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另外，满屋裕明和布罗德还发现了去羟肌苷（Didanosine，专利转让给百时美-施贵宝公司，于1991年上市）和扎西他滨（zalcitabine，专利转让给罗氏公司，于1992年上市）的抗HIV功能。这几个药物被称为逆转录酶抑制剂（nucleoside reverse transcriptase inhibitors，NRTIs），是最早上市的几个抗HIV药。1989年，布罗德被美国总统里根任命为NCI院长（任期为1989—1995），在任期间，布罗德推动了紫杉醇（paclitaxel，Taxol）的研究。
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不遵医嘱联合用药的患者：拉米夫定的发现
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1988年，拉米夫定（外消旋体BCH-189）是由伯纳德·贝洛（Bernard Belleau，1925—1989）在加拿大的麦吉尔大学（McGill University）合成的。保罗·阮-坝（Paul Nguyen-Ba）在IAF生化国际公司（IAF BioChem International, Inc.，后来合并于先灵药业）也合成了这一化合物。1989年，单对映体被分离出来。样品首先被送给耶鲁大学的郑永齐，检测其毒性。郑永齐在这一领域是位权威，他发现这一化合物与齐多夫定联用后，会大大增加抗HIV能力。他还检测这一化合物对乙肝病毒（HBV）的作用，并发表了相关结果。
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郑永齐与在埃默里大学（Emory University）的丹尼斯·C.廖塔（Dennis C. Liotta）、雷蒙德·F.斯基纳济（Raymond F.Schinazi）等人优化工艺，合成纯度更高的单对映体（左旋光），他们称之为拉米夫定（lamivudine，3TC）。埃默里大学申报了这一专利，但被最初的发明者申请无效。
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在进行这一药物的临床研究时，一些患者不遵医嘱，在服用受试品时，还偷偷服用齐多夫定，使得临床效果有非常大的提高。医生了解到这一情况后，便转向开发联合复方。于是IAF生化国际公司以14%销售额为代价，把这一专利转让给英国葛兰素公司。1995年，FDA批准了拉米夫定与齐多夫定复方。2002年，其单方治疗AIDS的适应证也被批准。
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一大波抗艾药物问世，何大一提出“鸡尾酒”疗法
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1995年，FDA还批准了第一个治疗艾滋病的蛋白酶抑制剂。沙奎那韦（saquinavir。专利号U. S. Patent 5 196 438）由罗氏公司于1 9 9 5年推向市场，它是第一个被F D A批准的蛋白酶抑制剂类抗H I V药，也是第6个抗H I V药，鉴于A I D S年死亡人数已经上升到18 000人，它获得了快速审批。同类药物利托那韦（ritonavir）于4个月后被批准。
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司他夫定于20世纪60年代被杰尔姆·霍维茨（Jerome Horwitz）合成，比利时的雷加医学研究所（Rega Institute for Medical Research）团队开始把它当成抗HIV药来研究。威廉·普罗索夫（William Prusoff）和Tai-Shun Lin（尚无中译名）把它开发成一种药物，FDA于1994年批准了它，1996年，又批准了它治疗儿童AIDS。2001年批准它的缓释制剂。这是第四个抗HIV药。
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雷加医学研究所由彼得·德·索梅尔（Pieter De Somer，1917—1985，比利时生物学家、医学家）创建于1954年，自20世纪70年代起，它成为一个教授共治的研究机构，来自世界各地的科研工作人员在这里合作，包括许多制药企业。1987年，雷加医学研究所开始与强生公司合作，这一研究开始了非核苷逆转录酶抑制剂（NNRTIs）这一类新药物的发现。他们首先发现了两个化合物TIBO和alpha-APA，经过与强生公司下属的蒂博泰克公司（Tibotec）合作，开发了利匹韦林（rilpivirine，TMC-278）。另外他们还发现奈韦拉平（nevirapine）和依非韦伦（efavirenz）等新药。
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茚地那韦（indinavir）由美国默克公司于1996年推向市场，这是第八个抗HIV药物。这一药物效果比其他都要好，从而提高了后续药物的研发门槛。蛋白酶抑制剂类药物大大提高了艾滋病的治疗效果，从某种程度上使其成为一种可控制的疾病。同样蛋白酶抑制剂药物也有耐药性，所以后续的洛匹那韦（lopinavir）和阿扎那韦（atazanavir）也被推向市场。很多制药公司都在积极研发抗HIV药。
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在合成齐多夫定三年后，杰尔姆·霍维茨与同事又在芝加哥合成了扎西他滨（zalcitabine，ddC），这是一个合成嘧啶核苷类似物，与脱氧胞苷在结构上类似。1992年，本品被FDA批准治疗HIV感染。
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1964年，双脱氧腺苷（dideoxyadenosine）这一嘌呤类似物被合成，但它有肾毒性。所以把它氧化得到了去羟肌苷（didanosine）。研究发现后者有抗HIV作用，而又没有肾毒性。1991年，去羟肌苷被批准治疗AIDS。
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进入20世纪90年代后，一大类能够抑制HIV攻击宿主的蛋白酶的药物，如沙喹那韦（saquinavir）、福沙那韦（fosamprenavir，Lexiva）、阿扎那韦（atazanavir，ATV）也相继上市。这些药物的出现为人类对抗艾滋病增添了新的武器。罗伯特·文斯（Robert Vince）发现的碳环核苷类化合物阿巴卡韦（abacavir）等也推向市场。阿巴卡韦是第十五个上市的抗HIV药物。
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CCR5受体是一个G蛋白偶联受体（G-protein coupled receptor，GPCR），早在发现这一受体之前，很多药企都制备了针对GPCR的化合物。最先批准的是辉瑞公司的马拉韦罗（maraviroc，商品名Selzentry），于2007年上市，针对CCR5受体。同年上市的还有雷特格韦（raltegravir，商品名Isentress），这是一个整合酶链转移抑制剂（integrase strand transfer inhibitors，INSTIs），病毒通过这个酶来把自身DNA整合到宿主DNA中。
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美籍华裔科学家何大一博士（1952— ）出生于中国台湾，后随家人移民美国并接受高等教育。1978年获得医学博士学位，开始医学生涯。他是在HIV未分离出来前就接触治疗过艾滋病患者。1995年，他发现将这两类抗艾滋病药物合在一起使用，比只用一种有更好的疗效。因为新疗法类似鸡尾酒的配置过程，所以又称为“鸡尾酒疗法”。由于使用了多种药物，鸡尾酒疗法可以较大限度地抑制病毒的复制，并且能够修复部分被破坏的人体免疫系统，进而减少患者的痛苦，提高其生存质量。
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自从1995年这一疗法被应用于临床后，已使大量艾滋病患者受益。但从现在的角度观察，这一疗法使得耐药性的出现加快，因此应用越来越谨慎了。
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科学家与资本家的跨界转化：抗艾药恩曲他滨的发现
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丹尼斯·C.廖塔（Dennis C. Liotta）是美国埃默里大学（Emory University）的化学教授，研究药物化学和有机合成。他和雷蒙德·F.斯基纳济（Raymond F. Schinazi）等一起优化了拉米夫定工艺。后来，两人还与Woo-Baeg Choi （尚无中译名）一起发现恩曲他滨（emtricitabine），该药有着非常好的抗HIV功能。由埃默里大学投资，廖塔、斯基纳济和Choi一起成立了三角制药公司（Triangle Pharmaceuticals），开发治疗艾滋病和乙型肝炎的药物。恩曲他滨于1996年从学校实验室被转到这家公司名下继续开发，但专利权仍归埃默里大学。2003年，吉利德（Gilead）公司收购了三角制药公司，售价4.64亿美元，相当于当时股价溢价33%。
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2005年，恩曲他滨正式被FDA批准。于是吉利德公司一次性支付5.25亿美元，买断了这一药物的专利权。这一产品以商品名Emtriva上市，这一药物已经成为极为重要的治疗方案的组成部分，由吉利德公司出售和广泛使用的复方HIV药物Truvada（含恩曲他滨和替诺福韦）和Atripla（含依发韦仑、恩曲他滨和替诺福韦）中都含有恩曲他滨的活性成分。目前有94%的美国患者使用恩曲他滨。作为奖励，学校大约拿出其中的2亿美元作为奖励金给廖塔、斯基纳济和Choi。
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斯基纳济在抗病毒药物研发中做出了很大贡献。他先后在巴斯（Bath）大学和耶鲁大学学习生物技术和药理学，然后到埃默里大学作为小儿传染病和免疫病科工作人员工作。
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他还专程去芝加哥大学学习病毒学，到北卡罗来纳大学（University of North Carolina）学习酶学，以完善知识。一开始他研究疱疹病毒，希望发现治疗口腔疱疹和生殖器疱疹的药物，控制疱疹性脑炎。他研究过病毒的潜伏期和激活期。当发现AIDS由HIV感染引起后，他立即把目标转向这一领域。
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斯基纳济在埃默里大学建立了第一个HIV实验室，并制定了相应的操作规程，他的实验室工作管理规范，从未出现过实验室感染事件。在开发了相关药物后，他又致力于把病毒控制在潜伏期，使其对人体无害。斯基纳济还创办了5家公司，开发抗病毒药物，涉及艾滋病、肝炎和疱疹等病毒性疾病。
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斯基纳济与吉利德公司做过多单生意与合作交易。斯基纳济是Pharmasset公司最大的个人股东，持有Pharmasset公司4%的股份。2004年，吉利德公司本来可以按3亿美元或更低的代价收购Pharmasset公司，但有董事成员犹豫了，决定再等等。2011年，吉利德公司以110亿美元的代价收购Pharmasset公司。斯基纳济的财富一夜间增加了4.4亿美元。
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