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因此，石炭酸是对抗手术感染的天然武器。时间来到1865年8月12日，在格拉斯哥皇家医院里，利斯特正在治疗11岁的男孩詹姆斯·格林利（James Greenlee）的开放性胫骨骨折。他用石炭酸稀释溶剂彻底擦洗了这个氯仿麻醉状态下小男孩的腿。手术结束时，利斯特用油灰粉和石炭酸的混合物包扎伤口，并覆盖了一层锡箔纸以减少蒸发，最后以夹板固定。四天后，利斯特拆开包扎的伤口，发现受伤部位愈合状况良好，伤口没有像以往那样出现皮肤边缘发炎、化脓、腐烂及腥臭的现象。他又以同样的方法再次包扎好伤口。五天后，利斯特诊断第二次包扎导致了表皮灼伤，于是在第三次包扎时，他加入了石炭酸溶剂和橄榄油。伤口慢慢地愈合了，不需要进一步手术。詹姆斯本应按常规进行截肢手术，却平安无恙地康复了，他在受伤六周后痊愈出院。
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“当利斯特意识到，用化脓与巴斯德解释的发酵所做的类比可以应用于医学实践，消毒外科手术出现了。”[31] 一系列的科学观察、简单实验和临床应用结合在一起，促成了“抗菌”时代的诞生。抗菌，就是消除致病微生物的过程。
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此后，利斯特对每一台外科手术都进行消毒。利斯特和巴斯德成为并肩对抗微生物敌人的战友。早期科学是十分粗糙的，没有对特定细菌种类的鉴别，也没有真正理解它们如何生长、繁殖和消亡的理论。然而医生们仅仅通过仔细地清洁皮肤和受伤组织，就使择期手术和急诊手术取得了极大的进步。随着时间的推移，全世界都将采用“利斯特消毒法”，不过有些国家接受得十分勉强，哪怕证据就摆在眼前。
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在塞麦尔维斯失败的地方，利斯特成功了。大多数科学家和医生从来没有听说过塞麦尔维斯和他对产褥热的分析，而利斯特开启了医学的重大变革，外科手术的可行性也即将由此发生剧变。利斯特工作勤勉，为人友善，拥有永不满足的求知欲和非同寻常的毅力，他以永不妥协的奉献精神投身到工作中，同时也对身边的每一位朋友致以无私的关怀。这些特质使利斯特而非别人说服世界相信了病菌是真实存在的。缺乏人格魅力的塞麦尔维斯最后成了一个令人厌恶的疯子，在利斯特进行第一例消毒手术的第二天离开了人世，真是命运无情的讽刺。查尔斯·达尔文的儿子弗朗西斯·达尔文曾经这样总结道：“在科学领域，功劳属于说服世界的人，而不是首先产生这一想法的人。”[32]
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在短短几年间，利斯特的消毒法将在欧洲大陆范围内得到检验。普法战争持续时间不超过一年（1870年7月—1871年5月），却为利斯特的技术提供了一个独特的实验室。普鲁士王国是最早采用利斯特消毒法的国家之一，在搭起的战地医院里，参与治疗的医生都配备了石炭酸。普法战争在历史上首次以精准的枪支和大炮作战，因此刀尖和刺刀造成的伤口很少见，受伤的士兵“身上留下远程步枪射击造成的独特伤疤：散开的开放性伤口，断裂的骨骼碎片，破碎的衣物与损坏的血肉混合在一起”。[33] 医生以石炭酸药物对德国士兵的伤口进行浸泡、擦拭、涂药和包扎。最终战争史上第一次出现了不同的结果，伤口感染导致的死亡少于创伤本身导致的死亡。相反，法国人坚持使用古老又不科学的油膏来涂抹伤口，截肢后的感染死亡率高达70%。[34] 战争为利斯特消毒法搭建起了规模最大的实验室，只有顽固透顶的人才会坚持他们过时的黑巫术。
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在普鲁士军队的数千名医务人员中，有两位杰出医生的贡献在当时并没有引起人们的注意，但最终产生了巨大的影响。一位是鲁道夫·菲尔绍的门生埃德温·克雷布斯（Edwin Krebs），另一位是来自小村庄的德国青年罗伯特·科赫（见彩插7.4）。远离普法战争前线的克雷布斯决定效仿恩师，在死亡士兵的伤口上进行组织取样。通过显微镜，他在感染的组织中观察到大量的杆状体和球状体。克雷布斯的观察结果类似于巴斯特对变质牛奶和甜菜酒汁的观察，他提出了一个突破性的假说：这些形态奇怪的物体就是病菌，它们并非只是与感染和死亡有关，而是疾病和灭顶之灾的原因 。
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证实病菌学说需要一位医生，以科学的方式来辨别病菌的种类，解释病菌如何生长，区分引起不同疾病的病菌。非专业的读者或许看不出来差别，但是每种细菌（例如葡萄球菌）都在显微镜下有自己独特的形态、特定的生长方式、有限的生存环境、DNA图谱及其对特定动植物的明确影响。认识细菌的第一缕曙光照在了这些德国研究者身上，他们意识到可以观察和描述细菌王国，而且有朝一日或许可以抗击细菌，而领路人正是科赫。
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战后不久，沉默寡言的科赫欣然接受了东普鲁士沃尔施泰因（Wöllstein）的一个职位，成为当地的卫生官员。他与妻子和年幼的女儿一起搬到了那里，这个机遇使科赫成为当地唯一的医生，或许他还能借此做出重要的科学发现。顾名思义，沃尔施泰因是饲养绵羊和生产羊毛的中心[35] ，在19世纪70年代，羊毛纺织品在世界上具有领先地位，所以沃尔施泰因虽然不是一个城市，却也是至关重要的地区。
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罗伯特·科赫来自德国中北部，他成长于普法战争之前的时代，当时德意志各邦国还没有统一。与欧洲其他国家不同，德意志并没有一个独占鳌头的知识中心，因此几百年来，柏林、慕尼黑、莱比锡、威滕贝格、维尔茨堡和纽伦堡等城市都拥有令人骄傲的学术成就。科赫在哥廷根学医期间，有幸得到显微术先驱人物雅各布·亨勒的指导。事实上，亨勒的《系统解剖学手册》（Handbookof Systematic Human Anatomy ）是继维萨里的《人体构造论》后第一部伟大的描述性解剖学著作，它探讨了人体器官的微观解剖学。维萨里为人体解剖学所做的主要工作包括以图示阐释我们人体的结构，观察组织与纤维之间的相互联系且直面谬误；而亨勒从微观 的视角探索解剖学，他深入研究了每一个器官的微观结构，揭示了构成人体的微小元素。
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托马斯·格茨发现亨勒和科赫是一对理想搭档，二人都性格内向，不大爱说话，更倾向于“低头做事，不喜欢社交活动”，并且都非常注重细节。[36] 亨勒的《论瘴气与传染性》篇幅不长却意义重大，文章发表数十载之后，这位教授关于病菌的思索无疑还在科赫的耳边回荡。通过生物数学计算，亨勒得出结论说，微小的、有生命的“植物体”或“纤毛虫”（infusoria）只能在微观世界中发挥威力。症状的出现会略有延迟，当一个人出现症状，接着情况急剧恶化，患者遭受痛苦的折磨，就意味着整个社群面临着同一种疾病威胁，将会集体病倒。不论是患病的个体，还是整个社群，并不会被简单的化学组合本身击垮，真正使人丧命的是微生物的复制行为，而有机生物复制时会让宿主付出代价。刚刚从战场回来的科赫会证明亨勒是对的。
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如今，沃尔施泰因不再属于德国，而是位于波兰的一个小镇，被称为沃尔什滕（Wolsztyn）。小镇四周围绕着一块块田野和牧场，让人联想起美式乡村。镇上坐落着几座教堂和许多小商店，橱窗上装点着我读不懂的波兰文。很快你就会意识到，这个小村庄几乎没有游客，而零星来到这个田园地带的都是一个半世纪后前来朝拜科赫的人。
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罗伯特·科赫的住宅和诊所坐落在镇中心的罗伯特·科赫路上，它建成于1846年，以前是一家为穷人看病的医院。1872年，科赫一家三口搬到这里，住在这座哥特式建筑的二楼。二楼有一大面凸窗，上面是红瓦屋顶。在一楼，玻璃窗的正下方是一面双扇大门，进门后有一条通向室内的走廊，这也是科赫医生检查室的门诊入口。忍受着病痛折磨的患者常常在这条走廊中来来往往，他们很可能无法从科赫那里获得丝毫帮助。
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短短几年间，科赫已经习惯于每日出诊和摆弄自己心爱的显微镜。研究永无止境，他倾囊购入一台自己勉强买得起的高级显微镜，整日痴迷于组织的显微术检查，以及用他收集并饲养在后院的动物进行实验，这可谓人类的一大幸事。
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1873年，科赫搬到沃尔施泰因还不到一年，当地的绵羊接连死亡。更糟糕的是，农民和剪羊毛的工人也开始生病。这个地区的居民对这种疾病太熟悉了——毛工病，也称为炭疽，常见于食草动物如牛、绵羊、马、山羊和羚羊，但人类如果接触了受到感染的动物组织，那么也有被感染的风险。牛羊感染的临床特征可以概括为突然发作、快速死亡，并伴有行走摇摆、呼吸困难、寒战、昏倒甚至抽搐症状。[37] 身体的开放部位如口、鼻、肛部偶尔会流出血性分泌物。人感染这种疾病后，皮肤会出现大面积溃疡和坏死，经常发展出黑色的病变。自古以来，人们将炭疽理解为一种天谴或圣经中出现的瘟疫，恐怖至极，无法解释。
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随着疫情在1874年夏天波及人类，大量的病人开始涌入科赫在沃尔施泰因的住宅，他很可能使用了民间疗法为出现红肿结痂的病患进行治疗。身为科学家的科赫从被感染的病人身上收集血液和脓液样本，在一楼临时搭建的实验室里，通过显微镜对受试对象的样本进行检查，并在个人研究笔记本上记录下他的发现。1874年4月12日，他开始在笔记中使用“细菌”（bacteria）一词，效仿了德国动物学家克里斯蒂安·戈特弗里德·埃伦贝格对细菌的称呼。“细菌膨胀起来，变得更亮、更厚、更长。”[38] 科赫的观察反映出在那之前几年里研究人员的发现，但是，没有科学家进行下一步 研究，没有人评估那些像谷粒一样首尾相连的细菌，是不是炭疽的原因 。
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18个月后，1875年圣诞节前的某一天晚上，沃尔施泰因当地的一名治安官出现在科赫的家中，他带着一部分动物残骸，应该是装在马车上拉来的，动物尸体上流着浓稠的黑血。这名警官害怕这只死去的野兽会使炭疽疫情卷土重来，于是带着动物残骸来找镇上可能知道下一步该怎么处理的人。
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罗伯特·科赫查看了一下动物尸体，立刻想到他的显微镜是最佳的分析工具。科赫预感这只野兽应该是感染了炭疽，于是他急切地从死去的动物身上抽血取样，然后将样本放在显微镜下进行检查。这位蓄着胡须、戴着眼镜的32岁医生开心地发现，玻片上布满的细菌与自己一年前所观察到的细菌类型一模一样。“如果能够将有传染性的生物和有传染性的液体分离，并观察其威力，就可以用实验证明［细菌］实际上是起作用的（是疾病的原因）……”[39] ——雅各布·亨勒曾经的梦想在耳边回荡，科勒的脑海中灵光一现。
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离开临时搭建的实验室，科赫走出后门来到花园，从笼子里拽出一只健康的兔子。他把兔子控制住之后，切开了兔子的耳朵，将一滴深红色的血滴在载玻片上，并通过显微镜证实兔子的血液中没有细菌。然后，他将死亡动物身上载满“微动物”的血液注入健康兔子的耳朵。当时的人们还完全不知道细菌的生命周期，甚至还没有对病菌是否真的存在达成共识，更不用说去理解其活动模式和致命性了。那天晚上，科赫躺在床上，不知道第二天的平安夜会得到什么消息。
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以科赫一心一意的性格和执着的专注力，我相信那个晚上他一定辗转难眠。24号那天，诊所人满为患，科赫在楼上的检查室中照顾病人，虽然可以看到后院关着兔子的地方，但他从早忙到晚。下班后，他去检查那只兔子病患。
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兔子死了。
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科赫把兔子带到屋里，对血液进行了取样，在样本中发现了与自己前一天看到的相同的细菌。在研究笔记中，他描述道，这种完全相同的细菌数量为“中等”。那个平安夜，躺在床上的科赫像所有满怀期待的孩子一样，计划着自己的下一步实验。他没有丢掉那只兔子的尸体，而是将其保存下来，以便第二天进行更多的实验。
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圣诞节的早上，科赫从死去的兔子身上采集了更多的组织样本，毫无疑问，尸体已经开始发臭了。毕竟那是19世纪70年代，还没有电、灯泡和冰箱。科赫发现样本中长出的细菌越来越多，于是他更加确信，这些成倍增加的生物是炭疽出现的原因。他不仅在笔记本上记录了观察结果，还开始安排实验来验证自己的假说，证明这些平平无奇的微型生物体是疾病的元凶。
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科赫使这种疾病由兔子传给家中饲养的小老鼠等其他小动物。每种动物都死于炭疽，每个样本在显微镜下都能看到有问题的细菌。不知不觉中，科赫为动物实验树立了典范：他使用兔子和小老鼠进行的实验，包括他的小白鼠饲养方案，从小镇沃尔施泰因悄然进入全世界的每一所大学实验室中。
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在进一步的实验中，科赫开始尝试在宿主体外培养炭疽病细菌。毋庸置疑，这位医学先驱对炭疽疫情一阵接一阵的暴发感到困惑。其中有什么秘密，使这种生物能够在平静数月或数年之后，又快速地传播开来？罗伯特·科赫正在驶入未知海域。少数有远见的科学家曾经怀疑过，显微镜金属筒另一端那些看起来无害的病菌实际上作恶多端，但是，他们从未成功地培养过病菌。
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科赫已经确信，细菌是需要营养供给的生物，于是他开始寻找能够作为培养基的体液。最后的解决方案有些恐怖：他选择了房水，即眼球含有的液体，他所用的房水来自屠宰场的牛。科赫使用解剖工具从受到感染的老鼠脾脏上采集了一小份样本，在一块薄薄的载玻片上，将样本与房水混合。他预先在一片比较结实的载玻片上磨出了一小块凹槽，然后他将这两片载玻片合放在一起，并在周围涂抹一圈凡士林，将液体混合物固定其中，这样就形成了一个密封的培养环境。
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