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研究工作可以分成两个方面：第一方面是临床研究，研究各种替代医学的有效性、安全性，以及各种不同医学花费多少的比较等。相对来说，这种研究比较简单，但也迫切和实用。不管是正结果还是负结果，只要投入人力和财力，总是可以在一定的时间内得到明确的结果。例如，德国科隆大学在医疗保险公司的委托下，对针灸镇痛是否是“安慰剂效应”的问题进行了大样本睡眠脑电图的测定。最后，实验结果表明，针灸镇痛是真实的，不是“安慰剂效应”。于是，全德的医疗保险公司都开始支付针灸镇痛的费用。
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第二方面是基础研究，也就是从现代科学的角度研究针刺等整体医学的原理。这种基础性的研究，不像第一类那样急切，但很重要，因为只有这样，才能从现代科学的角度搞清“替代医学”的作用原理。这不单单是为了得到科学界的认可，更重要的是，只有通过这样严格的、理性的、精确的理解，才可使得“替代医学”与现代科学理论兼容，使“替代医学”重新回到“正宗医学”的位置上来，并且与现代科学技术一起发展，进一步造福人类。
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其实，对这些“古老医学”的现代科学基础研究，其意义还远不在于得到现代科学界的认可，而是对现代科学的一种强大的挑战，并且是对现代科学研究的一种强大压力和动力。
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从某种意义上来说，这些“古老医学”的“复兴”，有点像欧洲15世纪的“文艺复兴”（Renaissance）。从口号上看来，“文艺复兴”是在复兴公元前古希腊时代的古文化，仿佛是一场向后开倒车的复古运动。但事实上，“文艺复兴”却是一场向前的、非常积极的革新运动。欧洲的“文艺复兴”是一个新时代的开端，它导致宗教改革出现，导致工业革命产生，导致民主体制的建立和健全，导致现代科学体系的形成。事实上，“文艺复兴”使整个欧洲开始走出黑暗的中世纪，并且产生了完全不同于中世纪那沉闷、僵化、约束的思维模式的新模式，推动了整个社会的前进。
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中医向现代科学挑战
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与“文艺复兴”一样，这场被称为“中医热”的医学界的“复古运动”，表面上看来，也是一场保守的向后看的运动；事实上，它也是一场向前的非常积极的革新运动。所以，我们正非常幸运地生活在这样一个时代，正在目睹这一场巨大的变革。正如我们在这一部分的标题中所指出的：我们正面临两场大变革：外在医学，内在科学，并且这两场大变革相互呼应。而这两场变革又会导致人类思想的大变革。
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事实上，还在20世纪下半叶，基础科学自身的发展已经开始把现代医学、现代科学，如生物学、生理学、心理学等，以及我们这个世界和我们整个世界观的弱点，一步一步地揭示出来。
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现在，让我们从医学的基础研究开始，来看看我们思维方式中有哪些明显的弱点。
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医学和生物学中纯“粒子图像”思维的局限性
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美国物理学家Henry P. Stapp尖锐地指出：“当心理学沿着19世纪物理学的概念发展时，物理学却正向着相反的方面在发展。”（见本书第一篇第二章）事实上，我们整个医学和生物学还是被19世纪落后的物理学概念统治着。那么什么是19世纪的物理学概念呢？那就是唯物的概念和粒子世界的概念。
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正如本书第二章中已讨论过的那样，事实上，早在20世纪的初期，一些物理学的巨匠，如普朗克、爱因斯坦、玻尔、海森堡、薛定谔、狄拉克等，早就抛弃了19世纪落后的物理学概念，也就是抛弃了物质是世界唯一本原的概念，抛弃了粒子是世界本原的概念。
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很不幸的是，这种陈旧落后的物质本原概念和粒子本原概念，仍然在生物学、生理学甚至在心理学中占着统治的地位。然而，中医和针灸虽然十分古老，但它们却与有机体内的“能量”、“信息”、“周期性运动”、“波”以及“和谐”等很深刻的概念有关。而许多这类概念，都是粒子世界难以充分涵盖的。所以，如果生物学、生理学和心理学不从这种19世纪的落后概念中走出来，倒是真无法理解古代智者给我们留下的宝贵文化遗产。
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“拆分论”、“对抗性”和“征服性”思维的局限性
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此外，现代西医、现代生物学、生理学、心理学等等的研究，基本上都基于一种“拆分论”的思维方式。所谓“拆分论”（reductionism）就是把一个系统分拆成越来越小的部件，从而找出到底是哪一个部件出了问题，从而清清楚楚地解决问题。
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我们首先应该承认，这种“拆分论”的思维方式特别适用于机械修理。同时，这种思维方式，在早期的医学研究中，也是极为成功的。例如，对传染病的研究就是这样，研究人员把病人的大便、小便、痰液等进行细菌学的培养，培养出许许多多不同的细菌，然后，再对这些细菌一分再分，找出单纯的菌落，最后对这些纯系的菌落一一进行筛选，找出唯一有关的病源细菌，同时排除所有其他的细菌。找出这种病源细菌之后，再想办法消灭它们。
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事实上，几乎整个现代西医的成功都建立在成功地“拆分”、“对抗”和“征服”的思维模式上。所以，现代西医又被称为“对抗性学”（allopathic medicine）。如今，这种“拆分”、“对抗”和“征服”（conquer）的思维方式还是相当成功地用在遗传性疾病和基因的研究上，因为它们还是黑白分明，敌我分明。
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但是，众所周知，中医的思维则完全不同。整个中医几乎找不到“拆分”、“对抗”和“征服”这类概念；反之，“平衡”（balance）、“和谐”（harmony）、“调理”（regulation）等等概念却贯穿着整个中医理论。所以，如果现代科学，尤其是生物学、生理学、病理学等等，不能走出这种有很大局限性的“拆分”、“对抗”和“征服”思维方式，又如何来研究像中医这种富于“和谐”思维的“整体医学”呢？
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所幸的是，物理学在这方面又先走了一步，从而为整体医学的研究铺平了道路。从20世纪70年代开始，德国物理学家哈肯（H. Haken）、美国物理学家开普拉（Fritjof Capra）、比利时物理学家普里高津（Ilya Prigogine）、中国物理学家李克学（Ke-hsueh Li ）等都在这方面作出了重要的贡献。
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哈肯基于“整体大于部分”的思想发展了“协学”（Synergistics）。开普拉指出：整个宇宙就是由不同强度相互作用构成的一个巨大网络。普里高津发现了“耗散结构”（dissipative structure）。李克学证明了“测不准原理”（uncertainty principle）不但适用于微观世界，也适用于宏观世界。
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可惜，到目前为止，还只有很少数的生物学家、生理学家和心理学家知道物理学的这些最新成果和重要的变化。所以，只有让更多的医生、生物学家、生理学家和心理学家知道物理学界的这些重要变化，并把这些新思想和新进展引到医学科学的研究中来，才有可能面对中医等古典医学中的整体论思想，进行真正的科学研究。
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所以，在后面的章节中，我们将在介绍科学历史的同时，一步一步地引进和介绍物理学中的这些重大变化，以及它们在“替代医学”的基础科学研究中的意义。
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事实上，我们应该说，我们已经是十分幸运了。因为早在医学市场产生巨大变化之前，早在20世纪70年代，物理学的发展早就已经为“替代医学”的基础科学研究铺平了道路。也就是说：科学的这场变革还稍稍早于医学市场的变化。也就是说，最前沿的现代物理学研究，已经为“平衡”、“和谐”、“调理”等等整体医学中重要概念的定量化科学研究，提供了有力的工具。
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所以，这场科学中的大变革，不但会提供一个和谐的、统一的理论框架，从而把许多古典医学和现代西医和谐地放在一起，成为一个更好地造福人类的统一医学；更重要的是，这一场在物理学、医学、生物学、生理学和心理学中发生的大变革会导致整个人类思维的一场大变革，从“拆分”、“对抗”和“征服”思维变到“平衡”、“和谐”、“调理”等思维方式。而这种“思维方式的改变”，会比“统一医学”的建立，更为重要，更为本质，更能造福于人类。
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