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在亚平宁半岛，学习医学的兴趣再次被点燃，首先在萨勒诺，之后是在博洛尼亚和帕多瓦，这使年轻的研究者无视1299年卜尼法斯八世的禁令进行了首次人体解剖。禁令“并非针对人体解剖，而是禁止蒸煮那些客死他乡之人的尸体［以便回乡安葬］……尽管教皇从未颁布过任何专门反对解剖尸体的声明，但是似乎有某些过于狂热的地方教会神职人员有意无意地反对解剖实践”。[16] 认为教会禁止解剖是错误的想法；讽刺的是，这些禁令其实是罗马帝国的异教徒颁布的，其效力一直持续到14世纪，而正是他们的意大利后代最有力地挑战并推翻了这些法律。
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来自意大利博洛尼亚的医生蒙迪诺·德·卢齐（Mondino de Luzzi）成为中世纪第一个重要的解剖学家。他于1316年出版了经典著作《解剖学》，这是第一本专门研究解剖学的现代书籍。蒙迪诺看似十分倚重盖伦的论著，但这本书的大部分内容显然是以他自己的解剖学实践为基础的。《解剖学》通俗易懂，简明扼要，条理清楚，它将指导此后200年的解剖学家，并点燃整个欧洲的医学求知欲。博洛尼亚大学由此成为解剖实践和人体研究复兴的第一故乡，[17] 这次复兴在14世纪很快就延伸到帕多瓦、威尼斯和佛罗伦萨，到了1501年，又传播到锡耶纳、佩鲁贾、热那亚和比萨。这里要再次强调，尽管14—15世纪天主教会充满罪恶，但是它并不像我们通常认为的那样禁止人体解剖。
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解剖学知识崛起、人文主义的自我认识和丰富的艺术表现在意大利的文艺复兴时期同时出现绝非偶然。在16世纪早期，波提切利、达·芬奇、米开朗琪罗、拉斐尔、丢勒和提香同时出现，他们互相竞争，偶尔也有合作。1502年，贾科莫·贝伦加里奥（Giacomo Berengario）被任命为博洛尼亚大学外科学和解剖学系主任，接了蒙迪诺的班。他编写过一部近千页的巨著《蒙迪诺评注》（Commentaria ，1521年出版），也只有印刷革命才使其成为可能。贝伦加里奥是第一位“没有一直受制于盖伦或穆斯林学者等早期权威观点”[18] 的医生，他相当相信自己对人体及其功能的看法。重要的是，他对艺术也有浓厚的兴趣，甚至拥有拉斐尔的名画《施洗约翰》（John the Baptist ）。《蒙迪诺评注》尽管还很粗糙，却是第一部整合了文字和插图的解剖学书籍，贝伦加里奥也被称为“第一位较好地认识到解剖插图真正意义的解剖学家”。[19]
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尽管外科手术还局限于脓肿切开、给战场伤员做初步检伤分类以及应急处置，但整体趋势是人们对身体运作方式的理解日益加深。随着印刷术的改进、木刻版画的完善以及新的科学研究方法出现，一位年轻的解剖学家兼外科医生撰写出史上罕有的伟大著作的舞台已经搭建好了。
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1514年，安德雷亚斯·维萨里在比利时的布鲁塞尔出生。他出生在一个很有社会地位的家庭，父亲安德里斯是御用药剂师，而祖父是马克西米利安一世的御医。在那个王室成员经常出行的时代，王室车队的行进使维萨里的父亲很少在家。维萨里受益于精英教育，先是在布鲁塞尔，少年时又去了附近的鲁汶。在鲁汶大学的城堡学院（Castle School），十几岁的维萨里学习了包括亚里士多德学说在内的哲学和艺术，并精通希伯来语、希腊语和拉丁文。出身于医学世家的维萨里选择了医学院并不奇怪。1533年，他踏上了前往巴黎的道路。
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维萨里就读于巴黎的医学院，期望自己能在四年内获得学位。现在看来，获得医学学士学位需要四个学年的学习似乎有些奇特。现代外科医生可能会问，他们在学什么？这个专业课程为什么花那么长时间？那时没有显微镜等仪器，也没有生理学（研究人体动态功能）、病理学（研究器官和细胞疾病）等概念，微生物学（研究细菌和病毒）还完全没有出现，而外科手术仍然非常原始，今天我们在加里曼丹岛保留着石器时代生活的村庄里还能见到这类外科手术。我们只能推测，当时的医学院学习盖伦的医术和古希腊医学，其中充满了哲学思想和谬误。维萨里在巴黎学习了三年，但后面我们会看到，他在获得学士学位之前被迫离开了那里。
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在安德雷亚斯·维萨里来到被称为“光之城”的巴黎之前，那里的理发师、外科医生和内科医生还在为获得社会声望和认可争论不休。根深蒂固的人体解剖禁令使医生对任何解剖学研究都毫无兴趣。因为解剖学研究与外科手术紧密相关，所以内科医生完全没有动力去严肃认真地研究人体，当然更不会去碰尸体。现代读者可能会认为，如今的内科医生和外科医生，不论他们专攻于哪个领域，一开始都是同一所医学院的同学。但是在中世纪，内科医生和外科医生并不在一起学习受训。外科医生会由医学专业的老师单独教导；而理发师的学习则远低于这个水平，他们没有学过拉丁文，当然也没有学过希腊语，只能偶尔从内科医生和外科医生的指导中学到少许。理发师最早聚集于修道院周围，他们会为中世纪进入修道院的教士削发。而在过去一千年中，理发师逐渐成为理发、剃须和希波克拉底式放血疗法的操刀专家。在1540—1745年的英国，理发师跟外科医生不分彼此。最终理发师成为专门负责剃须和理发的群体。只有理发店门前的条纹彩柱提醒我们，他们以前还有个工作是给顾客放血。
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就像中世纪的教士对教区居民实行控制一样，“拉丁文的使用沿袭了古老的权力与控制传统……掌握拉丁文便拥有了开启奥秘之门的钥匙”。[20] 在多年剑拔弩张的气氛中，巴黎终于在1516年就医疗体系的等级问题达成了协议——内科医生继续高高在上，而外科医生接受了位居其下。巴黎人并不愿效仿领先的博洛尼亚人和帕多瓦人，没有像他们那样卷起袖子，亲自解剖和研究，法国内科医生拒绝接触尸体，他们稳居宝座，居高临下地讲课，而外科医生则从旁进行实际的解剖操作。
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15世纪时，外科已在意大利城市得到了一定程度的尊重，但是在法国、德国和英国等欧洲北部国家，外科医生得到的尊重远不及内科医生。他们的公会（相当于现在的工会）由外科医师和理发师共同组成，严格设立会员准入的规矩和标准。“理发兼外科”的技艺看起来更像是古希腊和古罗马时代的“手术”，仅限于最基本的创伤稳定化处理，包括骨折、刀剑伤口以及因为从中国引入火药而出现的新型创伤。
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14和15世纪的欧洲战场见证了火药的巨大威力，而来自枪炮的“爆炸伤”似乎比以往所见过的任何外伤都严重得多。安布鲁瓦兹·帕雷（Ambroise Pare，1510—1590年）作为一名理发师兼外科医生的儿子，从未上过正规的医学院，却成为四位法国君主的御用外科医生。法国第一位伟大的外科医生帕雷彻底改变了战争创伤的治疗方法，并通过其著作（以法语写成，而非拉丁文）成为一位颇富影响力的人物。文艺复兴早期的内科医生发现他们对严重枪伤患者束手无策，那些伤口比人类曾经面对过的任何创伤都要复杂。于是，这些患者就留给了理发师或外科医生。而且在牛顿时代之前，人们很难理解是火药推动弹片所产生的能量 而非碎片中的某种“毒药”造成了如此严重的伤害。教皇尤里乌二世的外科医生乔瓦尼·达·维戈（Giovanni da Vigo，1450—1525年）在他1514年和1517年出版的著作中，推测枪伤是一种“由火药引起的中毒”，应该模仿角斗士受伤时所使用的古老疗法，用沸油烧灼，以毒攻毒。我们可以想象，沸油烧灼可以止血，于是误导创伤专家断言治疗有效；但实际上，这只能扩大“损伤区域”并造成更严重的创伤。不幸的是，维戈的观点影响面很大，导致战地外科医生们乖乖地在这些爆炸伤口上浇油。
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在1575年出版的《帕雷全集》（Oeuvres ）中，帕雷简明地描述了自己在1536年都灵战役期间所遭遇的危机。在一场伤亡惨重的战斗之后，深夜时分，帕雷的沸油已经耗尽。他记录道：
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最后，我没有油了，被迫使用一种由蛋黄、玫瑰油和松节油制成的助消化药为伤员疗伤。那个夜晚，我辗转难眠，心想那些没有得到沸油烧灼的伤员将会中毒身亡。这想法督促我天一亮就去探望他们。出乎我意料的是，那些敷了助消化药的伤员的伤口没有红肿或发炎，基本不疼，所以他们整晚休息得很好。而另一些使用了沸油烧灼疗法的伤员却发着烧，同时伤口周围红肿，剧痛无比。从那时起，我再也不用如此残酷的烧灼疗法去治疗那些受了枪伤的可怜人。
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帕雷偶然发现了一种更好的方法，无意中进行了一次对照研究。更重要的是，他发表了这一研究结果，与当时固若金汤的学术权威背道而驰。帕雷将对早期的外科手术产生重要的影响，因为他还提倡结扎（缝合）血管，在截肢后使用假肢，他还改善了产妇分娩的处理方法。书籍印刷技术的适时出现则为帕雷著作的出版送上了有利的条件；而且正如我们在后面还会反复看到的那样，战争为医学的进步提供了肥沃的土壤。
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安德雷亚斯·维萨里于1533年进入医学院学习，帕雷在同一年也来到世界上最古老的医院——毗邻巴黎圣母院的主宫医院。维萨里接受的是当时的典型医学培训。盖伦派理论在此如日中天，维萨里接受的解剖学指导充其量算是入门。维萨里在这里第一次表现出他极高的求知欲，或者说他贯穿一生的特立独行。在他自立门派以后，他承认如果只接受教授的教导，“如果我在巴黎学医时，没有自己动手研究，而是毫不怀疑地全盘接受了那些毫无技术可言的理发师为我和同学们做的……肤浅随意的器官展示”，自己就不会成功。[21] 正如我们在后面的历史上一次又一次看到的那样，外科学是由精工巧匠、古怪分子、孤独的天才、给人启迪的导师和特立独行的老顽固共同打造的。维萨里就是其中之一。他多次造访巴黎圣婴公墓，挑选腐烂的尸体和爬满蛆虫的骷髅，后来他回忆自己在墓地里度过了漫长的时光，“时常遭到凶恶野犬围困”。[22]
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当神圣罗马帝国皇帝查理五世和法国国王弗朗索瓦一世之间的战争爆发，安德雷亚斯·维萨里被迫回到布鲁塞尔，因为在人们眼中，他成了一个生活在巴黎的佛拉芒敌人。他在布鲁塞尔郊外的鲁汶医学院迅速安顿下来，并很快开始在当地搜寻尸体。维萨里和一个内科医生朋友在城墙外寻找死刑犯尸骨的时候，撞上了一具吊在绞刑架上的尸体。他对尸体进行了检查，推测尸体最初曾在稻草上被焚烧，但是上面的肉已经被鸟类啄食干净了。他还观察到尸骨因为有干枯的韧带连接而保存完整。维萨里回忆道：
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我发现尸体已经干枯，没有任何一处潮湿或腐烂，于是利用了这个天赐良机。在朋友的帮助下，我爬上木桩，将股骨从髋骨上拽下来。这一拽，手和手臂连着肩胛骨也都掉了下来，但是一只手的手指、两块髌骨，还有一只脚已经不见了。我连续往返几次将这些肢体偷偷带回家，此后就剩下头和躯干了。到了晚上，我故意让自己被关在城外，这样就可以想办法取下胸腔——它被牢牢地系在链子上。我太渴望拥有那些骨头了，以至于半夜三更独自置身于那些尸骨中。我奋力爬上木桩，毫不犹豫地一把拽下望眼欲穿之物。
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维萨里用沸水对这些骨头进行了软化之后，切掉了韧带和软组织。他继续写道：
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最后，我偷偷地把所有骨头都煮了一下，令其为我所用。在把它们清理干净后，我将其组建成标本并保存在鲁汶。[23]
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在鲁汶短暂停留之后，维萨里前往意大利的帕多瓦，那里是世界顶尖医学院的家园。维萨里正是在帕多瓦大学参加毕业考试的。帕多瓦大学近400年历史的学术档案告诉我们，他“在这场严格的考试中表现优异……考官毫无异议，一致让他通过”。[24] 令人惊讶的是，毕业之后第二天，维萨里就被任命为外科学和解剖学系主任。尽管他在四年中辗转就读于三所学校，他仍然在系里脱颖而出，显然某种不同寻常之事正在帕多瓦酝酿。
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1537年12月，维萨里毕业后的一天，这位新任外科学和解剖学系主任在一名18岁男性的尸体上开始了自己的首次解剖学实践，这次解剖将持续18天。维萨里遵循蒙迪诺设立的方案：首先是腹腔，之后是胸腔、头颈、颅脑，然后是四肢。人们发现，这当中最大的变化就是维萨里集所有角色于一身，他既是讲师，也是示教者和解剖者。这位声望显赫的内科医生，从他高高的宝座上走下来，手握手术刀站在尸体旁，担当起外科医生的角色。他不必对着书本念出蒙迪诺或盖伦的观点，因为他们的著作对他来说早已烂熟于心。刚满23岁的维萨里还推出了一种新的教学方法，即为学生张贴图例或者图表。这是一个真正潜心于传道授业的人，而不到一年，他便出版了自己的第一部著作《解剖图谱》（TabulaeAnatomicae ）。绘图的方式突破传统，反映出维萨里的观察结果，证实他所想要传达的信息，具有很高的助记价值。《解剖图谱》在威尼斯印刷，使用了6张尺寸为19英寸×13.5英寸的大木刻版画解剖图。1538年出版的这本书第一次暗示盖伦学说有不可靠之处。维萨里在盖伦的描述中发现了前后不一致的地方，于是这位年轻的解剖学家开始了自己的研究课题，拒绝接受过去的权威，除非自己证明他们是正确的。
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两年后，维萨里出版了另一位解剖学家论著的修订版——约翰·君特（Johann Guinter）[25] 的《解剖学原理》（InstitutionesAnatomicae ），该书后来成为配合解剖学讲座和演示的教学文本。从某种意义上说，这本书大部分是抄来的，维萨里对原作进行了修改，并不断添加新的内容。尽管他替别人的作品出修订版有些奇怪，不过还有更糟糕的：维萨里的文字和插图后来被其他的出版商一字不差地完全剽窃。
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16世纪30年代后期，维萨里开始对盖伦的著作进行全面分析，加入希腊语翻译并对其解剖描述进行学术性评估。对于维萨里来说，盖伦并非永远正确这一点，已经越来越明显。在巴黎和鲁汶一些教授的鼓励下，他开始大胆地准备编写一部里程碑式的作品，以挑战盖伦的权威。在这个过程中他借助了新印刷技术的优势，也得益于北意大利在文艺复兴早期已经广泛提高的艺术审美水平。在这次调查研究期间，维萨里与英国人约翰·凯斯（John Caius）同住，他也二十多岁，来帕多瓦学医。凯斯曾经就读于剑桥大学的冈维尔学院。他应当是协助了维萨里的希腊语翻译工作，但是他比维萨里更忠于盖伦原作。历史学家奥马利（C.D. O’Malley）说：“虽然凯斯与维萨里实际上是一代人，在他们的时代，人体标本解剖已经在进行，基于解剖学的科学治疗也已经开始；但是在精神上，凯斯属于对盖伦深信不疑的上一代，那时的医学人文主义者认为盖伦掌握了解决所有医学问题的关键，因此那些由原汁原味的希腊典籍精确翻译而来的拉丁文著作，才是他们可以为医学界提供的最大福音。”[26] 后来凯斯回到伦敦并大获成功，将冈维尔学院从财务危机中解救出来，学院在1557年以他的名字重新命名，成为如今举世闻名的剑桥大学冈维尔与凯斯学院。
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维萨里在帕多瓦和邻近的博洛尼亚忙碌着，他的教学和解剖天分吸引着学生们。“重要的是，无论维萨里去哪里做校外讲座，一股掘墓盗尸的浪潮都会在当地出现。”[27] 刚入土的公民和罪犯成为维萨里及其“解剖学”的养料。当时的一份报告说：“［在帕多瓦］某位修道士的情妇突然去世……尸体被帕多瓦学生从她的坟墓中盗走并进行了公开解剖。他们异常勤奋地从尸体上剥下了整张人皮，唯恐被那位修道士认出来。”[28]
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通过挑战自己所学的传统智慧，维萨里变得比任何人都更了解人体。在探索与发现的时代，航海家已经在海图上绘制出南美洲、非洲、印度和东亚的海岸线；维萨里的探索课题与之类似，并在很大程度上关乎人类的进步，他迫切地想以最出色的方式传达这种知识。
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《人体构造论》的正式编写始于1540年初，维萨里刚过完自己的25岁生日。他希望《人体构造论》能够指导解剖和成为了解人体的指南。这不仅仅是一本关于人体的书，不是那种给离群索居的绅士的消遣。这是一部为医生定制的指南，其后的精简版《概要》更是专门为医学生设计的。《人体构造论》的内容包括对解剖每一步所需的器械的描述（配有图片），还介绍了煮沸和清理骨骼的技术，以及全部肌肉、关节、器官和神经的解剖过程。有时候，他一连几个星期独自待在帕多瓦的家里写作和反思。维萨里可能花了至少一年的时间编写《人体构造论》。早期出版物中的木刻版画取自他亲手所绘的插画，而《人体构造论》中的插图最后全部由专业画家绘制。印刷革命赋予了维萨里及其插图绘制团队极强的再生产能力，而他的前辈们编写的是“一次性”书籍，其文本通过手抄得以流传，而插图在每次复制时都需要重画一次，连续复制之后，质量会大大降低。
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