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但科学家目前还无法证实咖啡里到底哪种成分可预防糖尿病，一般相信不是咖啡因，因为研究同时发现低因咖啡也可降低糖尿病罹患率，显然是咖啡因以外的成分发挥了保护作用。有些学者怀疑可能是咖啡里的绿原酸改善葡萄糖的代谢，或消除了胰岛素的自由基，使胰岛素恢复活性而起了保护作用。由于咖啡预防糖尿病的原因不明，美国医界至今尚未大力鼓励糖尿病患多喝咖啡，但不禁止适量饮用无糖的黑咖啡或低因咖啡。
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不过，2008年1月最新的研究报告出炉，证实咖啡因确实不利Ⅱ型糖尿病患。这项研究由美国杜克大学（Duke University）医学博士连恩（James D.Lane）主持，他为10名每天平均喝四杯咖啡的糖尿病患加装血糖监测器，并请这10位受测者停止喝咖啡，改以早餐和中餐各服一颗含有250毫克咖啡因的胶囊，约等同于受测者早餐和中餐习惯喝两杯咖啡所含的咖啡因剂量。隔天再给相同的受测者不含咖啡因的安慰剂胶囊。研究发现，受测者服下咖啡因胶囊，当天血糖比服下安慰剂胶囊平均升高8%，而且饭后的血糖值更升高10%～20%。连恩博士说：“这是临床实验上咖啡因造成血糖大幅升高的实例，意义重大。咖啡因拉升血糖的幅度恰好抵消服用降低血糖药物的功能……糖尿病患饮用含有咖啡因饮料，可能不利于血糖的控制。”但连恩不希望外界过度解读此研究，因为10人的实验规模太小，尚需进一步印证。然而，此研究足以显示咖啡因对糖尿病患日常生活的影响力。
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这项医学报告与荷兰学者范达姆长达10年的研究结果相反，这该如何解读？范达姆接受专访时表示：“2002年的研究结果显示黑咖啡喝越多，罹患糖尿病风险越低，也让我们大为吃惊。而今，连恩的研究却让事实更为明朗，那就是咖啡因绝不是降低糖尿病风险的保护成分。咖啡成分极为复杂，显然是咖啡因以外的成分，长期而言有助预防糖尿病。”笔者认为，这两项研究并无矛盾处，无非印证了咖啡因对糖尿病患的害处，显然高于其他抗氧化物的好处。
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那么糖尿病患到底该不该喝咖啡或茶？范达姆认为，咖啡有些成分有助人体，也有些不利健康，糖尿病患不妨改喝低因咖啡。至于一般健康的人就无妨，因为咖啡的抗氧化物，长期而言对人体是有保护作用的。换句话说，高血糖或糖尿病患的葡萄糖代谢力较差，最好少喝咖啡与茶，或改喝低因咖啡，正常人就无此顾虑。科学家目前致力找出并分离咖啡预防糖尿病的保护成分，以造福世人。
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咖啡降低痛风罹患率
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另外，咖啡亦可降低痛风罹患率。2007年6月的美国《关节炎保健与研究期刊》（Arthritis Care＆Research）指出，每天喝四杯咖啡的人可降低40%痛风罹患率。痛风主要是血液的尿酸浓度太高，致使尿酸结晶破坏关节而产生剧痛。哈佛医学院的两名医生裘伊（Hyon K.Choi）与库汉（Gary Curhan）对5万名男性长达12年追踪研究，发现每天喝4到5杯咖啡者，血中尿酸浓度平均比不喝咖啡者低了0.26毫克/分升，可降低40%痛风罹患率，每天喝6杯以上咖啡者，血中尿酸浓度平均比不喝咖啡者低了0.43毫克/分升，可降低罹病率60%～70%。该研究还发现低因咖啡亦有效，但茶就无此效果。这两位医生指出，咖啡饮用量与痛风罹患率成负相关，可能是咖啡因以外的抗氧化物绿原酸发挥作用，使得身体组织提高对胰岛素敏感度，降低血糖与尿酸所致。因此痛风患者或高危险群不需因此停止喝咖啡，或许可考虑低因咖啡，减少咖啡因的负担。
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咖啡降低肝硬化概率
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至于国人最关心的肝病问题，近20年来日本、欧洲和美国均有深入研究，不约而同发现咖啡饮用量与肝硬化或肝癌呈现负相关。加州知名的凯瑟医疗集团（Kaiser Permanente Medical Care Program）1992年最先提出喝咖啡可抵抗肝硬化的研究，克拉斯基医师（Arthur L.Klatsky）刊载于《美国流行病学期刊》（American Journal of Epidemiology）的首篇报告指出，每天至少喝四杯咖啡的人比不喝咖啡的人罹患肝硬化概率低了40%。来年第二篇报告指出，喝咖啡的人死于肝硬化的概率比不喝咖啡的低了23%。1994年，挪威对51360位成年人所做的研究指出，共有53人罹患肝硬化，结果显示喝咖啡与肝硬化、酒精性肝硬化呈负相关。
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日本东京都国家癌症中心流行病学与预防研究部长津金昌一郎，2007年公布他主导的三项长期研究结果，首项研究取样1984到1997年6.1万名日本男女，发现每天至少喝一杯咖啡，罹患肝癌的概率比不喝咖啡低了42%。第二项研究取样1988到1999年11.1万人，发现每天至少喝一杯咖啡，死于肝癌的概率比不喝咖啡的人低了50%。第三项研究取样1990到2001年9万人，发现几乎每天喝咖啡的人，罹患肝癌的概率比很少喝咖啡低了51%。该团队以“几乎可确定”来评定咖啡保肝效果。该研究团队向来以“确定”、“几乎可确定”、“可能”、“数据不足”4个等级来评定各种饮食的抗癌效果，咖啡获得第二高评等。该机构过去不断鼓励民众多吃新鲜蔬果，黑咖啡是头一次获得首肯。
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瑞典最大的医疗机构卡洛林斯加（Karolinska Institute）2007年公布了11项针对咖啡的研究报告，结果显示每天喝两杯咖啡可降低43%罹患肝癌风险，主持该研究的营养学家拉森（Susanna C.Larsson）指出，咖啡的保肝效果在生物学上似乎合理：咖啡富含绿原酸等抗氧化物，可抵抗身体组织的氧化压力，抑制致癌物的形成。另外，动物实验亦显示咖啡与绿原酸对肝癌细胞具有抑制效果。
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咖啡预防结肠癌
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德国一组科学家近来发现浓咖啡所含的甲基吡啶盐可预防结肠癌。多年来研究人员怀疑喝咖啡可预防某些癌症，因为咖啡含有高单位抗氧化物。2003年德国蒙斯特大学食品化学学院（Institute for Food Chemistry at the Universityof Munster）的托马斯·霍夫曼博士（Thomas Hofmann）主持的研究，发现咖啡富含的甲基吡啶盐可增强动物体内二期酶的活性，进而消除肠道有害化学物质，被视为有助预防结肠癌。
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这项研究刊载于当年11月的美国《农业与食品化学期刊》，有趣的是生咖啡豆并不含甲基吡啶盐，必须经过烘焙，生豆的葫芦巴碱才会生成此抗氧化物。人类饮食中以熟咖啡豆含量最丰，也是甲基吡啶盐的主要来源。
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霍夫曼表示：“除非进行人体实验，否则无法了解要喝多少咖啡才有预防结肠癌的功效。不过，研究显示，确实有效，尤其是浓咖啡最佳。深焙的浓缩咖啡比中焙淡咖啡有效。”
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老鼠实验也证实喂以咖啡萃取物的老鼠，其二期酶活性比对照组高出24%～40%。另外，人体肠细胞实验也证实，甲基吡啶盐可明显提升二期酶的抗氧化活性。
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咖啡的营养素
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●水溶性纤维：咖啡比果汁丰富
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2006年，西班牙研究人员狄亚兹·卢比奥（Elena Díaz-Rubio）和索拉·加利克斯多（Fulgencio Saura-Calixto）在《农业与食品化学期刊》（Journal of Agricultural and Food Chemistry）撰文指出，现泡咖啡所含的水溶性膳食纤维比柳橙汁或红酒还要高，震惊饮食界。2007年7月，德国汉堡大学食品化学教授邦吉尔（Mirko Bunzel）领导的研究团队证实了西班牙学者的发现，并进一步指出肠道里的益菌可轻易消化咖啡里的水溶性纤维，转化为益菌所需的能量，而益菌消化水溶性纤维（即所谓的发酵），所产生的排泄物就是乙酸、丙酸和酪酸，可降低肠道的pH值，使某些坏菌无法生存，又为咖啡添加一桩“功德”。
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乍看之下，“现泡咖啡富含膳食纤维”，的确有点天方夜谭。但膳食纤维其实有两种，一为不溶于水的粗纤维，如五谷杂粮、根茎叶蔬菜和果皮等，这些不溶于水的膳食纤维是肠道的清道夫，可软化粪便，方便排泄。二为水溶性膳食纤维，也就是果肉部分和果胶，以苹果、香蕉的含量最丰，但肉眼看不到。水溶性纤维对人体很重要，可降低坏胆固醇和脂肪的吸收。咖啡豆的水溶性纤维就藏在细胞壁里，以热水冲泡时溶入咖啡液里。
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德国研究团队以滤纸冲泡咖啡，再将咖啡液冷冻成固态，以化学方法抽取出小到只有显微镜看得到的水溶性纤维。这是构成咖啡豆细胞壁的多糖体，人体无法消化，却成了肠道里类杆菌的最佳食物。研究发现类杆菌进食咖啡水溶性纤维24小时后迅速成长60%，而且发酵过程释放出大量短链脂肪酸。这对维持肠道健康很重要。类杆菌迅速滋生，布满肠壁，使得其他坏菌无立锥之地。邦吉尔教授说：“此报告的要旨是，水溶性咖啡纤维是肠道益菌的最佳粮食，所以每天摄取咖啡膳食纤维对健康有莫大好处。”
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现泡咖啡含有多少水溶性纤维？科学家以特殊技术测出各种饮料的水溶性纤维，咖啡含量之高出乎意料，竟然高占咖啡粉重量的2.5%～20%，有趣的是柳橙的水溶性纤维只占柳橙重量的0.19%，葡萄酒的水溶性纤维也只占重量的0.14%。而且，速溶咖啡每100毫升含0.75克水溶性纤维，浓缩咖啡居次，每100毫升含0.65克水溶性纤维，等量的过滤式咖啡则含0.47克膳食纤维。至于为何速溶咖啡的水溶性纤维最高，是因为制程以高达200℃来萃取，几乎把咖啡豆所有不论好坏的可溶物质全数榨光了。
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咖啡虽富含水溶性纤维，不过，邦吉尔教授指出，每天最好摄取20～30克水溶性纤维，而水果才是最佳来源。一只苹果或一根香蕉的果胶就等于两大杯咖啡所含的水溶性纤维，但一天喝四大杯咖啡最多只能摄取到每天所需水溶性纤维的7%。因此，早餐不要只顾喝咖啡而忘了多吃水果；如果早餐忘了吃水果，咖啡不失为先打底的膳食纤维好选择。邦吉尔与西班牙研究员都无法在红茶或绿茶中检验出水溶性膳食纤维，倒也令人意外。我们或许可以说，早餐喝一杯咖啡比喝茶更健康吧。
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●富含维生素和矿物质
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咖啡生豆富含多种维生素，包括叶酸、维生素B1（0.1毫克/1升）、维生素B2（0.1毫克/1升）、维生素B3（烟草酸，4.4毫克/1升）、维生素B12和维生素C。在烘焙过程，维生素C和维生素B1会被破坏，但烟草酸却随着葫芦巴碱降解而增加。咖啡的矿物质在烘焙前后变动不大，约占干物的4%，大部分可溶于咖啡液喝下肚，包括钙（31毫克/升）、磷（1.6毫克/升）、钾（785毫克/升）、镁（61毫克/升）、钠（14毫克/升）、锰（0.44毫克/升）、铁（14毫克/升）、铜（0.2毫克/升）、锌（0.09毫克/升）。
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咖啡三大成分：咖啡因、咖啡醇、咖啡白醇
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