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1941年，日本与美国关系越来越紧张，为了使“北京人”化石不被日军抢走，当时只有三种选择：一是把化石运到抗日战争期间的大后方重庆，二是留在北京找一个妥善的地方秘密收藏，三是想办法送去美国暂时保管。第一种办法路途太遥远，安全无法保证，第二种也太危险，怕发生意外。于是决定采用第三种办法，虽然在挖掘周口店时，中美双方曾经订有这么一条协议：不得把发现的人类化石带出中国。
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日后胡承志回忆道：“化石被装在两只没有上漆的白色大木箱里，一大一小。大的长48英寸、宽22英寸、高11英寸；略小一点的木箱长45英寸，宽和高均为22英寸。”“我将化石从保险柜里一件件取出，给每件化石都穿了6层‘衣服’：第一层包的是擦显微镜用的细棉纸；第二层用的是稍厚的白棉纸；第三层包的是医用吸水棉；第四层是医用细棉纱；第五层包的是白色粉莲纸[20]；第六层用厚厚的白纸和医用布紧紧裹住。”根据《时代周刊》的描述，这两个箱子共装了“‘北京人’的6个头颅、半打的下颚骨、100个牙齿，还有一些手臂和腿的碎片”，分别写上了A、B字样。
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这两只箱子被送到协和医学院总务长的办公室，秘密移交给了即将离开北京回国的美国海军陆战队。12月5日，美国部队乘火车离开北京，前往秦皇岛，搭乘美国轮船“哈里逊总统号”，预计1941年12月8日起航。但是就在前一天，日本偷袭美国珍珠港，太平洋战争爆发，这条船被日本人击沉于长江口外。负责携带这批化石的负责人，在秦皇岛被日军俘虏。从此，这两箱珍贵的化石下落不明。
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1941年“北京人”化石匆匆离开北京，本是因为中国政府担心它的考古价值会终结在日本人手里。后来，控制了北京的日本军队，还是又对“北京人”化石进行了一次大搜查。30多名日本士兵，花了4天时间搜查了协和医学院的解剖楼，从地下室一直搜查到天花板，结果是“根本没有”。
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在日军占领了协和医学院后，曾经引起世界瞩目的辉煌达10年之久的新生代研究室无法继续工作，在1942年初解散了。化石没有了，但“北京人”遗址图保住了。在枪口之下，和裴文中一起挖掘周口店的考古学家贾兰波，从协和医学院里偷出了“北京人”遗址图。他用很薄的半透明的棉纸，将1︰50的原图描摹下来，然后攥起来揣在兜里，像手纸一样，偷偷带回家。之后，再按比例缩成1︰100的图。他还偷偷地把周口店发掘的照片底片夹在书里带出来。
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两箱“北京人”化石的突然丢失，再次震惊了世界。一位叫安得思（Roy Chapman Andrews）的古生物学者说：“北京人”是整个人类演化历史上堪称最重要的发现。不知道有多少人类学家为此扼腕叹息。
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有人认为“北京人”头盖骨还在美国人手里，也有人认为头盖骨埋藏在日本皇宫底下，还有一说可能随日轮“阿波丸”沉没在中国海域内。1952年1月的美国《时代周刊》则猜测：“还有一种可能是这些骨头被中国农民碾磨成粉，然后吃了，因为他们管这些来自地下的化石叫作‘龙骨’，很长时间以来在中药里都是一味重药。”
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1966年，挖出第一块“北京人”头盖骨的裴文中已经62岁，他再次主持了在周口店的“北京人”发掘工作。关于“北京人”化石的新发现，再次轰动了世界，也算是弥补了两箱“北京人”化石丢失的缺憾。直到1980年，76岁的裴文中仍念念不忘那两箱丢失的“北京人”化石，他写信给当年曾赞助周口店考古的洛克菲勒基金会，希望能在有生之年找回它们。只是直到现在，仍旧没有人能回答那两箱“北京人”化石在哪里。
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协和医事（协和百年纪念版） 56个小本和百宝箱
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关于马寅初夫人看病的故事，有不少媒体报道过，张孝骞把看似不相干的隔了30多年的两件事联系在一起，然后做出了准确的诊断。
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早在20世纪30年代，张孝骞就曾抢救过马寅初夫人。她当时因为难产引起大出血，请协和医生到家中诊治。30多年后的60年代，马夫人得了外人看起来“奇怪”的病：一感冒就休克，别的医院诊断为肝炎。
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当张孝骞参加她的会诊时，清楚地回忆起30多年前的那段病史，并推断难产有过大出血，会引起脑垂体坏死，导致脑垂体功能减退。因此，就造成了甲状腺、肾上腺等内分泌不足和应激反应的缺陷，在受到紧急感染时，就会发生休克。她的阳性血清浊度试验，正是甲状腺功能减退、血脂质增加的结果。病史和临床症状一联系，他准确地做出了诊断，马夫人患的不是肝炎，而是席汉氏综合征。
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在张孝骞的晚年日记中，也提到这件事：
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1982年5月22日，星期六，晴，下午阴，远处似有阵雨
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全日未赴院。下午3时赴北京医院参加马寅初的遗体告别仪式，其夫人王仲贞尚认识我。50多年前她临产大出血，几濒于危（马说，处于死亡的边缘），我为之输血。60年代初期我在门诊为他诊断Sheehan综合征（以前在他院未诊出，感染后休克，误诊为中毒性休克），给了她替代治疗。
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还有一种民间传说，是讲张孝骞当天诊治马寅初夫人时，并未回忆起她产后大出血的事情，而是回到家，翻出了压在箱底的30年前记录的病例小本，才发现了这段记录。
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张孝骞随身携带的小笔记本，是他一生为医的典型道具，几乎成了这位“一生别无所好，唯一喜爱就是诊治病人”的内科专家形象的一部分。几十年来，他无论到病房或是看门诊，总是随身带着一个小记事本，上面记着病人的姓名、病历号码、主要诊断和特殊病情。如果下次再到病房，一定要再查询已看过病人的情况，直到病人出院为止。凡他认为重要的病人，还要求主管医生将出院随诊的情况告诉他。
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张孝骞一生并没有留下鸿篇巨制，但随身携带的小笔记本倒是积累了很多。“文革”中，他的宝贵财富——50多本写有密密麻麻病案资料的小本，随着三次抄家荡然无存。“文革”后，他重又拿起笔记录，即使在右眼已经失明、左眼一尺以外已看不清人影的情况下，还要靠着药物维持视力继续记录，总数达56本。此外，还有一些零散的纸片记录，加起来他差不多记有1 000多个病历。
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晚年时，许多人建议他整理一下这些小本，以供后辈学习。但是当他准备动手整理这本谦恭的《临床拾零》时，却生病了，最终没能完成。张孝骞的学生鲁重美在《难忘一事——回忆我的导师张孝骞教授》中描述了这56个小本和4盒卡片：
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整理张老的遗物时，我又见到了那些我所熟悉的小本本，那是张老亲手记下的一些复杂、疑难病例，多附有随访结果及有关文献的出处。密密麻麻的字迹，凝聚着张老的心血和汗水……身边的桌子上堆放着4个大小不等、质地不同的盒子，一个旧铁盒，一个长木盒，两个厚纸板做的鞋盒，里面装满了张老长年积累的文献摘录卡片，英文的、中文的，分门别类，井然有序。新旧卡片参差码放，泛黄的、褪色的、毛边的旧卡片是老人早年从医生涯的艰辛写照，而更多的新卡片却展示了老人永不满足、不断向医学领域冲刺的不倦精神。只有科学的天平才能平衡——一头是不起眼的小本本和几盒外表破旧不堪的文献卡片，一头是协和泰斗、医学巨匠。
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张孝骞常对年轻医生讲如何正确对待书本知识：“书本知识到底是间接经验，其中不少仍需要实践的检验，有的甚至不可靠。在医学的发展过程中，旧的理论被推翻，新的知识加入，新陈代谢，永无止境。所以书本无论多新，总是落后于现实。尽信书，不如无书。”他的56个小本，就是自己身体力行写成的关于实践的书。这些小本见证了他怎么积累学识、丰富经验和锻炼敏锐的洞察力，还有今日难得的，对病人的爱护。这些小本简朴的形象，向后辈印证着他自己是如何理解“不要只做看书的郎中，要临近病人的床”。在他的影响下，后来协和内科好几位专家也有着记小本的习惯。
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读张孝骞的小本，还能看出他在临床工作中的一个特点，就是非常注意随诊病人，总结经验教训。协和内科专家贝濂，是张孝骞的学生，她说：“张老十分重视追查病人，在查房时看到一些特殊或疑难病例，他常常会指出以前有过类似的病人，还记得大约是哪一年，在哪一个病房，是哪位医生管过一个病人与此类似，可以借鉴。有时连主治大夫本人都已忘记了，张老却记得很清楚，并且常在几天后把病人的姓名、病历号找出交给主管大夫参考。这样的事屡见不鲜。”
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在1985年7月6日的日记中，张孝骞整理自己的小本时，也再次提到对病例随诊的问题。不过，这回更多的是遗憾。
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