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但是，为了理解现代人类与尼安德特人共存的情况，两者之间将怎样互动就变得很重要。比如说，如果我们发现确实存在基因流，但是是从现代人类流入尼安德特人的，那就很有意思了。如果这两个种族共存，而且又存在社会不平等，那就总会存在杂交，但是有方向性的：通常来自优势群体的男性与来自非优势群体的女性拥有共同的后代，而且后代通常与非优势群体待在一起。如果有这种事情发生的话，当我们遇到尼安德特人，就会存在基因从现代人类进入尼安德特人的情况，而这是无法在现代人类的线粒体DNA中发现的。
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当我们猜测尼安德特人的事情时，我通常都会说，这其实更多的是反映了我们自身的世界观。如果你是种族主义者，你会认为，如果尼安德特人对现代欧洲人的基因组有贡献，那也一定是很古老的变异了（至少有几万年了），并且这个贡献是对适应在欧洲的生存有利的。这一群体适应了欧洲的生存方式，然后又移居到世界上的其他地方。但你也同样可以说，走出非洲的人更有创造力，是更先进的人类，他们开辟出新的领土，这些人的基因在某种程度上也是现存于非洲的基因子集中的。你总可以根据你的偏好来把故事说圆满。我不认为，有任何科学知识或见解会让人改变自己根深蒂固的成见。有一个经常被问到的问题就是：“你认为尼安德特人为什么会消失？是我们杀死了他们吗？”如果你喜欢把现代人视作残暴的人的话（就像我们今天的所作所为）你就会说，很明显这是我们第一次大规模的种族屠杀。
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另一方面，如果我说，在中东发现的最早的人类化石是93 000年前的，而中东最近的尼安德特人化石是6万年前的，那又会怎样？这就意味着，我们与尼安德特人曾在中东有3万年和平共处的时间。如果我们真有这些证据，那就太奇妙了！你可以说：“好吧，也许是因为现代人类出现时，尼安德特人消失了，后来现代人类又消失了，所以他们从未相互交流过。”但谁又知道呢？这种猜测只是反映我们对自身的认识罢了。
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我第一次尝试从古物中提取DNA要追溯到1985年前，当时我在研究古埃及木乃伊。由于卡瑞·穆里斯发明了聚合酶链反应方法，这让我们可以从化石中确定我们感兴趣的DNA片段，还能反复重现实验结果，得到很可靠的结果。而且其他人也能重复实验。那时已经到20世纪80年代末，90年代初了。
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在1997年，我们首次把这种方法应用到尼安德特人化石上。从那时起，我们开始在古生物学和古人类学方面有了很多重大发现。但在过去两年里又出现了一种新技术，高通量DNA测序：利用机器，你可以很有效率地从化石中提取DNA，并且给随机的一小片化石测序，而且不需要关注特别的东西，就能看清楚化石中的所有信息。然后再利用这个DNA分子，去观察其与人类或黑猩猩相似的地方。虽然通常只有很低的相似性（2%～4%），但包含这种高通量的技术开销，在我们可以承担的范围之内。你可以抛开95%～98%的数据，只需关注剩下的部分。这些技术已经改变了整个局面，使我们现在就能去观察那些已经灭绝的物种的全部基因组，比如尼安德特人、猛犸象或者其他已经灭绝的动物。
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当我还是个孩子的时候，我想要成为建筑师和埃及学家，我想去埃及进行考古挖掘之类的工作。那时我对那些事物抱有太多不切实际的想法。当我上大学后，我开始研究埃及学，发现这完全不是我所想象的那样，并不是电影《夺宝奇兵》里的主人公印第安纳·琼斯（Indiana Jones）所做的事情。至少瑞典的埃及学的课程内容主要是语言学，也就是学习古埃及的动词形式之类的。所以我变得对它没什么兴趣，也不知道该做什么。后来受到我父亲影响，所以我决定学医。
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但那个时候，正逢DNA技术和克隆技术降临的时代。我知道，埃及博物馆里搜集了数以千计的木乃伊，每年在埃及还有数百个木乃伊被发现。不过我并没看到有人利用新技术去研究木乃伊，他们在一个古埃及木乃伊样本中提取DNA，并在培养皿里克隆，然后再进行研究而已。
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我把这样的研究当作了爱好。因为我当时有点畏惧我的论文指导老师，他是一个很强势的人，所以我总是在夜晚和周末偷偷地做研究。庆幸的是，我的研究是一次很成功的尝试。我们证明，通过从一些木乃伊身上提取组织样本里的细胞核中的DNA，你可以给DNA染色，你也可以提取DNA，证明它来自人体。但当时有规定不能提取任意物体的DNA，所以当时只能追踪少数DNA的来源。但两年之后形势改变了，聚合酶链反应应运而生。然后我就去了伯克利，进入了一个对此同样感兴趣的实验室，在那里，我继续发展了这项工作。
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在1984—1985年的时候，我原本想要研究古代文明的基因组，因为我对古代文明有种壮美的错觉。我以为我可以轻易地研究古代生物的基因组。我梦想能够解决埃及学中的难题，比如，我们所读到的历史政治事件是怎样影响整个种群的？当亚历山大大帝出征埃及时，这对种群有什么影响？难道这只是一次政治变迁？难道阿拉伯人对埃及的征服，只是意味着一个种群的大部分被取代了？或者说这主要是一次文化变迁？我们无法通过历史纪录去回答这些问题，而我的梦想就是去解决这样的问题。一开始成功几次之后，我意识到我想做的事情的局限性。
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之后有更长一段时间，我专注于灭绝的动物。我们首次给猛犸象、袋狼、新西兰恐鸟化石做了DNA测序。我们不需要处理DNA受到污染的问题，因为那些灭绝动物所处的环境并不像现在那么复杂，现代人类的DNA可以轻易地和它们区别开来。
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利用一些新出现的技术能力，我开始实现解决埃及学中难题的梦想。其中一个大梦想就是去解决人类的专门问题，同时又与其他的生命形态相关联的问题，比如语言问题。所以，几年之前当确定FOXP2基因时，我们深感激动。这是人体基因中的一个变异，会导致说话困难，这种变异看起来发音的结构有关。其主要的难题与口腔和胸腔的肌肉控制有关：我们要控制发声线、舌头、嘴唇，并持续一毫秒才能发出声音。
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我们研究了那个基因的进化。我们发现，构成它的蛋白质的功能是开启和关闭体内其他基因的活动。这种蛋白质携带两个替换氨基酸，这种构造对人体而言很独特。在其他灵长目动物里没有发现这种情况，但却唯独出现在人的进化谱系中。
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现代人类中的FOXP2基因里的各种变异模式也说明，它受到一种积极的自然选择作用，而且有一种变异迅速传播到地球上的所有人类里。这就让人不由自主地去猜测，那些变异就是源于氨基酸的变化，而且它们影响了我们的发音能力。
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自从我们解决完变异问题，发现了一种单一的正向选择之后，我们又开始探索两个问题。一个问题就是观察尼安德特人，确定他们是否也有那些氨基酸变化。结果表明，他们确实也具有那些氨基酸变化，这一发现令我很震惊。就那些氨基酸变化与发音的相关程度而言，我们与尼安德特人共享了这一能力。当然，这只是很多基因中的一个而已，我们还不知道与语言和说话相关的其他很多基因也是如此。在说话能力上，可能有一些差异，但是还有很多未知情况，所以假设存在差异是说不通的。
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我们正在解决的另一个问题是，那些氨基酸差异是否重要。我们已经完成了利用实验鼠内生的FOXP2基因去培育实验小鼠，那并不是老鼠所特有的一种，而是与人类的FOXP2基因是一样的。过去两年里，我们全面分析了那只老鼠，并进行了各种实验。我们和合作者研究了这一老鼠身上的300多种特性，并经常将它和人为改变基因的老鼠相比较，这一被改变了基因的老鼠与其他自然生长的老鼠，原本是同一个母体所生的。我们直接将二者作比较，因为它们有同样的出生经历，同样的生长环境。我们关注的那300多种特性，在二者之间只有两项特性有显著不同。
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我不理解的一件事情就是，被人为改变基因的老鼠比自然生长的老鼠，在新环境里显得更加谨慎。比如说，如果它们去到一块空地，在那里，老鼠通常会感觉更加暴露自己和易受攻击，被人为改变基因的老鼠在一开始的几分钟会一直靠墙待着，而自然生长的老鼠会更加勇敢地进入空地。这一差异会持续4～5分钟，之后就没有区别了。我不知道该如何理解此事。
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另一个让我着迷和震惊的未解之谜是：那些老鼠发出的声音不同。我们是这样来检测的：当那些幼崽两周大的时候，让它们和母鼠分开；它们吱吱叫，母鼠就过来把它们重新带回窝里。我们可以在超声波范围里记录那些声音。我们和分析声波图的专家合作，发现它们的发声存在清晰而微妙的差异。这就支持了我的信念，那些变异与口咽之类有关的肌肉控制有关，也许还与人类的发声方式有关。但在人类与尼安德特人分流更早的进化时期，就已经发生了变异，所以这一变异是我们和尼安德特人共享的。
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当我们开始把聚合酶链反应应用到古代生物DNA的时候，我们很早就明白，其中存在一个很严重的问题，就是污染，特别是由现代人类DNA所造成的污染，因为这很普遍。这间屋子里的尘埃，很大程度上就是我们身体的皮肤碎片，它们包含着DNA，落在实验用品上，或者落在我们所用的化学物质上。这就是为什么我们从一开始就不去研究现代人类的DNA的原因，比如避免研究古埃及木乃伊。因为这几乎不可能证明你的成果是正确的。但有了尼安德特人，就有些不一样了，因为我们在线粒体DNA上有着明显的区别。
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当我们把高通量测序技术应用到现存的尼安德特人身上时，我们尝试了不同的技术。我们从最完整的来自克罗地亚的尼安德特人身上，提取了两个碎片，我们将一个碎片寄给了伯克利的埃迪·鲁宾（Eddy Rubin）团队，他们在培养皿里克隆了这一片。他们利用20世纪80年代的技术（但现在更有效率了）去给克隆体测序，从尼安德特人那里提取了6万～7万个碱基对。我们从同一根骨头上提取了另一片，并寄给了康涅狄格州“454生命科学”公司（454 Life Science）的创始人乔纳森·罗思伯格（Jonathan Rothberg），因为他从瑞典购买了对焦磷酸测序的专利。然后我们利用他们的技术进行了实验，事实证明这样更有效率。他们对约75万碱基对进行了测序。我们分析了那些不同的数据集，并在一周之内发布了两篇论文，一篇发表在由埃迪·鲁宾主导的《科学》杂志上，另一篇发布在由“454生命科学”公司主导的《自然》杂志上。
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当时我们与埃迪·鲁宾团队关系还有点紧张，因为他们原本打算继续在培养皿里使用克隆技术进行研究。但是在我看来，这明显不够有效率。他们创造的数据比“454生命科学”公司的要少10倍。但在“454生命科学”公司的数据库里存在污染。我们到现在也不知道污染物是从哪里进入的，因为两片提取物都是来自于我们专门为那块骨头准备的净化室里。最有可能的情况就是在“454生命科学”公司里进入的，因为当时他们正在给詹姆斯·沃森的基因组测序。如果詹姆斯·沃森和尼安德特人的基因组有轻微的混合，我一点都不会感到奇怪。
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2008年，我们在《细胞》杂志（Cell）发表了一篇论文，公开了完整的尼安德特人线粒体基因组，下文我们还会继续讨论这一点。我们宣称，我们在净化室里给那些基因序列做标记和测序的时候，我们都是把它们从净化室里拿出来，然后每一条序列都从这个小标签开始。这样我们就知道了，那些污染源确实是来自于我们的净化室。因为我们发现，当我们利用完少量DNA时，测序的机器上总有一些残留物。后来我们实验室发出了这则通告。
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接下来的大事就是，我们实验室的科学出版物发表了首份尼安德特人基因组的草拟版本。在哺乳动物里，我们唯一完成基因组测序的是人类和老鼠的基因。其他所有的物体都还只是草拟版本。尼安德特人的基因组也只是一个草图，并且从统计学的层面来看，基因组里的每一个核苷酸都有1.5倍的概率是能够吻合的。但这也意味着，基因组里还有约30%的基因序列还没被发现。但是首先我们可以给基因组做个概述。我们可以先确定，比如10万个碱基对，除此之外，平均而言，我们还能获得六七万的基因序列，并仔细检查基因组。要完全实现这一点，还需要对更多样本做更深入的测序工作。我们将在未来几年之内完成。
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人们问我，为什么我最后去了德国。就像人生中的很多际遇一样，这也是出于偶然。当我在伯克利的时候，我想要重回欧洲，当时我的女朋友是慕尼黑的一名研究生，所以我去看望她。而她的教授是一名优秀的遗传学家，他要我做一个报告，并且说一年之内他那里有一个职位，问我是否愿意申请。但我最后和那位女友分手了。不过事实证明，比起剑桥和瑞典的工作机会，那里的职位更好。我想：“虽然德国的生活方式并非是我梦寐以求的，但是我可以在那里待几年，做出优秀的成果，然后再去其他地方。”我觉得，愿意接触那些你从未当作天堂的地方，这是一种很好的态度。我在德国的经历比我之前料想的要好太多了，我在那里过得很愉快。当时有一个政治决策，在民主德国和联邦德国合并后，民主德国要和联邦德国有同样密度的研究所。我在德国六七年后，民主德国要成立一个新的马克斯·普朗克研究所，而我有幸参与了这个过程。
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德国人很乐意去提问，因为德国在那些研究领域特别薄弱。有充分理由表明，德国一个明显很薄弱的领域就是遗传学，还有人类学。马克斯·普朗克学会的前身是威廉皇帝学会，它在柏林有一个人类学研究所，在那里，约瑟夫·门格勒（Josef Mengele）被任命参与了大屠杀(1)。所以在1945年5月之后，马克斯·普朗克学会自然就完全绕开了人类学，这也反映在大学的课程设置里。第二次世界大战后，人类学作为一门学科完全没有威望，所以相应的质量也很低。
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比起美国，神创论在德国是一个更小的议题。我在这方面收到的大多数邮件和信件都来自美国，比来自德国的要多得多。那其中也不乏一些批评，约占来访信件的1/4。他们拒绝接受我们与尼安德特人、或黑猩猩有共同的祖先这一说法。但我还是要和宗教原教旨主义者共事，因为在我的实验室里，大多数研究生都来自于民主德国。到最后，我已经放弃和一些人争辩了，他们说：“上帝是万能的，任何我所见所想的都是上帝放进我头脑里的，是上帝让我认为，存在进化的证据。”我无法驳斥这一点。我无法理解，为什么上帝要以这种方式欺骗我，但如果是这样，那么我们不过是在研究上帝的骗局，对吗？我们和这个研究生达成共识，然后我们就在这样和平的假象里工作。
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