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1619年，三十年战争（1618—1648）刚开始不久，全欧洲进入大混乱。23岁的笛卡尔入伍，当个小军官，他的部队驻在乌尔姆（Ulm）过冬。11月11日是圣马丁节。在天主教传统里，圣马丁被尊为护佑法国（笛卡尔的祖国）同时也是护佑军人的主保圣人。因此，圣马丁节是宗教大节，前夕要斋戒。笛卡尔空着肚子，在炉火烘烘的房间里，独自一个人睡着了，做起梦来。梦中的所见所思，影响他一生，也影响了整个西方文明。
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梦中，他冒着风，走路上教堂。正要转身与一个人打招呼，一阵狂风把他刮到教堂的墙边。有人喊叫他的名字，他害怕极了。跟着是闪电和打雷，黑暗房间里火花噼啪。他看见两本书。一本是字典，他打开一看，觉得平平无奇，也好像没有大用；一本是诗篇，这里，他看到了哲学与智慧的结合！他是这样解梦的：字典是枯燥的、没有活力的知识的杂烩；诗人比哲学家更有分量、更有意义、更能表达；诗人的智慧来自灵感与想象，比起哲学家的说理，这些灵感与想象就像燧石中的火种，更能轻易地直接击出智慧的火花。他认为这是神给他的使命，也使他对他的推理充满信心。极端严谨的笛卡尔理性，却是来自一个梦境中的追求。这也是人类思想史的异数！
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在三十年战争、世界大乱的环境中，笛卡尔目睹战场上的杀戮、政坛上的反复，他怎能不向往安宁和稳定，怎能不向往超越官能的真知。他追求一套包罗和统一所有知识的“科学”（在当时，“科学”就是知识的代名词）。他为自己“发明”一套求知（求真）的方法，就是有名的“笛卡尔方法”。
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这方法有两个思考的准则。（1）“直觉”（intuition）是纯理性之光，透过一个清晰而留心的思维而产生的一种清楚而分明、无可置疑的“理念”（ideas，有人译作观念）。（2）“演绎”（deduction）是把已确定的真作为基础去往前推理（inference）。
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笛卡尔追求的“理念”并不是随便想想就得出来的东西，而是经过他要求极高的“直觉”鉴辨出来的东西。这些也是笛卡尔有名的“天赋理念”（innate ideas）——不是外来的、是内在的、是与生俱来的。这些可以说是我们认识世界的天赋范式：对真或存在的一种直觉的认识。再推理下去就是这些天赋理念应该是人人都有，人人都同。
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理性主义
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笛卡尔被称为理性主义的开山祖师。理性是什么？理性有两个字义。一是reason，来自拉丁文ratio，有解释（explain）、计算（calculate）之意，求用的意识较重；二是intellect，来自拉丁文intellectus，有理解（understand）、洞察（apperceive）之意，求知的意识较重。可以说，理性就是找“理”的工具。为什么要找理？因为人想知道他的思、言、行为是否合理。“合”就是“符合”（correspond）；“理”就是“道理”。道理有两种：一是有关事实（facts），二是有关真相（reality）。有关事实的是偶然之理（contingent truths），来自现象世界（phenomenal world），会因人、事、时、空的偶然性而改变，是经官能去观察，然后归纳而得出的。有关真相的是必然之理（necessary truths），来自本体世界（noumenal world），是绝对和永恒的，是经思想去发掘或演绎而发现的，是有关事实的本质和事实之内与事实之间的关系，特别是因果关系。
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笛卡尔追求的不是偶然之理，但他没有否定现象世界。正如他的以蜡为例。他求知的对象不是蜡的现象——因为这些都是不稳和无常的，而是蜡的本质/本体，因为只有这些才是纯、确和稳。他相信永恒和绝对的真相要从现象世界以外去寻找，但现象世界仍可以给我们端倪，并刺激我们去思考。他认为只有在思想里头，绝对和永恒的理念才能现身。这是亚里士多德的思路：他的《物理学》求的是现象世界里的“物之理”（事实），而他的《形而上学》是求“物之理之理”（真相）。
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形而上学是研究那些超越和独立于自然事物，比自然事物有更高的实在性和价值的存在体。它研究的内容包括事物的存在、变化、因果、时空，外部世界的实在性、人类知识的可能性等。它的特征是利用逻辑演绎和概念分析去“理解”（understand）不可知觉的本体世界，有别于以观察、实验和归纳去“解释”（explain）官能所能接触的现象世界。笛卡尔认为形而上学的首要工作是寻找“第一原则”，或“第一原理”“第一原因”。这些必须是无可置疑的真理，而且有关万物的所有知识必是完全建立在这些原理上的。他求的是古哲们一直在探索的第一原则，并以此去演绎出人类能知的一切事物的道理。因此，这些第一原则必须清楚分明，不能怀疑，并且有充分的实在性让人从它们去演绎出对一切其他事物的知识。
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笛卡尔坚持真正的科学必须是一种普遍和必然的知识，因此它不可能来自按人、事、时、空而异的感觉经验。他特别指出通过感觉而得的认识经常有错，起码四个方面。（1）儿童往往以为外部事物与自己的知觉是完全吻合的：看见天上的星光像烛光就以为星球就是烛光这么大；感觉不到地球的运动就以为地球不动。（2）长大后仍保持儿时的偏见。（3）养成了借助形象和可感之事去思考的习惯，以致对不可感的事物有抗拒或先入为主的判断。（4）一方面我们依靠言语去思考，特别是通过言语把思考出来的东西储存于记忆之中，另一方面言语往往不能精确地表达思考，特别是当我们从记忆中拿出某词句时往往忘掉这词句表达的实际事物。因此，词句与其表达的事物脱节，致使我们在使用词句时往往超过它们实际所指的范围，并致推理出错。
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笛卡尔指出，从感觉经验得出的只可能是一种意见（opinion）而不是科学的真知。科学真知只能经理性取得。于是，他从“怀疑一切”开始。《第一哲学沉思》（Meditations on First Philosophy，1641）是他最成熟的作品，其中可以看见他的思路。下面节录一下他的“第一沉思：何事可疑？”（On what can be called into doubt）。
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我发觉我若要在科学上建立任何巩固和恒久的东西，我要——在我的生命中只需一次——完全拆除所有的东西，并重新由基础开始。
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直到现今，所有我接受为最真实的东西都是通过我的官能而来的。但有时我发觉它们蒙骗了我。对蒙骗你——就算只是一次——的东西完全信赖是不智的。
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我发觉没有任何可靠的方法去分辨是醒还是睡。……如果我想发现任何确定的东西，我必须谨慎地拒绝我从前的信念，如同我拒绝明显虚假的信念。
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于此，笛卡尔把怀疑推到极限：
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我会假设有个恶意的、强大的、狡狯的邪魔尽其所能去欺骗我……我会想象天空、空气、地球、颜色、形象、声音和所有外在的东西都只是邪魔设计来欺骗我的判断的陷阱。我会认为我本身没有手或眼睛、或肉躯、或血液、或官能，但又错误地相信我拥有这些东西……
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虽然无事不可置疑，但“就算我怀疑所有的东西，我不是怀疑我在怀疑”，因此，“我不能怀疑我存在”。看来，人类存在的本质是“我是个思想的东西”（I am a thinking thing）：去思想就是存在——“我意识到（conscious of）我自己的思想就是我意识到我自己的存在”（第二沉思）。
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这关系到人类如何通过他的思想来认识到他的存在，以至认识到其他所有东西的存在。笛卡尔认为我们认识的东西，也就是“理念”（ideas），可以来自三处。
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1.由感官而取得的有关外部事物的感觉理念。如看见太阳，感觉到热，因而判断这些感觉都是从存在于我之外的某东西发出的。这些感觉理念往往不可靠。
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2.用主观的想象把已有的感觉理念组合，虚构出某些从未有过或从未见过的事物的理念，如美人鱼、人头马这类的怪物，这些都是虚构出来的。
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3.直觉到的理念，如几何学的公理、传统逻辑的定律、无限完美的神、事物的本质等都不是靠官能从外面感知，是发自自己内心的直觉。看来，人有一种能够直觉领会“一个真理”“一个东西”“一个思想”等理念的能力。这些理念不可能来自空白，因此只可以是与生俱来、天赋、靠直觉发现的。这类知识最可靠。
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直觉求真
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直觉是什么？笛卡尔如是说：我理解的直觉不是来自感官的、不稳定的证据，也不是来自想象的、虚假的判断，而是来自一个清晰和留心的思想给予我的迅雷般的清楚理念，使我们对这理念绝不用怀疑。为此，直觉是一个人纯净的、留心的思想所察觉的、无可置疑的理念，来自理性之光。
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直觉的可靠性（必然性）靠什么来保证？早于笛卡尔的培根认为，归纳经验可取得有关所有事物的本质和规律的普遍必然知识。笛卡尔则不以为然，因为从例证归纳出的知识永远不能穷尽事物，所以不可能得出普遍必然的知识。普遍必然的知识只可来自理性的直觉和逻辑的演绎。他认为“天赋理念”，也就是存于理智中的普遍必然知识，是神（这里有“天道”的意味）赋予我们的。神以规律和法则创造万物，又同时把这些规律和法则的知识印入我们的思想（灵魂）。因此，如果我们做充分的自省就会发现一切事物的存在与变化都是这样。也就是说，天赋理念的普遍性与必然性是因为它们与万物的规律和法则是相符合的，而两者之间的相符合是因为神把两者创造得相符合。这是普遍必然的知识的最后保障。
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笛卡尔要凭直觉去找到最简单、无可置疑、无须辩护的人类知识元素（这是直接的认识），然后从这些最简单和可靠的理念或原理，以逻辑推理去找出全部确定可靠的人类知识（这是间接的认识）。笛卡尔在“第五沉思”讨论物质东西的本质（the essence of material things）时，是这样说的：“当我留心的时候我察觉有数不清的特殊事物都是牵涉它们的[1]。这些事物的真相是如此坦然，与我的本性是如此和谐，使我在首次发现它们任何一个的时候我都好像不是拿到什么新的知识，而好像是记忆起某些我从前已经认识的东西，或好像是头一次察觉到早存于我思想中而我从来未注意的东西。”
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