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当时的中国大学存在着普遍的管理问题：对中央政府的权威有很强的依赖，一些学校的领导缺乏管理经验，财政上缺乏稳定的来源……医学院也一样，全国每37 500个人只能配1名医生。战争破坏了医学院的校舍和仪器设备，学校经费不足。中国医学教育发展的最大障碍是缺乏合格的教师，在当时的28所医学院校中，只有不到1 000名教师。
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董事会对中国的情况再次进行了评估，认为当时中国所需的医学援助过于庞大，这会耗尽任何一个私人基金会的全部资金。4.5亿人的医疗需求和恶性通货膨胀、硬性规定的汇兑率，会使在中国的资金投入效率大打折扣，必须用有限资金投入，换来相对更大、更持久的效果。基金会希望在中国扶持医学教育、预防医学，这个目标已通过协和医学院实现了一部分。
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截至那时，协和医学院虽仅培养了约170多名护士，300多名医生和2 000多名进修生，但以“小、精、尖”闻名于世。协和已成为中国医学专业教育高质量的象征，“协和人”也成为医术、医德双重高峰的典范。当时中国迫切需要的是医学教育，而基金会能对中国作出的最大贡献是，集中力量重振“协和医学院”的威名，将资源集中于协和这样一个高标准的机构，来推动中国的医学教育。这是一个明智和经济之举。基金会对充当桥梁与试验田的协和医学院寄予厚望，期待它能产生新的历史意义。
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一个意外的决定，一笔1 000万美元的捐赠
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基金会的第二个重要决定是，解决协和医学院的“老大难”资金问题，以便终止对协和的财务责任。当初洛氏驻华医社独立出去时，基金会就拨款1 200万美元作为它的本金，但它的收入不足以维持协和的开销，多年来，洛克菲勒基金会一直在补贴。
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1947年，基金会召开了一个有关中国问题的董事会特别会议。为说服对此项拨款将信将疑的董事们，70多岁的洛克菲勒二世出席了这次会议，相当引人注目。虽然此时的洛克菲勒二世在法律上已不是基金会的董事，但他“不动声色、巧妙地，一次又一次把议题拉回到这件事上”。最终，一次性捐赠1 000万美元的提议获得通过。当天，洛克菲勒基金会的档案中如此记载：
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洛克菲勒基金会今天捐赠了1 000万美元给洛氏驻华医社，用以支持北京协和医学院。这一数目使得基金会自1915年以来对洛氏驻华医社的捐赠总数达到44 652 490美元。其中，9 804 999美元用来支付土地、建筑及设备费用；12 849 491美元用于维持学校每年的开支；2 200万美元给中华医学基金会作为本金。这总计4 500万美元，是洛克菲勒基金会历史上给一个单独项目的最大一笔捐赠。
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今天对此表决时，基金会希望记录在案，这将是它对中华医学基金会最后的捐赠。在基金会看来，它已经完成了1915年在中国创办一个医学院的任务。未来协和医学院开办新科系或支持现有项目的经费，将有赖于协和的其他朋友们了。洛克菲勒基金会（的资助）到此为止。
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这最后一笔的1 000万美元捐赠，是一个意外决定，它几乎是洛克菲勒基金会1947年所有预算的一半，也是其历史上最大的一笔支出，超过了许多美国的医学院。从1939年起，洛克菲勒二世就不再担任基金会的董事，但在与中国相关的事情上，他的观点总是占上风。在这次会议上，他表示支持拨款，并将数额增加到1 000万美元，以保留并扩大北京协和医学院。
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当时持反对态度的基金会领导雷蒙德·福斯迪克在基金会的年度报告中写：“这真是一个奇怪的时刻……在一个不幸的国家，为现代医学的发展进行新的投资。”不过，他还是肯定了基金会创建协和的历史缘由：不仅在中国推进了现代医学的发展，而且在远东地区建立起科学医学和归纳推理的价值观，这是美国能给中国的最好礼物。
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复校之后的协和
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李宗恩被任命为协和复校后的校长，此前他曾在协和医学院任教14年，1937年越过多道军事防线来到中国西南部，筹建了贵阳医学院并担任院长。他一回到北京，便着手筹办这一耗时费力的复校任务。
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当时，管理协和财务的最大困难是外汇汇率不稳定。协和建立之初，不到一个银圆可换1美元，到了40年代，要用2 480银圆兑换1美元。对这段时期的协和来说，计划和预算是每个月的必做工作，这是美国医学教育中从未碰到过的开支状况。“世界上没有任何一家医学院的预算，像协和医学院的预算那么复杂。”
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胡适在给洛氏驻华医社的信中，希望协和立即复课：
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现在建筑物都已腾空。我们怎能任其闲置？……以前人们批评协和医学院过于富有，员工和学生都过于舒适，离中国的现实生活太远。假如我们推迟复校直到可以重建战前的工作条件，而其他人却在同一时间正在不利的条件下进行教学和救治，那么协和医学院不能面对逆境的责难，就真的有了事实基础。
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北京协和医学院正式复校开课时，人体解剖学是靠从北京大学“借来”的两具尸体开课的，显微解剖学幻灯片则是从散落在楼内各处的杂物堆中找回的。复校后的协和，像一块磁石吸引了散落在各地的协和人重新回家，他们的归来使得协和迎来了历史上的“白银时代”。之前的1917年到1942年，是协和历史上的第一个“黄金时代”。
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聂毓禅带着50名学生和教师，离开成都经过1 900公里的跋涉，回到北平，开始为秋季重开协和的护理课做准备。林巧稚则于1948年5月回到协和妇产科。
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1948年秋，张孝骞从湘雅重返协和，担任协和医院的内科主任。展现在他眼前的协和，除了绿色琉璃瓦下的建筑群依旧，人员设备都已残缺不齐。内科只有15张病床，各实验室的仪器设备空空如也。他和内科副主任一起到各个库房仔细查找可用的设备，把已经拆散的仪器拼凑起来继续使用。
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像第一个“黄金时代”一样，复校之后的协和不希望降格为“通用标准”的牺牲品。基金会坚持教学质量高于一切，这比扩大招生或者增加短期培训班都重要。医学生能否走完8年的求学道路，很大程度上由学生的品格和能力决定。医学院的教员应当全职教学，从制度上保证他们全身心投入教学和临床工作，不得在院外开业，不允许从院内病人身上接受好处。此外，继续邀请国外医学教育家担任客座教授。
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1946年9月6日，协和护校学生回到北平。前排中间是聂毓禅和胡适。
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1949年10月9日是返校日，应、往届毕业生及老师在协和医学院第一次复校后团圆，他们热情充溢心中，期盼重铸协和辉煌。前排中间为李宗恩。
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值得一提的是，协和这次复校时，除3人外其他教员均为华人，大多曾受教于协和医学院，其中16名是以前协和的毕业生。在协和办学之初，主要是外籍教师，并招聘一些留学回国的、高素质的中国第一代医学科学家和医生。这次复校，教师团队已逐渐由协和自己培养的第二代人才组成。他们经过多年的住院学习、海外留学、回校担任初级教员，已经成为各系领导：内科的张孝骞、妇产科的林巧稚、儿科的诸福棠、病理学的胡正祥、生理学的张锡钧、外科的吴英恺……那曾经挑战、磨炼也滋养了他们的协和文化，即便在严酷坎坷的环境中，也在学生身上继续传承着。那时的学生在半个世纪后回忆，协和仍尽可能提供苏格拉底教学法、导师制、严格的实验室培训，“教我如何学习、如何思考、如何想象”。