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但是并不是所有的动植物都适合驯化。实际上，大部分都不适合。目前，仅有100种植物被驯化，而在148种大型陆地哺乳动物中仅有14种被驯化。河马的乳汁营养丰富、味道可口，但是不知为何，无法把它们圈养起来。能够适应驯养的哺乳动物需要迅速成长、听从群体头领的指挥、性情温和、容易驾驭，同时还能够在圈养环境中交配繁殖。
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考古学家曾经认为农业可能始于地球上的某一单一地区，然后再扩散到世界各地，他们将这种模式称为“传播”。现在，考古学家有证据证明，农业是在至少3个不同的地区独立出现的，甚至有可能是在7个或更多的地区同时出现的。
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也许农业最早出现的地方是现在的土耳其、伊拉克、叙利亚和以色列所在的高地，有时这片地区又叫作“新月沃地”。这里的土壤十分肥沃，当时温度适宜，降雨量也十分适合植物生长。欧亚大陆的动植物种类比其他大陆更丰富。这可能是由于这里是泛大陆分裂后最为广袤的一块土地，因此这里有更多不同种类的物种。
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新月沃地的高地有许多可供农民种植、收获和存储的野生植物：扁豆、豌豆、鹰嘴豆、亚麻、大麦以及两种不同的麦子。公元前9000年至公元前7000年，那里的人驯化了这些植物。山羊和绵羊也是当地的野生动物，稍晚也得到了驯化。
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之后，其他地方也逐渐产生了农业：埃及的尼罗河峡谷、北印度的印度河峡谷、中国的南方和北方、中美洲、南美洲的安第斯山脉、撒哈拉以南的非洲和巴布亚新几内亚。当然，这些地方所种植的农作物和饲养的动物有所不同。中国南方主要的谷类是大米，饲养的动物主要是猪和鸡。安第斯山脉主要的农作物是马铃薯。非洲主要的谷类是小米。中美洲主要的谷类农作物是玉米，他们种植的玉米的芯最初和人类的拇指一样大小。一代又一代农民不断选择玉米芯较大的种子进行种植，最终培育出现在的玉米。
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与非洲和欧亚大陆比起来，美洲种植的植物种类较少，饲养的动物种类更少。中美洲有玉米、豆类、狗和火鸡——没有马、奶牛、猪、鸡、绵羊和山羊。安第斯山脉有马铃薯、花生、藜麦（昆诺阿藜）、大羊驼、羊驼和豚鼠。这种不同使得非—欧亚大陆的人们在储存食物方面远远领先于其他地方的人类，由此为城市和国家的形成奠定了基础。
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为什么农业能够在短短几千年的时间里，便在世界各地如雨后春笋般竞相出现？这种“为什么”的问题是最难回答的，而且对这个问题，学者仍然莫衷一是。也许有多重因素可以解释这种发展。
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当然，气候变化在其中起到了很大的作用。最后一次冰期之后，温度迅速升高，这就使得农业发展有了可能，而且，有可能是由于大型冰期哺乳动物的灭绝，使得发展农业变得尤为必要。然而，气候并不是逐渐变暖的。约公元前11500年，气候明显变暖，之后到了公元前10500—前8500年，温度又明显变冷，之后便稳定在一个波动不大的温暖期，这段时期延续了约1万年。自从上一个持续了1.5万年、于11万年前结束的间冰期以来，这是第一个较为漫长的温暖期。
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农业起源的可能地区
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几乎可以说大体在同一时间，世界各地的人都独立地学会了驯化动植物。为什么会有这种情况？
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全球变暖导致海平面上升，迫使生活在海边的人退到内陆。人类的总数量缓慢增加。在野生资源较为丰富的地区，人们定居下来，不再四处游荡；当野生资源减少时，他们已经不知道该如何游荡了。他们不得不开始学习种植农作物、饲养动物。不知为何，这些因素在几千年的时间里相互交织，导致世界上几个地方都出现了农业。
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在村庄定居，以种植农作物、饲养动物为生，比起狩猎和采集，这种生活方式要求人们更多地劳作。进行农耕的人所食用的食物种类减少了，营养也不如以前丰富了，而且饲养的动物还会传染给人疾病。（麻疹和天花是从奶牛身上变异产生的，流感和哮喘则是从猪和鸭子身上传染而来的。）农业村庄的生活可能不如那些狩猎采集者的生活那么愉快。
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但是大部分时候，比起狩猎采集者，农民们会获得更充足食物，尽管食物种类较少。儿童断奶的时间提前了，出生率也有所提高。男性负责用犁耕地，因为这需要更大的力气。妇女则留在家中，因为多生育子女作为帮手对于农业生产来说至关重要。人们学到了新型的自律能力，比如，必须保留一部分种子用于种植，而种植也需要依据时令进行。
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在对世界的看法上，人类觉得自身与自然世界间的关联开始减少。看上去，自然世界对人类的影响开始小于文化世界的影响。酋长逐渐变成了领导人，萨满也逐渐变成了祭司。人们开始根据历法而不是特定情况举办祭祀典礼。生命的神秘力量开始被人们看作神和女神，在人们的想象中，这些神灵与人类行为相似，但是却能长生不老，并居住在看不见的精神世界里。
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进行农业耕种的时候，人们开始清除树木杂草、耕地播种，这些劳作改变了地球面貌。人口数量也从公元前9000年的1000万增长到公元前3000年的5000万。由于农业的出现，人类系统中流动的能量大大增加，由此引发了更大的变化。
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早期城市、国家、文明和帝国（公元前3500—前1000年）
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由于新月沃地的人们率先开始驯化动植物，因此第一座城市——乌鲁克（Uruk）——出现在新月沃地一处叫作“美索不达米亚”的地方，这也就不足为奇了。乌鲁克是在公元前3500年在今伊拉克境内的幼发拉底河岸边崛起的，当时那里的人口约为1万，在当时来说，是单一地点人口最为密集的地区。据某些资料估计，到了公元前3000年，乌鲁克的人口达到了5万。
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之后，其他较为肥沃的地区相继开始出现城市。靠近尼罗河三角洲的埃及出现了孟菲斯（Memphis），在中国北方的黄河河谷出现了安阳，印度河峡谷中出现了摩亨佐达罗（Mohenjo-Daro）。由于适合驯化的动植物较少，以及诸多其他因素，美洲、撒哈拉以南的非洲和太平洋岛屿的城市出现得较晚。
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城市与村庄、城镇不同，城市人口较多——成千上万的人聚居在城市中。城墙外附近地区的农民会为城市提供食物，支持城市运转。如此，城市人口便有时间发展特殊职业，如官员、烘焙师、制陶师和银匠。城市中形成阶级，富裕的精英统治者、祭司、贵族和抄写员位于顶层（这部分人不到总人口的10％），其他大部分人位于底层。
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城市变得有组织化之后，国家很快开始出现。国家指的是一座城市加上附近的城镇和农场，或几座城市加上其附属区域构成的疆域，人口可达上百万。国家具有权力结构，可以镇压、平息内部战争，同时国家可以在必要的时候征收贡赋和税收。从某种程度上说，城市精英学会了利用其他人的力量，就像农民学会利用动植物的能量一样。
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一旦国家形成，统治者可以通过征服其他国家来增加资源。帝国由此出现了——帝国指的是由一位统治者统治的多个城市和国家的大片疆域。在早期国家和帝国时期，它们之间战争频繁。
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这些早期国家和帝国又称作“文明”。英语中“文明”（civilization）一词来自拉丁语的“civilis”，是“civis”的一种形式，意为“属于某个城市的”。文明有几个不同的含义，通常用于表示某些比其他群体更为优秀或高级（有文化）的群体。大历史学家会谨慎地说，文明并不是更优秀或更高级，而是更复杂，因为某个文明中的人，至少是那些处于阶级顶层的人，可以掌握更多的物质资源和能量。某些大历史学家会用“国家”和“帝国”或“复杂国家”这一类的术语来指代“文明”，由此规避后者带来的问题。
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那么，我们通常所说的“文明”有哪些共性呢？人们对此作了很多探讨。通常，历史书会描述作者们所看到的文明的积极方面：人口密度、职业分工、频繁的贸易交流、纪念性建筑、会计、书写、行政管理、国家宗教、有文化成就的富裕精英以及能够制止内战的常备军。但是文明也有其消极方面：阶级不平等、强制性高额赋税、国家间战事频发、疾病频发、奴隶制和父权制（这是日益增长的阶级制度的一部分）。这些特点，既有其积极一面，也有消极一面，但凡有文明崛起的地方，便有这些特点。
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