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定制太医院肄业生由太医院堂官每年分四季考试，从《内经》、《难经》、《脉经》、《本草经》及各科重要方书中出题作论，分别等第，申明礼部注册，每隔三年由礼部堂官来院考试，取中者曰医士，不取者仍照常肄业，以待再考。
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同治五年改设医学馆，并将四季考改为二季考，于仲春仲秋时考之。无论医士、恩粮生、肄业生，统由堂官（即院使）面试，出题多本《医宗金鉴》、《伤寒论》、《金匮要略》，有时也考《内经》、《难经》。
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每到寅申年，太医院院使、院判，会同礼部堂官，除御医毋庸考试外，所有吏目以下各员生均一律会考，凡备卷、受卷均由收掌官批阅，由教习评定等第，由太医院堂官封送礼部复勘。到院拆封，咨行吏礼部注册。遇有应升缺出，咨行吏部查核，由院奏咨补用。凡考取一二等者，如无处分事故，按名挨次拟补；三等照旧供职，暂停升转；四等者罚停会考一次；不列等者革职留院效力，下届仍准入考。这是同治五年礼部会同太医院奏定的章程。
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考试规章如下：
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（1）考试出题务须明白显亮，不得割裂经文。批语亦宜从简质。
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（2）试卷务照定式置众，不得长短不齐。卷面上印太医院字样，中填某班。即医士、医生各名目下粘浮签。接缝用教习厅印，卷面用堂印。考前由收掌官分正大光明四字填簿，照号填卷，折叠弥封，再用教习厅印。浮签楷书姓名，旁填坐号，仍钤教习厅印，半在卷半在签，用印毕将号簿固封。首领厅于需用卷外不得多备一卷。
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（3）考试日，各员生黎明齐集，听候点名，照号入座。临点不到者扣除。
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（4）入座后由稽察官逐号详查，其有坐不符者立即扶出。
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（5）题纸也按正大光明分号粘悬明白，大书，使诸生一览无遗。不准离座抄题。
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（6）出题后，限时由稽察官挨号盖戳。其尚未得句者，印盖卷面不录。
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（7）统限日落交卷，不准继烛。
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（8）交卷自行揭去浮。
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（9）题目字句不得错落，誊真不得行草，涂抹不得至百字，不得越幅、曳白、油墨污染。
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（10）教习阅卷只用句圈句点，不许浓圈密点，收掌均分呈堂批定。
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七、请脉仪式
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明代太医院，非擢任御医，如一般医士、吏目等，不得侍值内廷。清制则不然，凡属太医院官职，不分满汉，一律任用。如顺治初年供俸值宿于乾清宫东之御药房者。东药房（在紫禁城左腋）领班以御医为主，吏目、医士分班轮流值日，西药房（在紫禁城右腋）以院使、院判为领班，御医、御吏分别轮值。
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宫廷中诊病，如给皇上、皇后、西太后（慈禧）等看病，皆谓之“请脉”。先父经常给皇上、皇后、西太后、端康皇贵妃请脉，为上层官员看病。
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请脉与一般看病不同，提前二时通知，按时请脉。先向皇上、贵人请安，再两膝平跪，两手垂直，低首请脉（即诊脉），诊毕起立，倒行退出，回值班房开方录底，再送御药房配制。先取二付，同时煎成，分二份共四杯，御医先尝一杯，内官再尝一杯，然后进御（皇上、贵人等）。在清中叶时废除此例。
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八、太医院衙署
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太医院衙署原建于明永乐年间，与各部均建于前门内东南角。据《太医院志》记载，在阙东钦天监之南，西向路东，门有照壁，朱色，立额黑漆“太医院”三字，随门左右，环以群房，为门役住所。衙内左为土地祠，北向，右为听差处，南向。听差处东北隅有井一、元二、门三。左右旁门二，随门环以群房，北者为肖槽祠，南者为科房，有甬路直接二门。过宜门平台，台右置铁云牌。大堂五间，堂内恭悬圣祖仁皇帝御赐院判黄运诗，房内地板为乾隆时所特赐。大堂之左有南厅三间，西向，为御医办公之所。大厅之右有北厅三间，西向，为吏目办公之所。堂壁悬有纸屏八幅，每幅绘马八匹，共六十四匹马，为当时吏目陶起麟所绘。南廊房为医士厅、恩粮厅、效力厅，皆北向。北廊房为首领厅、教习厅，皆南向。北厅之北为藏书处。承接大堂之过厅为二堂，二堂后有三堂五间。
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太医院堂官（院使）办公之所，名为纯庙，有御书匾额曰“诚慎堂”，堂前种竹数百竿。南有厨房、茶房各一，北有庙公所。诚慎堂之南为板库三堂，堂后西向栅门内即“先医庙址”，北有垂花门三，曰“咸济门”，是先医庙正门。门之南为焚帛炉，东有打牲亭，亭后东北有井，北有正殿，立额曰“景惠殿”，殿内圣祖御书“永济群生”，殿前松柏高耸，皆数百年之物也。焚帛炉之后有药王庙，北向，殿宇三间，亦北向。药王庙供碧霞元君暨各圣母像，殿中立古铜人，即所谓之铜神者，再东为生药库，库中有库神堂、土地殿。道光以后，药库作废。光绪二十六年（庚子）八国联军打到北京，太医院全部划归俄国使馆，内部损毁。光绪二十七年临时在北池子大街大悲观音院办公。后又转至地安门东皇城根兵仗局东又建新署。
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圣驾时驻三海，太医院于西苑门南建房一所，仅五六间，称外值房，医务人员值班住宿。
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圆明园为皇上离宫，驻跸时，医官随侍入园。园之东南有太医院御赐公所，计东西二所，西为三皇殿；东为大堂，计房八十余间，大堂内有当时院使李德宣题匾曰“春台尺五”。
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避暑山庄为皇上行宫，早年皇上巡幸，医官随扈，由太医院筹款在行宫左近置民房数间办公。