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［应用评价］标本要求：无菌采集合格痰标本，1h内检测，否则应冰箱保存。合格痰标本：是指显微镜检查白细胞≥25个／低倍镜视野、扁平上皮细胞≤10个／低倍镜视野。经支气管镜保护性导管支气管刷采集的呼吸道标本，受上呼吸道菌群污染的可能性最小，最适合进行细菌培养（包括需氧与厌氧培养）。痰标本培养检出真菌很可能是来自上呼吸道的定植菌，可误判为感染菌。目前，国际上沿用原则是：采用X线胸片结合肺组织活检，或血液、胸腔积液检出真菌作为侵袭性真菌感染诊断的标准。
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5．粪便标本
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粪便标本细菌分离、培养与鉴定（isolation, culture and identification of bacteria in stool samples）
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使用选择培养基分离含脓、血或黏液的粪便致病菌并进行鉴定，有助于胃肠道感染病诊断。相关项目：粪便标本涂片抗体染色显微镜霍乱弧菌检查（制动试验）、粪便标本涂片染色显微镜检查（球菌杆菌比例）。
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［参考范围］（粪便）可检出大量肠道正常菌群细菌。
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［临床意义］常见胃肠道感染疾病：食物中毒、霍乱、伤寒、细菌性痢疾、结肠炎、胃炎与抗生素相关性腹泻等。粪便标本可检出致病菌和疾病如：①检出霍乱，弧菌可确证诊断霍乱，应做危急报告。②检出伤寒沙门菌可确诊断伤寒；必要时可以做肥达反应作为辅助诊断；培养出伤寒沙门菌应做危急报告。③检出志贺菌属细菌，可准确诊断细菌性痢疾；如疑为志贺痢疾菌，可做志贺毒素检测；培养出志贺菌属细菌应做危急报告。④检出副溶血性弧菌，诊断为副溶血性弧菌感染。⑤检出小肠结肠炎耶尔森菌，诊断为小肠结肠炎耶尔森菌感染。⑥检出空肠弯曲菌诊断为空肠弯曲菌感染。⑦检出肠致病性大肠埃希菌，用多价抗血清凝集检测EPEC、EIEC，用改良Elek法检测ETEC，接种山梨醇麦康凯平板与血清凝集试验检测EHEC，阳性者诊断为肠出血性大肠埃希菌消化道感染；培养出EHEC应做危急报告。⑧用选择性和非选择性培养基分离胃黏膜活检标本幽门螺杆菌，同时作胃黏膜活检标本直接镜检幽门螺杆菌阳性者，可诊断幽门螺杆菌感染；也可用快速脲酶试验、核素标记试验、多聚体酶链反应及抗原快速检查幽门螺旋杆菌。⑨检出产气荚膜梭菌或艰难梭菌、亲水气单胞菌或肉毒梭菌及其毒素是诊断食物中毒的主要依据。
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［应用评价］标本要求：细菌培养阳性率高低与粪便标本性状关系密切：取脓血便培养阳性率最高；应在服药前尽早采集脓血黏液部分的粪便；在不易获得粪便时，可采用直肠拭子法；病人呕吐物，可疑食物等也可作为检测标本。如不能立即送检，可取1g粪便保存于10ml 3％甘油缓冲盐水中或Cary-Blair 运送系统管中。1次粪便培养阴性不能完全排除胃肠道病原菌的存在；对传染性腹泻病人，需3次送检粪便进行细菌培养。胃肠道感染诊断有赖于细菌培养，标本直接镜检意义不大。
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6．尿液标本
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尿液标本细菌分离、培养与鉴定（isolation, culture and identification of bacteria in urine samples）
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因泌尿系统中大量微生物繁殖引起泌尿系统炎症；正常尿液通常是无菌，但可能被泌尿生殖道口正常菌群污染；尿液分离出一定数量病原菌是诊断泌尿系统感染的重要依据。相关项目：尿液常规检查、体外药物敏感试验。
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［参考范围］（尿液）可检出尿道口正常菌群细菌；菌落计数＜104CFU /ml。
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［临床意义］阳性：①菌落计数＞105CFU/ml，可诊断为××菌泌尿系统感染。②膀胱穿刺尿厌氧菌培养鉴定出菌种，可诊断为××厌氧菌泌尿系统感染。③钩端螺旋体培养阳性，可确诊钩端螺旋体感染。④尿液沉渣支原体培养阳性，可确诊支原体感染。⑤24小时尿培养结核分枝杆菌培养阳性，可诊断为结核分枝杆菌泌尿系统感染。
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［应用评价］标本要求：无菌采集清洁中段尿，尿液细菌及假丝酵母菌培养菌落计数＞105CFU/ml提示可能泌尿系统感染。菌落计数在104～105/ml时，需结合病人临床症状分析是否为泌尿系统感染。尿液一般细菌定量培养，如培养18～24h平板上无细菌生长，则继续培养至48h；如仍无细菌生长，则报告“细菌培养阴性”。病人已接受了抗菌药物、大量输液、利尿剂，尿液酸碱度＜5.0或＞8.5时，尿培养结果可假阴性。如尿液中培养出≥3种细菌，且没有优势菌，则可能为标本采集时泌尿生殖道口污染所致，建议病人重留标本。绝大多数病人是单一病原体感染，少数为2种或以上病原体感染。
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尿液标本真菌分离、培养与鉴定（isolation, culture and identification of fungi in urine samples）
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因泌尿系统中大量微生物繁殖引起泌尿系统炎症；正常尿液通常是无菌，但可能被泌尿生殖道口正常菌群污染；尿液分离出一定数量假丝酵母菌等是诊断泌尿系统真菌感染的重要依据。相关项目：尿液常规检查、体外药物敏感试验。
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［参考范围］（尿液）可检出尿道口正常菌群细菌；菌落计数＜104CFU /ml。
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［临床意义］标本要求：无菌采集清洁中段尿，尿液细菌及假丝酵母菌培养菌落计数＞105CFU/ml提示可能泌尿系统感染。菌落计数在104～105/ml时，需结合病人临床症状分析是否为泌尿系统感染。
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7．生殖器溃疡标本
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生殖器溃疡标本细菌分离、培养与鉴定（isolation, culture and identification of bacteria in genital ulcer samples）
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检测以生殖器溃疡为临床表现的性传播疾病病原体的试验。相关项目：标本涂片染色显微镜细菌检查。
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［参考范围］（生殖器溃疡）未检出杜克嗜血杆菌、沙眼衣原体。
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［临床意义］生殖器溃疡标本细菌分离培养与鉴定是确诊细菌感染金标准。①杜克嗜血杆菌培养阳性，可诊断为软下疳。②初疮（男性阴茎体、龟头、冠状沟、包皮处，女性小阴唇、尿道口周围等处，出现无痛性丘疱疹或小水疱，疱破后呈糜烂面，严重者可形成溃疡，称初疮）沙眼衣原体培养阳性有诊断价值。
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细菌感染的性传播疾病有一期梅毒、软下疳与性病性淋巴肉芽肿，其病原体分别是梅毒螺旋体梅毒亚种（至今仍不能体外人工分离培养）、杜克雷嗜血杆菌与沙眼衣原体。
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［应用评价］标本要求：正确生殖器溃疡标本采集方法是标本分离培养成败关键之一。无菌采集；需用无菌盐水清洗溃疡面并用无菌手术刀清除坏死组织和覆盖的分泌物，暴露出溃疡基底；待渗出物积聚较明显时，轻压溃疡基底并用拭子或吸管采集渗出物；必要时亦可在溃疡基底或边缘取溃疡组织标本。杜克雷嗜血杆菌营养要求较高；沙眼衣原体需在组织细胞内生长，宜取溃疡标本或肿大的淋巴结穿刺物接种在鸡胚卵黄囊，或做组织（细胞）培养或小白鼠颅内接种；还需做细菌培养和涂片革兰染色，以除外葡萄球菌或其他细菌所致的淋巴结炎症。
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8．阴道（尿道）分泌物标本
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