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1952年，协和医学院变成了一些人反对美国医学科学的狂热之地。一份来自政务院政文字119号的命令，决定了协和移交军委：“为加强国防建设，决定自1952年1月1日起，中国协和医学院划归中国人民革命军事委员会建制。”
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1952年，全国护理教育被纳入中专学校，协和的高级护校停止招生，改用中文授课。第二年，协和医学院的护理学校全部结束，许多护理教员离开协和，被安排到附近的医院。曾经让聂毓禅在战时来回颠簸共4个月的艰难迁徙办学，也并没有保住协和的护理学校。多年后，聂毓禅回忆起来，仍觉遗憾：
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我对每个运动虽都不甚理解，但我重视它们的意义，也从中吸取到不少教益。唯独对取消全国唯一的高级护理教育，我百思不解，深感痛心。我国的护理事业在医学界本是薄弱的一环，不但人数不足，质量更跟不上需要。本来我希望在接管协和护校后，能在培养高级护理人才方面做出一点贡献，效劳祖国。在大动荡的岁月里，无论什么情况，都没能动摇我坚定的意志。谁能料到我10年的挣扎却成泡影，高级护校竟断送在我的手中，实为终身憾事。
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高水准的护士教育突然中断，直到1983年才开始逐渐恢复。这样的命运很快也落到医学院身上：1953年协和医学院停招医学生，改为“为全军培养高级师资和提高部队医务干部水平”，向干部进修学院过渡。1957年，协和二度停办。
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协和医事（协和百年纪念版） 大半个世纪的质量与数量之争
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1920年4月，协和还没有正式开幕典礼之前，在纽约附近的盖内农庄（Gedney Farms）度假村，洛克菲勒基金会召开了一次与北京协和医学院有关的会议。这是基金会的定期战略会议，主要讨论一些重要议题，以便写在董事会讨论日程案卷中，将来递交董事会讨论。
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这次会上，针对协和医学院的教育方针，参会众人激烈地讨论了如下几个尖锐的问题：
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1．在中国追求“最高水平”的教育目标，是否可行？
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2．医学院应该培养一批优秀的医学教育者，还是培养更多的高质量医学从业者？
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3．学院能否招募并留住高水平的教员？
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4．如何在教学和科研之间保持适当的平衡？
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5．为实现这一“最高水平”，洛克菲勒基金会的财力能否承受？
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6．这一项目是否会成为基金会沉重的经济负担？
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此时，距离举行协和开幕典礼还有一年多，但校园建设所需的高昂费用远远超出预期，这已经让董事会开始担心远在纽约14 000多公里之外协和医学院的管理问题。对于协和财务上的过分关注，可能会导致降低建校标准，不再是当初设定的“世界一流”，而是一个强调数量重于质量、几乎不提科研的平庸医学院。
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为进一步强调坚持高标准的重要，上次会议通过了建设协和医学院的科学宗旨：主要任务之一是提供可与欧美最优秀的医学院相媲美的高水平的医学教育，应通过如下途径：1）设立本科医学课程；2）为培养实验室人员、教员和临床专科专家进行研究生训练；3）为一般医生提供短期培训。主要任务之二是提供科学研究的机会，尤其是针对远东地区的特殊医疗问题。次要任务是面向公众扩大现代医学和公共卫生知识的传播范围。
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在创立伊始，协和便设定了“世界一流医学院”的高标准。设定高标准，需要雄心和视野。在此后的时间流转中，坚持高标准更需要勇气。是重质量还是重数量，一直都是争论的话题。早期洛克菲勒的医学教育家们所关注的“标准”问题，在中国，并非轻易就能解决，也并没有一个非黑即白的明确答案。协和固执地坚持了重质量而非数量，但在这坚持的一路上，面临了诸多困难。
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一道算术题：如何为千万中国人培养足够的医生
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1921年，在协和开幕典礼期间的一次晚间讲座中，来自湘雅医学院的院长胡美试图通过列举数字来形容中国的医疗危机：在1921年，中国每17.5万人中有一位医学生，美国则是每8 000人中就有一个医学生；美国每720人有一位医生，而在中国则是每12万人才有一位受过现代训练的医生。这样的数字几乎令人绝望：怎么可能为千百万中国人培养足够多的医生？然而，非常自相矛盾的是，胡美很快就从医生的匮乏，转向呼吁将协和“强调建立的高标准”推广到全中国的医学机构。
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1917—1942年是协和历史上的第一个黄金时代，但即便在这期间，政府及医学界的许多人士也并不赞成维持协和这样一个以高质量和科研为核心的昂贵机构。他们认为，中国更需要大量可以满足一般医疗需要的医生。
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在1930年召开的全国医学协会会议上，林可胜发表会长致辞，呼吁人们关注农村的医疗需要：
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我们现在必须面临的一个问题是，如何为几乎占我国全部人口的农村大众提供医疗服务……我想提出的建议是，我们必须目标高远，保持不低于西方最佳的标准，但却不必完全照搬西方的所有细节……有多种可能修改医学课程和学系设置，而仍然维持令人满意的学术标准。例如，我们完全可以讲授普通人类生物学，而不是分成解剖学、生理学、生物化学和药理学等多个独立科目。
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1932年，吴宪用笔名在《独立评论》上发表文章，讲述了定县正在组织的医疗辅助队，为农村地区解决医疗问题。4年后，他再撰长文细数医学专业面临的各种难题：传统习俗和现代医学的冲突、医务人员的监管、各种不同的医学教育方法。他列举了标准多样、分往农村地区的医生不够、财力匮乏等问题，但最关键的是教育。中国大约需要4万名医生，才能使每1 000个人拥有1名医生。
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1931年，纳德·法泊尔（Knud Faber）发表了《中国的医学院校》（Medical Schools in China）这篇报告。国际联盟卫生组织以中国政府的名义，邀请这位哥本哈根大学的内科学教授对中国的医学教育进行评估，在长达3个月的调查后，他承认了协和医学院的优越性：“这是一所出色的医学院，拥有一个设有250张床位的医院，设施极为完善，包括所有临床前及临床教学和研究所必需的设备，它对中国现代医学发展的影响无论怎样评价都不过分。”但他建议协和医学院应扩大招生，更紧密地融入一个全国性的医学教育体系中。
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