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正文里说过，耶鲁大学的阿兰·韦纳和南希·梅泽尔斯夫妇综合了许多拼图碎片般的分子生物学事实，提炼出了一个基因组标签假说。这里将要介绍其中最关键的几块碎片，它们不只与假说有关，也是展现生命活动精密调节的好例子。
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这些碎片中的第一块藏在芜菁黄花叶病毒（Turnip yellow mosaic virus，TYMV）里。顾名思义，这种病毒会感染芜菁，也就是俗称蔓菁、盘菜、大头菜的那种根用蔬菜，使它的叶片出现黄色的斑。除此之外，它也会感染其他的芸薹属蔬菜，比如卷心菜、大白菜、小白菜、花椰菜。[13]
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芜菁黄花叶病毒发现于20世纪50年代，是一种非常典型的RNA病毒。它的整个基因组就是一条长约6 300个碱基的单链RNA通过自我配对，这条RNA在三维空间中形成了非常复杂的结构。不过我们并不需要观察它的全部形态，如图4—52，只集中观察它的3’端末尾，就足够惊喜了。
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看到了吗？这个病毒的3’端结构，竟然与转运RNA惊人地类似！
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它不但有3’端的CCA尾，甚至还有缬氨酸的反密码子“CAC”。只是转运RNA的迷你螺旋由5’端和3’端互相缠绕而成，但芜菁黄花叶病毒的5’端延抻出去编码基因了，所以只能靠3’端单枪匹地制造这个迷你螺旋。于是，这个3’端像小麻花似的扭了一圈，硬是凑出了酷似迷你螺旋的结构。这个结构乍看很像打结，却又没有彼此穿过，不能真的系紧，所以在RNA的形态研究中被叫作“假结”。
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事实证明，这个“转运RNA样结构”和真的转运RNA一样好用。芜菁黄花叶病毒一旦在细胞内大量复制，缬氨酸的aaRS就会把病毒的转运RNA样结构当作真的转运RNA，在它们的CCA尾上连接一个缬氨酸，结果真正的转运RNA就得不到足够的缬氨酸，正常的蛋白质翻译工作因此缺乏原料，于是，叶片就发黄了，斑斑驳驳的。XXIII
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可是，芜菁黄花叶病毒为什么要在3’端长出这样一个转运RNA样结构，和细胞争夺缬氨酸呢？
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因为只有给假结带上这个缬氨酸，芜菁黄花叶病毒才能迅速地复制，扩大感染，否则，如果那个转运RNA样结构发生了什么突变，抢不到足够的缬氨酸，病毒的扩增速度就会大幅减缓，甚至无法形成感染。不过另一方面，人工编辑那个转运RNA样结构，把它们改成结合甲硫氨酸，新的芜菁黄花叶病毒也仍然能够感染大白菜，所以它们有可能只是必须结合一种氨基酸，而与具体是哪种氨基酸关系不大。XXIV
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图4—52 左侧是缬氨酸转运RNA的二三级结构，右侧是芜菁黄花叶病毒3’端的二三级结构。（作者绘）
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芜菁黄花叶病毒当然不是孤例，从20世纪70年代开始，人们陆续发现，一大批专门感染植物的RNA病毒都有这个转运RNA样结构，虽然未必都有完整的反密码子，但通过各种假结的堆叠，形状上都与真正的转运RNA非常类似，都能骗得细胞把氨基酸交给它们——除了缬氨酸，苏氨酸和组氨酸也是RNA病毒努力争夺的氨基酸。
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而且，这些病毒的转运RNA样结构也往往与它们的复制能力有关。比如烟草花叶病毒，就是这一幕引文里的那种病毒，就必须要有这个结构才能顺利地结合RNA复制酶，如果把烟草花叶病毒的转运RNA样结构安装到一般的信使RNA上，这个信使RNA的表达效果竟然会增强100倍！XXV
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不仅如此，细胞内部有很多“RNA外切酶”，它们会从两端开始，将所有来源不明的RNA粉碎掉，而这个转运RNA样结构同样是破解之道。转运RNA样结构只要连接上氨基酸，另外一类被称为“延伸因子”的蛋白质就会结合上去，包住病毒仿造的迷你螺旋，它们的本职工作是协助完全成熟的转运RNA进入核糖体，加快翻译的速度，但在此时，它们成了病毒3’端的保护套，可以阻止细胞内的RNA外切酶攻击这个病毒。
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图4—53 另外3种单链RNA病毒的转运RNA样结构的二级结构示意图，它们在三维空间里折叠起来之后都能利用aaRS，给自己的CCA尾增添氨基酸。（作者绘）
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看到这里，读者或许会问：基因组标签假说谈论的是半个转运RNA可以引导复制，但这些病毒的转运RNA样结构却酷似一个完整的转运RNA，这岂不是有些矛盾吗？这就引出了一个有趣的事实：早在20世纪90年代，我们就发现这些转运RNA样结构只需要假结那一半就能从aaRS那里骗来氨基酸，这与转运RNA只需迷你螺旋那一半就能与aaRS作用是一模一样的。XXVI
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所以，如果说转运RNA样结构与转运RNA一样古老，经历过一样的进化，这并不是什么不可能的事情。毕竟我们早就说过，RNA病毒是非常古老的病毒，保不齐就是RNA世界的孑遗。但是，这“一样的进化”究竟是怎样的进化呢？
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直观地看，一种可能是“拟态”，就像眉兰的花朵进化得酷似雌蜂，可以诱骗雄峰前来传粉那样，病毒的3’端本来与转运RNA没有任何关系，但是3’端长得越像转运RNA，就越能诱骗aaRS，捞到额外的复制优势。所以早在迷你螺旋刚刚出现的时候，这些病毒的3’端就进化成了假结来占便宜，后来迷你螺旋进化成了转运RNA，这些假结也亦步亦趋，跟着进化成了转运RNA样结构。
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图4—54 蓝色的就是延伸因子，红色的是转运RNA。延伸因子包裹在迷你螺旋上，促进转运RNA进入核糖体。黄色的是1分子GTP，是我们在前两幕里多次提及的另一种能量通货，它将在转运RNA进入核糖体的时候释放能量，保证转运RNA能与信使RNA精确匹配。这里涉及一些“能量”与“正确”的问题，本书的增章会讨论这类事情。（David Goodsell绘）
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相对的，另一种可能是“平行”，就像牛和马的祖先都有蹄子，它们一直都在同样的草原上奔跑，所以也一直都有类似的蹄子。或许，当初的RNA世界本来就既有迷你螺旋又有假结，它们从那时起就在共享原始的aaRS。后来，迷你螺旋被细胞征用，进化成了转运RNA，假结却成了病毒的工具，进化成了转运RNA样结构，但它们一直都在利用aaRS，所以一直保持着形态上的高度一致。
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如果只看这种现象本身，那么“拟态”的确是最合理的解释，因为拟态作为极致的伪装，的确是生存竞争中极其常用的伎俩，我们可以在今天的世界里找到数不清的案例。但我们又不能只看这种现象本身，还有其他密切联系的碎片同样正摆在我们面前。
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第二块碎片，藏在发霉的面包里。
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粉红面包霉菌（Neurospora crassa）是1843年在法国巴黎的一家面包店里发现的，被它们感染的面包会迅速蔓延起蓬松、粉嫩、好像猪肉松一样的菌丝，对于19世纪的欧洲人来说，这样的面包反正是不能吃了，得赶紧丢掉，免得污染了那些新鲜的面包。但是到了20世纪，这些霉菌却成了实验室里的宝贝。因为它们生长迅速，而且菌丝都是单倍体，没有显性基因遮盖隐性基因的麻烦，正是研究基因与性状的良好模型，所以直到今天，它们都是遗传学和细胞生物学上相当重要的模式生物。