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第一，瘟疫的病原并非传统认为的四时不正之气，他认为，“夫寒热温凉，乃四时之常，因风雨阴晴，稍为损益”，亦为天地之常事，仍不过是“常气”[26]，“夫瘟疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”[27]。这种异气，吴在《温疫论》中有时又称之为杂气、戾气、疠气、疫气等。同时，这种杂气或戾气等，亦非“山岚瘴气，岭南毒物”，它们“咸得天地之浊气，犹或可察”，“而唯天地之杂气，种种不一……是知杂气之毒亦然，然气无形可求，无象可见，况无声复无臭”[28]。
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第二，戾气虽不可睹闻，但它并非虚无缥缈，而是物质的，可以药物制服。他说：“夫物者气之化也，气者物之变也，气即是物，物即是气，知气可以制物，则知物之可以制气矣。夫物之可以制气者，药物也。”[29]
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第三，痘疹和丁疮等外科感染疾患也由戾气所致。他指出：“如丁疮、发背、痈疽、流注、流火、丹毒，与夫发斑、痘疹之类，以为诸痛痒疮皆属心火……实非火也，亦杂气之所为耳。”[30]
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由此可见，虽然吴有性还没有认识到致病微生物，但“戾气”的提出，确实使传统由气致疾的学说获得了突破性的发展。尽管仍不离气，但所揭示的特征已较传统认识更接近于致病微生物。不过，吴虽然通过自己的临床实践和思考，敏锐地抓住了瘟疫病原一些今天看来已非常接近真实的特征，但从他的论述中，却很难知晓他所谓的戾气由何而来，如何生成。遗憾的是，目前医史学界众多与此相关的研究，对这一疑点几无提及，对清人对这一学说的继承发展情况也很少予以关注，至于当时一般人关于“戾气”的认识，就更不在医史研究者的视野之中了。
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首先可以肯定，吴有性的“戾气说”对清代医家论疫有着非常重要的影响，在清代，很少有人在论述瘟疫时不提及吴有性之《温疫论》。比如晚清的雷丰，在《时病论》中指出：
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是书专为时病而设。时病者，乃感四时六气为病之证也，非时疫之证也。故书中专论四时之病，一切温疫概不载入。倘遇瘟疫之年，有吴又可先生书在，兹不复赘。[31]
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从这一论述，不仅可以看到吴有性论著在当时的影响，而且还透露出四时六气之常气与致疫之杂气有别已成为当时普遍的认识。不过应该指出，吴之《温疫论》在清初的影响远不如后来这样大，对此，马伯英认为：“这一方面可能与他《温疫论》诸方治疫的实际疗效不高有关；另一方面，大疫渐平，传染性不强的温热病见多，吴又可过于强调‘疫’的特点，与普通温热病产生距离；而一般医家又多附和于‘伤寒’。”[32]此不失为中肯之论。吴突出“戾气”为六气之外天地间之另一种异气，显然与他特别强调“疫”的特点有关。这一认识后来招致不少批评，比如林之翰虽然同意吴所指出的常气所感与“戾气”所感存在着传染、不传染之异，但两者并不宜截然分开，他说：
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吴氏所论是矣。据理而论，亦有所未尽然者，盖伏气发为温热，与感受风热而成风温，与沿门合境传染之疫，同一证也，但感受不同耳。以其感受之不同，故有传染不传染之异，至于治法则一也。[33]
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而章楠、莫枚士等人干脆就不承认六气之外还别有他气：“天地间止有六气，其厚者即为厉气。”[34]疫气不过是六气错杂所致，“而与温病不同者，在‘厉’之一字，岂可谓温病即瘟疫乎”[35]。莫、章均为遵经派，他们的批评未必一定在理，但吴将寻常温病混同于瘟疫，人为制造“戾气”和时气的鸿沟，也确实为后人的批评留下了口实。
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尽管如此，吴之杂气论在清初还是得到了继承和发展。比如在后来的温病学著作中广为征引的喻嘉言的《温疫论》和林北海题喻嘉言的《温疫论》的序（即医籍中常见的《林起龙论疫》）明显都吸收了吴的观点，比如喻指出：“夫四时不正之气，感之者因而致病，初不名疫也；因病致死，病气、尸气混合不正之气，斯为疫也。”[36]林云：“时至春和，地气转动，浮土塌陷，白骨暴露，血水汪洋，死气尸气，浊气秽气，随地气上升，混入苍天清净之气。而天地生物之气，变为杀物之气，无形无影，无声无臭，从口鼻而入，直犯脏腑。正气闭塞，邪气充斥，顷刻云亡，莫可救药。”[37]周扬俊则论述得更为详细，他说：
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若疫，则古今来虽有是证，而天地间实无是气，或因天之风雨不时，地之湿浊蒸动，又因胔骼掩埋不厚，遂使大陵积尸之气，随天地之升降者，飘泊远近。人在气交中，无可逃避，感之而病、而死，于是更增一种病气、尸气，流行其间，复相渐染，至久弥甚矣。[38]
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也就是说，所谓疫气乃是由四时不正之气蓄积并混合尸气、病气及地之秽浊之气而形成。这一认识，不仅继承了吴的“戾气说”，并且还将传统的时气说和瘴气说融入吴的“戾气说”中，有效地消解了《温疫论》中那种时气与杂气的截然对立。
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综上所述，可知清代医家在吴有性杂气论的基础上，进一步丰富和发展了瘟疫的病原学说，认为瘟疫的病原乃是四时不正之气即风、暑、湿、燥诸气，混入尸气、病气以及地上其他秽浊之气而形成的疫气，虽然常常以天地之气称之，但真正致疫的其实是重浊的地气。
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除了暑湿病尸秽恶等气外，有少数医家还将人气视为致疫之原。比如，王士雄之祖王学权指出：
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因热气、病气、尸气互相轇轕，即成毒疠之气而为疫，岂真天地之间另有一种异气哉？故疫之流行，必在都会人烟繁萃之区。若山乡僻壤，地广人稀之处，从无大疫。如果另是一种不正之气，何必择地而行哉？其盛行于兵荒之后者，兵荒之死亡，亦在人烟繁萃之区也。盖人气最热，纪晓岚先生诗云：万家烟火暖云蒸，销尽天山太古冰。 自注：乌鲁木齐自设郡县以来，婴儿出痘与内地同，盖彼处气候极寒，数载以来，渐同内地，人气盛也。……夫上古无痘，至汉始有，今则罕有不出痘者矣，何也？生齿日繁也。地气日热……[39]
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晚清嘉定的余伯陶也说：“中古以还，生齿日繁，人烟稠密，浊气蒸郁，热病居多，恶臭秽气，往往酿而成疫。是以传染病统谓之疫，非天地变迁、今昔有异，实缘寰区之大，竟有人满之忧。”[40]人气的说法虽未为一般人所言及，但与前面所说的一般认识并不矛盾，实际上，他们之所以认为人气酿疫，乃是因为人气最热，并且人烟稠密，会使秽恶之气增多，说到底，还是人气导致了热气以及秽恶之气。
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一般的文人学士，虽然不太可能从学理上来认识瘟疫的病原，但也并非都认为瘟疫乃鬼神所为，瘟疫乃由尸秽或不正之气所致的认识也广泛存在。在当时的文献中，常常可以见到将暑湿、秽气、尸气等熏蒸与疾疫流行联系起来的记载，表明了作者对瘟疫病原的认识。比如，青浦王原在康熙初年《与合郡缙绅论水灾书》中说：“况又水湿相蒸郁而为疾。”[41]昆山的龚炜认为，雍正十一年（1733年）的大疫，是因为“荒民之流昆者，或聚于书院门外，枕藉而死者十八九，臭腐之气，蒸为疾疫”[42]。苏州的朱春生在道光三年（1823年）的那场大水中，见尸棺漂流，感到十分痛心，说：“且尸气与水气浸淫久之，易成疵诊，非惟死者可悲，即生人亦将受其病焉。”[43]光绪二十年（1894年），嘉善令江峰青在《施棺序》中认为：“夏秋之际，烈日熏蒸，农人力作之余，汗流气喘，腠理开通，尸气触入，必为瘟疫。”[44]可见，这样的认识贯穿于有清一代。
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由此可见，鬼神致疫和疫气致疫的认识是同时并存的，对于普通民众，可能较多相信瘟疫乃是鬼神所致，而士人对此的认识则不尽一致，对两者的信任似乎各有侧重，不过其中的大多数对鬼神的病原作用好像在半信半疑之间。应该指出，古人对鬼神致疫的怀疑和批评在三国时期就已出现，曹植在他那篇著名的文章《说疫气》中云：
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建安二十二年，疠气流行……或以为疫者，鬼神所作……此乃阴阳失位，寒暑错时，是故生疫，而愚民悬符厌之，亦可笑也。[45]
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不过这在当时只是少数人的认识而已，到清代，除了对病原的认识明显发展外，这种怀疑似乎也在不断增多。在当时的文献中存在着相当多有关神鬼故事的同时，也不时出现对神鬼司疫的怀疑。比如，杭世骏说：
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疟之为疾，疾之至奇也。若朓朒之有期，若潮汐之不爽其信，风暑寒热以人身为之囊橐，而或咸谓有鬼物以凭依之。一以为颛顼之不才子，一以为宋司马桓魋。之二鬼者，生既不齿于正人，乃其既死之魂魄，能为虐于君子，而狡焉以逞度，亦理之所必无。然其为是说者，盖以历之千百年之久，避之而得免，吓之而可愈，斯说也，吾疑信参焉。既思凡疾之起，必中有不慎而后外物得而乘之。疟之疾不足以杀人，而为诸疾之缘起，间日曰痎，三日曰痁，曰寒、曰温、曰痹、曰牝，传则为疫，伤则为劳，锢则为痞。[46]
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如果说，他的态度还有些模棱两可的话，山阴的俞蛟则表述得十分坚决：“吾乡呼疫鬼为‘王大哥’。疫为天地不正之气中而成疾，又乌有神？又乌有所谓王姓者？”[47]袁棠在一首《疫鬼》的诗中还提出“疫鬼即灾黎”，并指责时人说：“况值寒暑交，时珍递传互。药饵出庸医，性命多自误。动称为鬼杀，冤狱谁辩诉。”[48]
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[1] 因由蠕虫引起的寄生虫病（比如血吸虫病）未包括在本书研究的范围之内，故时人对这类疾病的认识不在讨论之列。
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[2] 参见徐晓望：《略论闽台瘟神信仰起源的若干问题》，载《世界宗教研究》，1997（2）。
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[3] 刘奎：《松峰说疫》，卷1，37～38页。卢湛的《圣迹图志》也载有该故事，并有明确的时间：康熙四年五月（参见洪淑岑：《关公民间造型之研究——以关公传说为重心的考察》，409页，台北，台大出版委员会，1995）。《松峰说疫》可能是转录。
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