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那么一代一代过去，鸡越来越多，最后就只有鸡了。
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所以请记住，第二只鸡不是第一只鸡生出来的，第三只鸡也不是第一只鸡和第二只鸡生出来的，那套“半鸡”的谬论从来就不成立。
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[1]导航卫星要测量距离，必须有极其精准的原子钟，这需要量子论才能设计出来；同时，卫星的速度极高，并被强大的地球引力约束在轨道上，就会同时展现出“尺缩钟慢”的狭义相对论效应，和“引力等效于加速度”的广义相对论效应。
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[2]虽然有些病毒，比如HIV（人类免疫缺陷病毒），并不把DNA当作遗传物质，但请注意，在第二幕结束的时候，我们已经把它们扫出了生命的范畴。
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[3]当然，在具体的生化反应中，也有几把钥匙开一把锁，或者一把钥匙开几把锁的情况，这里只是提醒一下，不需要在意这些细节。
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[4]实际上，中文通常把“Sonic hedgehog”意译作“音猬因子”。但最初将这种因子翻译成中文的人看起来很不理解这个因子的命名典故：“Sonic the Hedgehog”正是日本世嘉游戏公司最著名的游戏和动画角色，“刺猬索尼克”。在20世纪90年代，它是风靡了日美的吉祥物，被数次搬上大银幕。而这种因子被命名为“刺猬索尼克”，是因为这种因子最初发现于黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）身上，它的突变能使黑腹果蝇浑身长满短刺，好像刺猬一样，所以被命名为“刺猬因子”（Hedgehog）。后来，我们发现这是一群专门调控两侧对称动物的信号物质，在几乎所有动物的胚胎发育中都扮演着重要的角色。迄今，我们一共发现了5种刺猬因子，最初发现的两种刺猬因子就被称作沙漠刺猬因子（desert hedgehog，DHH）和印度刺猬因子（Indian hedgehog，IHH），以真实存在的物种命名。而脊椎动物身上的刺猬索尼克因子是第3种，以著名的游戏角色命了名。第4种刺猬因子叫作针鼹因子（echidna hedgehog，EHH），以澳大利亚特有的单孔目哺乳动物命名，它们和鸭嘴兽一样卵生，但浑身有刺，和刺猬很像。第5种刺猬因子叫作迪基·温克尔太太因子（Tiggywinkle hedgehog，TwHH）——这个“迪基·温克尔太太”又是一个虚构角色，她是英国女作家和插画家海伦·碧雅翠丝·波特（Helen Beatrix Potter，1866—1943）创作的《彼得兔的故事》系列中的一只和善的刺猬，在20世纪的英美非常著名。
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[5]通常的多指畸形长在大拇指旁边，与这种“六指琴魔式”多指有不同的成因。
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[6]实际上，复合物I的外延臂里有9个铁硫簇，但另外那两个不负责常规的电子传递，所以我们略去不谈了。
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[7]严格地说，在有机化学中，生物大分子普遍来自“缩聚”，而不是“聚合”。这两种反应的区别在于缩聚反应同时会产生水分子、氨分子、硫化氢分子之类的小分子，而聚合不会产生这些小分子。但是生物化学反应总是发生在成分复杂的水溶液中，没有必要计较这些小分子的得失，所以总是笼统地称这些反应为聚合，下文仍将延续这种传统。
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[8]经过如此漫长的进化，某些生命也的确进化出了非标准遗传密码，第四幕的第十六章涉及这一内容。
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[9]在某些生物体内，非标准的遗传密码还编码了另外两种氨基酸：在哺乳动物的细胞内，UGA编码了硒半胱氨酸；在甲烷八叠球菌（Methanosarcina）的细胞内，UAG编码了吡咯赖氨酸——这种微生物还会在这本书之后的章节里占据极其重要的位置。不过，由于这两种氨基酸只是部分生物的特例，所以我们在下文提起制造蛋白质的标准氨基酸，仍然只说20种。
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[10]需要注意的是，DNA能够维持双螺旋的形态，主要依赖的并非碱基之间的氢键，而是碱基显著的疏水性：当DNA分子处于细胞内的水环境中，碱基会被水分子强烈地排斥，老老实实地躲在双螺旋内部，而亲水性较强的磷酸脱氧核糖骨架会朝向外侧。所以当DNA脱水干燥，双螺旋就会自动转化成另一种更粗大的螺旋——1951年富兰克林研究DNA的状态时就率先发现了这种变化。
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[11]也就是ATP、UTP（尿苷三磷酸）、GTP、CTP（胞苷三磷酸）。
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[12]严格地说，信使RNA虽然是一条长链，但不是拉面一样到处乱摆的一长条，而是像织就毛衣的毛线一样，一根线巧妙地盘绕起来，它上面的碱基也不都在编码氨基酸，还有一些用来帮助核糖体定位和运行的特殊序列——不过你不用在意这些，知道个大概即可。
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[13]实在纠结这个问题的读者，见本章的第三篇“延伸阅读”。
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[14]所谓“原始蛋白质”，这里指的就是多肽。
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[15]作为特例，海绵和丝盘虫几乎没有体轴可言，水母、珊瑚、栉水母只有背腹轴，没有前后轴。
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[16]这里的鱼类仅限于硬骨鱼，尤其是辐鳍鱼。对于鲨鱼、鳐鱼、银鲛等软骨鱼的胚胎发育，这里不予讨论。
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[17]实际上，羊膜动物，包括通常说的爬行动物、鸟类和哺乳动物，当然也包括人，卵巢里排出的都是次级卵母细胞，这个细胞要再分裂一次，才能产生卵母细胞。但是，羊膜动物的次级卵母细胞要在受精之后才完成这次分裂，所以，羊膜动物实际上没有单独的卵细胞——只是对于这本书的读者来说，区分这种发育学的细节并无必要，所以下文仍将把卵母细胞统称为卵细胞。
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[18]但注意，那个白点本身并不是细胞核，而是卵黄心——卵黄心的类胡萝卜素含量较少，而且在这里露出卵黄，就形成了一个白点。卵细胞的细胞核就躺在这个白点上。
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[19]这里似乎有些拗口，但我们的确不能说“雌性的纯合右旋螺”或者“雄性的纯合左旋螺”，因为椎实螺与绝大多数的腹足纲软体动物一样，都是雌雄同体，它们在交配中担任哪种性别是一种可以选择的“角色”，而不是与生俱来的“属性”。
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[20]是的，椎实螺如果一直单身，就会与自己交配产下后代。
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[21]除了有袋类哺乳动物，许多蜥蜴也用类似的方式繁殖，比如生活在墨西哥的Mesaspis viridiflava，就同样有类似的卵黄胎盘。
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[22]同样，也有一些蜥蜴进化出了胎盘，比如石龙子科的Mabuya属、Pseudemoia属、Eumecia属等等，就进化出了相当复杂的胎盘。
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[23]这里的22种考虑了哺乳动物的硒半胱氨酸和产甲烷八叠球菌的吡咯赖氨酸。
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