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无论是林可胜还是吴宪，他们都认为中国需要一所协和这样的医学院，但协和自己需要进行一次彻底改造。并非是要牺牲其卓越的水准，而是要确保一个国家体系可以更多地得到协和医学院的服务。但从另一方面来看，这两者又似乎不可调和、难以平衡而兼得。
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多年任职协和内科主任的狄瑞德，是反击这一观点的先锋。狄瑞德讨论了在苏联政府领导下正发生的医学教育变革。苏联人设计了一套多轨制，为社会各种具体的医疗服务领域培养专门人才。他承认，苏联模式对中国是有参考价值，因为两国有相似的社会状况：人口众多，几乎没有现代化的学生。但他呼吁中国的医学教育家们反对苏联模式。他认为，这种模式传授的只是技术而不是科学。他本人反对低层次的技术性医学院校。
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“不管怎样，要培养理论上所需要的医生数量都是一个艰巨的任务，必须经过大半个世纪的努力。然而，培养出大量低素质的医生会减缓现代医学的进步……医学事业需要最好的领导者，他们与技师不可同日而语。”
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狄瑞德在协和担任课程设置委员会主席一职近10年，他在1934年10月写道：“医学专业人士和医学院校，一直被指责过于传统和保守。在许多时候和地方，这些指责无疑有其合理之处。然而，在医学实践活动中，贸然并时常引入激进的革新，不会对公众有益。一种明智的保守主义，不会阻碍新生事物，而是要求细致的思考和实验，这完全适合医学教育。”
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协和医学院的教员、毕业生中，有不少成为当时国民党卫生部的领导，他们直接向“协和的精英模式”提出了挑战。最尖锐的批评来自“医学教育委员会”，这个机构由洛克菲勒基金会全资支持，由协和自己培养的1928届毕业生朱章赓领导。挑战最多的，还是在一道算术题上：中国4亿人口需要多少名现代医生？这还是数量与质量之争，即协和精英模式不能满足中国实际需要，中国有4亿人口，需要几万名现代医生。
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从1934年到1937年，医学教育委员会这个机构每年都会对协和的工作进行检查，在第一次检查后，对协和提出了如下要求（一年后，再次检查协和时，发现没有一条建议得到实施）：
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1．增加新生录取数量；
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2．纠正“过分强调”使用英文作为教学语言的做法；
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3．在行政管理工作中使用中文作为主要语言；
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4．重新调整学生奢侈的生活环境。
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林可胜也同意这些看法，认为协和应扩大招生，虽然他不会中文，但却认为教学应该同时使用两种语言。他本人对国家医疗和农村的公共卫生项目很感兴趣。抗日战争爆发后，林可胜离开协和，担任红十字会负责人和中国军队的医疗顾问。刘恒瑞当时在卫生署身居要职并在协和兼职，据说，他曾对林可胜说：“谁现在还关心协和，它已经毫无希望地出局了。”
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基金会内部的更大争议
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不为外人所知的是，其实，在洛克菲勒基金会内部针对协和的教育模式争议更大。韦尔奇、弗莱克斯纳、盖茨……这代人，已成为过去。基金会的继任者们在中国寻找着新的医学和社会方法。协和最初的理念及其实施，主要从美国医学教育的弗莱克斯纳改革中演化而来，与中国环境的演变存在着诸多不同步。
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基金会中国负责人兼副主席甘恩（Selskar M. Gunn）在1931年来华考察时，批评协和模式脱离了中国现实。在20世纪30年代初，甘恩根据考察开始计划成立“中国项目”，建议综合发展中国乡村社会及提高其生活水平。1934年，基金会收到甘恩提交的“中国项目”方案，这是一个帮助中国的全新概念。甘恩建议用跨学科的方法解决中国的社会问题。他在报告中对北京协和医学院提出了尖锐的批评，特别强调其财务支出过于庞大。如果以1934年的年度预算为例：协和医学院的预算是3 167 700银圆，仅次于它的是济南的齐鲁医学院，约30万银圆。虽然协和的预算包括了一个护士学校、一所大医院及众多房屋设备的维护，其他学校仅是医学院自身的费用，但300万与30万之间的差距，还是很惊人！
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甘恩与为协和争取预算的顾临，同时竞争着基金会对中国的资助。后来，甘恩的“中国项目”得到了预算批准，三年共100万。
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但在20世纪30年代，为争取对协和持续的预算投入，而不是预算紧缩，顾临仍然是协和创始之初时的那个顾临，他近乎固执地为协和辩护：“没有哪个美国机构……像协和医学院一样承载着未来的重托，为了能在中国维持高标准的医学教育和研究，它几乎在孤军奋战。”
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在协和董事会主席周贻春的描述中，顾临是“一个认真、进取、委婉、开明、公正、高效的管理者”。在基金会的一些美国领导眼中，顾临“举止保守、感情强烈、对协和医学院有强烈的个人责任感、目的性强”。在某种程度上，因为不屈不挠地为协和争取办学预算、反对精简费用，顾临多次与纽约总部发生争执，使得他“失去了作为纽约和北京之间成功的中间人所应有的灵活性”，以至伤及了自己在协和的职业生涯。
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1935年秋，胡恒德重返协和担任代理院长，开始重新思考“洛克菲勒先生在协和开幕典礼上的讲话”。他总结，协和从建立起到20世纪30年代中期，共经历了两个时期：一是建立和组织时期（1915—1924年）；二是产出及根据中国形势和政府的急速变化而进行调整的时期。而现在，该是考虑如何充分实现协和创办人理想的时候了。他对协和的一些重要办学政策提出了改革设想，包括对协和模式作出改进，扩招学生到50人，采用双语教学，强化研究生项目。协和的高标准是对中国的最大贡献，但他也承认，“在一些方面，给学院教授们提供的奢侈条件和辅助人员，超过了大多数美国比较好的医学院”，存在削减余地。胡恒德觉察到了中国国家医疗发展的趋势，认为协和须顺应这种趋势。医学非常可能成为使治疗服务、预防医学、公共卫生、卫生教育紧密结合的体系，它将主要是中央和省级政府的职责。协和仅仅通过毕业生来发挥作用是不够的，未来协和应对政府的计划给予直接、实用、创造性的帮助。
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此时，陷入战争且动荡的中国，对医生和护士的需求巨大，几乎难以为继。林可胜、兰安生和刘瑞恒均认为，协和应更重数量而非质量。但以协和内科系主任狄瑞德为首的“老警卫”、护校校长胡智敏、已在美国退休的顾临，仍然反对这些变革。双方角力的结果是，支持精英教育的力量略占上风。这主要是因为，几乎什么都还没来得及尝试，“七七事变”爆发，日军占领北平，一切改变都提前终结了。
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无论如何，在长达20多年的医学教育中，太平洋两岸都显示了“坚持办学的巨大力量和人格的品质”。只是，设定理想与让理想成为现实，总是存在着裂缝。
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协和内科主任狄瑞德一直坚持医学教育“质量更重于数量”。图中为1938年5月，狄瑞德离开协和前夕进行教学查房。
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向中央上书，建议恢复协和长学制
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协和被新中国政府接管后，关于数量还是质量的争论，依旧持续。新政府在对协和的调整中，把协和当成一个“人才宝库”，曾抽调出不少骨干去协和之外建立新的医疗机构。当时，协和医院内科主任张孝骞就担心，这样的调整对保存协和整体及日后发展考虑不够，是“拔萝卜”而非“割韭菜”，破坏了协和技术队伍的结构和完整，不利于“高级医学人才”的培养。
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