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如图4—29，在红色箭头标记的变化中，RNR预备了一个电离了的羧基，去撕扯3号碳原子上的羟基的氢。如果要在3号碳原子和与它相连的那个氧原子之间构思什么对话，那大概就是这样的：
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图4—27 RNR的α亚基的活性中心用一对铁原子制造酪氨酸自由基，由此开始连续不断的自由基攻击，如箭头指示，一直抵达β亚基的活性中心，虚线框里会发生第二个阶段。（作者绘）
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图4—28 在RNR的β亚基的活性中心，半胱氨酸自由基攻击核糖的3号碳原子，夺走一个氢原子。图中的虚线框与图4—27的虚线框对应，蓝色键线连接的分子是一个核糖核苷酸分子，周围的氨基酸都是RNR的β亚基的氨基酸残基，为了表现方便，这里将它们都画在一个平面上，但它们实际上存在于三维空间里。此外，红色圆点表示自由基的不成对电子，黑色圆点表示负电荷，虚线化学键表示氢键，鱼钩箭头（半箭头）表示不成对电子转移。（作者绘）
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图4—29 红色箭头表示谷氨酸残基从3号碳原子的羟基上夺走一个氢离子，蓝色箭头表示2号碳原子的羟基从附近的巯基上夺走一个氢离子，黑色箭头表示不成对电子转移，最终使得2号碳原子上的羟基变成水分子脱去离开。其中，鱼钩箭头照例表示不成对电子转移，完整箭头表示成对电子转移。（作者绘）
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“3号碳原子先生，现在的局面是鸡毛炒韭菜——乱七八糟，我看不如这样吧：我那个氢就不要了，直接当成离子送给羧基，叫它电荷平衡稳定去；我腾出成对的电子，也能与你做个稳定的羰基；你那个不成对的电子……你和2号碳原子之间地方很大，就随便扔过去吧。”
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“你说得很有道理，好的。”
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话毕，这个氧原子扔掉了氢离子，带着一对电子回过头来做了羰基，那个不成对的电子就转移到了3号碳原子和2号碳原子之间。自由基不稳定是因为有“一个不成对的电子”，这个不成对电子如果暂时不能与其他电子结成对，缔结成完整的化学键，那也可以设法扩大自己的运动范围，这样也能姑且稳定一些，所以它的分布范围就扩张到了2号碳原子上，就如那个黑色箭头标记的。
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这样，我们就看到蓝色箭头标记的事件：2号碳原子上有一个非常能打的羟基，所以RNR早就拿了一个巯基凑在那个羟基跟前。巯基上的氢原子摇摇欲坠，唾手可得，这个羟基早就眼馋心热，与它缔结了一个很强的氢键。这就让羟基上的氧原子同时与两个氢原子建立了联系，非常接近一个水分子。
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现在，一个不成对的电子扩张过来，挤压了2号碳原子上的电子，于是，我们又可以为这个不成对电子与2号碳原子上的氧原子构思这样的对话了：
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“氧原子先生，你带着两个氢去做水分子好了，那样岂不最稳定最惬意？2号碳原子的地盘，以后让给我吧！”
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“你说得很有道理，好的。”
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在RNR的威逼利诱之下，核糖已经脱掉了2号碳原子上的那个氧原子。但这事儿还没完，不成对的电子仍然不成对，所以此时的核糖到底还是个自由基，仍然不稳定。不过这一切全都是RNR计划的一部分。
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如图4—30，RNR早就预备了另一个巯基，同样摆在2号碳原子附近，这个巯基上松松垮垮的氢原子摆明了就是送的。2号碳原子立刻把它抢了过来，恢复了稳定。同时，这两个先后被夺走氢原子的巯基还会顺势结合起来，成为一个二硫键。
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但是按倒葫芦起个瓢，这个二硫键仍然是个自由基，它该怎么办呢？它会把这个多余的不成对的电子塞回给3号碳原子，而这个动作彻底推翻了图4—29建立起来的一切“稳定”。如图4—31，3号碳原子得到这个电子之后会重新打开羰基的双键，与它连接的氧原子就转身抢回了电离给羧基的氢离子，恢复成了羟基。
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就这样，3号碳原子恢复到了图4—28的右边状态，重新变成了一个自由基，但是2号碳原子上的氧已经脱去了，它不能把之前的变化重演一遍，但它又迫切地想要恢复稳定，这可怎么办呢？
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图4—30 2号碳原子从附近的另一个巯基上夺取氢原子，把不成对的电子转移过去，同时，两个巯基会组成一个二硫键。注意，这个二硫键中的一个硫原子仍是自由基，而且那个不成对的电子同时显现1个单位的负电荷。（作者绘）
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图4—31 二硫键上多余的不成对电子转移到3号碳原子上，迫使羰基恢复成羟基。（作者绘）
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