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孙先生躺在车中，面容憔悴，说明他的病已经是很重了，但是他不同意我的安排，他说：“我是为了学生们，为了民众而来的，请不必担心，学生挤着我也是不要紧的。”真出乎我意料，车进扬旗，学生的秩序立时就自动整理好了。每个人都严肃而恭敬地站在那里，一动不动，也没有一个人说话。
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1925年1月21日，孙中山病情恶化。一位来自东交民巷的德国医院的护士被派往北京饭店护理。后来，这位护士对《工人日报》记者回忆：
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每天清晨，我一跨进病房，中山先生就很有礼貌地对我说：“早安！”傍晚，当我离开病房的时候，中山先生也要说声：“晚安！”每次量体温、试脉搏或是喂药以后，他都要说：“谢谢你！”有一次，他烧得唇干舌焦，我用药棉蘸凉开水润他的嘴唇。这时，他虽然难受得两眼睁不开，也不能说话了，还合掌向我表示谢意。
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有人建议孙中山住到东交民巷的德国医院去，离北京饭店不远，但被孙中山拒绝了。他说：“东交民巷是租界，我不去！”最后，他选择了协和医院。
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1925年1月26日，因和段祺瑞反复争议，孙中山的病情加重。体温骤跌急升，无规律，入院前已不能进食，反复呕吐使他更加憔悴疲惫。
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下午3时，入院，外科专家兼协和医院代理院长刘瑞恒与孙中山家属、亲友商定，进行剖腹探查。经孙中山同意后，宋庆龄在手术协议书上签字。
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下午6时，由刘瑞恒主刀进行剖腹探查术。打开腹腔后，眼前情景令医生们大吃一惊：肝脏表面满布大大小小的黄白色结节，整个腹腔的脏器粘连扭结。符合晚期癌症多处转移的诊断。主刀刘瑞恒在肝脏表面切下几块组织，送病理检查，病理活检号为S-6825。病理由当时的高年资讲师、后来的第三任病理科主任胡正祥完成。
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《哀思录·总理葬事筹备委员会关于孙中山病状经过情形报告》（1925年）记载了这一天发生的事情全过程：
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至26日上午，协和医院外科医士复往诊治，知形势益恶，决为危殆，当经商之宋夫人及左右，亦不能决，最后及迳请先生自决，先生慨然允之。由是先生遂于是日下午三时，以担架由北京饭店移入协和医院施行手术……手术后移入301号病房。
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2月3日，德国医生克礼、美国医生泰尔、协和医院代院长刘瑞恒，将实情告诉孙中山，“孙先生听之甚为安静，而精神倍增勇敢”。
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2月6日，协和医院开始用镭锭治疗，以减轻孙中山的病痛。
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2月7日，上海《民国日报》有文章说：“是日，先生安慰宋氏谓：余诚病，医者亦诚无如余此病何！但余所恃以支持此身者，夙昔即不完全恃医，而恃余自身之勇气。余身信余之勇气必终战胜此病，决无危险。”
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2月17日，刘瑞恒代表协和医院院方，致函宋庆龄及国民党人士，发出病危通知书：“孙先生入本院即发觉为肝癌末期，为不治之症！……病情已从不好至极不好！……认为孙先生之在存，为无希望矣……”
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2月18日，镭锭治疗40多个小时仍无效果，西医至此已经绝望。“先生以在院既受西医诊视，而阴服中药，是不以诚待人也，坚主出院始服中药，乃决议出院，迁居行馆”。这一天，孙中山自协和医院移往铁狮子胡同23号原民国外交总长顾维钧住宅，用中药治疗。
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3月12日，“晨一时，即噤口不能言。4时30分，仅呼‘达龄’[19]一声，6时30分，又呼‘精卫’一声。延至上午9时30分，一代伟人，魂归天国。”
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1925年3月12日孙中山病逝后，遗体被运回协和医院，由高年资讲师保罗·史蒂文森负责做防腐处理。第二天，由当时的病理系主任詹姆斯·卡什负责进行遗体解剖，限于胸腔和腹腔。对取出的器官进行病理分析，其余送协和医院焚化炉火化。最后的尸检报告为：胆囊腺癌。癌细胞侵入肝体阻塞胆管，并向肺、腹膜及肠广泛性转移。另有，肺水肿及陈旧性胆囊结石。
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孙中山的遗体，在协和医学院的大礼堂举行了基督教式追悼仪式，后来又转至中山公园，再送西山碧云寺停放供人凭吊。1929年南京中山陵落成后，移葬。在此期间的遗体防腐工作，仍由北京协和医院负责。
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孙中山的葬礼在北京东单三条的协和大礼堂举行，礼堂外人山人海。
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抗日战争爆发后，存放在协和医院的孙中山病理标本和“北京人”的古化石一样，引起了日本人的极大兴趣。两者后来都从协和医院消失，下落不明。
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现在的北京协和医院，还保留着一份13页的报告，英文，编号9954，上面的名字是“孙逸仙”，报告中有几张器官标本的照片。从当时拍摄的照片中，可以清晰地看到那遍及肝脏全体的大小不等的浅颜色结节。中国历史博物馆的技术人员曾来协和医院病案科，对这份病历纸张的质地、薄厚、颜色等指标进行了鉴定。但这份孙中山的病历并不完整，只是整个病案的一小部分。
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在协和医院病案室工作了几十年的马家润回忆说：1942年，日本曾接管过一段协和医院，大概是3月2日那天，经当时协和图书馆一个叫赵亭范的工作人员之手，日本人把孙中山病理检查标本、肝脏检查的一个标本一并拿走，只留下了个两张名片大小的白卡纸写的借条，但那张借条后来也丢失了。从创立至今，协和的病历没有一份被销毁，但却丢失过一些，尤其是名人病历，容易被偷或被借。
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很长时间以来，外界一直认为孙中山死于肝癌。1999年，海峡两岸学者交流孙中山先生的历史事迹时，参加研讨会的协和医院医生们展示了这份仍保留在协和的孙中山尸检病理报告，揭示了孙中山死于胆囊癌的真相。这让与会的学者们很是惊讶。
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