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[6]巴斯德研究所即微生物学之父，路易·巴斯德开创的研究所，迄今共诞生过8位诺贝尔奖得主。帕特里克·福泰尔（Patrick Forterre，1949— ）自2004年起担任微生物学部的主任，因对古菌、病毒和早期进化的研究而知名。
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[7]这里的“接近”只是在我们熟悉的鸟类中相对而言。比如与鹰最近的鸟其实是新大陆鹫，但这类鸟在东亚并不分布。
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[8]实际上严格地说，也确实存在着基因层面的趋同进化。因为所有的生物都来自末祖，所以绝不可能完全没有相同的基因。那么，如果两个在进化中很早就分了家的类群，需要同一种特别专一化的酶，而这种酶可能由它们共同拥有的某种古老的酶稍加修饰转化而来，那么它们就很可能在进化中保留完全一样的随机突变。所以为了排除这种干扰，一定要尽可能多地比较不同物种的基因序列。
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[9]这句话的前提是生物的遗传突变会以均匀的速度世代累积，所以，我们要判断物种的亲缘关系，就不能选择那些对生存质量影响非常显著的遗传信息，因为自然选择的压力时强时弱，这些遗传信息的突变累积速度也会忽快忽慢，而通常会选择那些突变积累慢而稳定的遗传信息，比如线粒体、核糖体，当然，最好是索性把全部遗传信息一股脑全比较了，也就是全基因组比较。
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[10]实际上，这也有例外——基因除了亲代传给子代的垂直传递，也有跨物种的横向转移。比如细菌之间经常互相交换基因片段，互通有无，真核生物也经常因为病毒感染和杂交之类的行为拥有其他物种的片段。像这样的机制数不胜数，越是在进化早期越是经常发生，给单细胞的生物分类带来了巨大的障碍，尽可能多地比较不同物种的基因序列固然能排除一些干扰，但进化极早期的遗传信息横向转移实在太混乱了，我们直到今天都不是很有把握解释清楚。
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？ [:1700256313]
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？ 第三幕代谢的步伐
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触石兮通气，
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雷车兮电帜。
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——马廷鸾，《饶娥庙祀神歌》
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？ 在幽暗的深渊中，粗糙的岩石表面刻满了大大小小、深深浅浅的凹坑，坑与坑之间还有错综复杂的沟道连通了彼此。一些微弱的能量在以最缓慢，缓慢得让人以为那是一种错觉的速度持续流动着。它渐渐充满了一些凹坑，又溢出来，沿着那些沟道流向其他凹坑。
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那流淌的能量就像一株水银做的菟丝子，微弱但顽强。它不断地生出分支，不断地占据一个又一个凹坑。渐渐地，静谧的深渊之下出现了一张泛着微光的网，像无法凝固的蚕丝，像疯狂织就的蛛网。
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这是一个没有精神也没有生命的抽象的梦境，这梦境不知持续了多久，或者是几千年，或者是几千万年——时间是变化的度量，如果没有了变化，时间当然就停滞了。然而，不知从什么时候开始，时间突然变得快了，因为那蔓延在深渊中的网有了新的变化。
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网络中的某些凹坑似乎与众不同，苹果、柠檬、乌头、琥珀、延胡索……那些凹坑用谁也听不到的声音强调着自己的名字，于是有越来越多的能量响应了召唤，从四面八方沿着沟道汇集过来。那些凹坑因此发出越来越明亮的光，排列成了一个闭合的圆环，沿着某种次序循环传递着四处汲取来的能量，又将富余的能量灌注到网络中最薄弱的地方去。
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就这样，整张网络似乎形成了某种微妙的平衡，但又似乎存在着某种压抑的躁动。在那循环的圆环上，一些满溢的能量悄悄向上方伸展出来，好像终于苏醒的人的手，试探着想要摸索深渊的边界，又好像刚刚羽化的蝴蝶，正在灌注自己的翅膀，要展现出惊醒整个梦境的绚烂图案。
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这一切都让梦境的主人好奇起来。支撑这一切的能量，究竟源于何处？
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这疑问刚在梦境中提出，在那自称苹果与草醋的凹坑之间，就有一条径直的沟道显露出来，它在中途分成平行的两条，又重新汇聚起来，深深地扎进了黢黑的岩石之中，在那里贪婪地汲取着地下深处的力量。
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早在第一幕结尾的时候，我们就说过，在寻找生命起源的道路上，存在着遗传先行还是代谢先行的分歧。后来在第六章的结尾，我们具体讨论了它们的区别与联系，然后为代谢先行的方案留下了一个重大的问题。
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早在第一章，我们就通过锆石的包容物获悉，原始地球上的大多数碳元素都是最简单的无机碳，比如二氧化碳。那么，这些无机碳是如何变成各种有机物，这些有机物又是如何组织起来，成就了生命所需的物质代谢和能量代谢呢？