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吴瑭则在叶桂的基础上，进一步阐发了三焦论治的理论，他在《温病条辨》一书的凡例中曰：“伤寒论六经，由表入里，为浅及深，须横看。本论论三焦，由上及下，亦由浅入深，须竖看。”[8]寥寥33字，便把“伤寒”与“温病”二者不同的途辙，划分得非常明晰。对于温病，吴瑭认为有上、中、下三大阶段，即所谓三焦辨证的理论体系：“温病自口鼻而入鼻气通于肺，口气通于胃，肺病逆传，则为心包。上焦病不治，则传中焦胃与脾也。中焦病不治，则传下焦肝与肾也。始上焦，终下焦。”[9]在此基础上，他从上、中、下三个阶段分别论述了风温、温热、温疫、温毒、暑温、湿温、秋燥、冬温、温疟、伏暑、寒湿计11种温病病症的进展变化。故后世言温病辨证时，多以叶桂卫、气、营、血与吴瑭三焦辨证并举，以此作为温病学辨证论治的理论体系。
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王士雄的《温热经纬》则为温病学发展后期集大成式的著作。该著以摘录《内经》、《伤寒论》中有关温病的记载为经，以叶桂《外感温热篇》、《三时伏气外感篇》，薛雪《湿热条辨》，余霖《疫疹一得》及陈平伯《外感温病篇》等有关温病论述为纬，并附作者自己见解而编成。该书将温病分为新感与伏气两大类，并就病原、症候及诊治等进行阐述，既是温病学论述的汇编，又是温病诊治的参考书，流行颇广。[10]
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由此可见，温病学在明清时代，特别是清代，取得了相当重要的发展。这一学说的形成和发展，主要发生在温暖湿润而又人口众多的江南地区，显然与这里瘟疫乃至一般温热病多发有关，这表明，江南富足的文化和医疗资源对当地自然社会问题具有能动的反应能力。温病学的理论和诊疗，是众多的医生于长期临床实践中在疫病的促发下逐渐发明的。然而嘉道以后，又不断有新的疾病出现[11]，欲仅持心肺三焦之说包罗新出的疫病，已势所不能。故，此后温病学虽著述如林，但大抵抄袭陈说，或叙述一二新病以装点门面，总体上已呈江河日下之势。[12]不过，医学界对付疫病的努力并没有停止，代之而起是对各种具体疫病的探讨。范行准曾指出，当时，总论一类的温病学撰述，不复有昔年之盛，有的虽名为温热病总论，实际其中已偏重于某一种疫病，如柳宝诒的《温热逢源》，偏重伏温。[13]不仅如此，嘉道以降，还出现了相当数量专门针对某一种瘟疫的医学论著。[14]
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首先是烂喉痧，烂喉痧于康熙末就已出现，18世纪的一些医籍中虽也有一些关于烂喉痧的论述，但专著则出现于嘉庆七年（1802年），即常熟陈道耕的《疫痧草》。之后，有关著作相继出现，就笔者所见，主要有：金德鉴《烂喉丹痧辑要》（同治六年，即1367年），曹心怡《喉痧正的》（光绪十六年，即1890年），《急治喉疹要法》（作者不详，刊于光绪年间）[15]，曹炳章圈校《喉舌备要秘旨》（光绪间刊行）和杨龙九《重订囊秘喉书》（民国初年刊行，成书在光绪年间）等。[16]
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其次，随着白喉在江南的日渐流行，相关著作也应运出现。 自道光十九年（1893年）刊行的《重楼玉钥》[17]（郑梅涧著）首先论及白喉后，随后涌现的白喉类专著主要有：张绍修《时疫白喉捷要》（同治二年），黄炳乾《时疫白喉捷要合编》（光绪九年），《白喉条辨》（光绪十三年成书，二十三年刊），耐修子《白喉治法忌表抉微》（光绪十七年），王裕庆《白喉辨证》（光绪二十八年），张采田《白喉症治通考》（光绪二十九年），李纪方《白喉全生集》（宣统元年）和包三《包氏喉证家宝》（宣统元年）等。[18]
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霍乱是一种非常古老的疾病名称，但在嘉庆季年之前，是急病胃肠炎一类传染性不是很强的疾病，并没有专著问世，后随真性霍乱的传入，不仅相关论述大量在医籍中涌现，而且很快出现了专门的论著。最早做出反应的是当时江南的温病学大家王士雄，道光十九年（1839年），他刊行了《霍乱论》[19]，二十余年后，经过修订，于同治元年（1862年）在姑苏再梓，更名为《随息居霍乱论》[20]。此外，较为重要的专著还有：徐子默《吊脚痧方论》（咸丰十年）[21]、江曲春《霍乱论》（光绪十四年）[22]、许起《霍乱燃犀说》（光绪十四年）[23]、田宗汉《伏阴论》（光绪十四年）[24]、连文冲《霍乱审证举要》（光绪二十五年）[25]、姚训恭《霍乱新论》（光绪二十八年）[26]、陈虬《瘟疫霍乱答问》（光绪二十八年）[27]等。这些著作的撰成，当与当时霍乱的凶猛和不时流行有关，比如，苏州许起自述其著述源起曰：“是症电……往往有灭门之染。谓非暑、湿、热三气所酿，兼之医药之害，抑何至于斯极乎？余目击病霍乱，而医者之丁附姜桂，服之无不含冤而毙。每一念及，辄为心痛。兹姑缕述前人之名论如干……”[28]连文冲之撰书缘由则为：“目下霍乱盛行，同人悯之，鸠资为施药举……故不分寒热，胡乱施治，爱人之心，转为杀人之事……爰发秘籍，撷群书，猎菁华而荟萃之……遂撰《霍乱审证举要》。”[29]
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即使是以上表面化的列举，已可部分看到医学的进步往往是在疾病的刺激和促动下形成的。[30]为了更深入地探讨中国传统医学究竟是如何应对新疫病的出现的，以下就以霍乱为例，看看晚清传统医学对这一疫病认识和治疗的发展过程。
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霍乱自嘉道之际在江南出现后，以其巨大的杀伤力和某些独特的症状引起了时人的种种恐惧和猜疑。[31]一时令当地社会手忙脚乱、不知所措。比如，在宝山寒圩：
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道光元年疫大作，似霍乱而实异。病初起忽吐泻，手足拘挛，六脉俱伏，名转筋霍乱，有一二日而死、有一二时而死者。好善者求方施药，有服参桂姜附者，有服西瓜冷水者，有用针出墨血者，有用姜苏盐酒擦手足心者，然皆有效，皆有不效。[32]
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在昆新，亦“针刺医药，百中仅活数人”[33]。
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疫灾过后，医家便纷纷开始积极探索这一疾病的原理和疗法，十几年后，王士雄出版了《霍乱论》。虽然王著并没有把真霍乱与传统的霍乱进行区分，但他提出霍乱有“热霍乱”与“寒霍乱”之别。[34]寒霍乱说法实际已部分表明了真霍乱的特性，民国年间鄞县的曹炳章在编纂《中国医学大成》时对《随息居霍乱论》所做的提要指出：
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霍乱本有因寒因热之分，而属热属湿者多，寒者俗名吊脚痧，西医谓真性霍乱，死亡甚速。此书对于属寒属热属湿，俱各分析详明，实为治霍乱之最完备之书也。[35]
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继王之后，山阴田雪帆著《时行霍乱指迷辨正》一书[36]，对真霍乱做了更为准确的描述，并提出颇见成效的治疗方法。据陆以湉的转述，其主要内容如下：
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世俗所称吊脚痧一症，以为此真寒直中厥阴肝经，即霍乱转筋是也。初起先腹痛，或不痛，泻利清水，顷刻数十次，少者十余次，未几即手筋抽掣，呕逆，口渴恣饮，手足厥逆，脉微欲绝，甚则声嘶舌短，目眶陷，目上视，手足青紫色，或遍身青筋硬凸如索，汗出脉绝，急者旦发夕死，夕发旦死，缓着二三日或五六日死。世医认为暑湿，妄投凉泻；或认为痧气，妄投香散（十香丸、卧龙丹之类），鲜有不毙。宜用当归四逆加吴茱萸生姜汤（当归二钱、炒白芍钱半、桂枝钱半、炙草一钱、通草一线、吴萸钱半、细辛八分、生姜三片、黑枣三枚，水煎冷服），轻者二三剂（一日中须频进二三剂）即愈，重者多服数剂，立可回生，百治百效，真神方也。[37]
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有人认为徐子默是中国对真霍乱做出典型和准确描述的第一人[38]，不过从以上的描述来说，这一荣誉似乎还应归于田雪帆。而且田所用的四逆汤也确实有效，据章太炎的回忆：
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余十六岁时，尝见一方数百里中，病者吐利厥冷，四肢挛急，脉微欲绝，老医以四逆汤与之，十活八九。三十岁后，又见是证，老医举四逆汤吴茱萸汤与之，亦十活八九。此皆目击，非虚言也。[39]
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此后，嘉兴徐子默不仅再次对真霍乱（即其所说的吊脚痧）做了典型、准确的描述，还进一步对真霍乱和类霍乱（即其所说的霍乱）进行了比较。他说：
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古无吊脚痧之名，自道光辛巳夏秋间，忽起此病，其症或吐或泻，或吐泻并作，有腹痛者，亦有不痛者。吐泻数次后，即两腿抽搐，或手足并皆弯挛，痛愈甚，抽亦愈甚，顷刻肌肉近削，渐觉气短声嘶，眼窠落馅。渴欲饮，冷周身，冷汗如冰，六脉渐无，或半日即死，或夕发旦死，或旦发夕死，甚至行路之人，忽然跌倒，或侍疾之人，传染先死。 医以霍乱之法治之，百不救一……余创为温经通阳之法，遇所见信者，必苦言相劝，或候其服药，坐守片刻，治之未有不生者。
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……
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霍乱之症，吐泻者为轻，不吐泻者为重，或取嚏，或引吐，或攻下，或外治挑刮，或内服痧药。因其病，由于热闭，嚏则开其肺气，吐则开其胃气，下则开其脾气，挑刮开其皮毛经络之气，痧药开其脏腑之气，总取其通，通则气行热亦泻矣。从无愈吐愈重，愈下愈剧者，此吊脚痧之不同于霍乱也。盖霍乱为病发于阳，吊脚痧为病发于阴，霍乱为热（霍乱为热一语，似未尽然，盖霍乱尚有寒热之分，若吊脚痧则未有不因寒者。读者勿以辞害意可也——原注），吊脚痧为寒。 霍乱初起，心中不爽，不吐不泻，必须引吐引泻，使其热毒一出，中脘即松，则四肢必温；吊脚痧初起，心中不爽，非吐即泻，必须治吐治泻，倘阴寒不散，中脘关住，四肢渐冷。更参之病机外象，何致涉于疑似哉。[40]
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同治元年（1862年），王士雄重订《霍乱论》，虽仍将类霍乱和真霍乱混称为霍乱，不过他在原有基础上，根据自身的经历和思考，增加了不少新内容，特别是有关“寒霍乱”的内容。比如，他说：
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如风寒暑湿，皆可以为霍乱，则冬寒内伏，至春夏不为温热病，亦可以为霍乱也，特不多见。故从来无人道及。今年（同治元年）春夏之交，余在濮院，即有是证。未交芒种，薄游海上，则沿门阖户，已成大疫。盖去冬积雪久冻，伤寒者较深，而流离失所，斗米千余，精神之不藏者既多，中气之不馁者亦罕。且今春过冷，入夏甚凉，殆肃杀之气未消，发生之机不畅，故伏邪不能因升发之令外泄以为温，久伏深藏，如奸匪潜匿，毫无觉定（察）。或其人起居饮食之失调，或外感稍侵而引动，遂得乘机卒发，直犯中枢而为霍乱，故多无腹痛之兼证，而愈后辄有余波。与向来夏秋所行因于暑湿为患者，症候则一，病情迥殊也。治法亦稍有不同。[41]
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可见，王氏已比较准确地把握了当时所流行的瘟疫的性质，并且凭自己深厚的温病学理论素养，对此做出了理论阐释。同时，他还敏锐地认识到环境、尤其是水质的恶化与霍乱流行的密切关系，进而要求官府和社会清理河道，主张用白矾、雄黄、石菖蒲、降香等物来消毒预防。可谓切中肯綮。
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从嘉庆季年到同治建元，不过四十余年的时间，就在这一段并不算太长的时间内，江南的医学人士就初步完成了对真霍乱这一新疾病的医理和疗法的探索。由此可见，无论是对温病学的发展，还是对某类具体疫病的探索，江南的医学文化资源都显现了对现实社会相当能动的应变能力。在此，看到的不仅是传统医学的发展，还有清代江南社会所具有的活力。
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温病学的发展必然会对挽救人民生命产生重要意义。在当时的文献中，以下这样的记载可以说随处可见：