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再进一步谈产区的土质、湿度与咖啡豆里有机酸（包括柠檬酸、苹果酸、醋酸、脂肪酸、绿原酸）和无机酸（磷酸）的关系。法国国际农业发展研究中心的古尤特博士和美国精品咖啡协会的化学家约瑟夫·里维拉（Joseph A.Rivera）提出以下结论：
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（1）火山岩产区容易孕育出醇厚度佳又有果酸味的好咖啡。杯测师亦发觉，来自火山岩土质的咖啡，其酸、香、甘、醇、苦风味最为均衡，也最多元。研究发现，这是因为火山岩含有高浓度的硫磺和硫化物，这些成分恰好是有些芳香物合成前的必备元素，因此栽种于火山区的咖啡通常有较浓的香味。另外，这种土壤也富含钾元素，有助咖啡的醇厚度，亦可增加豆子重量和枝干的厚实度。有趣的是，危地马拉八大产区中的韦韦特南戈、柯班和新东方三产区不属火山岩土质，咖啡风味也与其他五大火山岩产区明显有别。韦韦特南戈（劲酸）、柯班（水果味重）和新东方（巧克力味凸出）整体风味较不平衡，却很有个性美，有可能是这三区土壤的硫磺和钾元素较少所致。
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（2）研究亦发现，高湿度产区的咖啡容易孕育出水果味特浓的咖啡，这一点在危地马拉的柯班获得印证。柯班属热带雨林气候，湿度是危地马拉八大产区之冠，水果的香味与酸甜味明显高于其他产区，但醇厚度稍差。里维拉认为，湿度高可提升咖啡果肉的苹果酸浓度，果香成分被咖啡豆吸收，才会在杯测中喝到特浓的水果味，这是柯班产区的特色。这就如同法国霞多丽白葡萄酒（Chardonnay）独特的水果香气，得自于浓度较高的苹果酸一样。另外，高湿度亦有助糖分的生成，甜度高的水果多半生长在湿度较高地区，但湿度高加上温度高，就很容易让果子早熟甚至易腐烂。所幸危地马拉各产区得天独厚，湿度虽高，温度却不高，享有高湿度的好，却规避高温度的坏。柯班高湿度与微型气候，造就咖啡特殊的“地域之味”。
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（3）肯尼亚咖啡也是个好教材。肯尼亚的“SL28”以独特的莓果酸香味闻名于世。1999年，美国精品咖啡研究院（Specialty Coffee Institute，现已改名为咖啡品质协会（Coffee Quality Institute）对肯尼亚咖啡与水土进行研究，试图找出独特莓酸味的秘密。结果发现，肯尼亚土壤含有高浓度的磷酸，而且“SL28”与“AA”泡煮的咖啡所含的磷酸浓度远高于对照组的哥伦比亚咖啡“Supremo”。有趣的是，科学家再把磷酸加入其他受测的单品咖啡中，居然改变了原有的酸味走向，变得更接近肯尼亚的莓酸香。此实验震惊咖啡界，也有咖啡化学家提出质疑，认为磷酸不可能是肯尼亚咖啡莓酸味的主角，因为钾已将磷酸中和掉了，故杯中的酸香并非磷酸。而且如果磷酸这么管用，为何肯尼亚杂交新品种“鲁依鲁11”喝来是尖酸，而不是莓香酸？学者进一步研究发现，“SL28”早在20世纪初就在肯尼亚栽植至今，已习惯肯尼亚高浓度的磷酸土壤，甚至将磷酸吸收到豆里；但“鲁依鲁11”是1985年才在肯尼亚试种，尚未适应高磷酸土壤。科学家也发现，“鲁依鲁11”泡出的咖啡含有很高的柠檬酸，应是造成酸涩口味的主因。肯尼亚首都内罗毕东北的鲁依鲁咖啡研究中心科学家近年辅导栽种“鲁依鲁11”的咖啡农在肥料里多添些磷酸，已明显降低柠檬酸浓度，对提升风味有很大帮助。“SL28”独特的活泼酸与莓酸香究竟是不是磷酸土壤造成的，仍无定论，有趣的是，“SL28”移植到亚洲的缅甸等国，却失去肯尼亚的莓香味。此案足以说明品种固然重要，但栽植在不同水土、纬度和海拔，风味也会跟着“七十二变”。
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磷酸是不含碳原素的无机酸，此一无机酸因为肯尼亚豆独特风味而引起学界重视，但目前咖啡化学家仍把重点放在与“地域之味”关系密切的有机酸身上。咖啡树经由光合作用生产数十种有机酸（即含有碳分子的酸性物）或有机酸的前期产物，并储存在豆子的细胞内，供应咖啡种子发芽或新陈代谢使用。有机酸是咖啡树的代谢产物，其优劣或多寡，均与栽种环境或生态有直接关系，这是咖啡化学家目前埋首钻研的领域，对农人如何种出更多芳香物的好咖啡，具有深远影响。
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阿拉比卡咖啡豆所含有机酸浓度（占豆重百分比）依序为绿原酸5.5%～8%，柠檬酸0.7%～1.4%，苹果酸0.3%～0.7%，醋酸0.01%。其中，绿原酸属于死酸，不利咖啡的香醇；苹果酸和柠檬酸虽不具挥发性，却可增加水果滋味。柠檬酸和苹果酸不带柑橘香或苹果香，尝来有酸溜溜的生津口感，几秒后回甘。目前食品加工业常用柠檬酸来添加在蜜饯中或将其用作防腐剂。苹果酸在葡萄、柑橘、苹果和蔬菜中常见，食品业常将其用在口香糖、苏打和低热量饮料。醋酸具有挥发性，但在生豆中含量极微，要靠烘焙过程中碳水化合物降解而生成，酸香味表现在杯内。另外，生豆加工水洗发酵过程亦会生成醋酸，下一段将有详述。
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去壳取豆：日晒、水洗、半水洗
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咖啡农将优良品种栽植于最易孕育芳香物的高海拔与微型气候区，树体茁壮，结果累累，但若收获阶段的摘果、取豆方式不当，将使整批精品豆前功尽弃、心血付诸东流，不可不慎。如何从红果子取出咖啡豆，是咖啡生产过程中影响风味最关键的环节，目前有日晒、水洗、半日晒和半水洗四种不同处理方式。不管采用哪种方式取豆，若处理不当，生豆都很容易感染霉菌，吸附异味而报废或沦为劣等豆。换句话说，精品豆除了要慎选品种，择良地而栽，更重要是最后的取豆“接生”技术。这三大阶段完美无缺，才够格称为精品豆。
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谈取豆前，得先了解咖啡果子的构造——从外到内可分为果皮、果肉、果胶层、羊皮层（即硬质的种壳）、银皮（薄如纸的种皮）和种子（咖啡豆）。所谓的日晒、半日晒、半水洗和水洗四大取豆处理法，就是要把咖啡果子的果皮、果肉和果胶层一并除去，取出两颗有羊皮层（即种壳）包裹的咖啡豆，再进行干燥熟成，稳定豆性，出口前再磨掉羊皮层。说来容易，却是件耗时费工的技术。最难以处理的是依附在羊皮层上的透明果胶，它含有丰富的果糖、葡萄糖和蔗糖，且不溶于水，很容易发酵腐败释出刺鼻气味，污染羊皮层里的咖啡豆。不论以日晒法、半水洗或水洗法取豆，只要处理得宜，皆会有养味效果，增加咖啡豆的酸香、醇厚度和甜度。取豆过程一旦有疏失，滋生霉菌或发酵过度，就会适得其反，养出腐臭豆。取豆技术精湛与否，对精品咖啡品质的好坏的重要性不言而喻。以下是精品咖啡正确的摘果取豆方式。
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●挑选红果子
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大家都知道柑橘、香蕉、苹果等含丰富有机酸的水果，未成熟就吃，酸涩碍口，如果等到水果的有机酸转变成糖分，也就是熟透后再食用，便更为香甜可口。咖啡果子也一样，要变红、熟成后再摘取，豆子甜度较高。如果咖啡农为了省事，不管咖啡果子成熟否，青红一起摘下，将使得咖啡喝来酸涩，因为未熟透的咖啡豆含有高浓度的柠檬酸和绿原酸。如果不幸买到掺杂太多的未熟咖啡豆，又不能退货，除了借助深焙除酸之外，别无他法。
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精品咖啡务必挑选熟透的红果子，此时果肉与羊皮层果胶所含的糖类完全渗进豆里，大幅增加咖啡豆的甜香味和果香。这让人不禁联想到印度尼西亚优质的陈年豆，喝来浓稠甘甜甚于新豆，应该和有机酸在陈年处理中彻底转化为口感醇厚的成分和糖分有关。
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●区分浮豆和沉豆
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从咖啡田摘回的咖啡果，耽误不得，必须当天立即送到处理厂，剔除发育不全的小果子、未熟青果子、熟烂的黑果子，保留成熟的红果子。最简单有效的方法是将果子悉数倒入大水槽，成熟红果子和快要成熟的半青半红果子重量较大，会沉入槽底下，而发育不全的小果子、熟过头的烂果子、破损的果子和枝叶等重量较轻，会浮在水面上，据此淘汰无法出口的浮豆，供国内消费[13]。水槽筛滤出的沉豆，也就是较好的豆子，则进入下一阶段的处理，即日晒、半日晒、半水洗或水洗法。采用哪一种方式，要看当地的气候条件。如果产区气候干燥又缺水，则会实行日晒取豆法，是最古老省事的处理法，埃塞俄比亚、也门、印度尼西亚、越南、缅甸和巴西，常采用日晒取豆。但日晒处理法较粗糙，质量较差，处理出的咖啡豆一般售价较低，较先进的半日晒法因此诞生。巴西近年来大力推广半日晒处理法，质量大幅提高。如果产区水源丰富，气候又潮湿易发霉，就不宜采用日晒法或半日晒法，应采用全套水洗法或半水洗法。
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●日晒法毕功于一役
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最古老的产豆国埃塞俄比亚和也门几乎都采用日晒取豆，将沉入槽底的红果子和半青半红的快熟果子取出[14]，铺在晒豆场进行自然干燥。时间视气候而定，大约2～4周就可使果子内的咖啡豆含水量降至12%而变硬，再以去壳机打掉干硬的果肉和羊皮层，取出咖啡豆。这种方法可以说是毕其功于一役，一次搞定，不像半日晒或水洗豆需进行多道繁复手续，才可取出豆子。
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日晒法的特色是豆子藏在果肉里自然干燥，因此气候好坏对豆子质量影响很大。此法最怕遇雨回潮，会使果子滋生霉菌，污染豆子；夜间湿气重，务必把晒豆场的果子移入室内。日晒豆的颜色偏黄，豆体易出现缺角，这是打壳机一次性打掉硬果肉和羊皮层时，不可避免的伤害。但处理得宜的日晒豆，在干燥过程会吸取果糖精华，果香浓郁，甜感也重，醇厚度亦优于半水洗或水洗豆，唯一不足是日晒豆的酸味稍低。此处理法的成本最低，雨量少的穷国最爱此法，但咖啡豆质量不是大好就是大坏，出入很大，因此给人品质不一、观感不佳的印象。最有名的日晒豆是埃塞俄比亚哈拉、西达莫、耶加雪菲、金玛和也门摩卡。此外，印度尼西亚和非洲的粗壮豆多半采用日晒处理法。
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●水洗法增加果酸物
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水洗法是目前最盛行的处理法，中南美洲除了巴西外几乎全采用水洗法。水洗豆的色泽蓝绿美观，豆貌整齐卖相佳，咖啡质量最高。一般而言，水洗豆的酸香味和明亮感较佳，风味洁净无杂味，是精品豆最惯用的处理法，但代价也不小。平均水洗1千克咖啡果子要耗费2～10千克净水，而1千克果子大概只能取出200克咖啡豆。缺水地区很难承受如此耗水的取豆法。
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水洗法是所有取豆法中技术最高的一种，经过多道筛选手续，咖啡质量得以确保。先从大水槽筛除品质不佳的浮豆，再将沉入槽底的红果子和快熟的青果子移入大型或中小型果肉筛除机（pulping machines）。果肉筛除机的设计相当精巧，机械力将果子压向一面筛孔，尺寸恰好让带壳豆（即羊皮层包裹的咖啡豆）通过，而把带壳豆外的果肉筛滤出——利用未熟果子较硬、带壳豆不易挤出，而成熟果子较软、带壳豆很容易被挤进筛孔的特性，来挡掉未熟豆，并筛滤出甜度最佳的带壳豆。因此机器推力大小的设定很重要，力道太大会把较硬且涩嘴的未熟豆挤出，有损精品豆质量。一般推挤力设定在容许3%红果子的带壳豆无法挤入筛孔，以确保生硬的青果子全数剔除，也就是宁可推力设定小一点，损失一小部分红果子，以免“一粒屎坏了一锅粥”。
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取出黏黏的带壳豆后，移入大型水槽，接下来就是进行最重要的水洗发酵处理，除去带壳豆上的果胶层。此一透明黏稠物不易用水冲除，需以水槽内各种细菌进行水解，将果胶分解成果胶酸，再不断搅拌和冲刷槽内带壳豆，加速果胶脱离带壳豆。发酵过程约需16～36小时，视温度和湿度而定，此时槽内会自然产生苹果酸、柠檬酸、醋酸、乳酸和丙酸。有趣的是，生豆本身几乎不含醋酸，但水洗处理的发酵过程，却可增加豆子的醋酸浓度，有益咖啡风味。这些酸性物不但可抑制霉菌滋生，部分酸香物也会渗进豆里（这就是为何水洗豆果酸味较重的原因），但必须随时取样检视带壳豆上的黏稠果胶是否除净了，再决定是否停止发酵，取出干净的带壳豆。一旦超过36～72小时，就可能发酵过度，产生太多脂肪酸和酪酸而发出恶臭，而且豆子渗进过多的酸性物亦会使咖啡过于酸涩，从而沦为劣质豆。
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水洗是日新月异的处理法，常有新技术出现，是精品豆最倚重的取豆法。一般而言，水洗豆风味最纯净，杂味最低，果香和果酸味最优，豆相亦佳，但甜度不如日晒豆。连“恶名昭彰”的粗壮豆改用水洗法取豆，亦可提高优雅风味和身价，因此水洗法是目前采用最广泛的处理法。
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●机械半水洗VS.巴西半日晒
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因为水资源不丰富无法进行水洗，却又想提高日晒豆质量，半水洗与半日晒法应运而生。这类处理法又可分为巴西式去皮日晒（pulped natural，亦称半日晒），以及机械式半水洗法（semi-wash）。其中，机械式半水洗法使用较广，哥伦比亚、哥斯达黎加、萨尔瓦多、越南、印度尼西亚、老挝、缅甸和若干非洲国家较常使用，平均处理1千克咖啡果子只需半升净水，比水洗法节省多了。
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巴西式半日晒：去皮日晒
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