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许多学生感到精力过剩，偶尔出现恶心、面部潮红、心悸和眩晕。改变注射可卡因的浓度可以缓解症状。不久，这项技术便在罗斯福医院应用于患者的常规治疗，霍尔斯特德的牙医朋友们也将此技术应用到牙科治疗的过程中。
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如今，读者已经非常熟悉利多卡因、普鲁卡因和利多卡因等名字了，但是很少有人意识到它们与可卡因的近亲关系。前一组药物在世界各地的临床机构里得到安全无害的应用，而凶猛的可卡因完全不同。正如诺伊斯在美国所写的第一篇关于可卡因的文章中所说，这种疗法存在着阴暗的一面 。
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到1885年秋，问题在纽约浮出水面。那些使用可卡因鼻烟，甚至在社交活动中注射可卡因的医学生和外科学徒遭到了痛苦的折磨。“学生的视力开始减退。医生行为也越来越古怪。他们睡眠减少，说起话来滔滔不绝，兴奋不已。最后，他们做的手术越来越少，出现玩忽职守的情况。”[21] 出于高尚目的的准科学试验，最终导致了化学依赖。
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他们对可卡因上瘾了。
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在首次进行实验性注射不到一年后，霍尔斯特德及其同事和学生把自己对人生的掌控交给了可卡因。霍尔斯特德渐渐不去罗斯福医院诊室的晨会了，他的怪异行为与城中四处游荡的吸毒者十分相似。同事们眼睁睁地看着他出现一阵阵痉挛、神经抽搐，表现出急躁性情和盗汗。在药理作用的刺激下，霍尔斯特德仿佛变了一个人，成了一个令人恐惧不安的野蛮恶魔。
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1885年秋，霍尔斯特德带着成功的喜悦回到维也纳，在海外继续着自己的可卡因狂欢。他向外科医生和牙医展示了局部麻醉技术，与老朋友们联络叙旧。没有记载表明他在维也纳见到了弗洛伊德，不过人们可以想象如果他们有所互动，会产生怎样的结果。杰拉尔德·因贝尔在《叛逆边缘的天才》（Genius on the Edge ）中写到，霍尔斯特德失去了对生活的把握，和他最亲近的亲人和朋友都担心他会就此迷失生活的方向。
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1886年1月，威廉·斯图尔特·霍尔斯特德回到纽约，状态进一步失控，满口胡言乱语，神志不清。昔日好友韦尔奇正在巴尔的摩将约翰斯·霍普金斯建为一座精英研究机构，两人共同的同事提醒他，霍尔斯特德的身体正在逐渐恶化。“曾经谦逊有度的他，现在变得粗鲁莽撞，不停地讲话，而且毫不在意对方的反应。”[22] 韦尔奇又找来另外两名医生朋友一起制订干预治疗方案，四位专业人士坐在一起开会，讨论如何将这名年轻的外科医生从可卡因的诅咒中挽救出来。
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唯一能够正面阻止霍尔斯特德的医生，甚至可以说世上唯一能阻止他的人，就是友善而聪慧的韦尔奇。这位出身康涅狄格州的医生世家之子，也是耶鲁骷髅会的成员，既重视同志情谊，又擅长理性分析。单身汉韦尔奇直接与霍尔斯特德讨论了他的药物滥用问题，不单单是责备他，还提出了一个解决方案，让他进行一段长时间的航海旅行，在享受习习海风来恢复活力的同时可以强制戒毒，最终摆脱可卡因的控制。霍尔斯特德同意了。1886年2月，韦尔奇租好了纵帆船“布里斯托尔号”，开往加勒比海南部的向风群岛。
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韦尔奇与霍尔斯特德的安排是，大量的可卡因将交由年长的韦尔奇监管。治疗方案规定，韦尔奇会逐渐减少每日给霍尔斯特德服用的药量，直到他完全戒掉可卡因，当4 000英里的往返航行结束时，霍尔斯特德也将痊愈。
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出航时，“布里斯托尔号”是名副其实的海上飞马，如同诸神搭乘的船只。韦尔奇是个希腊文学专家，曾立志当一名大学教授，他一定想起了奥德修斯躲避海妖塞壬的故事。女神喀耳刻警告过奥德修斯，塞壬实际上是凶恶的怪物，伪装成妩媚的女子，以天籁般的歌喉引诱着航海者。在这个著名的故事里，奥德修斯用蜡堵住海员们的耳朵，防止他们受到诱惑。但是他自己并没有堵住耳朵，以便“聆听美妙的歌声”。奥德修斯被绑在桅杆上，无法逃脱，也无力抵抗，他竭尽全力地挣扎，使铁索勒破了自己的肉体。
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前往加勒比海的旅程中乐趣日渐消减，霍尔斯特德一路上被逐渐减少的药量折磨着。韦尔奇与霍尔斯特德之间的友谊也受到了严重的威胁。一天深夜，霍尔斯特德为了得到可卡因，强行打开了船长的药箱。从某种意义上说，霍尔斯特德相当于漫无目的地在海上漂泊，当他们在返程途中抵达佛罗里达海岸，他已经“噩梦缠身、精疲力竭、急躁易怒，［并且］对同行的伙伴们充满了怀疑……”。[23] 对于霍尔斯特德来说，这确实是一场希腊式悲剧，或许他最终活下来的唯一理由是神明希望他可以再次看到纽约，并且有朝一日在巴尔的摩执掌医学院。
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剥夺疗法失败后，霍尔斯特德清楚自己需要强度更大的医疗干预。韦尔奇仍然信任自己的朋友，但是坚持认为他需要进入疗养所治疗，那时疗养所正逐渐成为戒毒治疗的主要方式。1886年，霍尔斯特德入住罗得岛州普罗维登斯的巴特勒疗养所进行可卡因戒毒治疗，历时7个月。当时的主要治疗方法是用其他药物替代成瘾的药物，霍尔斯特德接受的是吗啡疗法——吗啡同样会让人一生上瘾。尽管疗养所强调健康饮食和户外活动，但吗啡的介入导致了一种尴尬的平衡，“一种药物使人感觉自己强大而且无所不能，而另一种使人感到世间的平和慰藉”。[24]
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霍尔斯特德正处于人生中危险的一站。他的父亲生意失败，财富尽失；而他自己回首来路，已经没有了依靠，从医学培训完成后六年来赢得的声誉毁于一旦。霍尔斯特德为自己的尝试付出了昂贵的代价，急需恢复职业声望。1886年12月，在那次灾难性的航行实验仅8个月后，韦尔奇再一次伸出援手。霍尔斯特德乘火车一路晃晃悠悠地来到巴尔的摩，与韦尔奇一同搬进了市中心的寄宿公寓。
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约翰斯·霍普金斯大学于1876年在巴尔的摩市中心成立，后来于20世纪初迁至郊区。虽然比哈佛和耶鲁年轻200岁，但约翰斯·霍普金斯大学被视为美国第一所研究型大学。校长吉尔曼遵循了领先的德国教育模式，尤其学习柏林洪堡大学的创立者威廉·冯·洪堡，强调研究在本科教育和研究生教育中的作用。相对于死记硬背陈旧事实的方法，这种科学方法以发现新知识为主体教育方式，将极大地改变美国的学术体系。
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在过去的一百年中，人类对疾病认知的发展是多种多样的，引起了惊人的变化。莫尔加尼首先将症状与解剖形态联系起来。罗基坦斯基和菲尔绍以组织为基础、以细胞为导向进行尸检，从而进一步增加了人们对疾病形态的认识。但是，真正开启疾病理解之门的是细菌学的出现，而出色的实验室科学为医疗保健在这片新天地的改善做好了准备。在吉尔曼的监督下，韦尔奇将在巴尔的摩的劳登斯拉格山建立起美国医学的“万神殿”。这样强调是不过分的，约翰斯·霍普金斯大学的第一栋大楼就是病理学研究楼。当时一般的医学院的校舍布局往往分为医疗病房、手术演示厅和产科门诊，但这所医学院机构将建基于一栋为理解疾病而设计的大楼之上。莫尔加尼、罗基坦斯基和菲尔绍会为此感到骄傲不已。
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医院计划于1889年开诊（医学院的第一期课程直到1893年才开始招生），此前霍尔斯特德的主要职责是与韦尔奇一起在病理学实验室工作。在接下来的几年中，他专注于动物试验和基础科学研究，极大地推动了外科学的进步。
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比尔罗特在维也纳开创了腹部外科的先河，不过手术结果仍时好时坏。霍尔斯特德推论，改进技术可能会改善临床效果，但他要求新技术必须经过科学分析，而且需要以微观解剖学为基础。霍尔斯特德抵达巴尔的摩不到一周，就与富兰克林·马尔（Franklin Mall）开始进行动物手术，对肠壁解剖分层进行微观评估，发现了看似平凡无奇的“黏膜下层”（submucosa），此前人们并未意识到它的作用。
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肠壁由三层结构组成：外部肌肉层、具有吸收性的内部衬层和由结缔组织构成的薄薄的中间衬层——黏膜下层。他们在几个月里通过69个实验对黏膜下层的作用进行了评估，对新修复部位的强健程度进行了测试。1887年4月，霍尔斯特德在哈佛医学院就一篇论文做了报告，主要内容是如何才能最好地实现强健的组织愈合。这项有开创意义的研究使肠吻合（两个断端缝合在一起）成为一项可靠的技术，直接影响了腹部手术的生存率，至今仍是外科手术的基石。肠道外科手术就此改写。
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耐人寻味的是，霍尔斯特德无法肯定自己是正确的，因为他并没有在人体上进行手术操作。韦尔奇把他带到巴尔的摩，在自己的监督下工作，但是霍尔斯特德作为外科弃儿，无法得到患者的信任。所以实验室就是他的诊所，狗就是他的患者。霍尔斯特德对狗进行了十分认真的护理，令人极为敬佩。事实上，他开发出“一种处理动物实验的方式，不久便成为国家标准”，[25] 这也是他来到巴尔的摩不久后对外科学做出的第二项主要贡献。
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韦尔奇出于对他的纽约好友的敬重，请求吉尔曼校长容忍霍尔斯特德的恶劣名声。在狗的身上进行的外科手术、收获颇丰的基础科学研究、哈佛报告取得的积极反响……这一切都似乎表明，威廉·霍尔斯特德终于回归正轨。事实却并非如此。在波士顿做完报告后不久，他再次住进了巴特勒疗养所，这一次一连住了 9个月 。在长达22个月的时间里，他在巴特勒疗养所化名“威廉·斯图亚特”过了16个月，这原本是外科医生职业生涯的黄金阶段，他却没有任何科学成果。当时没有人敢说他能够重操外科手术旧业，更不用说扛起美国历史上最重要的外科医生之重任。
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1887年12月，霍尔斯特德在巴特勒疗养所结束了第二个康复周期，悄无声息地回到了病理学大楼的工作岗位上。这位单身外科医生老老实实地在巴尔的摩住所附近的马里兰俱乐部就餐和社交，白天认真地与韦尔奇和一群年轻医师一起做研究。以前那位精力充沛、善于社交的外科医生给自己套上了保护壳，鼻子上架着一副老式眼镜，掩藏着可卡因和吗啡成瘾的黑暗秘密。或许只有韦尔奇一个人清楚霍尔斯特德曾是一个不知悔改而且部分丧失了生活能力的重度瘾君子。
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在德语民间传说中，对生活不满的炼金学者浮士德与魔鬼签了一份协议，以自己的灵魂换取无尽的知识和尘世欢愉。毫无疑问，霍尔斯特德开始使用可卡因时并不知情，但很快便被它的魔力迷住。疗养所开的处方吗啡仿佛希腊神话中的梦神摩尔甫斯一般，也使霍尔斯特德无法自拔。性情的彻底改变埋葬了曾经的霍尔斯特德医生。他现在严肃深沉、遮遮掩掩、羞面见人、脆弱不堪，他把自己包裹在蛹壳中，无人能入。外科医生天生都是“控制狂”，无力感一定使霍尔斯特德受尽折磨。
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“病理科”的日常工作为威廉·斯图尔特·霍尔斯特德带来了极大的抚慰。到1889年初，他开始在当地医院出诊和手术。两年前来到巴尔的摩时，支离破碎的他对未来还是一片迷茫。这位曾经在大都会享乐之人正渐渐夺回自己傲人的事业。现在一个重要决定摆在约翰斯·霍普金斯行政管理部门面前：他们应当聘请谁来担任这家新医院的外科医生？
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约翰斯·霍普金斯医院于1889年5月开门。病理科虽然已经在威廉·韦尔奇的带领下运作了几年，但在医院开门接诊前的几个月才聘请到专职外科医生。如今，美国每家医院的发展趋势都取决于外科手术量。在21世纪，外科医生的地位可谓得天独厚，自己工作带来的收益多寡决定了职位高低。而在1889年，外科作为一个新生的职业领域，美国的专职外科医生还不足10人。[26] 校长吉尔曼已经聘请了科学家兼病理学家韦尔奇，也毫不意外地请来威廉·奥斯勒担任医院的创始内科医生。出生于加拿大的奥斯勒之前在宾夕法尼亚大学就职，他后来成为卓越超群的世界名医，最终作为钦定医学教授（Regius Chair of Medicine）留在了牛津大学。
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距离医院开门只有几个月的时间了，而外科医生还没有到位。约翰斯·霍普金斯医院的领导层决定为这家新生机构聘请一位全职外科医生，这在当时十分罕见。威廉·麦克尤恩爵士（Sir William Macewen）在格拉斯哥继承了约翰·利斯特的衣钵，本身也是一位外科先驱。作为脑外科和骨科的重要创新者，麦克尤恩坚持将自己的全部护理团队带到约翰斯·霍普金斯大学，而学校无法同意这个要求，于是聘用他的希望也破灭了。仓促之中，医院董事会面临着一个困难的决定：是聘请他们认识的那位外科医生，不管他有什么缺点，还是赶紧去找另一名欧洲候选人？
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