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由于全世界有上千人在研究广义上的葡萄球菌，关于葡萄球菌的结构化信息也在增多，我会说：“这里有一个肽，一个包含10个氨基酸的肽，看起来就像是一种松散的环。”令人感到奇妙的是，所有信息都在那里，你不必跑到实验室里研究。有些人可能认为这很烦人，但我发现这其实很有趣。我在寻找那些有害的有机体的致命弱点。
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一旦我找到一个可能的目标，同事们就开始去寻找相关的适体分子去与之结合。我们的系统里利用了各种核酸适配体，这是一类比较新兴的DNA或RNA，与这类DNA或RNA结合的分子，最初是以一种系统的方式发现的，这种方式就是指数富集的配基系统进化技术（SELEX），克雷格·图尔克（Craig Tuerk）大约在20年前就开创了这一技术，现在通过利用SELEX与其他方法，我们已经有了广泛的应用。
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核酸适配体会专门与目标物结合，而且结合得相当紧密，这也就意味着，它会只与目标物结合，而且是强烈地与之结合。这其实很复杂，但是化学家们经过漫长的探索，终于找到了应对方法。他们利用一种机器创造了单链DNA，而不是螺旋状的双链。我们需要一列已知的20个碱基在左端，还需要一列已知的20个碱基在右端。然后在中部我们需要30个碱基，它们都是从4个碱基中随机挑选出来的。这就意味着我们可以在一个试管里获得1018个不同的分子。
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其中有一些会和我们的目标物结合。它们会被一个小圆柱留存住，这个圆柱包含了很多被固定住的目标物的复制品。把不能结合的目标物去除，再利用聚合酶链反应，我们就能创造出数十亿个结合物的复制品。我们可以这样做，是因为我们知道它们在端点处有什么样的序列，这样我们就可以创造出短引子去匹配它们。现在我们完整地对一小部分序列完成了测序，有了这些测序结果，我们就能够对其进行大量的人工合成。尚待完成的，就是在适体上固定一个合成的α-Gal抗原，从而可以获得新的药物。以上就是理论上的操作原理。
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当我第一次开始去进行这项研究时，是在10年前，我们创造的分子在血清里一点都不稳定，而且有大量的酶会摧毁外来的DNA。在这种状况下很可能会发生这种后果：一旦我们把这种新药物放入动物体内，肾脏立刻就会对其产生排斥反应。
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得益于吉瓦·维韦卡南达（Jeeva Vivekananda）提出的一个建议，我们已经发现几个创新方法去固定住血液循环中的适体，不过目前这些方法还需要进一步的观察。不管怎样，我们也是用那些方法来解释其血清稳定性的运行原理的，事实上，在我们首次对活体老鼠做这个实验时，我们的目的正是使用药物来与致命因子炭疽毒素结合，那些老鼠被注射了致命剂量的炭疽，而我们又通过实验拯救了那些老鼠的性命。这是一次令人印象深刻的实验。我们重复实验了很多次都成功了，所以这个方法一定行得通。
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现在，我们开始去研究更有可能出现在医院里的有机体，比如葡萄球菌和流感菌。我们把目光放在艰难梭菌、绿脓杆菌和鲍氏不动杆菌上面，还有很多对抗生素产生耐药性的其他细菌上。我们也研究流感，它具有一种被称为M2e的小特征。在我看来，它相当有前景，因为我们已经完全确定了它创造药物的过程。
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很多不同的实验室已经在通力协作实现这一前景了。这不像聚合酶链反应那样简单。当我开创聚合酶链反应时，我可以完全靠一己之力完成。但是对于炭疽，你必须有一个实验室，否则你就会以自杀收尾。你还需要一个传染病实验室，你还需要和其他人合作，你们需要知道在医学方面怎样去繁殖小动物。这是一个复杂的过程。
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我个人所做的事情就是研究，借力于互联网，我可以独自在家做研究，这让我感到极为惬意。我不需要去实验室，我甚至不需要面对面与人交谈。不过我也穿行于很多实验室。曾经在圣安东尼奥市的布鲁克斯空军基地，我们完成了炭疽研究，现在我们正在研究几菌株烦人又危险的大肠杆菌。
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在研究过程中，很多杀死了不同有机体的药物同时也哺育了很多耐药菌株。它们自由地传递着小小的所谓的“质粒”（质粒包含有制造耐药性蛋白质的指令）。它就像是一个站在角落里发传单的人，而且不会只向同类发传单。这就是为什么耐药性传播得特别快的原因。
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当亚历山大·弗莱明（Alexander Fleming）最初发现青霉素的时候，他的老板阿尔姆罗斯·赖特（Almoth Wright）说，细菌会对此产生抵抗力。虽然这个过程确实如赖特所说的那样，但是比他料想的需要更长时间。那些药物都是有针对性的，它们不会让细菌对自己产生耐药性，因为它们不会去影响其他任何有机体。它们不会去招惹你的大肠杆菌，或者你嘴里、身体里的任何其他有机体。一旦它们从你的身体里出来，它们就不再起任何作用，这一点很重要。如果你注射了青霉素，你的身体也会排泄出一半青霉素。它们不会把所有目标物都杀死，但它确实会让那些目标物对青霉素产生耐药性。大多数对抗生素的耐药性，也许不是从我们身体里产生的，而是从其他地方产生的。
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我跟很多制药公司都说过这个概念，他们知道这是一个很不错的想法。我期望他们也会为这个想法埋单，但他们并没有。因为这不大可能让他们在第一年就赚上30亿美元，而这个数字正是他们的商业模式所要求的。他们喜欢的是能让人们每天都吃的流行药物。如果你需要2亿美元才能研制成功一款药，然后你又要10年左右的专卖权去进行营销的话，那么在这段时间内，对这一药物的耐药性或许就开始显现了，但是你始终对它拥有专卖权。
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这就是一个经济模型。但这并非一个优秀的长期战略，因为一旦身体对你的一种药物产生了耐药性，就会对同类所有药物都产生了耐药性，而我们制作出来的药物也就那么几种。所以我们正在耗尽抗生素。但是大家会也在积极解决这个问题。这是一件好事。我们将生产出抗生素型的药物。从它们不会杀死细菌的意义来说，它们不是真正的抗生素，它们只是渴求你的免疫系统去消灭自己，它们会说：“吃了我！”
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2010年3月17日
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(1)停靠蛋白质是信号识别颗粒位于粗面内质网上的特异性结合受体。它是一种核糖核酸蛋白复合体，它的作用是识别信号序列，并将核糖体引导到内质网上。——译者注
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生命：进化生物学、遗传学、人类学和环境科学的黎明 16 DUCK SEX AND AESTHETIC EVOLUTION 性选择与审美进化
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Richard Prum理查德·普鲁姆耶鲁大学皮博迪自然史博物馆鸟类学分馆馆长、脊椎动物分馆主理馆长。
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审美进化的核心就是这样一个观念：生命体是自身进化的审美代理人。换句话说，鸟儿很美丽，是因为它们是美给自己的。
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——《性选择与审美进化》
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理查德·普鲁姆：在过去几年，我逐渐意识到，我一直在研究的东西，如鸟的羽毛颜色、鸟的歌声和表演行为的进化，等等，本质上都是围绕“美学”这个重要的主题而展开的。具体地说就是美在自然中的角色及其进化方式。我一直在反问自己的问题是，美是什么？它又是怎样进化的？美及其在自然中的存在所带来的结果又有哪些？
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人们思考自然界的“装饰”已经有很长历史了，那些“装饰”也就是那些在其他生物看来具有吸引力的各个方面，比如生物的身体或行为。通常我们以性选择或伴侣选择的视角来思考这一问题，但是它还能引起其他很多现象，比如花儿吸引传粉者，水果吸引食果动物，甚至还有相反的情形：响尾蛇或有毒的蝴蝶会吓跑捕猎者。生物身体的所有这些方面，不仅只是以常规的方式在起作用，也在认知上起作用。
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比如说，我们正在观察一棵植物及其组成部分，并试图去解释它们为何如此。比如说，如果我们检查其根部，我们会获得对根部的完整描述，以及它们在土壤中的物理功能。它们深扎于基质，吸收水分和矿物质，帮助植物找好位置。它们甚至还会和真菌和细菌互动。我们对此建立了一门理论，这门理论就是自然选择。但是，如果我们研究花朵及其多个特征，包括颜色、花瓣形状、香味等，就会发现这些都是通过其他动物的认知而起作用的。也就是说，蜜蜂或蜂鸟飞到一朵花前，打量着这朵花，自问道：“我现在就要在这朵花上觅食吗？”然后做出决定，觅食或不觅食。
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为了获得对花朵的功能的完整描述，我们需要一类全新的数据。如果你确实要做的话，你需要的不仅只是对物理世界的描述，还需要其他生命体对研究对象的认知。我将要下的结论是，如果我们通过认知或心智去看待进化过程的话，就会发现这是进化生物学的一个分水岭，还会引发一个不同的过程。
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