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第二次世界大战期间，协和被关闭，一群毕业生迁到了附近的天津，由他们领导的几个机构，被称为“小协和”。朱宪彝（协和毕业生，1930届）是天津医学院院长；金显宅（协和毕业生，1931届）是天津肿瘤医院创始人及院长；施锡恩（协和毕业生，1929届）创办了天津第一家泌尿学实验室，包括中国首批血液透析实验室。
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在上海，协和毕业生大多汇集在上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）。放射学的荣独山（1929届）、微生物学的林飞卿（1932届）、外科的熊汝成（1936届）都先后在中山医院当了很长时间的院长。
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在广东，李廷安（1926届）当过岭南医学院院长，汤泽光（1929届）成了夏葛医学院院长，这些机构组合起来成了20世纪50年代的中山医学院，由陈国桢（1933届）担任副院长和教务长。
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1949年之后，有四分之一的协和毕业生离开了中国大陆。曾在国民政府国家卫生署工作的数位迁到台湾后，创建了“国防医学院”。1970年初，大约有20名协和毕业生，包括几名护士活跃在台湾的医学机构。其他则加入了世界卫生组织，或在美国继续从事医学工作。
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在北京，许多医学院、大医院的负责人都来自协和：阜外医院的吴英恺、儿童医院的诸福棠、皮肤病研究所的胡传揆、妇产医院的林巧稚、积水潭医院的孟继懋……中华医学会的许多专家也来自协和，中国的主要医学杂志多由协和毕业生创办主编。
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1950—1980年，尽管在反右、“文革”时期遭受迫害，协和毕业生仍在中国的医学教育与研究领域起着主导作用，他们担任着中国主要医学院的院长、系主任、医院院长以及医学专业期刊的创办人。在20世纪50年代，中国12个主要医学院的领导都是协和毕业生或前教员。40%以上的协和毕业生都是医院的管理者。他们并没有接受过正规的医院管理培训，他们的医院也远没有协和医院那样的条件。比如，中国热带医学奠基人钟惠澜（1929届），建立了北京友谊医院，并在这所医院建立了北京热带医学研究所。
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1958年成立中国医学科学院时，其8个研究所中的6个都由协和毕业生担任领导。中华医学会也是以协和人为主要骨干。1962年出版的《中华医学杂志》，其26名编委中有19名是老协和的教师及毕业生。1955年当选的9名生物医学院士中，有7名是老协和的教师及毕业生。
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超越协和校园围墙
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协和发散意义之三在于，提高中国民众的健康，除了培养坐堂医生之外，预防医学、公共卫生的措施也举足轻重。老协和很重视公共卫生事业的开创，培养了一批公共卫生人才。他们的发散意义已非简单的坐堂医生数目所能比。最具有“协和特征”的两个公共卫生概念是（详见第三部分）：第一，将公共卫生融入对医学生的教育中；第二，县级卫生保健三级网服务体系。协和对中国卫生保健事业最卓越的贡献当数后者——1929年毕业的陈志潜所创建的定县模式，打造了中国最初的“三级卫生保健网”，诞生了中国最早的“赤脚医生”。虽然在1951年之后，因为多种原因，协和对公共卫生的影响开始削弱。与民国政府有关的大多数重要人物都去了台湾或世界卫生组织，比如刘瑞恒、林可胜、朱章赓等；一些相对年轻的协和公共卫生系毕业生也在世界卫生组织工作。
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发散意义之四在于，协和培养了2 000多名进修人才，数目相当于本校毕业生的7倍。甚至在20世纪30年代，教育部正式指示协和建立“医学进修学院”，后因抗日战争全面爆发而搁置。
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为医学传教士和中国医生开办继续教育课程，是协和一项重要的贡献。很多教员和研究员坚持参加协和的短期研究生培养项目，协和还邀请客座教授给研究生授课。从一封刊登在《山西汾州教会医院杂志》的信件中，可以看出这些课程的影响力：
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国内可能意识不到，有一个地方对中国医生进行专科训练，从而使教会医院临床得以专科化。这对教会医学是多么大的福祉！这样，病人可以得到更加专业的治疗，医院的名声会更好，员工管理工作的许多难题得到解决。中国医生的效率大大提高，可以分派给他们承担额外的责任。这还意味着虽然越来越多的中国医院在兴起，教会机构仍可以长期受人尊敬。另外，医生还可以通过邮件获得专业实验室诊断，还可以在北京接受短期和长期的毕业后教育。
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很少被提及的发散意义之五在于：在协和工作后返回美国的医生和教授，也大多成了美国医学界的领袖。他们向周围的人及公众提供了大量关于中国的信息。很少有人能想到，协和同时也成为培养美国医学界领袖的沃土，护理学院也培养了同样重要的领导者。这些人，使得协和成为国际医学教育领域的成功典范。
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协和医事（协和百年纪念版） 一个古老的命题：如何做一位好医生
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晚年的吴阶平，经常在各大医学院做一个演讲：如何做一位好医生？这是一个古老的命题。吴阶平把自己的思考凝结成演讲内容，成了许多医学新生的指路航标，意义可类比于100年前奥斯勒对约翰·霍普金斯大学的那些医学生们的演讲。
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奥斯勒在1903年演讲《行医的金科玉律》时这么说：“行医是一种艺术而非交易，是一种使命而非行业。在这个使命当中，用心要如同用脑。”而他在此前10年出版的《医学原则与实务》，早已是风靡全世界的医学教科书。他说过许多和医生职业有关的妙句：
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从每个病人身上，才可以看到医学的奇妙与特别，而不是从病人的表征上来寻求这些。
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要从生命的诗句上来鼓舞我们每天例行的诊疗工作。
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要从日常病房工作中接触的平凡人身上，感受他们的爱和喜悦，他们的忧伤与悲痛。
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晚年的张孝骞支持协和医科大学新开的“医学概论”课程，亲自为那些刚进本科的学生讲课，其中就包括这个古老的命题：如何做一位好医生？
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60年行医经验第一条：戒、慎、恐、惧
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哈尔滨医科大学内科的傅世英教授，从盛京医科大学毕业后，于1950年来到北京协和医院，在张孝骞身边进修了两年多的心血管内科学。在这两年多的时间里，他学到的不仅是张教授的精湛医疗技术，更为他的严谨治学精神和医德所感染。傅世英日后回忆这段岁月：“不仅使我的医疗技术上了一个台阶，也使我明白了许多行医做人的道理。”
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在今天，因为价值体系的边界日渐模糊，如何成为一位好医生这个问题，似乎需要分解成三个更具体的问题：如何做一位医生？如何做一位好医生？如何做一位医学家？但在老协和，其实是一个简单的问题：如何做个好医生。
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