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然而，才过了6年，也就是1904年，另一位英国物理学家卢瑟福（Ernst Rutherford， 1871—1937）又修改了汤姆生的模型。他假设，在原子的中心有一个核，并且大部分的正电荷都集中在这个核里面，而带负电荷的电子则绕着核转动，就如行星绕着太阳转动一样。所以，卢瑟福的原子结构模型在物理学中被称为“行星轨道模型”。或者说，卢瑟福认为，原子犹如一个微小的太阳系。
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可是，又过了9年，也就是1913年，杰出的丹麦物理学玻尔（Niels Bohr， 1885—1962）又修改并发展了卢瑟福的模型。他认为，电子只能在几个离散的轨道中运动，并且不耗散能量，也就是说，只有这些离散的轨道才是稳定轨道。所以，玻尔的原子结构又被称为“离散轨道模型”（见图2-2中的第三幅图）。甚至今天，在老百姓和大多数科学家的脑子中，原子的结构就是这个样子的。其实，这已是1913年的版本了。更糟的是，尽管这个版本已经相当过时了，但它还是存在于许多人的头脑中，甚至在许多教科书中。
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更新版本的原子结构模型，是德国物理学家玻恩（Max Born， 1882—1970）提出的。他认为原子周围的电子并不是像行星那样沿着明确的轨道在运行，而是像云彩一样分布，我们并不能在明确的轨道上找到电子，只是在不同的地方找到电子的概率不一样，所以，这种所谓的“电子云”又称为“概率密度云”，玻恩的原子结构模型又称为“电子云模型”。
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最后，我们还要指出，玻恩模型还不是最新版本，思想非常深邃的奥地利物理学家薛定谔（Erwin Schrodinger， 1887—1861）对玻恩的“电子云模型”又作了新的解释。薛定谔指出，其实这并不是“电子云”，也不是“概率密度云”，而是电磁“驻波”（standing wave）的图形，这种图形决定了电场强度的分布，而电场强度的分布又决定了我们在某一特定点上可能找到电子的概率。关于驻波，我们还将在后面的章节中详细讨论，因为人体内“看不见的彩虹、听不见的音乐”，也是由驻波组成的。
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然而，不管哪一种原子模型是真实的，有一点是肯定的，那就是“原子”并不是“不可再分割的最原初粒子”，因为原子至少还可进一步分成电子、质子和中子。于是科学家又把“电子”、“质子”和“中子”称为“基本粒子”，也就是“不可再分割的、最基本的粒子”。不过，这时，科学家只是把它们暂称为“基本粒子”（fundamental particles）罢了。到底是不是最基本的，谁也不敢说了。
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根本就不存在所谓“不可再分割的、最基本的粒子”——“真空”才是世界的本原
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可以不夸张地说，这个错误假说，即古希腊哲学家德谟克利特和留基伯提出的，“不可再分割的、最基本的粒子”的假说，却是推动物理学，尤其是推动原子物理学发展的强大动力。基于对这种假说的强烈信仰，物理学家才以义无反顾的精神，用极为精湛的实验，并发展出极为漂亮的理论，来证明这一假说，并且在应用上也取得了极为辉煌的成果，包括那令人敬畏的原子弹。
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按照德谟克利特和留基伯的假说，世界是由“不可再分割的基本粒子”组成，在这些粒子之间，只是虚空。
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然而，最最令人惊讶的是：最初200年物理学发展是证实了德谟克利特和留基伯的假说；而后面的100年，也就是过去100年物理学的进一步发展，却又彻底否定了德谟克利特和留基伯的假说。并且认为“真空”才是世界的本原，并认为整个世界的万物也只不过是“真空的涨落”的一种表象，所以，唯物主义根本就是相当浅薄的无稽之谈。
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对唯物主义的第一个挑战来源于物理学家爱因斯坦提出的“质能转换关系式”。所谓“质能转换关系”，说白了，就是那实实在在、有质量有体积的物质可以完完全全地变成虚无缥缈的幽灵一样的能量，并消失在真空之中；而反过来，真空又可以变成万物。
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对唯物主义更大的挑战来源于英国的理论物理学家狄拉克（Paul Adrien Dirac， 1902—1984）。他预言了“正电子”的存在。如果我们这个世界上普通的“负电子”遇到了我们这个世界上罕见的“正电子”，就会出现“湮灭反应”，这时，两个电子都消失了，都变成了虚无缥缈的幽灵一样的能量。不久，实验物理学家就证实了他的惊人预言，所以，年轻的狄拉克荣获了1933年的诺贝尔奖。
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后来，物理学家又发现，除了“正电子”之外，还有“负质子”、“反中子”等等。也就是说，还存在一个与我们这世界相反的“反物质世界”。如果我们这个物质世界遇上了那个“反物质世界”，那么，这两个物质世界，包括我们这些物质世界中的芸芸众生，也都会立即消失，都变成虚无缥缈的幽灵一样的能量。
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现在，越来越多的物理学家已经接受了这样的观点，即真空才是宇宙的本源，而物质世界只不过是“真空的涨落”（vacuum fluctuation）。从这个角度来看能量和物质，我们平时所说的“能量”只是指那些“分散的能量”（dispersed energy），而我们平时所说的“物质”则是指那些“能量的硬核”（hard cores of energy）。我们可以用这样的比喻来理解“能量的硬核”，例如我们去观察一只电风扇，当风扇不转时，我们可以把一个小球从扇叶之间扔过去；但是，当风扇转得很快时，扇叶平面就变成了一块坚硬的平板。也就是说，我们所说的坚硬“粒子”，只是一个能量密集区。我们之所以会在刚体上感到阻挡，只是因为我们很难越过这个能量密集区。
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事实上，只要我们越来越深入地研究物质。我们就会越来越了解，原来所有的物质都是空的。例如，我们面前坚硬的桌子是由许多木头分子组成，多半是纤维素，也就是由高聚葡萄糖分子组成。我们也知道，在这些分子之间还有大量的空间，它们是空的。而这些分子又是由许多原子组成，主要是碳原子、氧原子和氢原子组成。同样，在这些原子之间又有大量的空间，它们也是空的。而原子内部，空间就更大了。如果我们把原子放大到足球场那样大，那么，原子核只有一个足球那样大，电子就更小了，它们之间，又是广大的空间。原子核又是由质子和中子组成的。而这些电子、质子和中子等基本粒子又是什么呢？从正反两种粒子相遇而产生的“湮灭反应”中，我们可以知道，所谓“粒子”，其实只是“波包”，也就由看不见、摸不着的电磁波等组成的包包，也是空的。
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这一来，正应了佛家的偈语：“色不异空，空不异色。”原来这个世界的本源，就是空空如也的。为此，美国高能物理学家Fritjof Capra 写了一本书，名为《物理学之道：现代物理学和东方神秘主义的平行关系》，指出了现代物理学与佛家的相通之处。当然，这本书也曾使抱唯物主义世界观的物理学家们大为恼火。
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其实，也不单是佛家发现了这一真谛，《圣经》上也早就清清楚楚地写着：“所看见的，不是从显然之物造出来的。”（《希伯来书》11：3）“所见的是暂时的，所不见的是永远的。”（《哥林多后书》4：18）
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总之，20世纪物理学的发展，早已否定两位古希腊的哲学家——德谟克利特和留基伯的美丽假说。也就是说世界并不是由“不可分割”的“粒子”组成。所以，在此基础上发展起来的唯物主义也成了明日黄花。
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据说，当今世界上真信唯物主义的人只有4.3%了。从这个统计数字来看，仿佛人们已经开始从19世纪物理学的陈旧概念中走出来。然而，令人遗憾的是，这4.3%中还包括相当数量受过良好教育，甚至有科学家头衔的人。这说明，要从理性的角度来深刻理解科学自身的有限性，是一件非常不容易的事，需要极高的悟性。
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当然，这只是从唯物主义的第一层意义，也就是从世界本源论的观点来分类。如果从唯物主义的第二层意义，也就是从对财富、物欲以及肉体享受方面的追求方面来看，这个比例也许可以倒过来看。并且事实上，这种物欲还是整个市场经济的指挥棒。所以，从这一层意义上来看，在这物欲横流的世界上，唯物主义还是当代最大的宗教，或者说是最大的偶像。当然，这就不是本书讨论的主题了。
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本书主要讨论的还是世界的“粒子图像”和“波动图像”的问题。对于西方人而言，“粒子图像”的破灭，或者说是“德谟克利特之梦”的破灭，就如“黛安娜之死”对英国人的打击一样，令人伤心，令人难以接受，也令人难以忘怀。所以，尽管过去100年物理学的发展充分证明了粒子并非宇宙的本源，但这种过时的“粒子图像”，还是深深地植根在老百姓，尤其是西方老百姓心目之中。更糟的是，这种过时的“粒子图像”不但深深地植根在西方老百姓心目之中，也深深地植根在许多东西方科学家的心中，成了阻碍科学进一步发展的一种严重阻力。这是当今科学发展中最值得注意的。
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我们还不得不遗憾地指出，在这方面，生物学家和心理学家要更落后一些。因为至今为止，生物学家和心理学家还是想在“粒子图像”中寻找“生命”，寻找“精神”，寻找“意识”。但是，这可能吗？
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从“能量密集核”到“无所不在的弥散能量”
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所幸的是，并不是所有的生物学家、生理学家、医生和心理学家都停留在过时的“粒子图像”之中；越来越多的生物学家开始考虑“形态建成场”（morphogenetic field）和“生物场”（biofield）等非粒子的问题；越来越多的医生开始考虑“能量医学”（energetic medicine）等问题；越来越多的生理学家开始注意到那些对电磁场有特殊敏感性的病人；越来越多的心理学家开始考虑到，某些所谓的精神病患者，可能真是与“灵性世界”有所沟通，至少是看到了一些我们看不到的那一部分世界。
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虽然在这方面的基础科学研究还是相当薄弱，但是，过去20年医学市场的巨大变化是令人瞠目的。这也迫使生物学家和生理学家开始认真地思考能量分布、能量流、能量结构、电磁场、波、波的传播、波的结构等在生命过程中所扮演的某些角色和作用。
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同时，当今全世界各国对灵性经验的追求，也反映了人们对19世纪陈旧唯物主义世界观的强烈不满。所以，21世纪以来，开始了一种对灵性世界追求的热潮。面对这种热潮，许多心理学家也不得不认真考虑另一个世界存在的可能性。当然，这与现代科学研究的可行性还有相当的距离。但不管怎样，还是反映了人们对唯物论世界观的一种反思。
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