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但是说起这个“A”，它在前一种情况里有些蹊跷，似乎很容易在启动时丢失。这种担心不是多余的，实际上，RNA复制酶就是很容易弄丢开头的一两个碱基，如果不加弥补，那么只要多复制几次，RNA就会被磨秃了。但是，碱基A却有些不同，它根本不需要模板就能连接在新聚合的核酸链末尾，然后在下一次聚合时恢复成完整的CCA。
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“下一次聚合”是个非常微妙的操作，很值得我们玩味。核酸的模板链和子链不但互补配对，而且头尾相反，所以，如果这一次聚合的模板是以“CCA”开头，又漏掉了开头的“A”，把“CCA”聚合成了“GG”，那么下一次聚合的模板就是以“GG”结尾，聚合出一个“CC”结束工作。但是，这些酶走到结尾的时候虽然已经用尽了模板，却还是会机械性地再拿一个RNA单体连接在3’端末尾，然后才从模板上脱落——这有些像《猫和老鼠》里面，汤姆猛追一气追到悬崖边还不知不觉地凌空跑出去一大截，探探脚下已经没了地面，才唰地掉下去——而那个最常连接在末尾的RNA单体，就是碱基A的单体，也就是ATP，细胞的能量通货，最愿意水解的物质。把这样一个单体挂在结尾，就算没有模板，稳定性也能达到有模板的情况的65%到95%。
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于是，通过这种“无模板”的补全，结尾的CC就重新恢复成了CCA。而且任何模板链都是上一次复制的子链，所以RNA链如果以GG开头，以CCA结尾，就能保证每一次复制都是以GG开头，以CCA结尾，而整个RNA永远都不会在复制中损耗了，这也就是基因组标签假说的“末端保护”了。在第十四章，施皮格尔曼发现施皮格尔曼怪的时候，用的就是Qβ噬菌体的RNA复制酶，而Qβ噬菌体的RNA，就是以GG开头，再以CCA结尾的。
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总之，韦纳夫妇提出，只要有了这个带着CCA尾的迷你螺旋，RNA复制和逆转录就都变得又快又准了，即便是在完全没有蛋白质翻译这回事的RNA世界早期，也具有足够的适应优势，可以进化出来。如果把这个假说放在我们的故事里，我们甚至可以大胆地推测，从元祖开始，这些带着CCA尾的迷你螺旋就是细胞专门制造出来的调控性RNA。像这样只有几十个碱基的双股RNA直到今天都是细胞内RNA调控的关键成分，比如在第十四章里，我们提到过的RNA干扰机制，也往往都与小型的双股RNA有关。
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但是，读到这里，你心头的迷惑恐怕并未减少，反而越发增多了。上一节才反复讨论过，迷你螺旋的3’端本来有个反密码子，到这里又说带着CCA尾的迷你螺旋是多么古老，那么最初的迷你螺旋的3’端，到底是反密码子，还是CCA尾？如果是反密码子，那么基因组标签假说岂不成了泡影？如果是CCA尾，那氨基酸岂不是无法与反密码子建立联系？如果先是反密码子，后来变成CCA尾，那么千篇一律的CCA尾又如何还能继续结合不同的氨基酸？而且更根本的，这些CCA尾为什么要结合氨基酸？……一旦追问下去，问题就会越来越多。
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生命的起源：所有生命的共同祖先在40亿年前是怎样诞生的？ [:1700256350]
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·组件替换·
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忒修斯与雅典青年从克里特岛归来时乘坐的30桨船被雅典人珍重地保存下来，直到法勒鲁姆的德米特里的时代。其间，他们会把朽掉的木板拆去，换成更新更结实的，于是，这船就成了哲学家们论道变化的活例子：有的说这船还是原来那艘，有的却坚称它不是原来那艘。
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——《忒修斯》，普鲁塔克，公元75年左右
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对于这些追问中的第一个，我们的回答是，最初的迷你螺旋能够切换反密码子和CCA这两种不同的结尾，因为那个CCA可以在迷你螺旋复制前后随时拆装，对此，最关键的依据就在今天的细胞里。
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我们在上文说过，刚刚转录出来的转运RNA还不能立刻投入工作，而先要接受一系列的加工才能走向成熟。其中相当关键的一项，就是把原来的3’端剪掉，再由CCA添加酶[5]结合在秃了尾巴的迷你螺旋上，一个碱基一个碱基地重新续出一个CCA尾，这是所有细胞都在做的事情，一定可以追溯到末祖那里。X
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图4—50 转运RNA的序列加工：第一步，刚刚转录出来的转运RNA被“RNA酶P”，也就是第十三章里人类最早发现的酶RNA，剪掉5’端冗余序列；第二步，被“剪接体”剪掉内含子；第三步，被“限制性内切酶”剪掉3’端冗余序列，并且由“CCA添加酶”添加CCA尾；最后，经过了这些剪剪切切，还会有许多其他的酶来专门修饰转运RNA上的某些特定的碱基。（作者绘）
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所以，韦纳夫妇提出，在RNA世界的原始细胞里，这个CCA添加酶的工作就是给意外磨秃了的迷你螺旋重建基因组标签，毕竟原始的RNA复制酶想必不太可靠，复制那么多的RNA，行差踏错一定会出现，届时总得有谁来收拾局面。果然，人们在实验中发现，除了转运RNA，如果病毒3’端那个酷似迷你螺旋的结构秃了尾巴，这些CCA添加酶也能结合上去，给它们补足一个完整的CCA尾，把它们的末端保护得特别好。XI
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但这又引出了新的问题：CCA添加酶完全是由蛋白质构成的，又怎么出现在转运RNA都没有成型的RNA世界早期呢？——你看，这又是一个“先有鸡还是先有蛋”的问题。
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更可疑的是，在今天的细胞里，CCA添加酶有两种不同的版本XII，古菌的是一种，细菌和真核细胞的是另一种，而且两者的氨基酸序列差异很大[6]。按理说，这意味着两种CCA添加酶有不同的起源，是末祖分化成细菌和古菌之后，再由这两个类群分别进化出来的，那还怎么追溯到转运RNA的起源问题上去呢？这就好比两个作家写了两篇文章，虽然题目一样，说的事情也一样，却看不出多少雷同的句子，那还怎么追究他们谁抄了谁呢？恐怕只能说是英雄所见略同了。
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图4—51 CCA添加酶的工作原理，红色圆点表示催化中心。其中，右侧上方一行是古菌的CCA添加酶工作原理，转运RNA的3’端具有弹性，不断被压缩，催化中心由此依次添加3个碱基；右侧下方一行是细菌和真核细胞的CCA添加酶的工作原理（推测中的），CCA添加酶弹性更强，不断形变，催化中心一边移动，一边依次添加3个碱基。（更改自Kozo Tomita和Seisuke Yamashita，2014）
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但是，再仔细比较这两种CCA添加酶，包括细菌的CC添加酶和A添加酶，我们又会发现事情没有这么简单：虽然氨基酸序列不一样，但它们的三维结构实在太像了。就好像你又仔细读了那两篇文章，发现所有对应的段落都在说同一件事，这篇在结尾写了首颂，“一切有为法，如梦幻泡影，如露亦如电，应作如是观”，那篇在最后占了段偈，“诸和合所为，如星翳灯幻，露泡梦电云，应作如是观”[7]——这就大有问题了。
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对此，我们可以给出一个“忒修斯之船假说”XIII。这两篇文章虽然不是“抄写”自同一篇文章，却是“翻译”自同一篇文章。最初，在原始细胞内，原始的CCA添加酶就是RNA组成的，是个酶RNA。但是当原始细胞进化成了核糖细胞，蛋白质就与CCA添加酶结合起来，增强它的功能。结果蛋白质后生可畏，在催化反应中的表现比RNA出色多了，在进化中更具优势，于是，CCA添加酶中的RNA就一点一点地全都换成了蛋白质，恰似用钢材代替木材，翻新了忒修斯之船。
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这项翻新工作无疑持续了漫长的时间，到末祖分化成了细菌和古菌，才在这两个类群里分别完成，于是就变成了两种氨基酸序列不同，结构和功能却完全一样的CCA酶。
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看起来，这是一种传奇的解释，但这样的传奇却并没有那么罕见。在第十二章的结尾，我们说到某些长链RNA的绝大部分都被蛋白质替换，只有活性的末端保留下来发展成了辅酶A之类的物质。很明显，那个假说同样是在翻新忒修斯之船。
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更明显的例子已经出现在第十三章。人类最先发现了两种酶RNA。一种是RNA酶P，这种酶就已经把大部分结构都翻新成了蛋白质，而只保留了催化中心的RNA。另一种酶RNA是自剪接内含子，称得上原封不动，但是在我们真核细胞，尤其是动物细胞内，这样自剪接内含子却很少，大部分内含子都是由“剪接体”剪掉的。这些剪接体是一些超大型复合物，其中既包含了蛋白质，也包含了RNA，缺了谁都不能剪掉内含子。然而有趣的是，我们发现这些剪接体本身就是一种自剪接内含子进化来的[8]XIV——看起来，忒修斯的这两艘船都只翻新了一半。
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所以，对于这一章刚开始就留下的第二个问题——aaRS要怎样出现在RNA世界里，韦纳夫妇也直接沿用了忒修斯之船假说：aaRS也是一艘忒修斯之船，也曾经是RNA构成的酶，也在进化中完全被替换成了蛋白质。
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