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按照《利未记》的戒律，教会承担了防治麻风病的任务。583年，里昂议会限制麻风病人与健康人自由交往，这一决策在后来的教会委员会中得到延续和升级。664年，伦巴第国王罗萨里颁布了一项隔离麻风病人的法令。图尔的格列高里描述了6世纪巴黎的一所麻风病院，在随后的7世纪，类似的病院也在梅茨、凡尔登和马斯特里赫特建立起来。10世纪后，麻风病院的数量迅速增加。13世纪初，仅在法国就有约2 000所麻风病院，在整个欧洲，这一数字约为19 000。1129年，第三次拉特兰会议非常详细地探讨了这种疾病，所制定的方针在中世纪后期广为流传。
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行尸走肉 。麻风病人对公众构成威胁，因此他们被社区驱逐，以保障其他居民的健康。由于这种病无法被治愈，他们终生为世人所弃绝。他们被剥夺公民权，在得到肉体死亡这一仁慈的恩惠之前，他们早已被社会判处了死刑。因此，对是否患有麻风病的重要诊断是不可轻易作出的。一个专门委员会负责对疑似患者进行检查，中世纪早期，这个委员会由一名主教、几名神职人员和一名麻风病人组成，该病人被认为是这方面的“专家”。后期，该委员会的成员也包括了本市的著名医生和理发师。
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关于麻风病人隔离的规定极其详细、精确。麻风病人参加的葬礼仪式象征了他们被社区驱逐的可悲结局。他们穿着裹尸布，听着为死者所做的庄严弥撒，身上被撒上土，然后由祭司带领，在亲朋以及邻居的陪同下，来到社区外的一间小屋或疗养院中。（14世纪英国著名小说、伊迪丝·西蒙所著的《金手》对这种仪式有一段非常生动的描述。）麻风病人被迫穿上特制的服装，当他们靠近时，人们用吹喇叭、摇拨浪鼓或敲击梆子的方式作为警示，他们还被禁止出入市场、客栈或酒馆。理发师不得为他们剃须或理发。然而，令人意外的是，在一些特殊场合，这些保护措施却被废止了。对麻风病人的城市禁入令常常在圣诞节和五旬节期间取消，使病人得以向人乞讨，并接受公共慈善机构的救助。但这些只是少数的例外，实难减轻麻风病人被推入的孤立状态。
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黑死病 。麻风病在一定程度上受到重视，是因为它是人们在直接预防方面取得的第一个伟大成就，即通过持续地使携带病原体的感染者不具危害性，从而系统地根除疾病。这与最近对结核病和性病的抗击有着明显相似之处。此外，这条医学预防原则在解决中世纪另一大灾祸黑死病时发扬光大。
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人类历史的长卷中记录了三次瘟疫大流行。第一次是优士丁尼瘟疫，第二次是黑死病，第三次是20世纪的流行病。人类遭受的瘟疫在本质上是一个城市社区问题。因此，不出意外，中世纪早期的几波疫情在优士丁尼瘟疫平息后也偃旗息鼓，很少再有大规模疫情暴发的报告。然而，6世纪到14世纪，在伊拉克、波斯和黎凡特的一些地方，存在着零星几则关于鼠疫的记录，欧洲和不列颠群岛也有一些相关的可疑描述。
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虽然仍无法确定，但14世纪大肆流行的鼠疫可能来源于中亚腹地的某个地方，那儿的大草原上的野生啮齿动物中存在着感染源。从这个原点开始，疾病向西传播，1346年春天抵达黑海海岸，再从那里由船运送到君士坦丁堡、热那亚、威尼斯和其他欧洲港口。鼠疫于1348年初到达欧洲，接着在4月到达阿维尼翁，5月初到达巴伦西亚和巴塞罗那。大约再过了三年，大规模的鼠疫席卷整个欧洲。之后，小波的疫情以不同的时间间隔相继发生，直到1388年前后为止。
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隔离 。通常情况下，人们对黑死病的第一反应就是恐慌，在逃离的过程中寻求救赎，但不是每个人都能够或愿意逃跑。原因之一，古老的观念认为瘟疫是上帝发怒的征兆，这种想法流传甚广，使得许多人都将祈祷和忏悔视为唯一可靠的方法。原因之二，社区拒绝接收来自严重疫区的人。因此，采取措施去保护健康的人群，帮助他们避免可怕的瘟疫是必需的。隔离麻风病人所获得的经验无疑影响了对黑死病采取的措施。该病一般被认为具有传染性，因此，防治原则与麻风病相同。主要措施是避免感染；隔离原则从而得到了快速、普遍的发展。病人必须向有关当局报告。在患病期间，他们接受检查并隔离在家。有鼠疫患者居住的每一处都设置了门禁。患者接触过的所有人也都受到隔离。他们的食物和其他必需品由市政当局的特派员提供。病死的人从窗户搬出，由大车运出城市。他们被埋在城外，这同样是为了防止疫情的进一步扩散。在鼠疫患者过世后，他的房间将进行通风和消毒，他的遗物将被烧毁。
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除了在社区内采取的这些措施外，还必须防止鼠疫的流入。为了达到这一目的，也为了整片社区的安全，所采取的方法是：对所有可疑人物进行一段时间的严格隔离和观察，直到确定他们不是鼠疫病毒的携带者。这一努力为公共卫生实践做出了一项基础性的贡献，即检疫制度。第一步发生在威尼斯，东方贸易的主要入口港。由于人们认为鼠疫主要是通过船运上受到感染的货物传入港口，威尼斯人建立了一个系统，对可疑船只、货物和人员进行隔离。早在1348年3月20日，由三人组成的委员会成立了，他们负责监督社区的健康状况，为保护社区他们可以采取任何必要的措施。（威尼斯人显然是在遵循既定的制度模式；追溯到公元1000年，似乎就已有在疫情期间临时被指派的公共卫生监督员。）这些官员负责在潟湖的一个岛上隔离受感染的船只、货物和人员。从这里开始，威尼斯人和其他社区的人们逐渐发展和完善了检疫系统。1374年，米兰公爵伯纳博·维斯孔蒂颁布了一项法令来防止鼠疫的传入和扩散。法令规定所有鼠疫患者都须从城内转移到一个只有康复或死亡二选一的地方。任何参与治疗鼠疫患者的人都要隔离14天，之后才能恢复与他人的社会交往。这样的隔离观察期也适用于被感染或疑似感染的游客和商人。同年，威尼斯再次受到鼠疫的侵袭，于是它拒绝所有疑似或已感染的游客、车辆及船只入境。三年后，也就是1377年7月27日，达尔马提亚海岸的拉古萨市议会下令对从疫区来的人实行30天隔离期。之后，隔离期又延长至40天——由此产生了“隔离”（quarantine）一词，它源自“quarantenaria”（40天隔离，又称四旬斋）。（据克莱门称，40天隔离期是由威尼斯在1127年首次提出的。）接着，在1383年，马赛建立了第一个检疫站，在对入境船只进行严格检查后，所有感染或疑似感染船只上的游客和货物都将被扣留40天，在空气和阳光下暴晒。
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据赫克认为，之所以设置40天的隔离期，是因为在13、14世纪，第40天通常被认为是分辨急性或慢性疾病的日子。《圣经》也被用来赋予数字40特殊的意义。例如，大洪水持续了40天，还有其他持续40天的《圣经》情节。炼金术中，数字40也十分重要，因为人们相信某些嬗变需要40天时间。
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因此，在14世纪中叶黑死病的刺激之下，意大利、法国南部和邻近地区的政府官员着手创建一套卫生控制系统，通过建立观察站、隔离医院和消毒程序来对抗传染病。这套系统在文艺复兴时期和后期均得到采纳和发展，至今依然是公共卫生实践的一部分，只是以更严谨的形式存在。
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是什么引发了瘟疫？ 在大多数的欧洲国家，很快就出现了大量解释鼠疫起源以及如何治疗它的医学和民间文献。从中也许可以提炼出关于这一可怕灾祸原因的重要理论，这些理论为前述的行政举措提供了基础。文献中的观点一部分来自对疾病的观察，一部分来自希波克拉底传统，即强调环境的物理因素导致疾病。
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人们普遍承认并接受鼠疫是一种传染病。这个观点是从直接观察中得出的，但它并未回答有关疾病起源和性质的所有问题。因此，如果鼠疫具传染性，那么传染因素是什么？它又是如何产生的？这些问题的答案都包含在由盖伦系统化并由中世纪医生传播的希波克拉底传统中。大家都一致认为大气的某种变化，即空气的腐败，是导致鼠疫的原因。而空气的腐败是由腐烂的有机物、死水和腐水等引起的。例如，约翰内斯·德·托讷梅拉在其关于鼠疫的短文中写道：“在瘟疫期间，首先你就必须躲开所有那些从沼泽地、泥泞地、恶臭地以及不流动的水及沟渠、墓地、牲口棚散发出来的污染空气——要完完全全地躲开这些地方。”人们认为，腐败的空气改变了其性质，吸入它之后，身体的体液就会受到攻击，从而引发疾病。而当凶星会合导致大气腐败特别严重之际，就会暴发大规模的疾病。许多作家在试图解释为何有些人在疫情中被感染而有些人则没有时，还强调了个人易感性这一因素。对个人和个人卫生重要性的强调是相辅相成的。
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基于这些理论，中世纪的人们努力以集体和个人的方式来处理被迫面对的紧急卫生问题。然而，这些观点之所以重要，不仅在于它们为中世纪的公共卫生实践提供了理论依据，还在于从它们开始，发展出了主导近代至19世纪后半叶的流行病学理论。
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公共卫生组织 。虽然中世纪的社区不具备现代意义上的公共卫生体系，但它们确有一个集卫生监督、疾病预防和一般社区健康保障为一体的行政机制。这个机制的特性与中世纪的市政管理密切相关。尽管略有不同，但早期的市政管理都倾向于遵循一种简单规划。城市由议会进行管理，其成员相当于新英格兰的市政委员。议员们的头衔因地而异，但职能基本一样。在意大利和法国南部，他们被称为执政官，而在法国北部及荷兰又被称为“市议员”，在英国则被称为市参议员。
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社区的日常管理工作由议会执行。因此，议会掌管财政，组织城市建设，命令和监督市政工程。在其负责的活动中，还包括处理福利和健康问题。所有这些事务一般会分派给议会的一名或多名成员，由他们组成相应的小组委员会。例如，在14世纪的米兰，六名官员负责街道清洁及环境卫生。在15世纪的亚眠，两名市议员被派去监管鱼市，两名监管肉类零售，两名监管面包烘焙及销售，还有另外一些人被派去检查食品杂货铺和药房等。这些官员的任期为一年。每日的工作结束后，他们都会提交监管报告，以便在必要时能立即采取行动。同业公会是中世纪城市管理中不可分割的一部分，在许多社区中，如佛罗伦萨，上述这些职能都由公会官员负责。到中世纪末期，这一管理模式开始变得复杂起来，但基本特性没有改变。
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公共卫生的管理一般不是由医生而是由外行人执行。不过，市政当局还是会雇用医生来负责具体的工作，例如，向穷人及监狱提供医疗服务，为麻风病及类似病症提供诊断，为瘟疫或法医方面事务提供专家意见。
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医疗服务的提供 。与公共卫生的其他方面一样，中世纪社区的医疗服务提供也是由当时的社会特性所决定的。中世纪的社会结构相对稳定，社会地位界定森严。每一个社群都是有组织的，行动范围也被严格划分。中世纪早期，医生一职通常由牧师担任，教会为他们提供薪金和住房，使其可以把行医当成慈善来做。牧师们被允许接受病人的礼物，但不能索取费用。事实上，在整个中世纪，许多医生都因其牧师身份而无须考虑经济因素。然而，自11世纪起，越来越多的平信徒开始进入医疗界。例如，早在934年，佛罗伦萨的档案中有一位名叫阿玛珀图斯的教会执事，他同时也是一名医生。到13世纪上半叶，佛罗伦萨的60名医生组成了一个强大的同业公会。
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平信徒医生没有教会的支持，他们不得不以其他方式生存下去。为此，他们通过接受带薪职位维持生计，或者担任某个领主的贴身医生，或者担任某个城镇的市政医生，又或开设私人诊所。不论是哪一种方式，医生的职责和报酬都有明确的规定。当局要求市政医生为贫穷的患者进行治疗，对非正常疾病或流行性疾病进行调查，对此类情况进行专家指导，以及对药店进行监管。大多数带薪的医生也都从事私人执业。当医生治疗私家病人时，他们必须丝毫不差地遵守规定，严格按照公会制定的具约束力的收费标准收取费用。
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在中世纪，内科和外科医生之间有了明显的分化。用双手工作的外科医生仍然被算作工匠，因为他是从他的师父那里习得技术。每一个群体在社会阶梯上的位置都有所不同，外科医生位置较低。然而，在这段时间内，内科医生和知名的外科医生几乎都完全忽视了一些只有通过危险的外科手术才能治疗的疾病，这就导致了在那些获得承认且定居下来的医生之外，发展出一群流动的赤脚医生，他们所做的手术困难且严重，如白内障修复、疝气修复以及膀胱结石切割。虽然这些流动的眼科医生、尿路结石医生、疝气医生的社会地位不高，但人们需要他们的服务。所以，政府做出了种种安排，方便他们施展技能。因此，在中世纪后期，除了流动的医疗从业者外，也有一些人选择在一个社区定居下来。有两位眼科医生记录在册，一位于1366年在德国施佩尔定居，另外一位于1372年在德国埃斯林根定居。在没有常驻医生的城市里，政府竭力聘用这些流动医生，即使只是为了一年中的某一段特定时期。总的来说，这些情况一直持续到17、18世纪。
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医院和福利机构 。民众疾苦需要社会援助的观念在中世纪得到了高度发展。对东方穆斯林来说是如此，对西方基督教亦是如此，但在医院的创建中，这一点体现得最为突出。在这些机构的发展中，宗教和社会方面的因素是重中之重。
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东方的统治者和政府官员在市中心建立医院。9世纪，哈里发哈伦·拉希德在位期间，巴格达建造了第一所医院。随后的一个世纪里，哈里发阿尔·穆克塔迪尔又在同样的地方建造了第二所。第三所则于970年建成；它拥有一个由25名医生组成的团队，并且被用作医学生的教学基地。在伊斯兰教统治期间，总共有34所医院记录在册。这些医院一般都组织良好，这反映出医学在穆斯林土地上达到的高度发展状态。以开罗为例，这座城市于1283年建成了一所医院，设有为发热患者、外伤患者、眼疾患者配备的单独病房，以及女性患者的专用病房。医疗服务由一名主管领导的医生团队负责，男女护士皆有。
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但是，这些机构不应被视为西方医院的发展模式。那些由基督教会建立的医院分散在近东各地，当这个地区成为伊斯兰教的天下时，这些医院便被穆斯林接管、发展。在西方，医院也是由教会建起的。中世纪时期的修道会对此发展贡献巨大。修士们照顾病人的方式成为信众的榜样。修道院里设有一间医务室，病人可以在那里接受治疗，并有一间药房，通常还有一个种植药用植物的花园。除了照顾生病的僧侣，修道院还向旅客和朝圣者敞开了大门。此种善举起源于何时无从知晓，但颇有可能是中世纪初的事。
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可以肯定的是，这些修道院的医院与同叫“医院”的现代机构几乎没有什么共同之处。通常，它们只是提供某种护理的小房子而已。由于修道院医院的双重性质和功能，很难确定其在多大程度上被真正用来治疗病人。在中世纪的修道院中，可能存在各种各样的医务室，有的几乎专门用来治疗和护理病人，有的只提供简单寄宿。不过，总体而言，从8世纪到12世纪，修道院医院几乎是欧洲唯一一个以照顾病人为主要任务的机构。
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12世纪中叶，随着蒙彼利埃圣灵医院的成立（1145），另一个创办医院的重要动力也发展起来了。1198年，经教皇英诺森三世批准，圣灵会在欧洲各地成立和维护类似医院的机构。他们还沿着十字军行军路线建造医院，并在圣战期间创建了几支骑士团，专门负责开设医院。这些骑士团中最为著名的就是圣约翰骑士团，或称医院骑士团，他们足迹远至马耳他、德国等地，在那里建立医院。
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中世纪晚期的城市积极参与到医院及其他医疗社会援助机构的建设中，尤为注重公会的力量。为自己社区感到自豪的富裕市民们纷纷为心爱的城市添砖加瓦，唯恐落于人后。早在12世纪，商人们就把自己利润的很大一部分用来造福同胞。为了照顾状况各异的男女、儿童，医院、避难所、收容所陆续建立起来。行业公会设立基金用于救济病残的会员。资金雄厚的公会还建造了自己的医院；其他公会则定期向修道院医院支付钱款，来承担病人住宿和护理的费用。
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