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韦尔奇在建校之初提到：“关键在于把中国人提高为一流的医学人才，每一个建议都必须以此为出发点。”提倡英语教学，与这一教育目标密切相关。在一个医学受到国际性关注的时代，英语对国际性科学交流来说不可或缺。但也有争议：接受英语教学的中国学生，可能会失去与大众的联系，也无法让中国医学进步。韦尔奇说：“我们最终的目标，是把中国人培养成医学教员和管理者，最后能够传承下去。”要等若干年后，才可能用中文进行全面而令人满意的“科学医学”教育。
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心胸外科的名医吴英恺读的是沈阳的医学院，毕业后到协和，先实习，后当住院医生。他这样描写一个外省青年眼中的协和：“这里绿瓦顶白栏杆，找人打灯号，见面说英语，行路带小跑，办事死规矩。”初来乍到，每次查房前他都要一个人在厕所里对着镜子背诵病历，改正自己的英语发音。
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在20世纪30年代以前，中国没有统一的医学名词和医学教材。最初的协和教师队伍中外国人占多数，不可能用中文教学。在当时的背景下，掌握好英语，才有可能学到最前沿的医学知识，进行国际交流。当时协和所用的教材、参考书，全是英文。图书馆中的绝大部分书籍和杂志，也是英文。当时的协和课堂、实验室、病人病历、病房巡诊教学和学术讨论……全用英语。即使是中国师生间的日常交谈，也用英语。
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对于“完全用英语教学”，不断有人提出异议，认为中国人应该用自己的语言表达和交流，不应让学生轻视自己国家的文化。在20世纪30年代，中国政府曾指示协和要纠正“忽视中文”的倾向。后来学校也决定要中、英文并重，但直至协和被日军关闭，这个想法也未能实现。
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虽然今日的医学生不必连病历书写、师生交谈也用英语，但也许他们能更深切地理解“英语”对于跟上世界医学的进展有多重要。一位协和医生这样描述了林巧稚在协和面对新一代医生查房时的情景：
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最能让林大夫高兴的是，查房时陪伴她的高级医生必须有如下两个本领：第一，因为林大夫英语太好了，查房时会经常不自主地说出一些英语来，你必须能准确、简要地帮助她老人家向病人解释一下；第二，林大夫有时会找不出一个合适的汉语词汇来表述自己的意思，而她又要求你非常准确地找出这个词，你必须善于捕捉林大夫的思想脉络和表达方式。
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2006年一位协和的年轻大夫参加国际会议回来，他说，最大的感触是中国的英语教育，“语言是工具，如果我们因为语言影响了和世界的沟通，那是非常遗憾的事情”。本来他觉得自己的英语水平比中国大多数医生要好，但在参加国际会议时接触36个国家的医生后，却发现与他们的英语相比，自己相去甚远。“且不说那些以英文为母语的国家的医生，菲律宾、南非、尼日利亚，这些国家的医生讲英文是非常的自然，其他一些国家的医生讲英文也比我要流利得多。表达的自然程度让我自愧不如。在马来西亚，从首相到医生，乃至到一个乡村分娩中心的医生，都可以用英文非常流利地表达。而那些来自英文非母语的国家，譬如埃及、伊朗、泰国的医生，也可以讲流利的英文，让我吃惊。”
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他非常感谢在协和接受的八年制医学教育，“我们在医学院上解剖、生化、生理、组胚、药理使用了大量的英文原版教材，虽说当时是一个痛苦的过程，却使得我们在两年内习惯了阅读英文，这也为我们后来的医学英语奠定了些基础。但是不利的是，我们学习的都是哑巴英语”。他曾看过协和1952年之前的病历，全是英文的。那时的老协和是完全用英语教学的，“但是到了解放以后，我们否定了一切，全改为中文的了”。
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漫长的八年制、残酷的淘汰制
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对于协和的“长学制”，也一直存在争议。
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虽然在今天的中国，八年制医学教育已不仅限于协和，但此前对八年制一直有反对意见，甚至1932届协和毕业生严镜清也说：“这八年制真是太长，比起别的学科和别的大学是加倍长，对于一个像我这样的穷学生，这八年更是一个大的负担。”
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一位日后进协和学习的医学生，他的学习生涯总共是20年：小学6年，中学6年，再加上大学8年。严镜清分解了他在协和读书时的八年制具体安排，“头三年是预科，后五年是医本科。三年预科主要是学数理化和生物学；还有人文科学，包括文史、社会学、心理学等。医本科的头两年是基础科，后三年是临床科，末了一年是住院实习。如果去掉预科三年（这三年学的从表面看来都与医学无关），再去掉住院实习一年，只剩下四年，学习时间实际上跟专科制一样或相差很少”。
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他建议中国“必须增设各类各级别的医学院校，有较长学制的，也有较短学制的，这样，才能满足我国各种类各层次医务工作的需要。至于将来是否有可能酌量缩短学制，而仍能保持教学质量不下降呢？我想，如果能大力充实设备，积极培训师资，用真正懂教育的人员来负责主持教育行政工作，缩短学制而又保证教育质量是可以做到的”。
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在老协和的这八年制学习中，还实行一种残酷的“淘汰制”。最明显的淘汰有两次：第一次是报考协和的学生，先读完三年医预科，经过考试，结合医预科的各门功课成绩和老师评语，决定是否能够录取进协和本部，成为医学生；第二次是进入本部后，第一年和第二年因成绩差、身体差等被淘汰的，常占入学时人数的四分之一。这期间，也有因兴趣转移、健康、经济状况和学习情况而退出医学领域的。
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惊人的淘汰率，优中选优，伴随的是学习紧张和无形的竞争压力，许多毕业生后来在回忆时都有描述，甚至有一些人用了“磨难”这个词。药理学教授金荫昌在回忆录里说，这甚至是一种无谓的紧张：“在协和，对学生的任何要求都是严格的，曾传说有某生因为考试时答错了用药剂量而被留级一年。为了显示课程水平之高，这种操之过严的措施，据传在协和各科之间大有‘你追我赶’的劲头，因而造成学生学习中无谓的紧张。”
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在协和，还有一个名词用来形容协和人的紧张生活，这就是“协和脸”。因为协和人学习紧张，压力大，久不见天日。吴英恺初到协和医院时就描述了这张“协和脸”：“住院医生的伙食完全由医院供给，一日三餐及两次茶点（下午四点及晚上十点半），质量很高，可惜由于工作过于紧张忙累，大多数人往往是食欲欠佳，甚至‘望食兴叹’。那时做住院医生，成日忙着工作和钻图书馆，久不见‘天日’，因而面色苍白，当时习惯叫‘协和脸’。”
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中国著名的泌尿外科专家吴阶平，曾在传记中叙述，自己到协和学医完全是听从父亲的安排。思想开放、早早投身民族工业的父亲认为，社会腐败不能让儿女们从政，而做医生是一种既高尚又稳妥的职业，“要想当一个有本领的医生，必须进协和”。在60多年的时间里，吴家先后有10人在协和学习、工作，成为国内罕见的名医世家。
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1942届医学生吴阶平在细菌学实验课上。吴阶平是家族中第三个进协和的人，吴家也是国内罕见的名医世家，他的哥哥吴瑞萍，弟弟吴蔚然、吴安然，分别是儿科、外科、免疫学专家。
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在吴阶平的文章《用医学生的眼光看协和》中，第一节谈的就是惊人的淘汰率：“一进校，压力便扑面而来”。他以自己的经历，描述了从进协和医预科开始到最后成为住院总医生的“宝塔尖”制度：“要想进协和，最好先进燕京大学，在医预科学习三年。1933年我考入燕大医预科，全班共有52名同学，到1936年考协和时，却只有15人被录取。进协和那年，我19岁，是全班年龄最小的。一进校，压力便扑面而来。能否在协和读下去，关键是一年级。我们上一班读完一年级后，因学习成绩不合格离校的有4人，留级的有4人。学校的意图是，对经过一年学习表明不适合学医者，早一点淘汰，有利于学生及时转入其他专业。”在叶恭绍教授后来的回忆中也提到：“一年级是个难过的关。这关就是生化学和生理学。有这两员‘哼’‘哈’二将把门，许多考上协和的同学，就是因为过不了这一关而留级或离开协和的。”
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吴阶平还回忆说：“学校对学生要求极为严格，从专业学习到言谈举止，都必须一丝不苟。每位教师手中有一份附有照片的学生名单，教师很快就熟识了每个同学。平时的实验报告、读书报告或病历记录，都要求记述准确，书写工整，交教师或上级医生批阅。考试制度更加严格，除平时考核笔试之外，有些课程要附加口试。学期终了，教师们要开会，认真评议每个学生的学习成绩、培养前途，并决定优秀生、留级生以及淘汰生名单。”在无形的压力之下，“同学们进取心很强，个个争先，力求学习好，有礼貌，准时，认真，信实可靠。学习再紧张，也注意仪表整齐地出现在教师面前”。
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协和的考试，75分是及格线，也是学生们的“生死线”。临床考试只有极少数能拿到90分，85分就很优秀了，成绩不合格的就有可能留级或被退学。这种看上去无情残酷的“淘汰制”，为的是尽可能筛选出可成为医学大家的精品，虽然淘汰标准也未必公允。
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对于那些在“淘汰”中生存下来的优秀生，协和的奖励倒也毫不吝惜，以提升他们的荣誉感。在医学生一、二、三年级结束时，每年评选出两名优秀生，免交下一年的学费100元。每年毕业班中最优秀的学生，还能获一笔高达400美元的“文海奖学金”。文海（Walter A. Hawley）是早年协和医学堂的一位美籍教会医生，他捐出全部财产作为对协和最优秀毕业生的奖励。1933届的邓家栋就用这笔奖金还清了上协和欠的债。在1929年，林巧稚也是那一届毕业生的“文海奖”获得者。当时，这笔奖学金相当于一个助理住院医生一年的工资。
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在举行毕业典礼时，还会在毕业班的下一届，即四年级的医学生中，选拔出一名品学兼优的学生，担任毕业典礼的司仪。学生司仪手持一根特殊的纪念牌，类似于乌木权杖，外形仿照周朝传统“圭”，象征尊严和权威。周朝的圭是一块白玉，一端有一个“V”字形刻痕。协和的圭，不是玉也没有刻痕，在一端有一个窄金箍，上面刻着学生司仪的姓名。每年都会制作一个新的金箍，在上面刻着当年新一任学生司仪的名字，这对于学生来说是一种极高的荣誉。学校原计划当纪念牌上套满金箍、成为一块亮灿灿的金牌时，保留在学校，作为永久性纪念。遗憾的是，当抗日战争胜利、协和医学院复校后，那块套有9个金箍的纪念牌，再也难寻踪影。吴阶平就曾经担任过司仪，他参加的是1941年的毕业典礼，名字刻在第九道金箍上。他的姐夫陈舜名也曾担任过学生司仪，姓名刻在第二道金箍上。
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