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直觉是怎样去寻真的？笛卡尔的形容是，在一个清晰而留心的思想中呈现出的清楚和分明的理念。这里有四个元素：清晰的思想、留心的思想、清楚的理念、分明的理念。先看看什么是清晰和留心的思想。
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《指导思想的守则》[2]是笛卡尔最早的著作，约在1628年甚至较早就开始构思（那时他是30岁左右），但要在死后多年才出版（1684）。在治学方法上，这比他更有名的作品如《谈谈方法》（Discourse on the Method of Rightly Conducting One’s Reason and of Seeking Truth in the Sciences，1637）和《第一哲学沉思》更纯朴。当初笛卡尔计划写36条守则，但只写了21条，前面的12条是最基础的，在下文做最简单的介绍。其中第三条（以及部分的第四条与第八条）与本文关系较密切，所以做较详细的阐述。
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第一守则：我们的思想应用来作“正确的和合理的判断”（true and sound judgement），各种各样的科学（知识）不是独立的，是人类智慧（human wisdom）的分支。
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第二守则：我们只应研究可以取得“确定和显明认识”（certain and evident cognition）的事物。如果我们的研究不能分辨对错、真伪，就不如不去研究。可以经理性去证明无可置疑的东西才可称知识（或称真知）。
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第三守则：我们只应研究由直觉发现或可以清楚演绎出来的东西。要避开假想或依赖别人。
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第四守则：这方法有一套简单和可靠的守则。经此方法可获得所有事物的真知。人的思想当初是清纯的（pure），但一开始求知，思想就变得浑浊。这方法把思想恢复清纯，好使我们可以确定我们所得的知识。
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第五守则：把复杂的问题简化到最简单的细部，然后凭直觉从最简单的细部回返到原初的问题。
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第六守则：“最简单”（Te simplest）的或“绝对”（absolute）的东西是普世的，而且是不能再分化成更简单的细部。任何问题的“晦涩”（obscure）或“相对”（relative）之处都会包含着这些“绝对”细部的某些成分，并且可以经由这些“绝对”细部演绎出来。
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第七守则：当研究简单到复杂的关系链条时，不容漏失一步。走遍多次这条关系链条后，我们无须通过演绎就可以看遍每一步是如何连接起来的。
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第八守则：尽量避开复杂，以免混乱。方法只是工具，不是戏法。任何人掌握方法就可以达到真知，或证实他想得的知识不是人类理解力能达的。
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第九守则：应聚焦于问题的最简单元素，只有如此才可终能得到直觉的真知。
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第十守则：以自己的方法找到的知识比接受别人的论点更好，但不是人人都能做到。因此，这方法应先应用于简单的、有条理的问题上，如刺绣、纺织、数字、算术，以此去训练思想把秩序加于事物。人类对真的辨认差不多全系于观察事物的秩序。
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第十一守则：我们应仔细思量各细部的关系，反复思量直觉链条使我们终会对整个问题有直觉的了解。这会提升我们的思考能力。
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第十二守则：我们应发挥所有的智力、想象力、官能感知和记忆力。这才可以把我们想知的东西和已知的东西结合起来。
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第三守则提出直觉，尤应细谈。下面是其主要论点：
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有关研究的对象，我们应该探索我们能够通过“直觉”（intuit）或“演绎”（deduce）去肯定的东西，而不是别人思想出来或者我们假想出来的东西。求知（attain knowledge）并无他途。
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我们必须读古人，因为前人的努力给我们很大的好处……但太留心去读会有危险，……会感染他们的错误。
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就算所有的作者都老实和坦白，就算他们从不把有疑问的东西说成真理，只是直话直说，但好像无论某方说什么总有另外一方说相反的话，我们总不能肯定相信哪一方。靠数人头去决定跟哪一方也不对，因为如果是真正的难题，掌握真相的人会属少数。就算所有人都同意，也不能断定是真。
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除非我们有心去处理所有问题，否则我们永不会成为哲学家；如果我读遍柏拉图和亚里士多德但对眼前之事不能做出实质的判断，这只会是历史知识而不是科学知识。
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有关事物的真相，这条规则忠告我们不要混淆我们的判断和任何的假想。
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为什么在一般的哲学中未能找到一些确定性是如此明朗以至是无可争议的东西，其原因是哲学家们不以清楚和肯定的认识为起点，而好高骛远地在似是而非的假设上做出模糊和不明的武断（assertion）。随后，他们慢慢地对这些断言完全相信，并毫不经意地把它们与其他经过证实的真理混在一起，结果是他们的所有结论都离不开这些武断。
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这条规则列出不会受骗的求真思想活动：直觉和演绎。讲直觉，我指的不是官能给我们的、没有稳定性的保证，或无稽想象力的不可靠判断，而是经过一个清晰而留心的思想产生的易明和清楚的概念（conception），使我们对当前之事有无可置疑的理解（understanding）。也可以说，这是个由清晰的思想产出的不容置疑的理念，一个完全源于“理性之光”（light of reason）的理念，比演绎出来的理念更确定，因为它更简单（虽然演绎出来的理念也不会有错）。为此，任何人可经思想的直觉看出他自身存在、他思想、三角形只有三条边、球形只有一个面等等。这些真理远超过大多数人能观察到的，因为大多数人不屑去思考这些容易和简单的东西。
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直觉的明显性（evidence）和肯定性（certainty）非但是命题（propositions）之所需，也是推论（inferences）所需。例如，2+2等于3+1的推论。直觉非但告诉我们2+2等于4，3+1也等于4，更告诉我们从它们推论出的2+2等于3+1也是必然的结论。
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讲演绎，我是指从确定的东西而得出的必然结论。我们要用演绎去求真，因为很多可知的东西不是自明的（self-evident），而是用已知的原理（principle，也可译作“因”），通过一套在每个环节上都有其清楚的直觉延续和不断的思想运作（continuous and uninterrupted movement of thought）去推论出来的。正如我们虽然不能一眼可以看出，但我们知道在一条长的链条中最后一个环节与头一个环节是相连的。这也是直觉与演绎之别。后者与前者不同，因为它包含运动（movement）和连续（succession），而且不需要每一刻都是自明的，只需“存于记忆中的确定性”（certainty from memory）。……第一原理只可以由直觉而知晓；远离第一原理的结论只可以由演绎而知晓。
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第四守则是日后笛卡尔的《谈谈方法》的基础。笛卡尔受过很好的正规教育，但他发现专家常常互不同意。那么如何去分辨对错？笛卡尔认为起码一方是错，更多是双方都错，因为如果一方是对的，这一方应该可以有无懈可击的逻辑去证明他对。在第五、六守则笛卡尔认定每一个问题都可以细分，直到“不能再分的简单细部”（simplest parts）。他的方法是先把任何事物（问题）简化，直到细分为完全可以了解的“简单细部”，然后思考这些简单细部之间是如何连上的，最后是去理解问题的复杂（晦涩）部分是如何与这些简单细部连上的。他认为不断地重复思考这些关系链条会使我们能够对任何细部与其他部分的关系一目了然。
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