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（一） 内因
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瘟疫由生物性病原引起，属于外感疾病，因此根源在于外因，不过，在疫气流行之时，个人的感染患病程度则明显存在较大的差异，故内因也不可忽略。古人很早就认识到正气不足会导致外邪内侵。这一思想在清代已成为无论是医家还是一般文人均能明白的道理，诸如此类的言论可谓是俯拾皆是，比如，“然人气禀厚，正气旺，精神强固，气血充和，呼吸之间，疫毒无自而干”[5]；“盖人平日摄养，使中气能作得主，即遇毒染邪，皆旁行而不伤”[6]；“夏令暑热炎蒸，湿浊上腾，人在蒸淫热迫中，设或正气不足，最易感病”[7]。因此，时人在论及瘟疫时，往往会注意到这方面的原因。
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当时对人体内正气不足而导致疫气侵入这一原因的认识，基本可分成两个方面：
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一是因为饥寒冻馁。大荒之年必有大疫，是古人一种普遍的看法，灾荒战乱对瘟疫的影响除后面将谈到的环境污染因素外，时人还认识到，灾荒战乱所导致的饥寒也是瘟疫发生的原因，比如乾隆二十年（1775年），江南大旱，在各地出现“阴兵”“神灯”现象，次年，“春夏之交，疫疠遍乡，邑民死者枕藉于路”。世人“或以为灯火之故”，而道光《分湖小识》的编纂者则指出：“然亦饥寒之所致也。”[8]道光三年（1823年），江南大水，次年六月，苏州时疫盛行，有人认为，“盖因饥寒之困酿而为疠疾之忧”[9]。冯桂芬在论及太平天国战争期间难民流寓之苦时也说：“衣食路绝，树荫以供寝卧，草根以充饼饵，寒暑莫御，疫疠时作，死亡疾病，十家而九。”[10]
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二是由于生活习惯不良。比如，徐珂指出，上海之痢疾盛行是因为时人消夏习惯不良使正气受损而致。他说：
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上海人烟稠密，居民不讲卫生，其消夏法，一日可分为三截。午前烈日当窗，黑甜未足，炎歊万丈，一呼一吸以承受之。午后则奔集于酒肆、茶寮、剧场、妓馆，室不通气，复聚数十稠脂腻粉之辈，围作肉屏风，以腐朽珍错果腹。至夜间而驱车子旷郊之夜花园，则入芦棚、泥地、草亭，噉荷兰水、冰其淋，乐此不疲，鸡鸣未散。虽金刚玉树之身，亦将何以堪此！ 故夏令未终，痢疾大盛，赤痢尤多，十死其九。[11]
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曹心怡认为喉痧之因除“由温疠之毒吸入肺胃，又遇暴寒折郁内伏肠胃膜原，复触时令之毒风而发其发”外，尚有三因，其中二因是：
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一因起居。富厚之家，冬虽温而必重其裘，甚则炽火围炉焉。愚蠢之辈，夏虽凉而不蔽其体，甚则风餐露宿焉。而房室竭其精，嗜欲损其形者，更难免矣。一因饮食。曲糵炙炸熏灼脏腑，瓜果生冷，冰伏脾胃，而饵金石以为卫生，借参茸以资服食者，更宜审矣……然此三者，凡疫皆然，正不独疫痧一证耳。[12]
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另外，有人还认为，吸纸烟将导致人体真气受损，也使人易染时疫。如晚清一部作者不详的医书指出：
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亦缘是症（指疫喉——引者）之人，真阴早有所伤，或多吸纸烟，暗耗肺津不少也……况今庚厉气流行，不吸烟阴足之人，感其气十伤二三，阴损肺虚者，其害可想矣。[13]
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（二）外因
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“冬伤于寒，春必病温”，“冬不藏精，春必病温”，这两句《素问》中的话，在明以前，一直是传统医学解释外感温病病因的经典性认识，也就是医学史上非常有名的“伏邪说”。这一学说用今天的话来加以概括就是：由于冬季未能注意摄生，以致削弱了机体的抵抗力，即所谓冬不藏精，这样便容易感受冬季严寒的刺激而致病；设如受寒后而即时发病的，就叫做伤寒，没有即时发病而寒邪——致病因素——在肌肤潜伏下来，到了春季必然发生温病。[14]
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到明代，人们开始对这一学说展开批评，其中最有名的要数吴有性和张介宾。吴有性认为瘟疫乃疠气所为，而非潜藏的不时之气。他批评说：
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然风寒暑湿之邪，与吾身之营卫，势不两立，一由所中，疾苦作矣，苟或不除，不危即毙……然风寒所伤，轻则感冒，重则伤寒，即感冒一症，风寒所伤之最轻者，尚尔头疼身痛、四肢拘急、鼻塞身重、痰咳喘急、恶寒发热，当即为病，不能容隐，今冬时严寒所伤，非细事也，反能藏伏过时而发耶？[15]
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张介宾则认为，“冬伤于寒，春必病温”之义当为：“盖以冬时不藏精，触冒寒邪，则春必病温病之证，非春时之温病，必自冬寒而变也。”故，以为“伤寒”、“温病”、“热病”三症，“本各以其时受病，而非寒变为温、变为热之谓也”[16]。这些批评和解说无疑是极有见地的，不过清人虽对此不无继承吸收，但伏邪说的影响并未全然消弭。比如清初的喻嘉言对寒毒藏于肌肤、至夏变为热病说严词评骘，但对《素问》中冬中于风、寒气藏于骨髓之中、经春涉夏而发温疟的论断却又不仅未予批评，且加阐发。[17]缪遵义虽然指出：“温病，亦或新中风寒也，或有表气素虚不禁风寒者。”“汪氏论温症，未必尽由冬伤于寒，最为有识。”[18]但显然没有彻底否认伏邪说。吴瑭也认为：
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伏气为病，如春温、冬咳、温疟，《内经》已明言之矣。亦有不因伏气，乃司天时令现行之气，如前列《六元正纪》所云是也。此二者，皆理数之常者也。更有非其时而有其气，如又可所云戾气，间亦有之，乃其变也。惟在司命者普查其常变而补救之。[19]
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王士雄则说：“设冬伤于寒，而不即病，则为春温夏热之病，其较轻者则为温疟、瘅疟。”“则冬寒内伏，至春夏不为温热病，亦可以为霍乱也，特不多见，故从来无人道及。”[20]
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对普通人来说，尽管对伏邪与新感的区别未必一定心知肚明，但伏邪说对他们有关瘟疫病因认识的影响显然是存在的。这集中体现在时人常常将瘟疫与气候的反常联系在一起，比如，在地方志等文献中，时可见到这样的记载：
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嘉庆十三年戊辰八月，三泾庙桃花树开花，是时痢疾多不治。[21]
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六月寒可御裘……是秋大疫，其病霍乱吐泻……[22]
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十二月初三日，温如仲春，是岁疫且饥。[23]
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是年春雨连旬，夏间甚凉，至秋疾病时行，连村合户俱病倒。[24]
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这些记载与所谓伏邪说虽然不尽一致，不过两者其实是相互关联的，因为伏邪说所谓的邪，即病原，无疑是四时不正之气，“冬不藏精”，实际上也包含身体为非时之气所中、精气不固、伏而发病之义，所以吴瑭说：“不藏精三字须活看，不专主房劳说，一切人事之能摇动其精者皆是，即冬日天气应寒而阳不潜藏，如春日之发泄，甚至桃李反花之类亦是。”[25]
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不过总体而言，应该说，清人对外感病病因的认识还是以病邪新感为主，特别是关于瘟疫病因，基本认为是人感触了疫气所致。[26]时人认为，瘟疫之病原乃是四时不正之气混人尸气、病气以及地上其他秽浊之气而形成的疫气。故瘟疫主要由于疫气郁积熏蒸，人在其中，感触而发生。因此，关于瘟疫病因的认识，实际也就是对疫气如何产生并怎样感染人群的解释。就管见所及，时人对此的认识主要有以下几点：
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1.灾荒与战乱
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