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“协和育人模式”的特色之一在于，医学生毕业了但学习之路仍未终止，更确切地说是终身学习。协和医院实行的是临床住院医生制度，每年面向毕业生招聘一次。工作三四年后有机会当上住院总医生。因名额有限，需经过激烈竞争才能聘上。当时的协和医学院崇尚先进的西方医院管理理念，包括“完善的招聘制”和“讲求效率的制度化管理”。在毕业后继续做了三年的助理住院医生后，王季午被聘为内科住院总医生。这是个非常荣耀和锻炼人的职位，在他之前，已有10人担任过这个职位，其中有医学大家张孝骞、钟惠澜、刘士豪、邓家栋、谢少文。
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王季午认为，协和的八年制教育以及后来三年的住院医生制，强调的是扎实、深厚的基本功和实践经验。协和学生在整个八年学习期间，打好了普通理科基础、医学基础、临床实践基础。在毕业后的四五年，又接受了严格的临床实践，并开始用临床资料对一个医学课题专门进行观察与研究。所有这些在王季午看来，“是培养高级医务人员的必由之路”。
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著名心脏病专家黄宛回忆起在协和的几年经历，深刻的磨难及喜获知识的乐趣兼而有之，“令我40多年来未能丝毫忘怀”。1986年夏天，和黄宛同一班的1943届协和毕业生再聚。这些老协和人坐在一起，回忆自己的协和生涯，用的题目是“无限依恋忆协和”。在畅叙旧事时，他们提到许多协和的特色，比如上基础课时培养独立思考能力的小测验，临床见习导师制，以及协和传统的教学巡诊和病理讨论会。此外，一个少不了的主题是“激烈的竞争、无情的淘汰”。
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当时，协和为调剂学生生活，促进同学间的交际，每周六晚请几位教授夫人教跳交际舞。宋鸿钊说：“同学们因功课紧，去的不多，教授夫人便亲自到宿舍邀请。我和几位南方来的同学，因怕功课跟不上，不愿参加，为避免宿舍灯光外露，教授夫人们来叩门邀请，就把桌灯放在储藏间内，把自己关在里面念书。”
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同是1943届学生、后来从事公共卫生营养学的范琪教授，她父亲曾是当地有名气的开业医生，当时她自己也觉得学医后当开业医生很好，治病救人。不过，她一到协和就改变了想法。她“看到各位老师在从事教学和医疗的同时，都在进行专题研究，常常在实验室忙碌到深夜。他们联系各自的专业，经常去图书馆阅读新书刊，星期日上午也常去……他们的研究成果，明显地提高了医学理论和实践。”当时，做开业医生可以获得很高的报酬，比留在协和当教员的报酬肯定高得多，但她自述：“由于受老师们的影响和协和学术空气的熏陶，在学生时代就逐步明确：毕业后不能仅当一名开业医生。这个想法，在当时的学生中是很普遍的。”
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协和育人模式
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有不少人概括过协和颇具特色的育人方式。比如，中国科学院院士吴英恺在2003年出版的《老协和》序言中提到：协和的特点是小而精，理论联系实际，打好基础，保证人才和事业的持续发展。“过去如此，今后也应如此。”对于如何培养医学人才，吴英恺最看好的是老协和的育才之道。晚年时，他曾几次将协和医院的领导请到家中，探讨老协和的淘汰制、24小时住院医生制、住院总医生制。他说，过去协和培养10个人，准能出两三个名医、名教授，中国需要“五星级”的名医，需要像协和那样的、高质量人才的土壤。
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在2001年出版的《协和育才之路》前言中，在20世纪60年代任协和副校长的董炳琨这么写道：“（协和）学校历史悠久，几经沧桑，曾三次停办，三次复校，在大环境影响下有过很多变化。它在我国医学界和医学教育界作用最为突现的时期，是20世纪二三十年代和新中国成立前后一段时间，其教学风格和特色的形成，也是在这段时间。”
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为了能把协和的育人模式提炼、传承下来，在召开第一次《协和育才之路》的编写讨论会时，93岁的邓家栋来了，89岁行动不便的吴英恺院士来了，80多岁的章央芬、冯传汉也来了……总共19位。到了第二次讨论时，增加到26位。究竟什么是协和育人之道呢？经过这些老协和人或是老协和管理者的共同讨论，除了学生少、条件好、要求严、教师一流、特定的历史环境之外，多年的协和教学形成了一套优良的教学传统，特点是：
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强调能力培养，而非死啃书本； 强调基本功培养，未来发展才能厚积薄发； 强调科学严谨，养成认真求实的习性； 强调理论联系实际，在参与解决实际问题中成长，培养创新意识。 与它们相近的另外一个版本则是，强调“三基三严”。“三基”是基础知识、基本理论和基本技能；“三严”是严肃态度、严格要求、严密方法。但与“协和育人模式”相关联的残酷的淘汰制、培养的学生少、学制长、全英语教学……这些在当时和今日看来仍属极端的做法，围绕它们的争议，一直就没有停止过。
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协和医事（协和百年纪念版） 备受争议的协和育人模式
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协和创建时实现的高标准，可以称为“Flexner模式”。协和的整套课程全部按照“Flexner模式”设置，具体元素包括：医学院与教学医院直接挂钩、全职的教学和临床工作人员、4年的住院医生体系、强调临床和生物医学研究、至少3年的医学本科预科，以及研究生培训。
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有学者曾做过这样的比较：相对于“Flexner模式”，北京协和医学院缺少的是一所大学；相对于“约翰·霍普金斯模式”，北京协和医学院缺少的是公共卫生学院[12]。
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除了以上缺憾，北京协和医学院可能是“世界上唯一的、建筑设计反映了Flexner核心元素的医学院、医院复合体”。尽管它模仿豫王府庭院，但花园长廊构成了医院、教学楼、基础研究建筑之间的物理连接。学生、教职员工的宿舍区，与毗邻医学院的校园区，构成了一个居住性的科学社区。
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“Flexner模式”在当时美国诞生的背景是：医学教育的精英主义与平民主义之争得以解决，严格的专业训练最终胜出。“一个国家、一种文明的教育之摆，正荡向另一个完全不同的国家和文明。”它从美国几乎原封不动地移植到了中国，便难免备受争议。
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入学标准？英语教学？
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对协和办学模式的争论，甚至早在1914年1月的“中国会议”就已经开始。为期两天的“中国会议”是关于中国项目的第一次重要会议，洛克菲勒基金会邀请了当时美国著名的医学家、教育家和传教士领袖。
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首先是关于入学标准的争论。中国当时医学院以下的教育，不要说是高中教育，就连大学本科的科学教育，都无法培养出协和要招收的合格学生。“上公立学校的学生，得到的是中国的经典式教育；上教会学校的学生，得到的是西方的古典式教育。无论在哪里，都很难看到学生在科学观察和运用归纳法方面得到彻底的培养。”那时，中国的高中没有系统的化学、物理和生物课程，只有对科学的一般性介绍。“这种介绍没有遵循现代科学精神，也不提倡对构成现代科学的组成内容进行敏锐观察，更不是建立在归纳法的基础之上。”
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在采用何种语言教学的问题上，也争议颇多。从19世纪最后20年到20世纪最初10年，中国的医学院主要用三种语言教学：德语、英语和中文。早期也有极少数用日语的。在“中国会议”上，针对这三种语言的利弊进行了讨论。当时，德国的医学教育体系对东方影响很大，德语是表述医学科学的两种语言之一，另一种是法语。当时的日本东京大学医学院主要用德语教学，去日本学医的中国人受的是德语教育。中国从清朝末期开始，医学教育的学制仿照日本。相比之下，英语在当时主要是商业用语。英语教学在当时的教会、政府高中及大学都很普遍。为了翻译中文里没有的医学文献，跟上科学进步，毕业生必须要受到英语教育。但掌握这样一种陌生的语言，达到能在科学工作中运用自如的水平，难度相当大。当时在中国用英语教学的医学院中，只有三所令人满意，而在生源方面，不及德语教学的医学院。
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支持用英语讲课的也有中国人。获得剑桥大学医学博士学位的伍连德强烈呼吁，讲授一门如此精确、发达的科学，一定要用英语。并不是说所有的教会医学院都要用英语，但协和医学院应为中国树立一个更高标准的医学教育榜样。
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赞成英语授课的专家认为：“受过英语训练的医生所占的比例，对于中国建立以彻底和完善的医学教育背景为基础的医学行业来说，至关重要。这些人在不远的未来，将是教师和领导，不论以后中国对医疗有什么规定，只有用英文培养出来的人，才能给中华民族传授医学的灵魂。”
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中文虽然是中国人的母语，但弊病在于，已翻译成中文的医学词汇非常有限，因此用中文讲授医学科学及其最新研究有难度。中文的医学教材和文献无法满足需求。而且中国没有医学杂志，缺少与外界的医学实践和最新进展保持联系的机制。在医学道德伦理方面的中文翻译，也相当不足。中国人到国外深造很难，很少有人受到这方面的教育。中国人有“极强的庸医倾向”，很容易采纳庸医的方法，也很难摆脱迷信观念，所以医学科学教育对中国人极其重要。
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