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前面谈到，在荒乱之年，往往会使人遭受饥寒冻馁之苦，正气受损，易染时疫，这是就内因而言的。在外因方面，时人认为，兵荒之年，“不但人之中气先弱也，良由所积之秽气特甚耳”[27]。也就是说，在兵荒之年，疫气较常年为甚。这主要有两方面的原因：
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（1）灾荒之年，寒暑雨旱失常，不正之气盛行，而根据当时一般的认识，“凡疾风暴雨，酷暑严寒，不正之气，人若感之，便能为害”[28]。所以喻嘉言说：“饥馑兵荒之际，疫疠盛行，大率春夏之交为甚。盖温暑热湿之气，交结互蒸，人在其中，无隙可避，病者当之，魄汗淋漓，一人病气，足充一室。”[29]这自然会促使疫气的形成。
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（2）灾荒战乱会导致环境的破坏。比如，道光二十九年（1849年），南京的梅曾亮在给制军陆建瀛的书信中说：
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道光十一年水灾，（下关东之水闸） 曾经堵塞者半载，逮十二年春夏之交，满河之水变成绿色，腥秽四闻，时疫大作，死亡不可胜计。[30]
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也就是说，灾荒导致了环境破坏，而环境的破坏又使得秽气郁积。另外，兵荒之年，人们为躲避战乱或水灾，往往聚集生活于恶劣环境中，致使疫气流行[31]。这种秽气除了一般性的污染因素外，还因为灾荒之年病人多、死人多，混入了病气和尸气所致，对此，叶霖尝言：
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盖旱潦兵火之余，烈日郁蒸，尸骸之气，与亢胜之气，混合化为渗厉之毒，散漫于天地之间，沿门阖境，最易沾染。[32]
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不正之气的炽烈再加上各种秽气、病气和尸气，相互交蒸，这样，兵荒之年比较容易发生瘟疫也就不足为奇了。
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2.不良的习俗
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除了灾荒与战乱外，时人认为，某些不良的习俗也可能是促成瘟疫的外因，这主要表现在：
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（1）对尸体的处理。由于时人认为尸气是疫气的重要组成部分，因此，如果对尸体处理不当，导致尸气蒸腾，自然会促发瘟疫的发生。比如，枫泾的胡燮臣在乾隆初年所做的一份公启中指出：
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窃意此等被灾，尸骸未掩者，固须厚盖深藏，即已掩者，尚宜加工挑土。使亡者安土，无暴露之忧，邪秽闭藏，免流疫之患。[33]
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不仅如此，时人还认为焚烧尸体所产生的秽恶之气也是瘟疫发生的重要根源，因此对火葬的反对除道德考虑外，还具有卫生的意义。比如，清初的林起龙论曰：
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近有好事之辈，设立坛厂，每于小儿出痘之年，购求夭亡尸骸，虽经埋瘗，亦必刨出，堆集如山，架火焚烧，烈焰张炽，腥闻于天，神人掩鼻，毒气熏蒸，恶味氤氲，流行传染。以致婴孩生出一等怪症，似痘非痘，似疹非疹，似斑非斑，一二日间，即涉危笃。 虽有良医，莫敢措手，共相诧愕，咸谓天生异灾，不知致此之由。频年以来，冤枉赤子，何啻数万，离城二三十里，即无此证。岂非明验欤！[34]
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林起龙虽不是江南人，但他的论断则为江南人广为征引或转录[35]，表明其论断已成为江南人一般的认识。而且这种认识并不限于医家，比如，同治《苏州府志》的编纂者指出：
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苏州城，生齿甲于东南诸郡，又为四方商贾之所走集，民居栉比不能容，每编户氓死，则舁尸柩畀诸火，焚烟翳空，臭达远迩，过者蹙额，其亲戚恬然安之，习为故常。 民风滋浇，戾气失和，蒸为疾疬，岁用弗登。[36]
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（2）以煤做燃料，也是导致瘟疫特别是其中的疫喉流行的重要因素。比如，张燮在为《疫痧草》作序时指出：“古无痧疫烂喉，而今遍地多有者，或曰南人用煤，中其毒也。”[37]嘉庆《新市镇续志》的编纂者则说得更为具体：
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嘉庆戊午 （三年） 四五月间，里中忽有喉疹之疾……或谓人家近以石炭代薪，不知石炭有毒，北方之所以终年用之，而无他病者，盖常服水芦、菔苦、荬菜、甜浆粥等物，皆能阴解煤毒故也，大江以南岂宜用此。诚哉是言！[38]
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（3）不良卫生习惯。比如，古人已认识到空气的不流通会加重疾疫，明代的谢肇淛曾指责福建的恶俗说：
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闽俗最可恨者，瘟疫之疾一起，即请邪神，香火奉事于庭，惴惴然朝夕拜礼许赛不已。一切医药，付之罔闻。不知此病原郁热所致，投以同圣散，开辟门户，使阳气发泄，自不传染。而谨闭中门，香烟灯烛，煮蒿蓬勃，病者十人九死。[39]
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这一习俗不仅仅限于福建，在清代的江南也是广为存在的，而且时人也多有批评，比如：
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霍乱痧胀流行成疫，皆热气、病气酝酿使然。故房中人勿太多，门窗勿闭，得气有所泄也。[40]
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此外，时人还认为，若对卧床病人不能保持衣服、环境清洁，也亦致疫疠。如，有人指出：“夫疫以气相染耳，吾闻邑人多俗忌，卧病则衣积垢不敢一更，沴气郁蒸，触之成疾。”[41]
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3.人口聚集或人烟稠密
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上文指出，当时有人将人气视为瘟疫的病原之一，不过他们是在人气导致了热气以及秽恶之气这一意义上而言的，实际上并不独立构成瘟疫的病原。虽然直接将人气视作瘟疫病原的人并不多，但时人普遍认识到，人口的聚集或人烟的稠密往往会导致环境卫生状况的恶化，最终促发瘟疫的流行。比如，时人在批评施粥厂时，常常说：“日候关筹，夜棲孤庙，风打盹，湿地权眠，秽气熏蒸，染成疾病，七害也……虮虱盈衣，垢腻满体，行者鼻掩，聚处秽薰，染成瘟疫，九害也。”[42]“聚数万众于一处，秽气熏蒸，以致疠疫。”[43]“施粥法虽自古，而其弊难言，远近不定、强弱不均，且人聚一处，易染疾疫。”[44]同时，还不时有人指出，人烟稠密之地，秽浊不堪，往往疾疫较多。比如，杜钟骏说：
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白喉一症，年来盛行于通都大邑人烟繁盛之地，且有酿成疫气而传染者。而沪上尤为繁盛中之繁盛。[45]