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个人“消费者”基因组学
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回到中心话题：了解了基因组后如何能预防疾病，如何保持健康？什么时候是数据准备就绪的黄金时间？
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个人基因组学已陷入争论，在2007年底已进入到白热化的阶段。两家公司——DeCodeGenetics（基因解码公司）和23andMe基因技术公司——对公众开展商业化的全基因组扫描，随后Navigenics（基因导航）公司也加入进来。这些公司提供同样的基因芯片，这些芯片曾用于GWAS研究，分析过50万个单核苷酸多态性，提供复杂特性和疾病的风险的显示。相关工具可以通过互联网或从网络信息提供者处获取。这些机构收费昂贵，DeCode和23andMe公司收费995美元，Navigenics公司收费2500美元。包括之后随着新数据的频繁获取。自GWAS结果几乎每周发表在主要的科学报刊之后，这就是一个关键特征。Navigenics公司的服务还包括一位电话专家向你解释与评论你的基因测试结果。
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2007年末，我成为Navigenics公司服务正式商用之前的的第一批的参与测试者。整个测试的保密级别非常的高。当我收到一封邮件，我的检查结果已经完成，我必须利用我的手机做双重认证才得以进入网站获取我的数据。作为一位没有家族心脏病史的心脏病专家，以下这句话一下子就抓住了我的眼球“平均一生中心脏病的风险高达52％，你患心脏病的风险高达101％。”我当时就被震惊了，尤其是我患心脏病的风险从居然超过了100％！我记得，当晚我就我打电话给我的妻子，我不回家吃晚饭了。晚些时候，我接到了Navigenics公司的通知，他们确认结果有误。这项服务本身不错，但它还没有为商业化做好准备，还不可以为一般消费者所用！
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图表5.5显示了我在Navigenics公司关于25项疾病测试的结果更新表。最顶上的那一栏是我一生中的平均患病风险几率，从最左边的1％到最右边的远超过50％。那些黑色的框框则代表着我的患病风险远高于常人。我患骨关节炎的风险在日渐增长，我一生中患骨关节炎的几率有56％，而一般人患骨关节炎的几率只有40％。事实上，我已经患上骨关节炎了，所以说，这预测是很准确的，但是，只要人活得足够长，人人都有可能得骨关节炎，不是吗？回来继续说心脏病，这次比第一次的结果靠谱多了，但我的患病风险比一般人要高30％（12个百分点）。显而易见的是，因为我携带有apoe4基因，我患阿尔茨海默病的几率是常人的三倍。我患脑瘤（尽管绝对风险仅在1％以下）、腹主动脉瘤（风险小于4％），心房震颤（风险高达33％，常人为26％）的风险也在升高。
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图表5.5：Navigenics公司对我身体检查后的结果。每一列代表着该疾病在一般人群中的患病几率，从1％到50％。我的患病风险与一般大众患病风险的对比。
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还不能马上说这些信息是否有临床价值。就拿结肠癌来说。即便我的外祖父母和我的姑母都死于结肠癌，而从我35岁以后，每隔5年我都要经受一次结肠镜检查，但我的报告显示我患结肠癌的风险（5％）与常人（6％）相比并无异样。那这是不是就意味着我不在笼罩在结肠癌的风险之下，每隔五年我业用不着去做结肠镜检查了呢？我希望如此，但是不幸的是这是不可能的。扫描只能做常规的SNP检测，就如同我们所见到的那样，大部分常规变异的遗传性都是不够完备的。而基于人口医学的研究结果不能够精准的对每一个人都进行预测。事情就是如此，我患结肠癌的风险不高并不意味着我的病情不会发展了。另一方面，毫无疑问我有风险将患上阿尔茨海默病，但我对此毫无办法，我对此束手无策。那么我能用这些信息做什么呢？
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我能做许多事情。如果我患黑素瘤的风险很高，那么我肯定会避免阳光暴晒。如果我知道我患糖尿病的风险很高，那么我就会勤加运动并保持体重。为了我腿部的血栓（静脉血栓），我会注意多走泄露，并服用小剂量的阿司匹林以做预防。我知道我患心脏病与心房颤动的风险正在缓步上升，那么当我感到胸闷、心跳加快时我将会更加注意。不可否认，胸闷也许业是心肌缺血所致，我会尽快去看医生。同样的，如果我的心跳突然加快，那我知道这是什么的先兆，并采取适当的治疗。
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我有一个我们斯克里普斯基因健康研究所的例子来以作说明：作为Sempra的雇员，我参与了5月份的研究，并在上周收到了我的检查结果。我惊讶于这报告细节之详尽与彻底。当我读到我的Navigenics结果，发现我的结肠癌风险从96％上升到98％的时候，我被“击倒”了。 这对此如此惊讶的原因是，两周前，进行惯常的结肠镜检查的时候，我刚刚被确诊患有结肠癌。如果我一拖再拖，且没有在上周完成我的结肠镜检查，那我肯定会在看到这份检查结果后立刻预约做一次结肠镜。我被这份研究折服了！我给我的家人看了我的检查结果，并有打算给我的医生也看一看。非常感谢能让我参与到这样重要的科学研究之中。
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DeCode Genetics公司的首席科学家杰夫·戈尔彻（Jeff Gulcher），给自己做了详尽的基因扫描，发现自己患上前列腺癌的风险为常人的两倍，即便他还没到50岁。他做了PSA检查，发现自己的PSA水平非常的高。最终，他做了前列腺活体检查，确诊患上了癌症，接着就进行了前列腺手术，拯救了他的生命。你该听听下一段奇事，2008年末，在我在斯坦福的病理研讨会上做了我有关基因组学在医疗中的作用的之后，一位斯坦福教授向我发送了一封电子邮件：
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当我听了埃里克·托普医生在斯坦福病例研讨会上的讲演之后，我下定决心要去试一试这个测试。我的测试结果中显示，除了两个方面的患病风险有升高趋势外，大部分都很正常。第一个方面是前列腺癌，我早有预料，我的父亲就死于该病。另一个方面是麦胶性肠病（依靠HLA-DQ2.5基因与其他症状确认），这让我很吃惊。我寻根溯源，发现很早之前我就有患上麦胶性肠病的迹象：我对油腻的食物总是无法消化，并且有过一次皮疹，还经常口腔溃疡。于是，我继续在Navigenics做了血清测试，以作确诊，结果呈阳性；内窥镜检查后，结果依旧呈阳性，我患有中度麦胶性肠病。我做了骨密度测试，我的骨密度比同龄男性要低上许多，这也许是由于麦胶性肠病引起的缺乏维生素D所致。一位消化科医师为我定制了一份无麸质食谱，以防范由麦胶性肠病引起的并发症：糖尿病、甲状腺疾病、肝病、小肠淋巴瘤，以及其他癌症。另外，我还补充了钙与维生素D。并且，我的直系亲属也被诊断患有麦胶性肠病。这真让我——一位52岁的内科医师感到吃惊，这全是由于你的DNA测试，才让我得以检测并治疗我的隐疾。我真的非常感谢您。
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对于是否该为每个人开放这样的基因风险信息，意见分成了两派。然而无论怎样，听众们的反应强烈。2007年12月，Nature Genetics公司快速响应，发布了第一个商业化服务，打响了这个“危险行业”的第一枪。2008年1月，《新英格兰医学杂志》发布了一系列批评文章，第一篇名为《把基因放出盒子：我们真的想这样吗？》（Letting the Genome Out of the Bottle: Will We Get Our Wish?），合著者为杂志编辑杰弗里·徳拉赞（Jeffrey Drazen）。于美国国家卫生研究院与弗朗西斯·柯林斯（人类基因组计划的领导者）工作多年的泰瑞·曼诺里欧（Terry Manolio）医生，以这句话结束了她对GWAS的评论：“应该向那些询问全基因组关联分析的病人说明，在当前，这样的测试结果对于预测患病风险与临床诊断没有任何价值。”
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而在另一方面，《自然》杂志做出了更为谨慎的预测，它认为科学家们需要仔细想想，要如何才能与公众讨论个人基因组。2008年11月，《自然》杂志做了整卷的个人基因组专题；那一期的封面画的是一个装有人类基因的紧急避难箱，一只手拿着一只锤子竖在箱子前。箱子上写着：“当你准备好时，击碎玻璃”以及“你的生命掌握在你的手中，个人基因时代的说明书”。书中一篇名为《迷途的预防》（Misdirected Precaution）指出，“个人基因检测正在模糊专家与普罗大众之间的界线。”文章的作者还写道：“我们欢迎基因保护主义的转变，人人都将成为专家，掌握自己的基因”。柯林斯也许是医疗机构中为数不多的几个赞同将基因的使用权交还给公众的支持者。2008年，艾米·哈蒙（Amy Harmon）在其撰写的有关个人基因的“DNA 时代”系列文章中描述了这进度缓慢的尝试，人类基因组研究所的主任、现在美国国家卫生研究院的主任柯林斯说道：“很明显，大家害怕基因测试的发展，按照这个势头，正如我们所见，未来医学将死在其到来之前。”在柯林斯的书《生命的语言》《The Language of Life》中，他写了有关他自己的基因扫描结果是如何改变了他的行为。柯林斯患2型糖尿病的风险很高，所以他减去了20镑的体重，并且开始进行常规运动，要不因为是基因扫描，他怎么会开始做这些。
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技术专家做起事来更偏向于柯林斯而非曼诺里欧。Google联合创始人谢尔盖·布林（Sergey Brin）与23andMe的创始人安妮·沃西基（Anne Wojcicki）结婚。谢尔盖的母亲患有帕金森症，他的大姨也是如此。谢尔盖做了一次全基因组扫描，发现自己携带有LRRK2基因的变体，他患帕金森症的风险非常高，高达70％。
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他的母亲也进行了23andMe公司的基因扫描，她也携带有同样的基因变体。谢尔盖写了一篇博客文章，他的第一篇取名为《LRRK2》，他写到：“在我生命的早期，我就知道了我染上某种疾病的几率很高。现在，我有机会调整我的生活，去避免它（举例：有证据证明锻炼有助于抵抗帕金森症）。同样，在它感染我之前我也有机会去研究这种疾病。还有，不仅仅是我自己的健康，（基因扫描）同样也造福于我的家人……我感到非常幸运。”他的观点让人想起NBC前通讯员查尔斯·萨宾（Charles Sabine），他因基因扫描得知他携带有亨廷顿舞蹈症的基因，他说：“了解我的基因状态，让我既兴奋又充满动力，没有什么物质刺激比得上了解你的基因密码了。”
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其他许多记者也对此持肯定态度。2007年，普利策新闻奖获得者艾米·哈蒙在她在《纽约时报》发表的文章中写到：《了解我的基因，了解我自己》。《连线》编辑托马斯·高茨撰写了封面文章《你的生命：破解密码。只需花费1000美元，DNA测试告诉你你将如何活着，以及如何死去。欢迎来到基因世纪》（Our Life: Decoded. A New $1,000 DNA Test Can Tell You How You’ll Live—and Die. Welcome to the Age of the Genome）。《时代》杂志将个人基因扫描称为2008年最重要的发明。高茨还为《连线》写了谢尔盖·布林的专题，评论了布林与个人基因组的渊源。高茨说，有些人认为获取DNA结果“拥有着黑暗的、不可知的秘密”或者是一种“有毒的知识”。他提醒我们说“在1961年，如果病人患上了癌症，90％的医师将不会告知他们”。
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以上总总，虽然，被证明大多数只是个人基因历史中远远亮起的一只小灯，但它们值得我们去思考，全基因组扫描已经遭到攻击。不管怎么说，这种直接面向消费者的基因测试使用的是研究级的基因芯片，它和“印度神油”般的毫无科学依据的江湖广告不同，那些广告会分析你的基因，然后告诉你哪些食物能吃哪些不能吃，为你找出“适合”你的另一半，以及预测某个孩子是不是会成为菲尔普斯。但是还是有许多合理的关注点的，比如说下面五点：一、恐惧；二、可用性、实用性，以及误差；三、隐私与安全；四、管理法规的缺失；五、获取权力与费用。
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要处理这些问题，我们手头并没有或仅有有限的研究资料，斯克里普斯基因研究所做了一项涉及3600参与者的大型研究，这些参与者可以以非常大的折扣（费用从2500美元降至200美元）做一次Navigenics公司的全基因组扫描。研究将对饮食与运动所造成的影响、心理效应，以及医疗甄别与诊断进行评估。经过近6个月的跟踪调查，超过2000名参与者递交了他们的数据，没有任何证据，验证测试评估心理效应、抑郁、悲痛，或者高度焦虑。对于个人来说，结肠癌的风险的增长非常的危险，他们迫切地要求做结肠镜检查；就像乳腺癌风险增长时他们要去做乳房X线照相术，前列腺癌风险增长时他们要去做PSA检测，黄斑变性风险增长时他们要去做眼部检查一样。
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结肠镜检查的结果很有趣。我的妻子也参与到研究当中，研究发现她患结肠癌的风险是常人的两倍。她已经55岁了，5年之前她就应当去做她的第一次结肠镜检查，之前她一直避免去做这样的事情。她做了结肠镜检查，放下了心，一切正常。研究中至少两名头一次做结肠镜检查的参与者做了息肉切除手术；其中一位发现他患有癌症，但因为癌症尚属早期，他感到很欣慰。依据记录，50岁以上的人中，超过半数的没有依照建议去做结肠镜检查。只是，这建议是为集体检诊而做的，是为普遍性的基因变异风险升高而做的；也许有一天，定向诊断将更有意义，针对个人的个体检诊，尤其是对那些已经确定带有更高遗传可能性的人，对于每一项检测将更加的精确。
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研究的整体结果既发人深省又给了我们些许安慰。改变行为去改善我们的生活方式——减肥，更多锻炼，以及健康饮食——这是医疗健康最大的挑战，并且，到目前为止，我们也还没有成功的策略去应对它们。与柯林斯和布林不同，全基因组扫描结果在大众中并不会诱发有益的生活方式改变。另一方面，“有毒的知识”应该被放在一遍。我们有坚实的证据指出应该避开任何不利的心理影响。这支持着这有关家族中的阿尔茨海默病的apoe4基因的重要研究。“依据公开的患有阿尔茨海默病的患者的成年子女的载体蛋白资料，没有证据显示他们有短期的心理风险”。我们包括载体蛋白以及其他20几项的检测条件的研究，都显示出的同样的结果。这不意味着，所有人都能依据他或者她的DNA检测结果就给出同等的处理方式，但是我们还是强烈建议大家应当尽量这样去做。它当人反击加利福尼亚公共卫生部门的公开生命，这些测试是“用死亡恐吓人们。”
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也许谈谈统一性的问题更有价值。2009年，我的一位同事为《自然》杂志撰文，在三家公司的争斗中，有一件事情越加明显。最主要的问题与基因型分析没什么关系，而是在于三家公司都缺乏共识如何将这些运算数据制成报告。对于什么样等级的证据必须纳入基因标记，或是什么样的量级必须指出其影响，都没有特定的标准。要是有人在这三家公司中都做过一次基因扫描，也许就能发现，对于他的同一种病，这家公司会认为它有患病风险升高的趋势，而另一家却认为它毫无问题。我在三家公司都做了基因扫描，加上我在Pathway Genomics做的，一共就是4次了，我发现了许多差异。2010年，政府与科技公司达成一致，为报告制定了统一的标准。
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我们当然不能避开全基因组扫描当前最大的弱点不说：GWAS只不过是对于基因组的惊鸿一瞥，很大一部分的患病风险都被遗漏了。希望都寄托在全基因组测序上，寄托在这缺乏关键信息的方法上。
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有一些进行了全基因组测序的人写下了他们的体验，但是所带来的启示也已经远远让人注目。2008年，克莱格·凡特出版了《生命解码：我的基因，我的生命》（A Life Decoded: My Genome, My Life），书中包含了一些他基因测序数据的小故事，比如说因为咖啡因的缘故，他的基因发生了变异，他患上心脏病的风险因此提升。
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在2009年，备受尊敬的哈佛心理学家史蒂芬·平克（Steven Pinker）在《纽约时报杂志》刊登了《我的基因，我自己》（My Genome，MySelf），他指出，通过全基因组外显子测序，显示出他有一个秃顶的遗传倾向，但是，他的脑袋上现在毛发正茂盛得很；并且，已知他携带有一个罕见的变异副本，一种非常严重的疾病——家族性自主自律神经失调综合征。平克对于他apoe等位基因的反思尤其令人关注。他认识詹姆斯·沃森（James Waston），沃森在2008年的《科学》杂志发表他自己的扫描数据时，故意向大家省略了一些测序数据。如同平克写到的：“我们所有人都早已知道，我们带有致命的遗传疾病，这是我们命中注定的必死命运，而我们中的大多数的应对策略则是否认、顺从与膜拜。尽管如此，我思量过了，我现在对于存在恐惧的烦恼是恰到好处的，所以我决定追随着沃森的步伐，单方面否决我的APOe基因信息”。顺便说一句，平克是Counsyl公司的顾问，Counsyl公司是一家为计划怀上孩子或是有过不孕及多次流产史的夫妇进行基因检测的公司。