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据说，协和在为医预科物色教授时，除了从国外聘请，还试图去找那些“受过很好的中文传统教育，同时兼有现代观点”的中国人。挑选中文老师时，顾临推荐一位名叫胡适的人，说此人在康奈尔大学、哥伦比亚大学留过学，是哲学博士，中西兼通。胡适虽然最终没有进入协和医预科教授的队伍，但后来却进了协和的董事会，参与决策协和事务。马鉴成了第一期医预科的中文老师，后来他成为燕京大学中文系主任。
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有人曾评价，协和是一所“其标准之确定无视所在国的实际社会和经济条件”的医学院。胡适将协和比喻成“一所独轮手推车式的国家里，飞机式的学院”。自办医预科毕竟是权宜之计。为追求协和的高标准，基金会不仅要为协和医学院本身投入巨资，也需要每年拨款资助中国的13所综合性大学，以提高这些大学的医预科教学水平，这些大学包括：上海圣约翰大学、金陵学院、南京大学、湘雅医学院、南京的国立东南大学、清华学校、南开大学、燕京大学……直到8年之后，这些大学达到了协和要求的水平，协和才停止自办医预科，改从这些学校招生进入协和医学院。
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在协和自办医预科期间，共培养205名学生，有100人进入协和，其中84名完成了协和接下来的5年医学课程，拿到了医学博士学位。自办医预科学校的最后一任校长回顾自己在北京5年的历程，着重提到医预科学生的能力：“学生整体上都很强……同学之间的成绩几乎不分伯仲。”严格的医预科教育，从一开始就成为协和办学的一大特点。
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协和医预科停办后，一部分老师调往燕京大学任教，大部分教学设备也都送给了燕大。燕大医预科成了协和医学生的主要来源，逐步占到协和每年招生总数的三分之二。
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在燕大的医预科生活
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这时的燕大校长是司徒雷登，他有着生长于一个双重世界的特殊生活经历：由父母和一小群讲卫生的白人长老会传教士所代表的小世界，以及由“可爱、愉快，但并不怎么讲卫生的中国人”组成的大世界。对他来说，这两者间有密切的关系。而燕大的大财主便是洛克菲勒基金会，在1936—1937年，基金会的资助占到燕大年度总预算的五分之一。
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燕大与协和的合作持续到1951年。燕大的医预科一成立便成为校园的焦点，医预科学生“人数少、质量高”，被称为燕大“精华”。燕大对这些学医的学生有个规定：至少要选修人文科学的入门课程。在当时的燕京大学，学生们有机会沐浴在大师们共聚一堂的浓厚学术氛围中，比如听梁启超的弟弟梁启雄讲《史记》，听聂崇岐讲《中国通史》，听沈乃璋讲《普通心理学》，听赵承信讲《社会学基础》……曾在燕大就读的雷洁琼，回忆燕大教授们的教学方法：“我选修的是东洋史。东洋史不讲课，按翁先生（翁独健）指导，自己到图书馆查阅和浏览书籍，做读书卡片，学期末上交评分。教学法与众不同，既传授知识，又教给做学问的方法，一举数得。”在生物学界享有盛名的胡经甫，在讲无脊椎动物时，不许学生们记笔记，要求学生全神贯注听讲。他一边嘴里说，一边画，既条理清楚又引人入胜。听过他课的学生，都印象极深。
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这些在综合大学的学习经历，使得医预科学生耳濡目染大师们做学问的方法，沐浴在浓厚的人文氛围中。那时的燕大校园是他们的精神殿堂。
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当时学校规定：“医预科期间，学生必须读完中文、英文各192小时，生物384小时，数学96小时，化学544小时，物理384小时，还有经济学、社会学等社会科学。”在结束医预科学习后，需要通过入学考试，并参考医预科时的各门成绩和老师的推荐语，最后决定是否被录取进协和医学院本部。协和的张之南教授回忆，当年考试过关后“还要经过很特殊的面试，教授请考生到家吃饭，边吃边谈，谈家庭、志向、对一些社会问题的看法等，一律用英语对答。在此过程中，了解考生的举止、言谈、表达和英语会话能力”。
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人文心和科学脑
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有人会问，在正式跨入医学院之前的医预科准备，究竟有多重要？是不是浪费时间？也许对于医学生来说，在正式接触医学之前，非常重要的是：准备一颗人文心和一副科学脑。
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从本质上说，医学这一学科，试图理解的是一个与人类有关的永恒话题：人的自然本性。如同神学和法学一样，都指向科学研究的永恒话题，都需要逻辑学和哲学作为基础。但这三个学科所指向的目标又都超越了科学本身。比如医学，它指向身体健康，它建立在对“人的自然本性”无所不包的知识基础之上。但在“人的自然本性”里，却总是存在着一些未知力量。对于这些力量的来龙去脉，人们可以无穷无尽地解释下去，却永远不可能完全地理解，而恰恰就是这些不确定的力量，给医学研究赋予了丰富的实质和生命。
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协和的医预科设置，是一段看似漫长，实则必需的、了解“人”的过程。它的存在，除了教授单纯的事实和技巧之外，还体现了一所真正大学里的教学应该有更多的追求。比如，塑造“整全的人”，实现一种更宽泛意义上的教育。真理的范围远大于科学，科学家必须作为一个人，而不仅是作为一位专家，投身到探索真理的事业中。面对真理的追求，需要那种“整全的人”认真投入，这一点对于医学尤其重要。如同神经学家雅斯贝尔斯所说，自然科学的教育价值是培养精确观察的习惯，单纯就研究主题的教育价值来说，自然科学比人文科学要逊色很多。而人文科学的价值是：它允诺了一种对人类历史实质的领悟，一种对传统的参与，一种对人类潜能之广阔性的认识。
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“科学脑”对于当时的中国，更有着非同一般的内涵。19世纪以来，科学中发展最快的分支是医学，它由系统观察为特点的临床医学、实验室为中心的实验医学融合而成。“科学医学”与“归纳法”在科学研究中的主导角色相得益彰。之前的“演绎法”以承认已知的知识为前提，不能用于发现新知识。自亚里士多德始，演绎法一直受到哲学家的厚爱。英国哲学家、科学家弗朗西斯·培根确立了与“演绎法”对立的“归纳法”。他挑战中世纪的科学概念，强调人类不应从自己的头脑中创造一个世界，应从对自然和事物的观察中得到事实。近代以来，大量的科学发现都是通过严格的观察和实验，并在此基础上“归纳”成为科学理论。
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在协和创立之初，当哈佛大学校长艾略特、约翰·霍普金斯大学医学院院长韦尔奇、洛克菲勒医学研究所所长西蒙·弗莱克斯纳等美国最有影响力的医学家和教育家，在批评传教士医学和中国教育时，强调如要把“科学方法”介绍到中国，就要教中国学生学习如何通过实验室的观察、记录和分析，得出有依据的结论。这些洛克菲勒基金会的顾问们被称为“培根人”，以此与传教士、传统教育从本质上区分开来。
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在参加1914年1月的“中国讨论会”前，哈佛大学校长艾略特曾受卡内基基金会所托对中国进行考察。在他的报告中，谈到东西方思维方式的显著差异：
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东方人（除了近期的日本）从未运用过归纳哲学。西方在过去400年里，正是凭借归纳推理的方法得到真知，取得巨大的进步。与此相反，东方人主要依靠直觉和冥想，而且从权威那里接受生活信念和宗教信仰。
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他将西医视为向中国引入归纳推理法的媒介，以训练年轻人的观察能力、如何准确记录事实，然后在对事实的观察和比较上得出正确、有限度的推理等。“西方内科学和外科学，是我们送给东方民众的礼物……在传授归纳和推理法方面，再没有比医学更合适的学科了”。当时中国的学生，缺乏在观察和归纳法方面的教育。以上海哈佛医学院为例，该学院的入学标准很高，学生入学前已在圣约翰大学受过一般教育。当艾略特在上海观察这些一年级学生做实验时，却发现他们不具备最低限度的使用归纳法的能力：
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他们从来没有在此基础上学习过，从来没有人在此基础上教过他们，他们也根本不知道归纳法是什么。并不是说他们没有足够的化学、物理或者生物知识去解决我们医学院一年级的科目，而是他们从来没有想到过归纳法。
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艾略特建议，必须在医学教育中，贯穿使用归纳法进行科学教育和实验室教育：“没有这样的培养，我们就不可能在中国为中国人建立可信赖的医学院。”
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1957年，虽未在协和求学但深受协和惠泽的张孝骞，在建议恢复协和八年制的上书信中写道：“医学是一门应用科学，需要极为坚实的理论基础。因此医学人才的培养是一桩艰巨复杂的工作。”他一再强调在复校之后，知识一定要学得宽一点，基础要打得扎实一点。他说，医学是同其他学科，包括社会科学在内联系最多、最密切的一门科学，医学生在进入医学院之前，必须具备严格的基本功。
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在张孝骞上书两年后，协和八年制终于在1959年恢复了招生，这时的校长是黄家驷。一开始，那些学生对于入校前花三年时间在北京大学生物系读医预科很不理解。每一届新生入学，黄家驷和其他校领导都要亲自去一趟北京大学，以亲身体会告诉学生们：医预科的基础对于一个高级医学人才的成长有多重要。副校长张孝骞鼓励协和学生在读医学预科时，要充分利用北京大学作为综合大学的有利条件，扩大知识面，培养广泛的兴趣，选修一些文科方面的课程。
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双向选择，吸收“真正适合学医”的人
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作为中国第一所八年制的医学院，协和如何选择“真正适合学医”的医学生呢？从协和医预科的设置便能看出八年学习中前三年的作用：一是在进入医学院之前，打下广泛、坚实的人文基础和自然学科基础，塑造“整全的人”，为日后造就优秀的医学生做准备；二是在医预科期间，协和学生实现了八年中的第二次“双向选择”。
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关于协和八年制中的“双向选择”，张之南教授曾详细分析过这样做的必要性：
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