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我从麻省理工学院辞职了，在第二年夏天我将搬去斯坦福大学。那里会支持生物工程所需的基础研究。在旧金山湾区有庞大的工程师社区，有电子工程和软件工程，还有很多人拥有最相关的技能。如果你预期生物工程会遇到挑战，那么主要的挑战就是怎么去控制复杂性，也就是说，怎么在一个整合了多元件的系统里创造出简洁性，怎样去开发支持进化程序的理论。
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有一种思考这一问题的方式，就是直接对应通信理论，你想象一下有一个发送者，一个接受者，还有通过一个信道传递的一条信息。在进化中，你拥有一个亲代，也就是发送者，有传递者，你也有后代，也就是接受者。被传递的信息就是有机体的设计，信号放大的信道就是这一机器繁殖的过程。所以，无论如何，与未来的生物工程最相关的劳动力和知识基础，现在就在旧金山半岛。
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在2000年当我们在麻省理工学院组织了第一届合成生物学大会时，我们预计会有150人到场。在发出通告6周之后，就有500人想参加。现在又过了4年。第四届大会将在香港科技大学举行，我想在未来20年，那里的生物学发展会超越世界上很多地方。那所大学就位于香港九龙清水湾。
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对我而言，有趣的是了解了一个事实，要大众去欣赏一项迅速发展的技术的内涵是多么困难。事实上，从开始测序到人类基因组计划，中间只隔了10年。同样的事情也会发生在基因组的构造上。标准化的元件每年都在成倍增长。对生物工程感兴趣的青少年同样也会越来越多。这一技术正在以建设性和负责的方式以指数级爆炸，而你也在冲浪前行，在这样的世界里，你要怎么生活？只有极少数人明白这一点。
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2008年2月17日
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(1)指美国工程师金·埃里克·德雷克斯勒（K.Eric Drexler），他是分子纳米技术的鼓吹者。他曾被多位小说家写入作品里。——译者注
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生命：进化生物学、遗传学、人类学和环境科学的黎明 15 EAT ME BEFORE I EAT YOU: A NEW FOE FOR BAD BUGS 在我吃了你之前吃了我
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Kary Mullis凯利·穆利斯1993年诺贝尔化学奖得主，曾创造出聚合酶链反应。
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我们将生产出抗生素型的药物。从它们不会杀死细菌的意义来说，它们不是真正的抗生素。它们只是渴求你的免疫系统去消灭自己，它们会说： “吃了我！”
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——《在我吃了你之前吃了我》
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凯利·穆利斯：我们正在研究一种操纵现存免疫系统的方式，这样它就能去抵抗尚未对其有免疫力的病毒。多年以来，我们一直在利用抗生素控制细菌，但是细菌也一直在进化。我们从未擅长控制病毒，除非我们提前通过接种疫苗来做足准备。不管是用抗生素还是接种疫苗，这两种治疗方法都是得在你感染了病毒以后我们才能采取的措施，才能够起作用。这听起来太理想，而不像是真的。抗生素就这样被称为“奇迹之药”。
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为了便于大家理解我们正在做的事情，我来解释一下免疫系统是怎样工作的。大多数人都知道我们拥有免疫系统，但不知道它是怎样在分子和细胞层面运作的。免疫系统是由很多种不同的细胞所组成的集合体，每一种都有其自身的目的。和你大脑里的免疫细胞一样多，它们大多分布于你身体里各个特殊区域。免疫系统下面是由很多饥饿的细胞组成的集合，它们会按照整个系统的指令去摧毁和吞噬一些被系统视作“异类”的东西。这个系统的其他部分承担的职能，是防止那些饥饿细胞去吞噬你身体里任何其他正常运作的细胞。免疫系统中的新细胞永远在诞生，它们诞生后立马就要接受测试，检验它们是否有能力去创造抗体，并把它们自身附着到那些“异类”上面。由此说来，抗体才是分子创造者。
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糟糕的是，如果它们创造出的抗体附着到“同类”上面，那么免疫细胞就会被杀死并被吞噬。我们并没多少免疫细胞可以去浪费。免疫细胞一直在进行着这种聪明的选择过程。就在一个免疫细胞诞生之后，它的DNA里一个特别的部分就会立刻游离出来。这种游离主要是由一种酶完成的，这种酶是从一种反转录病毒中挑选出来的，这种反转录病毒的生命形态是在6 000万到8 000万年前就出现过的，它也许有点黏糊糊的，还可能有牙齿，在漫长的进化过程中，它做梦都想变成我们身体中的一部分，进入我们胚质的基因组里。通过这种方式，我们有一半基因组就利用了从各种病毒里挑选出来的基因。这很令人震惊，也有点耸人听闻。DNA游离的一个结果就是，每一个新的免疫细胞在遗传上，都是在一个区域里独特加密的，从而生产出一种特殊的蛋白质结构，这种结构前所未有，也有希望能与当时还未知的一些结构结合起来。
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如果它创造出一种蛋白质，可以与你身体里目前任何东西相结合，那么，这所谓的“任何东西”最有可能就是“你”自己，所以为了防止这种情况发生，这个细胞就被杀死了。但如果这一蛋白质是指现在所谓的“B细胞受体”，它不能与现在周围的所有东西紧密结合，那么这个细胞就会被允许存活下来。那些新生的免疫细胞在你的体内保护着你，观察着各种组织，确保你体内没有什么有危害性的蛋白质。
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这之后，它就放任不管了，或者在一个淋巴结那里聚集。如果一些陌生的东西出现在你体内，而且与一些东西结合，但免疫细胞还不采取行动的话，一个合理的假设就是，那些东西不是“你”。如果那些陌生的东西的数量在增长，这可能会是一个威胁，免疫细胞就会觉察到，从而马上会出现免疫反应。当一个细胞能够创造出一个类似B细胞受体的抗体时，除非抗体能够被定量排泄出去，否则系统就会开始指导这个细胞尽可能快地分裂自身，免疫细胞的子细胞就会开始排出抗体。附着到侵入物上的抗体也是在发出邀请，让所有专门的免疫细胞以各自的方式去应对侵入物。一般来说，新进入的外来物只要几周时间就会消失。
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科学家们花了很长时间才理解，我们是怎么从一个有限的基因组上，创造出可以和任何东西紧密结合的抗体的。某些从火星上来的东西会进入你的体内，但你自身能够创造出抗体应对。但是，你的DNA里不可能有足够多的信息，去创造出一个强大的结合点，可以结合所有可能的实体。弗兰克·麦克法兰·伯内特（Frank Macfarlane Burnet）给出解释就是我刚刚在上文中所说的。一般而言，这种说法行得通。
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但一个问题在于，免疫系统可能无法意识到出现了某个外来物，直到这个外来物急剧地繁殖自身才会发现。一个细菌每30分钟就会自我繁殖，所以当你被细菌感染时，细菌数量会快速增加。如果在细菌所处的地方，没有相应的细胞去应对，那就需要相当长一段时间，你的免疫系统才会做出反应。
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这是一个漫长的官僚主义过程，进行应对的相应细胞可以被描述为免疫细胞里的一个等级，它需要作出大量决策。需要决策的问题就是，是否需要作出免疫反应去对付那个急剧繁殖的外来物。如果需要，那要做出何种反应？你的免疫系统所采取的每一个行动，都会引发一些连带危害。首先这就是一件得不考虑的事情。这是一个严肃的决策。对于任何特别新的外来物，通常都需要几周时间，你的身体才会做出一个切实强有力的免疫反应。
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这个免疫反应会一直持续下去，直到很多抗体的受体都清空了为止。当系统觉察到出现多余的抗体了，它就意识到外来物已经走了。这就像是从前线打完仗的部队一样。大多数那些适合抗击外来物的细胞都是慢慢消失的，但也有少数会留下来，就像是保卫战果一样。它们被称作记忆细胞，所以，如果你一旦再次遭遇外来物，就会有至少1 000个细胞去对抗，而不是只留一个。通过这种方式，你能够让免疫反应更加迅速。
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我开始思考我们可以怎么去帮助免疫系统更好地做出反应。我突然意识到，有一些免疫反应在我们刚出生没多久的时候就有了，我们有力地将其保留了下来，它们随时准备行动。它们确定的目标在我们的身体环境中相当平常。其中一样就是所谓的“α-Gal表面抗原”，它其实相当简单，就是一个含有3个单糖单元的三糖化合物，能在实验室里被化学合成。我们的免疫系统有1%的部分正是服务于它。
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如果你能够用药物从化学上改变那些抗体，这样的话它们就能与其他东西结合，那会怎样呢？比如，和那些会感染你的病毒结合，而现在你想要对它产生免疫，那就不需要你的免疫系统去搞清楚你的身体发生了什么，医院的实验室就能弄清楚。如果有某个患者携带金黄色葡萄球菌，化学家可以安装一个连接器，这个连接器其实就是分子，它可以和葡萄球菌的某些部分在一个端点结合起来，又会在另一端去刺激α-Gal表面抗原。α-Gal抗体就会与α-Gal抗原结合起来，继而与葡萄球菌结合。这是一个很聪明的技巧，至今依然在发挥作用。这可以应用到任何表面有特殊物质的有机体上，所有有机体也都是这么做的。
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我们现在可以轻松地观察10或20种可以避开抗生素的有机体，去确定它们的表面蛋白质是什么。你总能发现一小点突出的碎片。就好像，当你观察一个人时，你会说：“这个人的耳朵很有趣，而且每当我看到他，他的耳朵一直是这样，如果我拿什么东西夹住他的耳朵，就相当于是拿能与一个α-Gal抗原黏合的东西去夹住，那我就夹住他整个人了。”这就是免疫反应的运作方式。它不会作用于整个有机体，而是找到一些突出来的特征。
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所以我就关注会出问题的有机体上面总会有的东西。葡萄球菌有一个整洁的小点，它有一个受体，当它在人体里时，这个受体专门用来寻找铁元素。其目的之一就是专门从我们的血红蛋白中挑选出血红素，然后放入葡萄球菌细胞里。它一直都在这么做。其原因在于，葡萄球菌必须和蛋白质互动，而这个蛋白质又是由葡萄球菌创造出来的，它要出来获得血红素并带回去，与之对接。葡萄球菌的这一特征总是在其表面呈现出来，也总是保留在其结构里。如果它和结构混淆了，比如说，发生了快速变异，那么，它就无法适于停靠蛋白质(1)，这个蛋白质就无法获得铁元素，也就无法在你体内生长，你也就不会遭遇葡萄球菌所带来的问题。
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