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1949年北平解放，协和医学院因情况特殊，没有立即被新政府接管。学校的美国高级职员回国述职。
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从1949年到1950年，李宗恩仍然在管理着协和医学院。他甚至作为科学协会的代表之一，出席了中国人民政治协商会议。李宗恩在给纽约的一份报告中说，新政府，包括高层官员充满困惑并犹豫不决，缺乏处理城市问题的经验。在他看来，新政府尚未对管理协和这样的机构做好准备，有意推迟对协和作出政策性的决定。
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1950年，协和医学院和护校均招收了25名新生。校舍外部重新刷漆，签订了全年的购煤合同，购买并安装两台新锅炉的计划已提交至董事会。下一年度60万美元的拨款已获认可，包括官方要求的，将工资总额的2%拨给新成立的医学院工会。但中美关系变化和破裂的速度，远超想象。
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1950年11月，朝鲜战争爆发。当时，正在美国述职的4位协和美国职员，取消了回北京的船票，辞去了在协和的职务。娄克斯在给李宗恩的信中说：“美国人从你们中间销声匿迹，或许正是塞翁失马焉知非福。”
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1950年12月18日，美国财政部正式冻结了所有与中国有关的金融业务以及与中国有关的银行账户。娄克斯在美国寻找着给协和汇款特别许可证的可能。
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1951年1月23日，李宗恩给洛克菲勒基金会发去电报：“1月20日本院收归国有。”这是来自协和的最后的直接沟通。合作自此戛然而止。
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1951年1月20日，协和医学院、协和医院由中央人民政府教育部和卫生部全部接管，仍由李宗恩担任校长，学校的组织结构和规章制度不变。经费由教育部拨，教职工原职原薪，学生可领人民助学金，校名改为“中国协和医学院”，协和医院定名“北京协和医院”。
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这一天距离洛克菲勒二世第一次来中国参加协和的开幕典礼，差不多是30年的时间。年近八旬的洛克菲勒二世给长期任职协和董事会秘书的福梅龄（Mary E. Ferguson）去信：
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我与你一起深感遗憾，北京协和医学院应该已经脱离了洛氏驻华医社的怀抱，被北京政府接管……我们不应该认为，这所学校的用武之地提前终止了，不如说这只是换了一种管理，很可能会对其理念和标准带来某些限制。但我们又如何能说这不是上帝的安排，以实现缔造者们的意愿呢，虽然这与我们萦绕在心的方式完全不同。让我们盼望、祈祷，并相信所有的一切都将臻于至善。
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之后，模仿苏联隶属于各工业部的、仅关注研究和技术的专门院校教育，开始在中国风行。曾在中国扎根的美国“文理科学院与综合大学模式”被取而代之。中国的“约翰·霍普金斯”，也面临同样的命运。20世纪50年代初期，在采取了苏联的教育模式后，公共卫生教育竟从协和的医学课程中消失了，因为在苏联公共卫生只是一个技术工种，层次较低，公共卫生学校在创建时就与医学院校没有关联。
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1952年，协和医学院变成了一些人反对美国医学科学的狂热之地。一份来自政务院政文字119号的命令，决定了协和移交军委：“为加强国防建设，决定自1952年1月1日起，中国协和医学院划归中国人民革命军事委员会建制。”
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1952年，全国护理教育被纳入中专学校，协和的高级护校停止招生，改用中文授课。第二年，协和医学院的护理学校全部结束，许多护理教员离开协和，被安排到附近的医院。曾经让聂毓禅在战时来回颠簸共4个月的艰难迁徙办学，也并没有保住协和的护理学校。多年后，聂毓禅回忆起来，仍觉遗憾：
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我对每个运动虽都不甚理解，但我重视它们的意义，也从中吸取到不少教益。唯独对取消全国唯一的高级护理教育，我百思不解，深感痛心。我国的护理事业在医学界本是薄弱的一环，不但人数不足，质量更跟不上需要。本来我希望在接管协和护校后，能在培养高级护理人才方面做出一点贡献，效劳祖国。在大动荡的岁月里，无论什么情况，都没能动摇我坚定的意志。谁能料到我10年的挣扎却成泡影，高级护校竟断送在我的手中，实为终身憾事。
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高水准的护士教育突然中断，直到1983年才开始逐渐恢复。这样的命运很快也落到医学院身上：1953年协和医学院停招医学生，改为“为全军培养高级师资和提高部队医务干部水平”，向干部进修学院过渡。1957年，协和二度停办。
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协和医事（协和百年纪念版） 大半个世纪的质量与数量之争
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1920年4月，协和还没有正式开幕典礼之前，在纽约附近的盖内农庄（Gedney Farms）度假村，洛克菲勒基金会召开了一次与北京协和医学院有关的会议。这是基金会的定期战略会议，主要讨论一些重要议题，以便写在董事会讨论日程案卷中，将来递交董事会讨论。
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这次会上，针对协和医学院的教育方针，参会众人激烈地讨论了如下几个尖锐的问题：
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1．在中国追求“最高水平”的教育目标，是否可行？
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2．医学院应该培养一批优秀的医学教育者，还是培养更多的高质量医学从业者？
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3．学院能否招募并留住高水平的教员？
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4．如何在教学和科研之间保持适当的平衡？
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5．为实现这一“最高水平”，洛克菲勒基金会的财力能否承受？
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6．这一项目是否会成为基金会沉重的经济负担？
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