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3月12日，“晨一时，即噤口不能言。4时30分，仅呼‘达龄’[19]一声，6时30分，又呼‘精卫’一声。延至上午9时30分，一代伟人，魂归天国。”
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1925年3月12日孙中山病逝后，遗体被运回协和医院，由高年资讲师保罗·史蒂文森负责做防腐处理。第二天，由当时的病理系主任詹姆斯·卡什负责进行遗体解剖，限于胸腔和腹腔。对取出的器官进行病理分析，其余送协和医院焚化炉火化。最后的尸检报告为：胆囊腺癌。癌细胞侵入肝体阻塞胆管，并向肺、腹膜及肠广泛性转移。另有，肺水肿及陈旧性胆囊结石。
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孙中山的遗体，在协和医学院的大礼堂举行了基督教式追悼仪式，后来又转至中山公园，再送西山碧云寺停放供人凭吊。1929年南京中山陵落成后，移葬。在此期间的遗体防腐工作，仍由北京协和医院负责。
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孙中山的葬礼在北京东单三条的协和大礼堂举行，礼堂外人山人海。
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抗日战争爆发后，存放在协和医院的孙中山病理标本和“北京人”的古化石一样，引起了日本人的极大兴趣。两者后来都从协和医院消失，下落不明。
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现在的北京协和医院，还保留着一份13页的报告，英文，编号9954，上面的名字是“孙逸仙”，报告中有几张器官标本的照片。从当时拍摄的照片中，可以清晰地看到那遍及肝脏全体的大小不等的浅颜色结节。中国历史博物馆的技术人员曾来协和医院病案科，对这份病历纸张的质地、薄厚、颜色等指标进行了鉴定。但这份孙中山的病历并不完整，只是整个病案的一小部分。
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在协和医院病案室工作了几十年的马家润回忆说：1942年，日本曾接管过一段协和医院，大概是3月2日那天，经当时协和图书馆一个叫赵亭范的工作人员之手，日本人把孙中山病理检查标本、肝脏检查的一个标本一并拿走，只留下了个两张名片大小的白卡纸写的借条，但那张借条后来也丢失了。从创立至今，协和的病历没有一份被销毁，但却丢失过一些，尤其是名人病历，容易被偷或被借。
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很长时间以来，外界一直认为孙中山死于肝癌。1999年，海峡两岸学者交流孙中山先生的历史事迹时，参加研讨会的协和医院医生们展示了这份仍保留在协和的孙中山尸检病理报告，揭示了孙中山死于胆囊癌的真相。这让与会的学者们很是惊讶。
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协和医事（协和百年纪念版） [:1700792814]
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协和医事（协和百年纪念版） 梁启超：《我的病与协和医院》
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1926年5月的《晨报副刊》刊登了一篇文章《病院笔记》，作者是梁启超的弟弟梁启勋，记载了梁启超在协和医院看病的经过。此时距离梁启超手术后出院，约一个月。
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那年3月8日，梁启超因尿血症入住协和医院。他得病多年，家人曾屡劝就医，但他总嫌“费事”。后来，他怀疑自己得的是癌症，终于同意检查一下。经X光透视，医生发现右肾中有一黑点，诊断为瘤。
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梁启勋问主治医生：“不一定是癌吧？”
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医生答：“不一定不是癌。”
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“怎么治？”
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“全部割除。”
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手术后解剖此肾，果见其中有一大如樱桃的黑点，但却不是癌症。病人尿中依然带血，且检查不出病源所在，于是复诊为“无理由之出血症”。此后梁启超于4月12日出院，在医院计35天。
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梁启勋的《病院笔记》，表面上看是在讲哥哥在协和医院的诊断治疗经过，字里行间却是对西医的失望之情。
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在入住协和医院前，有不少朋友反对梁启超做这一手术。他也曾经看过中医，当时，被誉为“四大名中医”的肖龙友，诊断说“这病不是急症”，不就是尿里有血吗，“任其流血二三十年，亦无所不可”。在协和外科做完手术割掉一个肾，得出的结论也仍是“无理由之出血症”。
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梁启勋说：梁启超“辛苦数十日，牺牲身体上之一机件，所得之结果，乃仅与中医之论相同耶。中医之理想，虽不足以服病人，然西医之武断，亦岂可以服中医。总而言之，同是幼稚而已”。
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还原梁启超此次就医的前后经过，大致如下。
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1926年年初，梁启超因为尿中带血数年，先去了北京东交民巷的德国医院检查，半个月内做了全面检查，排除了结石和结核，但由于医学检测设备不足，最终无法判断病原病因。出院后，梁启超尝试使用中药，未见效果。但因怀疑自己患癌，梁启超决定到协和医院做彻底检查。协和医院拥有当时世界上最先进的医疗器械，已可进行X光透视检测等。借助器械，很快查明他的膀胱和尿道一切正常，继而怀疑是肾的问题。先是验出两肾的排泄功能左强右弱，进一步化验，发现左肾排泄物“其清如水”，右肾排泄物带血。于是，推测尿血原因在右肾。X光透视后，发现右肾有一个樱桃大的黑点。多位专家认为那右肾的黑点是肿瘤，是可能导致尿血症的病因，建议手术。
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