比如电子传递链上的各种复合物、水轮机似的ATP合酶以及核糖体，都是拥有四级结构的复合物。
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总而言之，只要信使RNA上的碱基序列是确定的，核糖体缩合多肽时的氨基酸序列就是确定的，蛋白质的三维形态就是确定的，它的生化功能就是确定的，产生的生理作用就是确定的，一切都是相当确定的。[27]
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最后，当然，我们还是要说得严谨一些，上一段的“确定”也不是绝对的。某些蛋白质实在折叠不好也是常事。此时，它们通常就会被某些“回收蛋白”识别出来，及时销毁，水解成氨基酸拿去制造新的蛋白质。而在极端情况下，某些蛋白质既不能正常折叠也不能回收，就会招致大麻烦——阿尔茨海默病、帕金森病和疯牛病，都与蛋白质不能正常折叠也不能正常回收有关。
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延伸阅读先有鸡还是先有蛋？
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如果一定要从生物意义上纠结先有鸡还是先有蛋的问题，那答案就是“蛋”——毕竟从鸡蛋到鸡是完整连续的个体发育，就像小时候的曹操和曹操一样，无论如何都是同一个。如果我们在进化史上武断地认定了“第一只鸡”，那它即便尚未破壳，也已经是鸡了。至于说这个蛋是从哪里来的，那当然是由一只“快要进化成鸡但还没有进化成鸡的鸟”下的。
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这并不是问题的最终答案，因为这个回答会产生一个看起来非常诡异的推论：第一个鸡蛋孵出来的鸡，只能和不是鸡的鸟交配，那么它的后代就不是“完整的鸡”，而是“半鸡”。
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或者即便乐观一些，那只快要进化成鸡但还没有进化成鸡的鸟下的“第一窝鸡”，也只有近亲繁殖或者与不是鸡的鸟交配两条路，同样会产生“半鸡”。
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而且这些半鸡也有同样的命运，它们要么和其他不是鸡的鸟交配，生出“半半鸡”，要么互相交配，生出“二代半鸡”。
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总之，第一只鸡一死，世界上就只有越来越“半”的鸡，最后变得完全不是鸡，灭绝了。
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可世界上的鸡明明很多啊，如今全球有超过200亿只鸡，比任何鸟类物种都繁荣呢！
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是啊，仔细想想，如果承认了这个推论，就会发现任何物种从“第一个”开始就注定了灭绝。比如，第一个人只能和猿交配，生下“猿人”，“猿人”再和猿交配，生下“猿人猿”“猿人猿猿”“猿人猿猿猿”……最后越来越像猿，和进化的历史反着来——有一大批神创论者就是用这套谬论攻击进化论的。
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但谬论毕竟是谬论，从最开始武断地认定“第一只鸡”和“第一个人”，就是错误的。因为进化的单位不是个体，而是种群。
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也就是说，进化中发生的事情并不是“有一只快要进化成鸡的鸟生出了第一个鸡蛋”，而是“有一群鸟，经过一代一代的基因突变和自然选择，它们的基因库越来越接近鸡的基因库，最后，它们在不知不觉中已经变成了一群鸡”。
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这样一来，即便我们非要制定一个“鸡基因标准”，然后说“只有满足鸡基因标准的鸟类个体才是鸡”，也只会发现这样的事情：
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有一群马上就要进化成鸡的鸟，在某段时间陆续生出了很多只鸡。
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这些鸡未必来自同样的双亲，但不妨总称为第一代鸡。
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第一代鸡更倾向于互相交配，这样生出了第二代鸡。
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当然，第一代鸡也可能和不是鸡的鸟交配，但请注意，那些鸟虽然不是鸡，但也是马上就要进化成鸡的鸟，比如有99%的鸡的基因。所以它们与鸡的后代不是半鸡，而至少是99.5%的鸡，如果哪些后代恰巧多遗传了一点鸡的基因，那就同样也是100%的鸡，是正经的鸡了。
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不仅如此，这群鸟的任何一个后代，都是越像鸡就越容易存活，或者越容易获得交配权。
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