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1700260732 总之,在福泰尔的推测里,核糖细胞在与逆转录病毒和DNA病毒的厮杀中“师夷长技”,获得了DNA的基因组,其中的某些细胞,就是我们的末祖。但末祖的样貌我们要等到下一幕才能细说,此时,我们又要回忆第七章快要结尾的部分。在那里我们提过,白烟囱假说与福泰尔的推测“若合一契”,共同构成了一幅生命起源的图景。那么,这是怎样一种契合法呢?
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1700260734 白烟囱,刚好能给核酸提供必要的复制条件。
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1700260736 生命的起源:所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的? [:1700256340]
1700260737 ·温差中的链式反应·
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1700260739 无论是RNA还是DNA,一旦缔结成连续的双链,就会变得更加稳定,但也同时遇到一个问题:这些双链的碱基都已经互补配对了,还怎么拿去复制、转录、翻译、逆转录,完成中心法则的信息流动呢?在今天的细胞内,会有一些专门的酶去把双链解开,让模板链恢复单身,以便让各种酶结合上去。但是在双链初次形成的联合世界或者逆转录世界里,稳定的双链要如何才能打开呢?
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1700260741 温度,靠温度的变化就可以!
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1700260743 碱基配对靠氢键,而氢键对温度很敏感。在较高的温度下,所有的碱基对都会自行断开,双链也就被拆成了两条舒展的单链。当温度有所下降,碱基又可以重新配对。当然,此时的原配早就不知漂到哪里去了,单链要重新配对就只能随遇而安,在复制酶、聚合酶、逆转录酶的帮助下新造一条互补链。
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1700260745 不难想到,温度如果忽升忽降,这个过程就会循环往复,溶液中的核酸也会因此不断扩增。实际上,这正是人类在实验室中大量复制某段DNA或RNA序列的标准做法,被称为“聚合酶链式反应”。比如第十四章里那些施皮格尔曼怪就是这样扩增出来的。
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1700260747 而白烟囱的矿物管道刚好能给链式反应提供非常恰当的温度条件:碱性热液的温度可以高达90℃,酸性海水的温度又在30℃以下,它们在管道里持续不断地对流,就能给原始细胞、核糖细胞和逆转录细胞带来周期性的温差,促成链式反应了。在实验室里,相同原理的“对流式PCR”可以在25分钟之内把模板链扩增10万倍IX,白烟囱在40亿年前的效率哪怕只有这个实验的万分之一,也远远超过现代细胞的复制速度了。
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1700260752 图4—26 DNA聚合酶链式反应图解。(来自Enzoklop | Wikicommons)
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1700260754 如果温差产生的链式反应真的提供了DNA扩增的关键辅助,那么早期的逆转录细胞就很难进化出独立完整的DNA复制系统了,因为温度变化能像拆包装一样骤然撕开双链,而解旋酶只能像拉拉链一样从头到尾逐个打开双键,相比之下效率低得很,并没有什么明显的适应优势。
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1700260756 而这又恰恰解释了第七章里尤金·库宁发现的疑问:复制DNA的酶系统,是在末祖分化成细菌和古菌,开始独立生存的过程中各自进化完善的。
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1700260758 至于末祖是如何分化成了细菌和古菌,细菌和古菌又是如何获得了独立生存的能力,这两个问题将会收拢迄今为止的整个故事,拼成一幅空前完整的生命起源图景。那些急切地想要欣赏这幅图景的读者,可以现在就跳到下一幕去,一口气读完这本书的正文。而那些愿意留在这一幕的读者,我们将一起回到RNA世界向联合世界过渡的时刻,进入核糖细胞内部,思考一个具体且重要的问题:
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1700260760 最初的蛋白质,是怎么合成出来的?
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1700260762 生命的起源:所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的? [:1700256341]
1700260763 延伸阅读核糖核苷酸还原酶的工作原理
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1700260765 DNA当然有可能像RNA一样是地质化学作用的产物。比如就在2019年,一项新研究证明了乙醛等小分子有机物可以循序渐进地从头合成DNA的单体。X
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1700260767 但是,正如正文里反复讨论过的,如今的生化反应强烈暗示了DNA是RNA改良的产物,而不是一种从头开始的创新,所以,今天的细胞里发生的事情,恐怕更值得思考和借鉴。
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1700260769 在今天的细胞里,负责制造脱氧核糖的是“核糖核苷酸还原酶”(RNR),但它不是给单独的核糖脱氧,而是给RNA的单体脱氧,直接产生DNA的单体。
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1700260771 RNR是一类高度保守的酶,它在任何细胞中的催化机制都高度一致,这明显又是从末祖那里继承下来的。而这种催化机制也非常有趣,可以用“威逼利诱”来形容:它先是制造出了一些非常凶猛的“自由基”,去攻击核苷酸上的核糖,使核糖变得非常不稳定;之后又用一些活跃的氢原子引诱核糖,核糖当然会伸“手”去抢,而核糖的“手”正是那个活跃的羟基,这一抢就不可避免地上了当-羟基遇上氢原子,立刻就会结合成稳定的水分子,兀自离去,核糖也就失去了那个氧原子,变成脱氧核糖了。
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1700260773 如果你想把这个过程了解得再清楚一些,那么就以真核细胞的RNR为例,它的催化过程主要包括三个阶段XI。这三个阶段的研究虽然还在理论推测中,其中有很多细节并不严谨,但这并不妨碍我们试着理解它。
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1700260775 第一个阶段是制造自由基。XII所谓自由基就是带有不成对电子的化学基团。或者说得粗糙一些,自由基大多是分子被“暴力”夺去了一部分,化学键从中间扯断,形成的“带有半个化学键的分子碎片”。通常来说,这些自由基都极其不稳定,一定要从别的分子上抢回自己失去的部分才甘心,而这又往往造成一个新的自由基,这个新的自由基又会去别的分子上抢别的碎片,由此不断地传递下去,直到一个自由基遇上另一个自由基,合并成一个稳定的分子。
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1700260777 而在RNR的α亚基的活性中心,就有一对很暴躁的铁原子,它们会联合起来暴力攻击旁边的一个酪氨酸[9],夺走它的一个氢原子,把它变成一个酪氨酸自由基。那个酪氨酸自由基反应过来,转身就从旁边一个色氨酸上抢来一个氢原子,恢复了稳定,然而那个色氨酸又成了新的自由基……就这样,如图4—27,一连串的氨基酸欺软怕硬地抢劫氢原子,接力的终点是β亚基里一个半胱氨酸自由基。
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1700260779 第二个阶段,自由基攻击核苷酸的核糖,迫使核糖脱氧。XIII那个半胱氨酸的自由基毕竟是个自由基,一定要从哪儿抢回一个氢原子来,于是瞄向了身旁的核糖核苷酸,从它的核糖上夺走一个氢原子,恢复了稳定。如图4—28,这下又轮到核糖变成自由基,想要抢夺氢原子了。
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1700260781 接下来的事情就有点儿复杂了,这也是整个“脱氧”过程的关键。RNR左右开弓,一手威逼3号碳原子的羟基,一手利诱2号碳原子的羟基,兜兜转转,巧妙地把2号碳原子上的羟基换成了氢,最终脱掉了那个碍事的氧。
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